MapBox.js v0 is an API built on Modest Maps, while MapBox.js v1 is an API built on Leaflet. Here's how to go from one to the other.
// v0
mapbox.layer().id('foo.bar');
// v1
L.mapbox.tileLayer('foo.bar');
// v0
mapbox.markers.layer().id('foo.bar');
// v1
L.mapbox.markerLayer('foo.bar');
// v0
mapbox.map('foo');
// v1
L.mapbox.map('foo');
// v0
map.interaction.auto();
// v1
var gridLayer = L.mapbox.gridLayer('foo.bar');
var gridControl = L.mapbox.gridControl(gridLayer);
map.addLayer(gridLayer).addControl(gridControl);
// v0
map.ui.hash.add();
// v1
L.hash().addTo(map);
// v0
map.center({ lat: 0, lon: 20 }).zoom(5);
// v1
map.setView([0, 20], 5);
// v0
mapbox.layer().tilejson({});
// v1
L.mapbox.tileLayer({});
// v0
markersLayer.filter(function(f) { return f.properties.cool; });
var filter = markersLayer.filter();
// v1
markersLayer.setFilter(function(f) { return f.properties.cool; });
var filter = markersLayer.getFilter();