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/nix/store/aq8nrv3g89pk1qczk0vphx5i8zhd3k3w-SPAdes-3.14.0
├── bin
│   ├── cds-mapping-stats
│   ├── cds-subgraphs
│   ├── mag-improve
│   ├── metaspades.py
│   ├── plasmidspades.py
│   ├── rnaspades.py
│   ├── spades-bwa
│   ├── spades-convert-bin-to-fasta
│   ├── spades-core
│   ├── spades-corrector-core
│   ├── spades-gbuilder
│   ├── spades-gmapper
│   ├── spades-gsimplifier
│   ├── spades-hammer
│   ├── spades_init.py
│   ├── spades-ionhammer
│   ├── spades-kmercount
│   ├── spades-kmer-estimating
│   ├── spades.py
│   ├── spades-read-filter
│   ├── spades-truseq-scfcorrection
│   ├── spaligner
│   └── truspades.py
└── share
    ├── spades
    │   ├── biosynthetic_spades_hmms
    │   │   ├── AMP.hmm.gz
    │   │   ├── AT.hmm.gz
    │   │   ├── CStart.hmm.gz
    │   │   ├── KR.hmm.gz
    │   │   ├── KS.hmm.gz
    │   │   └── TE.hmm.gz
    │   ├── configs
    │   │   ├── corrector
    │   │   │   └── corrector.info
    │   │   ├── debruijn
    │   │   │   ├── bgc_mode.info
    │   │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   │   ├── config.info
    │   │   │   ├── construction.info
    │   │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   │   ├── pe_params.info
    │   │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   │   ├── simplification.info
    │   │   │   ├── toy.info
    │   │   │   └── tsa.info
    │   │   ├── hammer
    │   │   │   └── config.info
    │   │   └── ionhammer
    │   │       └── ionhammer.cfg
    │   ├── GPLv2.txt
    │   ├── joblib2
    │   │   ├── disk.py
    │   │   ├── format_stack.py
    │   │   ├── func_inspect.py
    │   │   ├── functools.py
    │   │   ├── hashing.py
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── logger.py
    │   │   ├── memory.py
    │   │   ├── my_exceptions.py
    │   │   ├── numpy_pickle.py
    │   │   ├── parallel.py
    │   │   └── testing.py
    │   ├── joblib3
    │   │   ├── _compat.py
    │   │   ├── disk.py
    │   │   ├── format_stack.py
    │   │   ├── func_inspect.py
    │   │   ├── hashing.py
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── logger.py
    │   │   ├── _memory_helpers.py
    │   │   ├── memory.py
    │   │   ├── _multiprocessing_helpers.py
    │   │   ├── my_exceptions.py
    │   │   ├── numpy_pickle.py
    │   │   ├── parallel.py
    │   │   ├── pool.py
    │   │   └── testing.py
    │   ├── LICENSE
    │   ├── manual.html
    │   ├── pyyaml2
    │   │   ├── composer.py
    │   │   ├── constructor.py
    │   │   ├── cyaml.py
    │   │   ├── dumper.py
    │   │   ├── emitter.py
    │   │   ├── error.py
    │   │   ├── events.py
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── loader.py
    │   │   ├── nodes.py
    │   │   ├── parser.py
    │   │   ├── reader.py
    │   │   ├── representer.py
    │   │   ├── resolver.py
    │   │   ├── scanner.py
    │   │   ├── serializer.py
    │   │   └── tokens.py
    │   ├── pyyaml3
    │   │   ├── composer.py
    │   │   ├── constructor.py
    │   │   ├── cyaml.py
    │   │   ├── dumper.py
    │   │   ├── emitter.py
    │   │   ├── error.py
    │   │   ├── events.py
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── loader.py
    │   │   ├── nodes.py
    │   │   ├── parser.py
    │   │   ├── reader.py
    │   │   ├── representer.py
    │   │   ├── resolver.py
    │   │   ├── scanner.py
    │   │   ├── serializer.py
    │   │   └── tokens.py
    │   ├── README.md
    │   ├── rnaspades_manual.html
    │   ├── spades_pipeline
    │   │   ├── commands_parser.py
    │   │   ├── common
    │   │   │   ├── alignment.py
    │   │   │   ├── __init__.py
    │   │   │   ├── parallel_launcher.py
    │   │   │   ├── __pycache__
    │   │   │   ├── sam_parser.py
    │   │   │   └── SeqIO.py
    │   │   ├── executors
    │   │   │   ├── executor_local.py
    │   │   │   ├── executor_save_yaml.py
    │   │   │   ├── executors.py
    │   │   │   └── __pycache__
    │   │   ├── lucigen_nxmate.py
    │   │   ├── options_parser.py
    │   │   ├── options_storage.py
    │   │   ├── process_cfg.py
    │   │   ├── run_contig_breaker.py
    │   │   ├── scripts
    │   │   │   ├── breaking_scaffolds_script.py
    │   │   │   ├── check_test_script.py
    │   │   │   ├── compress_all.py
    │   │   │   ├── copy_files.py
    │   │   │   ├── correction_iteration_script.py
    │   │   │   ├── plasmid_glue.py
    │   │   │   ├── postprocessing_script.py
    │   │   │   ├── preprocess_contigs.py
    │   │   │   ├── preprocess_interlaced_reads.py
    │   │   │   └── preprocess_nxmate_reads.py
    │   │   ├── stages
    │   │   │   ├── breaking_scaffolds_stage.py
    │   │   │   ├── check_test_stage.py
    │   │   │   ├── correction_stage.py
    │   │   │   ├── error_correction_stage.py
    │   │   │   ├── __init__.py
    │   │   │   ├── pipeline.py
    │   │   │   ├── postprocessing_stage.py
    │   │   │   ├── preprocess_reads_stage.py
    │   │   │   ├── __pycache__
    │   │   │   ├── scaffold_correction_stage.py
    │   │   │   ├── spades_iteration_stage.py
    │   │   │   ├── spades_stage.py
    │   │   │   ├── stage.py
    │   │   │   └── terminating_stage.py
    │   │   ├── support.py
    │   │   └── truspades
    │   │       ├── barcode_extraction.py
    │   │       ├── break_by_coverage.py
    │   │       ├── generate_quality.py
    │   │       ├── id_generation.py
    │   │       ├── __init__.py
    │   │       ├── launch_options.py
    │   │       ├── moleculo_filter_contigs.py
    │   │       ├── moleculo_postprocessing.py
    │   │       ├── reference_construction.py
    │   │       └── string_dist_utils.py
    │   ├── test_dataset
    │   │   ├── ecoli_1K_1.fq.gz
    │   │   ├── ecoli_1K_2.fq.gz
    │   │   ├── genes_1K.gff
    │   │   ├── genes_1K.txt
    │   │   ├── operons_1K.gff
    │   │   ├── operons_1K.txt
    │   │   └── reference_1K.fa.gz
    │   ├── test_dataset_plasmid
    │   │   ├── pl1.fq.gz
    │   │   └── pl2.fq.gz
    │   ├── test_dataset_truspades
    │   │   ├── A_R1.fastq.gz
    │   │   ├── A_R2.fastq.gz
    │   │   ├── B_R1.fastq.gz
    │   │   └── B_R2.fastq.gz
    │   ├── truspades_manual.html
    │   └── VERSION
    └── spaligner
        └── spaligner_config.yaml

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