この記事は「Raspbianのインストールと初期設定」で紹介した手法を(何らかの理由があって)Raspbian Jessieに適用しなければならない時の差分です。
(違いのない部分は記載していませんので、記事そのものと一緒に読むことをお勧めします。)
Stretchから/etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
を作成する必要がなくなりました。
言い換えれば、Jessieではこれを作成する必要があるという訳です。
sudo tee /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades << 'EOL'