Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@MurtoHilali

MurtoHilali/peppi_data.csv

Last active August 31, 2024 05:51
Show Gist options

  • Select an option

    Learn more about clone URLs
  • Save MurtoHilali/3e22448220806a01b608cfa89ab9a7c0 to your computer and use it in GitHub Desktop.

Select an option

Learn more about clone URLs
Save MurtoHilali/3e22448220806a01b608cfa89ab9a7c0 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Download ZIP
PepBDB-ML — an ML-friendly dataset of normalized residue information from peptide-protein interactions.
Raw
peppi_data.csv
AA Protein Hydrophobicity Protein Steric Parameter Protein Volume Protein Polarizability Protein Helix Probability Protein Beta Probability Protein Isoelectric Point Protein HSE Up Protein HSE Down Protein Pseudo Angles Protein ASA Protein Phi Protein Psi Protein SS H Protein SS B Protein SS E Protein SS G Protein SS I Protein SS T Protein SS S Protein SS - A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V Binding Indices
E 0.2117117117117117 0.6666666666666667 0.6057571964956197 0.5067114093959731 1.0 0.0 0.05632040050062581 0.0 0.14285714285714285 0.9440659233719341 1.0 1.0000000000000002 0.5007824726134584 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.16666666666666666 0.3333333333333333 0.2727272727272727 0.5 0.0 0.625 1.0 0.09999999999999998 0.6666666666666666 0.0 0.125 0.5714285714285714 0.1111111111111111 0.0 1.0 0.6000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
Y 0.8468468468468467 0.6862745098039215 1.0 1.0 0.18823529411764706 0.7368421052631577 0.3617021276595745 0.0 0.14285714285714285 0.9440659233719341 0.9159987573780678 0.17708531255937685 0.02682763246143527 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.09090909090909094 0.0 0.6666666666666666 0.125 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.7777777777777777 0.5 0.0 0.3333333333333333 0.6000000000000001 0.33333333333333326 0.20000000000000007 0.14285714285714285 0.5 0.9 0.8571428571428571 0
F 0.9099099099099098 0.6862745098039215 0.9712140175219026 0.9731543624161073 0.49411764705882355 0.7052631578947368 0.3391739674593242 0.0 0.21428571428571425 0.5466035025261221 0.9645020129529146 0.0003800114003420507 0.5403532304940756 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.09090909090909094 0.0 0.33333333333333326 0.0 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.5 0.0 0.3333333333333333 1.0 0.0 0.0 0.0 0.625 0.9 0.42857142857142855 0
T 0.02252252252252252 0.49019607843137253 0.43679599499374216 0.3624161073825503 0.21176470588235297 0.6842105263157894 0.3617021276595745 0.4444444444444444 0.0 0.20459197581101718 0.7537639630888782 0.0 0.5175497429018555 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.3333333333333333 0.1111111111111111 0.36363636363636365 0.2 1.0 0.25 0.2222222222222222 0.2 0.3333333333333333 0.4444444444444444 0.375 0.2857142857142857 0.2222222222222222 0.30000000000000004 0.6666666666666666 0.8 0.9999999999999999 0.25 0.5 0.5714285714285714 0
L 0.6891891891891891 0.9607843137254901 0.8222778473091366 0.6241610738255033 0.6823529411764706 0.7473684210526315 0.40175219023779735 0.2222222222222222 0.42857142857142855 0.0 0.7654751892346511 0.13452403572107166 0.42275877487145086 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.125 0.0 0.0 0.16666666666666663 0.5555555555555556 1.0 0.0 0.5555555555555556 0.4 0.33333333333333326 0.0 0.14285714285714285 0.25 0.30000000000000004 0.7142857142857142 0
Q 0.0 0.6666666666666667 0.6683354192740927 0.6040268456375839 0.5999999999999999 0.4736842105263157 0.3604505632040051 0.3333333333333333 0.49999999999999994 0.16707821890306473 0.7292232671543016 0.1806954208626259 0.5546613011401743 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.16666666666666666 0.5555555555555556 0.36363636363636365 0.30000000000000004 0.33333333333333326 1.0 0.4444444444444444 0.2 0.6666666666666666 0.1111111111111111 0.125 0.8571428571428571 0.2222222222222222 0.09999999999999998 1.0 0.6000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
I 1.0 1.0 0.8222778473091366 0.6241610738255033 0.5294117647058825 1.0 0.40675844806007505 1.0 0.21428571428571425 0.9689617680134232 0.0 0.07524225726771805 0.03733512184216409 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.16666666666666666 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.625 0.0 0.4444444444444444 0.4 0.33333333333333326 0.0 0.14285714285714285 0.125 0.2 1.0 0
R 0.27027027027027023 0.6666666666666667 0.9111389236545682 0.9765100671140939 0.43529411764705883 0.33684210526315783 1.0 0.0 0.6428571428571428 0.5403947763006206 0.7603170189098999 0.4847045411362342 0.4017437961099932 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 1.0 0.2727272727272727 0.2 0.0 0.5 0.3333333333333333 0.09999999999999998 0.5 0.1111111111111111 0.125 0.8571428571428571 0.1111111111111111 0.09999999999999998 0.6666666666666666 0.4000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
G 0.03153153153153153 0.0 0.0 0.0 0.0 0.368421052631579 0.40050062578222784 0.0 0.5714285714285714 0.8370318448430601 0.5421182266009852 0.5447463423902719 0.5157612340710932 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.3333333333333333 0.0 0.2727272727272727 0.2 0.33333333333333326 0.125 0.1111111111111111 1.0 0.3333333333333333 0.0 0.0 0.14285714285714285 0.0 0.0 0.33333333333333326 0.4000000000000001 0.0 0.125 0.0 0.0 0
R 0.27027027027027023 0.6666666666666667 0.9111389236545682 0.9765100671140939 0.43529411764705883 0.33684210526315783 1.0 0.0 0.6428571428571428 0.763132431269585 0.8402113459399333 0.20007600228006844 0.060362173038229355 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.2727272727272727 0.2 0.0 0.5 0.3333333333333333 0.09999999999999998 1.0 0.1111111111111111 0.25 0.8571428571428571 0.1111111111111111 0.30000000000000004 0.6666666666666666 0.4000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.30000000000000004 0.14285714285714285 0
E 0.2117117117117117 0.6666666666666667 0.6057571964956197 0.5067114093959731 1.0 0.0 0.05632040050062581 0.2222222222222222 0.49999999999999994 0.9999999999999999 0.6996089584073943 0.22743682310469318 0.12452492734182873 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3333333333333333 0.4444444444444444 0.4545454545454546 0.5 0.33333333333333326 0.5 0.7777777777777777 0.2 0.6666666666666666 0.1111111111111111 0.125 0.7142857142857142 0.1111111111111111 0.09999999999999998 1.0 0.8 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
R 0.27027027027027023 0.6666666666666667 0.9111389236545682 0.9765100671140939 0.43529411764705883 0.33684210526315783 1.0 0.5555555555555556 0.49999999999999994 0.6451206296367923 0.5441323692992215 0.19342580277408328 0.09792085848423875 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.4545454545454546 0.2 0.0 0.5 0.3333333333333333 0.2 0.6666666666666666 0.1111111111111111 0.125 0.7142857142857142 0.1111111111111111 0.09999999999999998 0.6666666666666666 0.4000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
F 0.9099099099099098 0.6862745098039215 0.9712140175219026 0.9731543624161073 0.49411764705882355 0.7052631578947368 0.3391739674593242 0.5555555555555556 0.5714285714285714 0.7755046493690242 0.5207771748643445 0.19152574577237322 0.09680304046501229 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1111111111111111 0.09090909090909094 0.0 0.33333333333333326 0.125 0.0 0.0 0.8333333333333333 0.3333333333333333 0.375 0.0 0.2222222222222222 0.9 0.0 0.20000000000000007 0.0 0.75 1.0 0.42857142857142855 0
E 0.2117117117117117 0.6666666666666667 0.6057571964956197 0.5067114093959731 1.0 0.0 0.05632040050062581 0.0 0.9285714285714286 0.954240396785096 0.37518663348738013 0.2124263727911838 0.08584842387659287 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666666 0.3333333333333333 0.2727272727272727 0.5 0.0 0.625 0.8888888888888888 0.09999999999999998 0.5 0.1111111111111111 0.375 0.5714285714285714 0.1111111111111111 0.09999999999999998 0.6666666666666666 0.4000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.2857142857142857 0
K 0.518018018018018 0.6666666666666667 0.8610763454317898 0.7348993288590604 0.6941176470588235 0.25263157894736843 0.8723404255319149 0.0 1.0 0.9084835410721536 0.647502102607233 0.22496674900247013 0.11245249273418285 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666666 0.1111111111111111 0.09090909090909094 0.09999999999999998 0.6666666666666666 0.25 0.1111111111111111 0.09999999999999998 0.3333333333333333 0.6666666666666666 0.625 0.2857142857142857 1.0 0.5 0.33333333333333326 0.20000000000000007 0.14285714285714285 1.0 0.30000000000000004 0.5714285714285714 0
I 1.0 1.0 0.8222778473091366 0.6241610738255033 0.5294117647058825 1.0 0.40675844806007505 0.5555555555555556 0.7857142857142856 0.6041772727966478 0.07586206896551725 0.1725251757552727 0.1330203442879499 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.0 0.0 0.0 0.3333333333333333 0.6666666666666666 0.875 0.0 0.4444444444444444 0.9 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5714285714285714 0
R 0.27027027027027023 0.6666666666666667 0.9111389236545682 0.9765100671140939 0.43529411764705883 0.33684210526315783 1.0 0.0 0.9285714285714286 0.7446060021245088 0.5770300333704116 0.19627588827664832 0.09993293091884639 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666666 0.7777777777777777 0.36363636363636365 0.30000000000000004 0.0 0.625 0.3333333333333333 0.2 0.5 0.1111111111111111 0.125 1.0 0.1111111111111111 0.09999999999999998 0.6666666666666666 0.4000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
E 0.2117117117117117 0.6666666666666667 0.6057571964956197 0.5067114093959731 1.0 0.0 0.05632040050062581 0.1111111111111111 0.7857142857142856 0.7886878953528588 0.579452541770352 0.1862055861675851 0.11312318354571874 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666666 0.4444444444444444 0.36363636363636365 0.5 0.33333333333333326 0.5 0.7777777777777777 0.2 0.5 0.1111111111111111 0.125 0.8571428571428571 0.1111111111111111 0.09999999999999998 1.0 0.8 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
Y 0.8468468468468467 0.6862745098039215 1.0 1.0 0.18823529411764706 0.7368421052631577 0.3617021276595745 0.3333333333333333 0.7142857142857142 0.5029081013157007 0.4277415346380864 0.20596617898536962 0.13570310753409343 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666663 0.7777777777777777 0.875 0.0 0.5555555555555556 0.6000000000000001 0.33333333333333326 0.0 0.14285714285714285 0.375 0.5 0.7142857142857142 0
N 0.02702702702702702 0.7450980392156863 0.493116395494368 0.44966442953020136 0.3058823529411765 0.09473684210526312 0.330413016270338 0.2222222222222222 0.7142857142857142 0.6125250306712163 0.4135295409620031 0.17081512445373365 0.12586630896490048 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2222222222222222 1.0 0.5 0.33333333333333326 0.375 0.2222222222222222 0.30000000000000004 0.6666666666666666 0.0 0.0 0.42857142857142855 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.6000000000000001 0.2857142857142857 0.0 0.09999999999999998 0.14285714285714285 0
E 0.2117117117117117 0.6666666666666667 0.6057571964956197 0.5067114093959731 1.0 0.0 0.05632040050062581 0.1111111111111111 0.7857142857142856 0.8610129585355807 0.7176324209029507 0.20045601368041047 0.09434384082271405 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2222222222222222 0.36363636363636365 0.9 0.0 0.5 0.7777777777777777 0.2 0.5 0.0 0.0 0.42857142857142855 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.6000000000000001 0.14285714285714285 0.0 0.09999999999999998 0.14285714285714285 0
A 0.27477477477477474 0.5098039215686274 0.2040050062578223 0.15436241610738255 0.8588235294117648 0.2947368421052632 0.40425531914893625 0.1111111111111111 0.7857142857142856 0.8950056994025385 0.5162003903708523 0.2128063841915258 0.11714732841493403 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.1111111111111111 0.2727272727272727 0.2 1.0 0.25 0.2222222222222222 0.7000000000000001 0.3333333333333333 0.2222222222222222 0.25 0.2857142857142857 0.1111111111111111 0.09999999999999998 1.0 1.0 0.2857142857142857 0.125 0.2 0.42857142857142855 0
L 0.6891891891891891 0.9607843137254901 0.8222778473091366 0.6241610738255033 0.6823529411764706 0.7473684210526315 0.40175219023779735 0.1111111111111111 0.7142857142857142 0.9820907766309365 0.5096299411269974 0.20615618468554062 0.09479096803040464 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.125 0.0 0.0 0.16666666666666663 0.5555555555555556 1.0 0.0 0.5555555555555556 0.4 0.33333333333333326 0.0 0.14285714285714285 0.25 0.30000000000000004 0.7142857142857142 0
E 0.2117117117117117 0.6666666666666667 0.6057571964956197 0.5067114093959731 1.0 0.0 0.05632040050062581 0.1111111111111111 0.6428571428571428 0.7915587501928608 0.5313899751155351 0.21071632148964475 0.11334674714956403 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666666 0.3333333333333333 0.36363636363636365 0.6000000000000001 0.0 0.625 0.8888888888888888 0.2 0.6666666666666666 0.0 0.125 0.5714285714285714 0.1111111111111111 0.0 1.0 0.6000000000000001 0.14285714285714285 0.125 0.2 0.14285714285714285 0
L 0.6891891891891891 0.9607843137254901 0.8222778473091366 0.6241610738255033 0.6823529411764706 0.7473684210526315 0.40175219023779735 0.3333333333333333 0.42857142857142855 0.8699882132974325 0.4456686291000842 0.23066692000760028 0.0816007154035323 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.0 0.0 0.0 0.16666666666666663 0.5555555555555556 1.0 0.0 0.5555555555555556 0.5 0.33333333333333326 0.0 0.0 0.25 0.30000000000000004 0.7142857142857142 0
K 0.518018018018018 0.6666666666666667 0.8610763454317898 0.7348993288590604 0.6941176470588235 0.25263157894736843 0.8723404255319149 0.0 0.5714285714285714 0.8747249797378288 0.7270984020185031 0.19703591107733237 0.09479096803040464 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3333333333333333 0.4444444444444444 0.36363636363636365 0.30000000000000004 0.6666666666666666 0.5 0.3333333333333333 0.30000000000000004 0.5 0.2222222222222222 0.5 0.8571428571428571 0.4444444444444444 0.2 1.0 0.8 0.2857142857142857 0.125 0.2 0.42857142857142855 1
D 0.2072072072072072 0.7450980392156863 0.40175219023779735 0.3523489932885906 0.48235294117647065 0.18947368421052624 0.0 0.0 0.49999999999999994 0.6108288105124712 0.7711867992384177 0.1911457343720312 0.1553767046724793 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2222222222222222 0.4545454545454546 1.0 0.0 0.375 0.6666666666666666 0.2 0.5 0.0 0.0 0.42857142857142855 0.0 0.0 0.6666666666666666 0.6000000000000001 0.14285714285714285 0.0 0.09999999999999998 0.14285714285714285 1
A 0.27477477477477474 0.5098039215686274 0.2040050062578223 0.15436241610738255 0.8588235294117648 0.2947368421052632 0.40425531914893625 0.1111111111111111 0.35714285714285715 0.961963759257712 0.49420949902407296 0.1506745202356071 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.8333333333333333 0.2222222222222222 0.4545454545454546 0.30000000000000004 1.0 0.25 0.2222222222222222 0.6000000000000001 0.5 0.2222222222222222 0.25 0.2857142857142857 0.2222222222222222 0.09999999999999998 1.0 1.0 0.2857142857142857 0.125 0.2 0.42857142857142855 1
Q 0.0 0.6666666666666667 0.6683354192740927 0.6040268456375839 0.5999999999999999 0.4736842105263157 0.3604505632040051 0.1111111111111111 0.35714285714285715 0.961963759257712 0.8822709857192618 0.14915447463423906 0.9999999999999999 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.16666666666666666 0.5555555555555556 0.36363636363636365 0.30000000000000004 0.33333333333333326 1.0 0.5555555555555556 0.2 1.0 0.1111111111111111 0.25 0.8571428571428571 0.2222222222222222 0.09999999999999998 1.0 0.6000000000000001 0.14285714285714285 0.25 0.30000000000000004 0.14285714285714285 1
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment