Удаление всех диалогов кроме бесед и сообществ. Вставить в https://vk.com/dev/execute и выполнить несколько раз.

deleteConversations_vk_execute.js

var messages = API.messages.getConversations({"count":200});
var i=-1;
var d=0;
var ids=[];
var peer_id=0;
while(i<200) {
	i=i+1;
	peer_id = messages.items[i].conversation.peer.id;
	if(peer_id > 0 && peer_id < 2000000000) {
		if(d<=23) {
			if(API.messages.deleteConversation({"peer_id":peer_id})) {
				ids.push(peer_id);
				d=d+1;
			}
		}
	}
}
return {"deleted":d, "ids":ids};