Japanese index (using LuaLaTeX and Mendex)

jgind.ist

%% jgind.ist written by Hironobu Yamashita (@aminophen)

% to customize this, please refer to
% mendex.1 (or, mendex.man1.pdf).

%% enable letter header.
lethead_flag  1

%% print letter header in Hiragana
%% (default = 1: Katakana)
letter_head   2

% eof

ltjindex.tex

%% ltjindex.tex written by Hironobu Yamashita (@aminophen)

\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\begin{document}

免疫\index{めんえき@免疫}とは，例外をおそれずにいえば，体内に入ってきた細菌や
ウィルス（非自己\index{ひじこ@非自己}\footnote{抗原\index{こうげん@抗原}と総称される。}）
といった自己にとって危険な要素を徹底的に排除しようと試みる際に，脳以上に主導権を握っている
生体防御機構\index{せいたいぼうぎょきこう@生体防御機構}である。

\printindex

\end{document}

How to typeset this:

$ lualatex ltjindex
$ mendex -U -s jgind.ist ltjindex
$ lualatex ltjindex

The output index:

Note that Kanji characters are sorted according to its reading.

Here is my ltjindex.ind, which can be obtained from the method above:

\begin{theindex}
こ
  \item 抗原, 1

  \indexspace
せ
  \item 生体防御機構, 1

  \indexspace
ひ
  \item 非自己, 1

  \indexspace
め
  \item 免疫, 1

\end{theindex}

Origin of this: TeX.SX.