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@cswinter

cswinter/clickhouse-cold-query-ssd

Created Aug 12, 2018
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clickhouse-cold-query-ssd
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➜ ~ uname -a
Linux Archon 4.4.0-66-generic #87-Ubuntu SMP Fri Mar 3 15:29:05 UTC 2017 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
➜ ~ sudo lshw -class disk -class storage
[sudo] password for clemens:
*-storage
description: SATA controller
product: ASM1062 Serial ATA Controller
vendor: ASMedia Technology Inc.
physical id: 0
bus info: pci@0000:06:00.0
version: 02
width: 32 bits
clock: 33MHz
capabilities: storage msi pm pciexpress ahci_1.0 bus_master cap_list
configuration: driver=ahci latency=0
resources: irq:43 ioport:d050(size=8) ioport:d040(size=4) ioport:d030(size=8) ioport:d020(size=4) ioport:d000(size=32) memory:fb200000-fb2001ff
*-storage
description: SATA controller
product: C610/X99 series chipset 6-Port SATA Controller [AHCI mode]
vendor: Intel Corporation
physical id: 1f.2
bus info: pci@0000:00:1f.2
version: 05
width: 32 bits
clock: 66MHz
capabilities: storage msi pm ahci_1.0 bus_master cap_list
configuration: driver=ahci latency=0
resources: irq:42 ioport:f070(size=8) ioport:f060(size=4) ioport:f050(size=8) ioport:f040(size=4) ioport:f000(size=32) memory:fb336000-fb3367ff
*-scsi:0
physical id: 1
logical name: scsi0
capabilities: emulated
*-disk
description: ATA Disk
product: Crucial_CT512MX1
physical id: 0.0.0
bus info: scsi@0:0.0.0
logical name: /dev/sda
version: MU01
serial: 14340CFD629E
size: 476GiB (512GB)
capabilities: gpt-1.00 partitioned partitioned:gpt
configuration: ansiversion=5 guid=75bae818-9153-47eb-9cee-c01f70c5c42b logicalsectorsize=512 sectorsize=4096
*-scsi:1
physical id: 2
logical name: scsi1
capabilities: emulated
*-disk
description: ATA Disk
product: Crucial_CT512MX1
physical id: 0.0.0
bus info: scsi@1:0.0.0
logical name: /dev/sdb
version: MU01
serial: 14330CF93238
size: 476GiB (512GB)
capabilities: gpt-1.00 partitioned partitioned:gpt
configuration: ansiversion=5 guid=b3e05cb9-ac11-46b2-a41b-5cf4164bcb34 logicalsectorsize=512 sectorsize=4096
*-scsi:2
physical id: 3
logical name: scsi2
capabilities: emulated
*-disk
description: ATA Disk
product: ST2000DM006-2DM1
vendor: Seagate
physical id: 0.0.0
bus info: scsi@2:0.0.0
logical name: /dev/sdc
version: CC26
serial: Z4Z83385
size: 1863GiB (2TB)
capabilities: gpt-1.00 partitioned partitioned:gpt
configuration: ansiversion=5 guid=86fe1a86-58ce-448b-bb84-1461f00ab21f logicalsectorsize=512 sectorsize=4096
*-scsi:3
physical id: 4
logical name: scsi3
capabilities: emulated
*-disk
description: ATA Disk
product: ST2000DM006-2DM1
vendor: Seagate
physical id: 0.0.0
bus info: scsi@3:0.0.0
logical name: /dev/sdd
version: CC26
serial: Z4ZB7EV9
size: 1863GiB (2TB)
capabilities: gpt-1.00 partitioned partitioned:gpt
configuration: ansiversion=5 guid=fa606d24-f1b6-4661-ab08-41e3bae03746 logicalsectorsize=512 sectorsize=4096
➜ ~ dstat
You did not select any stats, using -cdngy by default.
----total-cpu-usage---- -dsk/total- -net/total- ---paging-- ---system--
usr sys idl wai hiq siq| read writ| recv send| in out | int csw
12 1 70 17 0 0| 42M 75M| 0 0 | 23k 70k|3548 4683
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 152 206
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 139 194
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 150 176
0 0 100 0 0 0| 0 36k| 309B 0 | 0 0 | 153 203
0 0 100 0 0 0| 0 32k| 309B 0 | 0 0 | 142 164
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 156 182
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 139 158
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 137 154
0 0 100 0 0 0| 0 0 |2101B 0 | 0 0 | 155 191
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 399B 0 | 0 0 | 156 196
0 0 100 0 0 0| 0 4096B| 309B 0 | 0 0 | 169 183
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 151 168
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 162 186
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 0 0 | 0 0 | 166 207
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 618B 0 | 0 0 | 137 157
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 156 170
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 131 144
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 158 180
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 146 171
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 140 170
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 184 218
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 154 206
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 158 182
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 163 193
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 139 156
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 164 172
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 137 156
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 145 156
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 151 179
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 163 186
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 135 144
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 133 200
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 160 180 q
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 161 219
0 0 100 0 0 0| 0 0 | 309B 0 | 0 0 | 155 270 ^C
➜ ~ sudo service clickhouse-server status
● clickhouse-server.service - ClickHouse Server (analytic DBMS for big data)
Loaded: loaded (/etc/systemd/system/clickhouse-server.service; enabled; vendor preset: enabled)
Active: active (running) since Sat 2018-08-04 15:49:57 PDT; 3min 35s ago
Process: 7022 ExecStartPre=/bin/chown clickhouse:clickhouse -R /etc/clickhouse-server (code=exited, status=0/S
Process: 7019 ExecStartPre=/usr/bin/chown clickhouse:clickhouse -R /etc/clickhouse-server (code=exited, status
Main PID: 7027 (clickhouse-serv)
CGroup: /system.slice/clickhouse-server.service
└─7027 /usr/bin/clickhouse-server --config=/etc/clickhouse-server/config.xml
Aug 04 15:49:57 Archon systemd[1]: Starting ClickHouse Server (analytic DBMS for big data)...
Aug 04 15:49:57 Archon systemd[1]: Started ClickHouse Server (analytic DBMS for big data).
Aug 04 15:49:57 Archon clickhouse-server[7027]: Include not found: clickhouse_remote_servers
Aug 04 15:49:57 Archon clickhouse-server[7027]: Include not found: clickhouse_compression
Aug 04 15:49:58 Archon clickhouse-server[7027]: Logging trace to /var/log/clickhouse-server/clickhouse-server.lo
Aug 04 15:49:58 Archon clickhouse-server[7027]: Logging errors to /var/log/clickhouse-server/clickhouse-server.e
Aug 04 15:49:58 Archon clickhouse-server[7027]: Include not found: networks
Aug 04 15:49:58 Archon clickhouse-server[7027]: Include not found: networks
Aug 04 15:50:01 Archon clickhouse-server[7027]: Include not found: clickhouse_remote_servers
Aug 04 15:50:01 Archon clickhouse-server[7027]: Include not found: clickhouse_compression
➜ ~ cat /etc/clickhouse-server/config.xml
<?xml version="1.0"?>
<yandex>
<logger>
<!-- Possible levels: https://github.com/pocoproject/poco/blob/develop/Foundation/include/Poco/Logger.h#L105 -->
<level>trace</level>
<log>/var/log/clickhouse-server/clickhouse-server.log</log>
<errorlog>/var/log/clickhouse-server/clickhouse-server.err.log</errorlog>
<size>1000M</size>
<count>10</count>
<!-- <console>1</console> --> <!-- Default behavior is autodetection (log to console if not daemon mode and is tty) -->
</logger>
<!--display_name>production</display_name--> <!-- It is the name that will be shown in the client -->
<http_port>8123</http_port>
<tcp_port>9000</tcp_port>
<!-- For HTTPS and SSL over native protocol. -->
<!--
<https_port>8443</https_port>
<tcp_port_secure>9440</tcp_port_secure>
-->
<!-- Used with https_port and tcp_port_secure. Full ssl options list: https://github.com/ClickHouse-Extras/poco/blob/master/NetSSL_OpenSSL/include/Poco/Net/SSLManager.h#L71 -->
<openSSL>
<server> <!-- Used for https server AND secure tcp port -->
<!-- openssl req -subj "/CN=localhost" -new -newkey rsa:2048 -days 365 -nodes -x509 -keyout /etc/clickhouse-server/server.key -out /etc/clickhouse-server/server.crt -->
<certificateFile>/etc/clickhouse-server/server.crt</certificateFile>
<privateKeyFile>/etc/clickhouse-server/server.key</privateKeyFile>
<!-- openssl dhparam -out /etc/clickhouse-server/dhparam.pem 4096 -->
<dhParamsFile>/etc/clickhouse-server/dhparam.pem</dhParamsFile>
<verificationMode>none</verificationMode>
<loadDefaultCAFile>true</loadDefaultCAFile>
<cacheSessions>true</cacheSessions>
<disableProtocols>sslv2,sslv3</disableProtocols>
<preferServerCiphers>true</preferServerCiphers>
</server>
<client> <!-- Used for connecting to https dictionary source -->
<loadDefaultCAFile>true</loadDefaultCAFile>
<cacheSessions>true</cacheSessions>
<disableProtocols>sslv2,sslv3</disableProtocols>
<preferServerCiphers>true</preferServerCiphers>
<!-- Use for self-signed: <verificationMode>none</verificationMode> -->
<invalidCertificateHandler>
<!-- Use for self-signed: <name>AcceptCertificateHandler</name> -->
<name>RejectCertificateHandler</name>
</invalidCertificateHandler>
</client>
</openSSL>
<!-- Default root page on http[s] server. For example load UI from https://tabix.io/ when opening http://localhost:8123 -->
<!--
<http_server_default_response><![CDATA[<html ng-app="SMI2"><head><base href="http://ui.tabix.io/"></head><body><div ui-view="" class="content-ui"></div><script src="http://loader.tabix.io/master.js"></script></body></html>]]></http_server_default_response>
-->
<!-- Port for communication between replicas. Used for data exchange. -->
<interserver_http_port>9009</interserver_http_port>
<!-- Hostname that is used by other replicas to request this server.
If not specified, than it is determined analoguous to 'hostname -f' command.
This setting could be used to switch replication to another network interface.
-->
<!--
<interserver_http_host>example.yandex.ru</interserver_http_host>
-->
<!-- Listen specified host. use :: (wildcard IPv6 address), if you want to accept connections both with IPv4 and IPv6 from everywhere. -->
<!-- <listen_host>::</listen_host> -->
<!-- Same for hosts with disabled ipv6: -->
<!-- <listen_host>0.0.0.0</listen_host> -->
<!-- Default values - try listen localhost on ipv4 and ipv6: -->
<!--
<listen_host>::1</listen_host>
<listen_host>127.0.0.1</listen_host>
-->
<!-- Don't exit if ipv6 or ipv4 unavailable, but listen_host with this protocol specified -->
<!-- <listen_try>0</listen_try> -->
<!-- Allow listen on same address:port -->
<!-- <listen_reuse_port>0</listen_reuse_port> -->
<!-- <listen_backlog>64</listen_backlog> -->
<max_connections>4096</max_connections>
<keep_alive_timeout>3</keep_alive_timeout>
<!-- Maximum number of concurrent queries. -->
<max_concurrent_queries>100</max_concurrent_queries>
<!-- Set limit on number of open files (default: maximum). This setting makes sense on Mac OS X because getrlimit() fails to retrieve
correct maximum value. -->
<!-- <max_open_files>262144</max_open_files> -->
<!-- Size of cache of uncompressed blocks of data, used in tables of MergeTree family.
In bytes. Cache is single for server. Memory is allocated only on demand.
Cache is used when 'use_uncompressed_cache' user setting turned on (off by default).
Uncompressed cache is advantageous only for very short queries and in rare cases.
-->
<uncompressed_cache_size>8589934592</uncompressed_cache_size>
<!-- Approximate size of mark cache, used in tables of MergeTree family.
In bytes. Cache is single for server. Memory is allocated only on demand.
You should not lower this value.
-->
<mark_cache_size>5368709120</mark_cache_size>
<!-- Path to data directory, with trailing slash. -->
<path>/var/lib/clickhouse/</path>
<!-- Path to temporary data for processing hard queries. -->
<tmp_path>/var/lib/clickhouse/tmp/</tmp_path>
<!-- Directory with user provided files that are accessible by 'file' table function. -->
<user_files_path>/var/lib/clickhouse/user_files/</user_files_path>
<!-- Path to configuration file with users, access rights, profiles of settings, quotas. -->
<users_config>users.xml</users_config>
<!-- Default profile of settings. -->
<default_profile>default</default_profile>
<!-- System profile of settings. This settings are used by internal processes (Buffer storage, Distibuted DDL worker and so on). -->
<!-- <system_profile>default</system_profile> -->
<!-- Default database. -->
<default_database>default</default_database>
<!-- Server time zone could be set here.
Time zone is used when converting between String and DateTime types,
when printing DateTime in text formats and parsing DateTime from text,
it is used in date and time related functions, if specific time zone was not passed as an argument.
Time zone is specified as identifier from IANA time zone database, like UTC or Africa/Abidjan.
If not specified, system time zone at server startup is used.
Please note, that server could display time zone alias instead of specified name.
Example: W-SU is an alias for Europe/Moscow and Zulu is an alias for UTC.
-->
<!-- <timezone>Europe/Moscow</timezone> -->
<!-- You can specify umask here (see "man umask"). Server will apply it on startup.
Number is always parsed as octal. Default umask is 027 (other users cannot read logs, data files, etc; group can only read).
-->
<!-- <umask>022</umask> -->
<!-- Configuration of clusters that could be used in Distributed tables.
https://clickhouse.yandex/docs/en/table_engines/distributed/
-->
<remote_servers incl="clickhouse_remote_servers" >
<!-- Test only shard config for testing distributed storage -->
<test_shard_localhost>
<shard>
<replica>
<host>localhost</host>
<port>9000</port>
</replica>
</shard>
</test_shard_localhost>
<test_shard_localhost_secure>
<shard>
<replica>
<host>localhost</host>
<port>9440</port>
<secure>1</secure>
</replica>
</shard>
</test_shard_localhost_secure>
</remote_servers>
<!-- If element has 'incl' attribute, then for it's value will be used corresponding substitution from another file.
By default, path to file with substitutions is /etc/metrika.xml. It could be changed in config in 'include_from' element.
Values for substitutions are specified in /yandex/name_of_substitution elements in that file.
-->
<!-- ZooKeeper is used to store metadata about replicas, when using Replicated tables.
Optional. If you don't use replicated tables, you could omit that.
See https://clickhouse.yandex/docs/en/table_engines/replication/
-->
<zookeeper incl="zookeeper-servers" optional="true" />
<!-- Substitutions for parameters of replicated tables.
Optional. If you don't use replicated tables, you could omit that.
See https://clickhouse.yandex/docs/en/table_engines/replication/#creating-replicated-tables
-->
<macros incl="macros" optional="true" />
<!-- Reloading interval for embedded dictionaries, in seconds. Default: 3600. -->
<builtin_dictionaries_reload_interval>3600</builtin_dictionaries_reload_interval>
<!-- Maximum session timeout, in seconds. Default: 3600. -->
<max_session_timeout>3600</max_session_timeout>
<!-- Default session timeout, in seconds. Default: 60. -->
<default_session_timeout>60</default_session_timeout>
<!-- Sending data to Graphite for monitoring. Several sections can be defined. -->
<!--
interval - send every X second
root_path - prefix for keys
hostname_in_path - append hostname to root_path (default = true)
metrics - send data from table system.metrics
events - send data from table system.events
asynchronous_metrics - send data from table system.asynchronous_metrics
-->
<!--
<graphite>
<host>localhost</host>
<port>42000</port>
<timeout>0.1</timeout>
<interval>60</interval>
<root_path>one_min</root_path>
<hostname_in_path>true</hostname_in_path>
<metrics>true</metrics>
<events>true</events>
<asynchronous_metrics>true</asynchronous_metrics>
</graphite>
<graphite>
<host>localhost</host>
<port>42000</port>
<timeout>0.1</timeout>
<interval>1</interval>
<root_path>one_sec</root_path>
<metrics>true</metrics>
<events>true</events>
<asynchronous_metrics>false</asynchronous_metrics>
</graphite>
-->
<!-- Query log. Used only for queries with setting log_queries = 1. -->
<query_log>
<!-- What table to insert data. If table is not exist, it will be created.
When query log structure is changed after system update,
then old table will be renamed and new table will be created automatically.
-->
<database>system</database>
<table>query_log</table>
<!--
PARTITION BY expr https://clickhouse.yandex/docs/en/table_engines/custom_partitioning_key/
Example:
event_date
toMonday(event_date)
toYYYYMM(event_date)
toStartOfHour(event_time)
-->
<partition_by>toYYYYMM(event_date)</partition_by>
<!-- Interval of flushing data. -->
<flush_interval_milliseconds>7500</flush_interval_milliseconds>
</query_log>
<!-- Uncomment if use part_log
<part_log>
<database>system</database>
<table>part_log</table>
<flush_interval_milliseconds>7500</flush_interval_milliseconds>
</part_log>
-->
<!-- Parameters for embedded dictionaries, used in Yandex.Metrica.
See https://clickhouse.yandex/docs/en/dicts/internal_dicts/
-->
<!-- Path to file with region hierarchy. -->
<!-- <path_to_regions_hierarchy_file>/opt/geo/regions_hierarchy.txt</path_to_regions_hierarchy_file> -->
<!-- Path to directory with files containing names of regions -->
<!-- <path_to_regions_names_files>/opt/geo/</path_to_regions_names_files> -->
<!-- Configuration of external dictionaries. See:
https://clickhouse.yandex/docs/en/dicts/external_dicts/
-->
<dictionaries_config>*_dictionary.xml</dictionaries_config>
<!-- Uncomment if you want data to be compressed 30-100% better.
Don't do that if you just started using ClickHouse.
-->
<compression incl="clickhouse_compression">
<!--
<!- - Set of variants. Checked in order. Last matching case wins. If nothing matches, lz4 will be used. - ->
<case>
<!- - Conditions. All must be satisfied. Some conditions may be omitted. - ->
<min_part_size>10000000000</min_part_size> <!- - Min part size in bytes. - ->
<min_part_size_ratio>0.01</min_part_size_ratio> <!- - Min size of part relative to whole table size. - ->
<!- - What compression method to use. - ->
<method>zstd</method>
</case>
-->
</compression>
<!-- Allow to execute distributed DDL queries (CREATE, DROP, ALTER, RENAME) on cluster.
Works only if ZooKeeper is enabled. Comment it if such functionality isn't required. -->
<distributed_ddl>
<!-- Path in ZooKeeper to queue with DDL queries -->
<path>/clickhouse/task_queue/ddl</path>
<!-- Settings from this profile will be used to execute DDL queries -->
<!-- <profile>default</profile> -->
</distributed_ddl>
<!-- Settings to fine tune MergeTree tables. See documentation in source code, in MergeTreeSettings.h -->
<!--
<merge_tree>
<max_suspicious_broken_parts>5</max_suspicious_broken_parts>
</merge_tree>
-->
<!-- Protection from accidental DROP.
If size of a MergeTree table is greater than max_table_size_to_drop (in bytes) than table could not be dropped with any DROP query.
If you want do delete one table and don't want to restart clickhouse-server, you could create special file <clickhouse-path>/flags/force_drop_table and make DROP once.
By default max_table_size_to_drop is 50GB, max_table_size_to_drop=0 allows to DROP any tables.
Uncomment to disable protection.
-->
<!-- <max_table_size_to_drop>0</max_table_size_to_drop> -->
<!-- Example of parameters for GraphiteMergeTree table engine -->
<graphite_rollup_example>
<pattern>
<regexp>click_cost</regexp>
<function>any</function>
<retention>
<age>0</age>
<precision>3600</precision>
</retention>
<retention>
<age>86400</age>
<precision>60</precision>
</retention>
</pattern>
<default>
<function>max</function>
<retention>
<age>0</age>
<precision>60</precision>
</retention>
<retention>
<age>3600</age>
<precision>300</precision>
</retention>
<retention>
<age>86400</age>
<precision>3600</precision>
</retention>
</default>
</graphite_rollup_example>
<!-- Directory in <clickhouse-path> containing schema files for various input formats.
The directory will be created if it doesn't exist.
-->
<format_schema_path>/var/lib/clickhouse/format_schemas/</format_schema_path>
<!-- Uncomment to disable ClickHouse internal DNS caching. -->
<!-- <disable_internal_dns_cache>1</disable_internal_dns_cache> -->
</yandex>
➜ ~ cat drop_caches.sh
cat: drop_caches.sh: No such file or directory
➜ ~ cd nyc-benchmarks/nyc-clickhouse
➜ nyc-clickhouse cat drop_caches.sh
#!/bin/bash
sudo service clickhouse-server stop
sudo sh -c "sync; echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches"
sudo service clickhouse-server start
➜ nyc-clickhouse free
total used free shared buff/cache available
Mem: 65843424 460912 63898652 4504 1483860 64797156
Swap: 16643068 234336 16408732
➜ nyc-clickhouse ./drop_caches.sh
➜ nyc-clickhouse free
total used free shared buff/cache available
Mem: 65843424 399240 64866564 4548 577620 64875504
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Archon :) Bye.
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Archon :) Bye.
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│ 6 │ 2003 │ 1 │
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│ 8 │ 2010 │ 1 │
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170 rows in set. Elapsed: 4.140 sec. Processed 1.46 billion rows, 4.39 GB (353.85 million rows/s., 1.06 GB/s.)
Archon :) Bye.
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Archon :) SELECT
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170 rows in set. Elapsed: 4.002 sec. Processed 1.46 billion rows, 4.39 GB (366.02 million rows/s., 1.10 GB/s.)
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➜ nyc-clickhouse clickhouse-client --max_threads=12 --max_memory_usage=60000000000
ClickHouse client version 1.1.54388.
Connecting to localhost:9000 as user default.
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SELECT
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└─────────────────┴──────┴───────────┘
170 rows in set. Elapsed: 4.228 sec. Processed 1.46 billion rows, 4.39 GB (346.42 million rows/s., 1.04 GB/s.)
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ClickHouse client version 1.1.54388.
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Archon :) SELECT
:-] passenger_count,
:-] toYear(pickup_date) AS year,
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:-] count(*)
:-] FROM trips_mergetree
:-] GROUP BY
:-] passenger_count,
:-] year,
:-] distance
SELECT
passenger_count,
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round(trip_distance) AS distance,
count(*)
FROM trips_mergetree
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year,
distance
┌─passenger_count─┬─year─┬──distance─┬──count()─┐
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