Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

  • Star 0 You must be signed in to star a gist
  • Fork 0 You must be signed in to fork a gist
Star You must be signed in to star a gist
Save hydrogo/08f3a0c7a7ed99ddceed to your computer and use it in GitHub Desktop.
Перевод статьи Джефа Лика (Jeff Leek)

Как написать свою первую научную статью

Перевод оригинального руководства Jeff Leek "Writing your first academic paper" с его страницы на github.

Если вы работаете в академической среде (а вы, по крайней мере пока вы работаете вместе с Джеффом, точно работаете там), то рано или поздно вам придется столкнуться с задачей написания научных статей. Это руководство создано специально для того, чтобы помочь вам на первом этапе работы над будущей статьей, поскольку поначалу этот процесс может покакзаться немного странным. Это руководство сосредоточено именно на написании вашей первой статьи в качестве первого автора ("first author article"), а не на совместных статьях, работа над которыми требуют бОльшего взимодействия и коммуникаций с другими группами.

Когда писать свою первую научную статью?

Как можно скорее! Целью аспирантуры является предоставление:

  • Свободы
  • Времени для исследования чего-то нового
  • Времени для глубокого изучения вопроса
  • Возможности для лидерства
  • Возможности сделать себе имя
    • Создание модулей R
    • Статьи
    • Блоги
  • Работы

Первые два года аспирантуры сконцентрированы на (1) необходимосьти научить вас всем техническим навыкам, которые вам могут понадобиться в работе и (2) как можно более быстром вбивании вам в голову с трудом полученных данных и знаний более опытных сотрудников.

После этого одной из главных целей должна быть установка вашей собственной программы исследований и повышения репутации. Для аспирантов следует особенно подчеркнуть тот факт, что всех будет заботить только то, что ты делаешь, а не то, какую степень ты при этом планируешь получить (result first!). Для примера предлагаю посмотреть прекрасное руководство от Шерри по подготовке резюме для академических позиций.

Ваш руководитель (имеется в виду Джефф Лиик - прим.пер.) твердо верит, что модули для языка R и записи в блоге являются такими же важными вещами, как и статьи, но основной сигнал для большинства членов академического сообщества до сих пор заключается в опубликованных рецензируемых статьях. Таким образом вы должны приступить к их написанию настолько рано, насколько это вообще возможно.

Даже если вы не собираетесь работать в академической сфере, статьи являются отличным способом показать то на что ты способен: (а) определить хороший проект, (б) закончить его, (в) хорошо написать о результатах. Одним из первых вопросов, который вы должны задать себе еще перед тем как приступить к работе, является "а над какой статьёй мы вообще будем работать?"

Что такое научная статья?

Каждую научную статью можно разбить на следующие части:

  • Методы
  • Описание данных
  • Результаты
  • Выводы

Когда вы (или кто-нибудь другой) пишет статью, основной целью является четко и хорошо поработать над пунктами 1-3, так как именно на их основе вы будете делать свои выводы (пункт 4). До того момента как делать какие-нибудь выводы, вам обязательно нужно завершить пункты 1-3. Это как раз то, откуда вы должны начать написание вашей статьи.

Как вы должны начать работу над статьей?

Первым делом вы должны обсудить проблему, над которой собираетесь работать со своим научным руководителем. Это может быть проблема, которую предложил ваш руководитель, а может быть и задачей, которая интересна только вам, или комбинацией двух. В идеальном случае ваш первый проект должен иметь следующие характеристики:

  • Быть цельным и конкретным
  • Решать научную задачу
  • Предоставлять вам возможность узнать что-то новое
  • Предоставлять вам чувство, что это ваша проблема
  • Быть таким, чтобы вы действительно хотели над ним работать

Нельзя недооценивать важность пунктов 4 и 5. Ваш научный руководитель может помочь вам найти и поставить проблему, но если вы сами не считаете это вашей личной проблемой и задачей, то написание первой статьи может существенно затянуться. Надеюсь, что вы сможете найти компромисс, при котором вам просто интересно работать до получения конечного решения, которое уже потом можно будет понять и объяснить, не особо волнуясь на счет того какой именно результат (хороши ли плохой) вы получили. Это случается не всегда, но если и случается - делает скучное, однообразное написание научных статей немного легче.

После того, как вы все-таки определили свою научную проблему, следующим шагом будет непосредственно начать ваше исследование. Я оставлю подробное описание этого процесса для другого руководства, основной же идеей здесь является простое следование основному процессу аналитики данных:

  1. Задайте себе основной вопрос вашего исследования.
  2. Получите данные, обработайте их.
  3. Исследуйте ваши данные.
  4. Постройте сами, либо позаимствуйте готовую модель.
  5. Произведите анализ.
  6. Проверьте и подвергните критике свои результаты.
  7. Напишите обо всем этом.

Самая сложная вещь при написании первой статьи заключается в определении того, когда и где закончить само исследование и начать уже писать статью.

Как узнать когда вы уже готовы начинать писать статью?

Иногда этот вопрос имеет совсем простой ответ. Если вы сразу начали работу с оцень цельной, конкретной задачи,то после того как вы сделали уже достаточно работы по анализу результатов, так чтобы самому быть довольным, тут и наступит время для ответа на поставленную перед вами задачу и, конечно если вам этот ответ покажется значимым или интересным, тут-то и наступит время для начала написания статьи.

Если результат не кажется вам интересным и новым, но вы точно знаете, что работали над четко поставленной задачей, это тоже время садиться писать статью. Правда часто бывает так, что опубликовать статью без "выдающихся" результатов является куда более сложной задачей - многие журналы имеют довольно жесткий фильтр на актуальность и значимость подаваемых авторами работ. Это нормально! Несмотря на то, что публикация статьи может занять большее время, является важным несмотря ни на что публиковать результаты, не оцениваемые как новые/актуальные. Я бы предпочел преодолеть некоторые трудности с публикацией результатов, которые вы считаете завершенными (и оправданными), чем заставлять вас тратить безумное количество времени на получение "выдающихся результатов", которое может впоследствии оказаться совершенно неоправданным.

Если в начале работы вы не смогли четко определить задачу, над которой будете работать, то ответ на вопрос "когда же мне начинать писать статью" будет более сложным. Основная идея здесь такая: если вы сами довольны своей работой, значит у вас есть результат, которым стоит поделиться. Обычно вас стоит последовательно двигаться от пункта 1 к пункту 5 (которые мы выделили ранее), следование им позволяет сделать связную работу без прерывания логики.

При работе над вашей первой статьей, вы будете получать достаточную обратную связь от своего научного руководителя, чтобы понять когда стоит закончить писать. Стоит отметить, что одной из самых главных вещей, которую вы должны получить в аспирантуре, является понимание ваших внутренних часов, которые вовремя скажут вам: "хватит, мы сделали уже достаточно, чтобы написать об этом". Я считаю, что это один из самых сложных для получения навыков, но если вы планируете оставаться в академической среде, то это, конечно, необходимый навык работы. Сроки написания научных статей почти всегда отсутствуют (только если вам не нужно написать статью к дедлайну конференции), в конечном итоге решение когда же все-таки начинать писать статью остается за вами. Если у вас нет хороших внутренних часов, подсказывающих вам когда стоит начинать и заканчивать определенные стадии научной работы, то это обстоятельство существенно ограничивает ваши возможности по публикации и продвижению результатов вашего исследования.

Важно держать у уме принцип "лучшее - враг хорошего", а также тот факт, что опубликованная в приличном журнале статья всегда лучше той, которую вы не смогли опубликовать из-за желания сразу попасть в лучший журнал.

Как (наконец уже) начать писать?

  1. Как только у вас будет набор результатов и готовность к написанию статьи, первой вещью будет отложить ее написание. Первое, что вы должны сделать - это создать 1-4 качественных иллюстрации (смотри Главу 10 тут). Покажите рисунки своего научному руководителю для получения его одобрения перед тем как вы начнете.
  2. Начните новый проект в Overleaf и пригласите в него вашего научного руководителя.
  3. Самыми простыми словами напишите короткую историю, в центре которой будут ваши иллюстрации. Далее опишите все возможные технические детали. Это ваш первый черновик.
  4. После создания первого черновика вернитесь к началу и добавьте все ссылки на литературные источники.
  5. Если вам требуется добавить какие-либо дополнительные технические детали, то сделайте это в приложении к статье.
  6. Перепишите ваш код так, чтобы его можно было легко воспроизвести (включая рисунки).

Из каких частей состоит научная статья?

Обычно, если вы приступаете к написанию своей первой статьи, она описывает статистический метод, разработанный вами для анализа какого-то определенного набора данных, но иногда это может быть и аналитическая статья.

Нельзя забывать, что большинство людей прочитает только название вашей статьи, какая-то малая часть из этих людей прочитает краткое содержание, еще меньше прочитают введение, и только избранные прочтут всю статью целиком. Поэтому убедитесь, что вы быстро доводите предложение до точки, сохраняя внимание читателя и пытаясь увести его все дальше в свою работу.

Методическая работа должна включать следующие части:

  1. Название: Должно быть как можно более коротким, если возможно, то без двоеточия. Должно отражать основной результат. Например, "Новый метод секвенирования данных, показывающий как лечить рак". На этом этапе вы должны убедиться в том, что люди прочитают вашу статью без переоценки результатов - сделать так нелегко.
  2. Краткое содержание: В идеале 4-5 предложений, объясняющих (а) какую проблему вы решали, (б) почему это должно волновать других, (в) как вы решили проблему, (г) какие результаты получили, (д) ссылка на разработанный софт, который реализует ваш метод.
  3. Введение: Более длинное (1-3 страницы) объяснение той проблемы, которую вы решали, почему вы это делали и как вы это делали. здесь вы также должны сделать обзор того, что другие успели сделать в этой области. Наиболее важной вещью является никогда не недооценивать того как мало людей знают или которым есть дело до того, над чем вы работаете. Это ваша работа - объяснить им почему они обязаны знать.
  4. Методы: Это самая мяготка методической статьи. Тут вы должны определить и объяснить вашу статистическую модель, какие параметры она имеет, как вы ее выбрали, а также сказать о плюсах и минусах предложенного вами подхода.
  5. Сравнения: Сравните предложенный вами метод с наиболее современными. Я полагаю, что это нужно делать с использованием модельных данных (где вы знаете правильный ответ) и данных, которые вы не сможете смоделировать (где вы не знаете правильный ответ). В этом нет ничего сложного, если ваша модель действительно работает так, как нужно.
  6. Пример анализа: Очень хорошо всегда иметь один реальный случай, сопровождающий ваше исследование от начала и до конца. Совсем идеально иметь под рукой такой случай, который указал вам на проблему и побудил вас броситься создавать метод ее решения.
  7. Выводы: Суммируйте все, что вы сделали и объясните почему то, что вы сделали, не утратит своей важности. Дайте ссылку на софт, использующий ваш метод и программный код, использованный вами для анализа результатов.
  8. Дополнительная информация: Иногда, в случае, когда у вас в работе было выполнено действительно много вычислений, экспериментов или просто различных статистических деталей, вы можете включить в приложение все детали, которые считаете необходимыми для понимания вашей работы. Насколько это возможно, постарайтесь включить детали в основной текст, но старайтесь при этом сохранять внятность изложения.

Объем статьи, главным образом, зависит от журнала, в который вы собираетесь подать статью. Обычно, чем короче и лаконичнее, тем лучше. Но хотя если вы нацелились на действительно крутой журнал (сперва спросите об этом вашего научного руководителя), будьте готовы включать в статью все детали самостоятельно. Это значит, что большинство статей будут состоять из 4-15 страниц, но вариации могут быть огромными.

Главное отличие в написании аналитической статьи состоит в том, что вы сперва представляете полученные вами результаты и аналитические выкладки, а описание методов и сравнений переносите в конец статьи (или в раздел дополнительной информации).

Работа с Джеффом (вашим научным руководителем)

Обычно, когда вы начинаете работу над своей первой статьей, вы должны сделать следующее:

  1. Вы пишете черновик статьи;
  2. Планируете время для рерайтинга статьи вместе с Джеффом (обычно 2-3 часа);
  3. Взяв за основу рерайт, пишите еще один черновик.
  4. Редактируете статью.
  5. Профит!

Первый черновик должен быть полным настолько, насколько вы думаете это вообще возможно. В идеале это то, что вы рассчитываете подать в журнал. Если до этого вы никогда не писали научную статью, вы можете считать ее еще незавершенной бесконечно. Вы не должны сильно заморачиваться по этому поводу и позволять этим мыслям вас тормозить. Ваша цель - написать первый черновик.

Этап рерайтинга статьи с Джеффом состоит из двух частей. Сперва мы должны привести нашу статью в вид, готовый для публикации. Не пугайтесь и не расстраивайтесь, если такая подготовка выльется в полное переписывание текста. Мой научный руководитель (и я тоже к этому склонен) перерабатывал написанный мной текст в первых двух статьях, пока я сам не научился. Теперь вторая стадия нашего этапа по совместному с научным руководителем написанию тексат - научиться как статья была написана и как нужно о ней думать в процессе написания.

Времени для совместной работы над статьей никогда не хватит на то, чтобы учесть все детали, поэтому нужно нужно уметь сосредотачиваться только на ключевых пунктах. После этого вы должны будете отредактировать статью так, чтобы учесть все доступные детали.

Наконец пришло время отдавать статью в редакцию! Обычно для этого нужна еще одна встреча с Джеффом для того, чтобы со всей внимательностью к деталям пройти порой очень заковыристый процесс отправки статьи в редакцию. Почти всегда мы одновременно отправляем статью в редакцию и на сервер препринтов типа biorxiv.

Все только начинается!

В тот момент, когда процесс отправки статьи в редакцию будет закончен, вы почувствуете громадное облегчение и испыиаете чувство глубокого удовлетворения. И будете правы!

Но на самом деле, для вас все только начинается. Публикация статьи также требует:

  1. Окончания работы над софтом и его распространение;
  2. Получение замечаний рецензентов и ответ на них;
  3. Переписывание статьи до того момента, пока она не будет принята.

Ваша статья была одобрена? Ура! Но даже на этом ваша работа не заканчивается. Наибольший профит от статьи (особенно по части методов) вы получаете уже после того, как она была написана. Вам было бы хорошо заниматься поддержкой разработанного софта, ответами на вопросы, исправлением возможных опечаток, таким образом продолжая поддержку сделанного вами исследования. И, конечно же, чувство удовлетворения от той прекрансой статьи, которую вам удалось опубликовать, должно окупать тот ворох сопутсвующей работы, которую вы проделали.

Работа над стилем

Научные статьи пишутся в определенном стиле. Лучший способ узнать как же пишутся научные статьи - это обложиться журналами, которые публикуют действительно хорошие статьи, такими как Biostatistics или Genome Biology и прочитать тонны интересных материалов.

Научитесь писать статьи в ясной и доступной форме. Всякий раз старайтесь писать на простом английском языке и преподносить используемый вами подход доступно и понятно. Это может (иногда) вызывать трудности в подаче статей в некоторые журналы. Но простой, четкий стиль написания статьи обычно ведет к более высоким показателям чтения/цитирования/влияния вашей статьи.

Я учился стилю, копируя манеру других. Есть много отличных ученых, манеру письма которых вы могли бы попробовать воспроизвести (например, John Storey, Nancy Reid, Shirley Liu, Brad Efron, и Robert May). Как и в случае с любым писательством, в науке так же работает право: чем больше ты пишешь, тем лучше это у тебя получается.

Для себя я также открыл приложение Hemmingway App, которое помогает поддерживать мои тексты четкими и ясными.

Вот еще парочка руководств, которые могут оказаться для вас полезными

  1. Руководство по рецензировани.
  2. Руководство по написанию софта
  3. Руководство по распространению данных

Похожие руководства от других людей

  1. Руководство от @jovo по написанию статей
  2. Руководство от zarlab по написанию методического раздела

Перевод на русский от @hydrogo

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment