Instalação do R, Rstudio-server, shiny-server, nginx, ssl e autenticação do usuário do shinyapp no Ubuntu 18.04.

R_rstudio_shiny_nginx_ssl_autenticacao.R

# Instalar o R

## Assegure-se de que o lsb-release está instalado:

apt-get update && apt-get install -y lsb-release && apt-get clean all

## Remova pacotes que já não são necessários

apt --autoremove

## Adicione o endereço do repositório do cran ao sources.list: 

sudo echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu `lsb_release -cs`-cran35/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list

## Adiciona a chave
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

  
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y r-base r-base-dev 

## Instalando Java
sudo apt-get install -y default-jre
sudo apt-get install -y default-jdk

## Atualiza onde o R deve encontra arquivos java.
sudo R CMD javareconf 

## Instalando Rjava
Rscript -e 'install.packages("Rjava")'

## Instala tesseract, caso você queira aplicar ocr e ler textos em imagens(pdf/png..)

sudo apt install libtesseract-dev libleptonica-dev
sudo apt-get install tesseract-ocr-eng
sudo apt-get install tesseract-ocr-por

## Instala o libpopler, caso você queira ler textos em pdf


sudo add-apt-repository -y ppa:cran/poppler
sudo apt update upgrade
sudo sudo apt-get install -y libpoppler-cpp-dev


## Instalando o rstudio-server
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.5033-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.5033-amd64.deb

## Instalando Tidyverse e companhia

sudo apt install libssl-dev
sudo apt install libcurl4-openssl-dev
sudo apt install libxml2-dev

Rscript -e 'install.packages(c("tidyverse,"xml2")'


## Instalando o Shiny-server
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-1.5.5.872-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.5.872-amd64.deb

# Aqui, geralmente comento (#) a linha do /etc/R/Renviron que especifica a biblioteca do usário,
## para que o usuário shiny possa usar os pacotes instalados por mim.


## Instalando o nginx
sudo apt-get update
sudo apt-get install nginx

## Configurando o SSL

## O certbot client automatiza todos os passos para aquisição de certificado ssl.

add-apt-repository ppa:certbot/certbot

apt-get update

## Instalar o certbot
apt-get install python-certbot-nginx

## Adicionar o ip ou domínio ao server_name

vim /etc/nginx/sites-available/default

## Verificar se está tudo ok

nginx -t

## Reiniciar o nginx

systemctl reload nginx

## Autorizar portas via ufw

ufw allow ssh ## Fazer isso antes de habilitar o firewall.

## Agora podemos habilitar o firewall

ufw enable

## Agora autorizar o ngnix-full, ou seja, portas 443 e 80.

ufw allow 'Nginx Full'

## Feito isto, se você tentar acessar o rstudio e o shiny, não será possível porque estas portas
## foram bloqueadas. O passo agora é emitir o certificado.

## O SSL encrypt não emite certificado para IP, somente para domínio.
## Vamos registrar um domínio

## Ir para o seguinte endereço, criar um domínio gratuito e apontar para o Digital Ocean

https://my.freenom.com/
  
## Criar um registro no Digital Ocean para o domínio e direcioná-lo para o ip

## Adicionar o domínio à configuração do Nginx  

nano /etc/nginx/sites-available/default
  
## Solicitar a certificação
certbot --nginx -d datathon.ml -d www.datathon.ml




## Adicionar o proxy-reverso para o rstudio e o shiny-server no seguinte arquivo:
vim /etc/nginx/sites-available/default
### isso deve ser adicionado em qualquer parte abaixo do html.index...
location /rstudio/ {
  proxy_pass http://127.0.0.1:8787/;
  proxy_http_version 1.1;
  proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
  proxy_set_header Connection "upgrade";
}

location /shiny/ {
      rewrite ^/shiny/(.*)$ /$1 break;
      proxy_pass http://127.0.0.1:3838/;
      proxy_redirect / $scheme://$http_host/shiny/;
      proxy_http_version 1.1;
      proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
      proxy_set_header Connection $connection_upgrade;
      proxy_read_timeout 20d;
      proxy_buffering off;
}
## adicionar 
location ~ /.well-known {
  allow all;
}


## Para que o nginx-server funcione, vc tem de adicionar a seguinte diretiva no arquivo `/etc/nginx/nginx.conf`

map $http_upgrade $connection_upgrade {
      default upgrade;
      ''      close;
    }

## Aumentando o tamanho máximo dos arquivos carregados
### O Rstudio permite que você faça upload de arquivos ou pastas zipadas por meio da aba upload. No entanto, o nginx
### limita o tamanho dos uploas a 100M. Se aumentar, acrescente a seguinte diretiva no arquivo `/etc/nginx/nginx.conf`

http {
    ...
    client_max_body_size 100M;
}  





## Segurança extra

sudo openssl dhparam -out /etc/ssl/certs/dhparam.pem 2048


## Cria usuários

useradd -m jose


passwd jose

addgroup usuarios

## Adiciona usuário ao grupo

usermod -a -G usuarios jose

sudo chown -R :usuarios /usr/local/lib/R/site-library

sudo chmod -R g+w /usr/local/lib/R/site-library

sudo chmod -R o-x /usr/local/lib/R/site-library

## Faça o mesmo com shiny

sudo chown -R :usuarios /srv/shiny-server

sudo chmod -R g+w /srv/shiny-server

sudo chmod -R o-x /srv/shiny-server




## Backup a configuração do nginx

sudo cp /etc/nginx/sites-available/default /etc/nginx/sites-available/default2

## Caso queira instalar o openblas, siga o seguinte tutorial:

https://csantill.github.io/RPerformanceWBLAS/