Esta funcion es la que lee el archivo de configuracion

gistfile1.sh

...
function checkConfig {
  echo -e " * Chequeanado archivos de configuracion..."
  if [ ! -f $CONFIGFILE ]; then
    echo -e "\t> `basename $CONFIGFILE`\t \033[0;31mNO\033[m"
    echo -e " * Debe ejecutar el script de instalacion para reparar la instalacion\n"
    exit -1
  else
    echo -e "\t> `basename $CONFIGFILE`\t \033[0;32mSI\033[m"
    echo " "
    for line in `cat "$CONFIGFILE"`; do
      export $line
    done
  fi
}
....

ese for, que lee linea por linea, lo puse asi, porque guarde en el archivo de conf:
VARIABLE=valor
VARIABLE2=valor

Probe tambien poner:
export VARIABLE=valor
export VARIABLE2=valor

y hacer directamente source $CONFIGFILE

lo que tenés que hacer es:

set -a
source $CONFIGFILE
set +a

y *borrar las líneas 11 a 13.