Created
July 20, 2018 02:00
Star
You must be signed in to star a gist
Plate Reader Ingest Demo
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
##BLOCKS= 8 | |
Note: | |
~End | |
Plate: Plate#1 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
22.20 0.0675 0.067 0.0701 0.256 0.3226 0.3276 0.0654 0.0646 0.0668 0.0644 0.0655 0.0705 | |
0.0771 0.0665 0.0739 0.0578 0.0724 0.061 0.0749 0.0703 0.0672 0.0739 0.0843 0.0808 | |
0.0878 0.0824 0.0853 0.0564 0.0637 0.0609 0.066 0.0594 0.0639 0.0624 0.0704 0.0671 | |
0.0815 0.0684 0.0739 0.0604 0.0729 0.06 0.0682 0.0601 0.0651 0.0608 0.0688 0.0626 | |
0.1321 0.1215 0.1385 0.0586 0.0687 0.0625 0.0656 0.0585 0.0645 0.0576 0.0699 0.0633 | |
0.1813 0.1796 0.1888 0.0622 0.0626 0.0635 0.0629 0.0576 0.0616 0.057 0.0664 0.062 | |
0.27 0.2692 0.2758 0.0591 0.0706 0.0647 0.0722 0.0624 0.0682 0.0644 0.069 0.0673 | |
0.4654 0.4494 0.5092 0.0577 0.0654 0.0665 0.0653 0.0643 0.0637 0.0646 0.0696 0.0728 | |
~End | |
Plate: Plate#2 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
26.60 0.0735 0.086 0.0709 0.0643 0.0645 0.0638 0.1344 0.1293 0.1306 0.0629 0.0652 0.0611 | |
0.0851 0.0741 0.0835 0.0745 0.0821 0.0759 0.0647 0.0615 0.0654 0.0618 0.0723 0.0606 | |
0.0894 0.0912 0.0887 0.0609 0.0625 0.0601 0.0612 0.0614 0.0631 0.0605 0.063 0.0587 | |
0.0919 0.0822 0.0926 0.0647 0.0699 0.0654 0.0694 0.0739 0.0684 0.0631 0.0648 0.0594 | |
0.1318 0.1272 0.1318 0.0641 0.0702 0.0624 0.0638 0.0622 0.0632 0.0626 0.0623 0.0576 | |
0.1808 0.1817 0.1837 0.0667 0.0687 0.0641 0.0822 0.0804 0.0819 0.0653 0.0669 0.0645 | |
0.2836 0.2777 0.285 0.0651 0.0728 0.066 0.0756 0.0688 0.0708 0.0672 0.0712 0.0653 | |
0.5644 0.5765 0.57 0.0721 0.0694 0.0686 0.0869 0.0863 0.08 0.07 0.0714 0.0687 | |
~End | |
Plate: Plate#3 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
23.00 0.0677 0.0673 0.0655 0.0694 0.0672 0.0654 0.1095 0.1098 0.113 0.0694 0.0686 0.0701 | |
0.0789 0.0658 0.0727 0.0724 0.0816 0.0715 0.1174 0.1126 0.118 0.1852 0.1967 0.1878 | |
0.0961 0.0858 0.0786 0.0646 0.0852 0.0692 0.0715 0.0695 0.0767 0.0709 0.064 0.0649 | |
0.0801 0.0729 0.08 0.0705 0.076 0.069 0.0819 0.0775 0.0873 0.1907 0.1816 0.1819 | |
0.132 0.1205 0.1232 0.0782 0.081 0.0751 0.1562 0.1564 0.1641 0.0597 0.0743 0.0597 | |
0.1846 0.174 0.1701 0.0668 0.0743 0.0658 0.077 0.0604 0.0689 0.0614 0.0635 0.0615 | |
0.2939 0.2757 0.2703 0.0674 0.0983 0.0686 0.0803 0.0694 0.0844 0.0716 0.0718 0.0694 | |
0.5075 0.5496 0.537 0.1566 0.1504 0.149 0.0972 0.097 0.0973 0.1226 0.1184 0.1158 | |
~End | |
Plate: Plate#4 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
26.60 0.0735 0.086 0.0709 0.0643 0.0645 0.0638 0.1344 0.1293 0.1306 0.0629 0.0652 0.0611 | |
0.0851 0.0741 0.0835 0.0745 0.0821 0.0759 0.0647 0.0615 0.0654 0.0618 0.0723 0.0606 | |
0.0894 0.0912 0.0887 0.0609 0.0625 0.0601 0.0612 0.0614 0.0631 0.0605 0.063 0.0587 | |
0.0919 0.0822 0.0926 0.0647 0.0699 0.0654 0.0694 0.0739 0.0684 0.0631 0.0648 0.0594 | |
0.1318 0.1272 0.1318 0.0641 0.0702 0.0624 0.0638 0.0622 0.0632 0.0626 0.0623 0.0576 | |
0.1808 0.1817 0.1837 0.0667 0.0687 0.0641 0.0822 0.0804 0.0819 0.0653 0.0669 0.0645 | |
0.2836 0.2777 0.285 0.0651 0.0728 0.066 0.0756 0.0688 0.0708 0.0672 0.0712 0.0653 | |
0.5644 0.5765 0.57 0.0721 0.0694 0.0686 0.0869 0.0863 0.08 0.07 0.0714 0.0687 | |
~End | |
Plate: Plate#5 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
27.60 0.0735 0.0781 0.0736 0.0644 0.0649 0.0655 0.0672 0.0683 0.0691 0.0677 0.0643 0.0659 | |
0.1025 0.0937 0.0912 0.0629 0.0677 0.0618 0.0692 0.0625 0.0624 0.064 0.0622 0.0621 | |
0.1042 0.0999 0.0986 0.0615 0.064 0.0599 0.0659 0.0579 0.066 0.0646 0.0612 0.063 | |
0.0945 0.0882 0.091 0.0639 0.0692 0.0635 0.0682 0.0587 0.0651 0.0624 0.0655 0.0607 | |
0.0394 0.1454 0.1485 0.0597 0.0589 0.0581 0.0634 0.0578 0.0646 0.0597 0.0614 0.0597 | |
0.2188 0.2187 0.2197 0.0593 0.0658 0.0594 0.0663 0.0566 0.0644 0.062 0.0655 0.0613 | |
0.0429 0.2594 0.2623 0.0607 0.0593 0.0594 0.0651 0.0583 0.0645 0.0591 0.07 0.0603 | |
0.0444 0.5456 0.5409 0.0688 0.0735 0.0695 0.0712 0.0696 0.0691 0.0691 0.0636 0.0644 | |
~End | |
Plate: Plate#6 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
27.70 0.0741 0.0695 0.0727 0.0624 0.0626 0.0634 0.0658 0.0656 0.0645 0.0645 0.0636 0.0633 | |
0.0835 0.0923 0.0956 0.0664 0.0734 0.0664 0.0634 0.0611 0.0643 0.0609 0.0662 0.0628 | |
0.0933 0.0933 0.0987 0.3647 0.3493 0.3611 0.0663 0.0633 0.0659 0.0981 0.103 0.0997 | |
0.0901 0.083 0.09 0.0682 0.0778 0.0684 0.0691 0.0609 0.0693 0.0827 0.0944 0.0822 | |
0.1279 0.1255 0.1385 0.062 0.069 0.0609 0.0653 0.0652 0.0621 0.0597 0.065 0.0598 | |
0.1625 0.1647 0.1666 0.0598 0.0605 0.0589 0.0604 0.0574 0.0606 0.0663 0.0674 0.0596 | |
0.2095 0.2192 0.2238 0.0619 0.0634 0.0597 0.0624 0.0575 0.0621 0.0602 0.0647 0.0607 | |
0.5125 0.5198 0.5353 0.0677 0.0664 0.0669 0.0593 0.0591 0.0626 0.0624 0.0662 0.0676 | |
~End | |
Plate: Plate#7 1.3 PlateFormat Endpoint Absorbance Raw FALSE 1 1 610 1 12 96 1 8 None | |
Temperature(�C) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | |
27.70 0.0741 0.0695 0.0727 0.0624 0.0626 0.0634 0.0658 0.0656 0.0645 0.0645 0.0636 0.0633 | |
0.0835 0.0923 0.0956 0.0664 0.0734 0.0664 0.0634 0.0611 0.0643 0.0609 0.0662 0.0628 | |
0.0933 0.0933 0.0987 0.3647 0.3493 0.3611 0.0663 0.0633 0.0659 0.0981 0.103 0.0997 | |
0.0901 0.083 0.09 0.0682 0.0778 0.0684 0.0691 0.0609 0.0693 0.0827 0.0944 0.0822 | |
0.1279 0.1255 0.1385 0.062 0.069 0.0609 0.0653 0.0652 0.0621 0.0597 0.065 0.0598 | |
0.1625 0.1647 0.1666 0.0598 0.0605 0.0589 0.0604 0.0574 0.0606 0.0663 0.0674 0.0596 | |
0.2095 0.2192 0.2238 0.0619 0.0634 0.0597 0.0624 0.0575 0.0621 0.0602 0.0647 0.0607 | |
0.5125 0.5198 0.5353 0.0677 0.0664 0.0669 0.0593 0.0591 0.0626 0.0624 0.0662 0.0676 | |
~End | |
Original Filename: Ammonium_2018-06-07.pda Date Last Saved: 6/21/2018 | |
Copyright � 2004 Molecular Devices. All rights reserved. |
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
ingest_spectramax2 <- function(input.source) { | |
# input.source <- | |
# "../Raw/Plate_Reader/ammonium/Ammonium_2018-06-19.txt" | |
raw_text <- | |
scan(input.source, | |
what = character()) | |
exported_format <- | |
unique(grep("PlateFormat|TimeFormat", | |
raw_text, | |
value = TRUE)) | |
if(length(exported_format) > 1){ | |
stop("The input.source ", | |
input.source, | |
" contains plates exported in Plate and Time format. Please provide a file with only one export format.") | |
} | |
if(!match(exported_format, c("PlateFormat", "TimeFormat"))){ | |
stop("The input.source ", | |
input.source, | |
" was not exported in plate or time format.") | |
} | |
# Plate Format ------------------------------------------------------------ | |
## Check that the export source is 'Raw' | |
file_note <- | |
if(grep("~End", raw_text)[1] - grep("Note:", raw_text) != 1){ | |
raw_text[grep("Note:", raw_text):grep("~End", raw_text)[1]] | |
} else { | |
message("No note present in the header of ", | |
input.source) | |
} | |
plate_end_locations <- | |
grep("^~End$", | |
raw_text)[-1] - 1 | |
plate_name_locations <- | |
grep("Plate:", | |
raw_text) + 1 | |
plate_header_ends <- | |
grep("Temperature", | |
raw_text) | |
header_data <- | |
do.call("rbind", | |
lapply(seq_len(length(plate_name_locations)), | |
function(x){ | |
plate_name <- plate_name_locations[x] | |
header_end <- plate_header_ends[x] | |
data.frame(input_source = basename(input.source), | |
plate_name = raw_text[plate_name], | |
software_version = raw_text[(header_end - 15)], | |
read_method = raw_text[(header_end - 13)], | |
read_type = raw_text[(header_end - 12)], | |
data_type = raw_text[(header_end - 11)], | |
header_info_6 = raw_text[(header_end - 10)], | |
header_info_7 = raw_text[(header_end - 9)], | |
header_info_8 = raw_text[(header_end - 8)], | |
wavelength_nm = raw_text[(header_end - 7)], | |
header_info_10 = raw_text[(header_end - 6)], | |
header_info_11 = raw_text[(header_end - 5)], | |
plate_type = raw_text[(header_end - 4)], | |
header_info_13 = raw_text[(header_end - 3)], | |
header_info_14 = raw_text[(header_end - 2)], | |
header_info_15 = raw_text[(header_end - 1)], | |
stringsAsFactors = FALSE) | |
})) | |
# Use plate_type in place of 95 for number of wells | |
data <- | |
do.call("rbind", | |
lapply(seq_len(length(plate_name_locations)), | |
function(x){ | |
plate_name <- raw_text[plate_name_locations[x]] | |
plate_end <- plate_end_locations[x] | |
data.frame(input_source = basename(input.source), | |
plate_name = plate_name, | |
well = paste0(rep(LETTERS[1:8], each = 12), 1:12), | |
read_type = unique(header_data[header_data$plate_name == plate_name, "read_type"]), | |
value = as.numeric(raw_text[(plate_end - (as.numeric(unique(header_data[header_data$plate_name == plate_name, "plate_type"])) - 1)):plate_end]), | |
stringsAsFactors = FALSE) | |
})) | |
return(data) | |
} |
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment