Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

View kantale's full-sized avatar

Alexandros Kanterakis kantale

View GitHub Profile
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / HLA-LA.pl
Last active October 21, 2022 08:15
#!/usr/bin/env perl
# ./inferHLATypes.pl --BAM /gpfs1/well/gsk_hla/bam_output/AA02O9Q_Z2.bam --graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT --sampleID NA12878Direct
use warnings;
use strict;
use FindBin;
use File::Spec;
use Getopt::Long;
use Data::Dumper;
@kantale
kantale / workflow_dag.json
Created November 30, 2021 11:52
workflow_dag (with environments)
{
"environment_variables": {
"OBC_WORKFLOW_NAME": "my_fab_wf",
"OBC_WORKFLOW_EDIT": "1",
"OBC_NICE_ID": "my_fab_wf__1",
"OBC_RANDOM_NICE_ID": "v29sj",
"OBC_SERVER": "http://0.0.0.0:8200/platform"
},
"steps": {
"INIT_STEP": {
@kantale
kantale / workflow_dag.json
Created November 22, 2021 14:30
workflow_dag
{
"environment_variables": {
"OBC_WORKFLOW_NAME": "my_fab_wf",
"OBC_WORKFLOW_EDIT": "2",
"OBC_NICE_ID": "my_fab_wf__2",
"OBC_RANDOM_NICE_ID": "TSgb2",
"OBC_SERVER": "http://0.0.0.0:8200/platform"
},
"steps": {
"INIT_STEP": {
@kantale
kantale / chi2.py
Created May 25, 2021 11:03
Basic chi2 statistical test with python
import random
class StatisticalTest:
def __init__(self,
D_M, D_NM, H_M, H_NM
):
self.D_M = D_M
self.D_NM = D_NM
self.H_M = H_M
@kantale
kantale / themata.md
Last active May 31, 2021 08:47
Θέματα τελικής εξέτασης ΒΙΟΛ-494, Πανεπιστήμιο Κρήτης . 24 Μαΐου 2021

Λίστα με θέματα για τη τελική εξέταση του μαθήματος ΒΙΟΛ-494, "Εισαγωγή στον προγραμματισμό", Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης. 24 Μαΐου 2021.

Διδάσκοντας: Αλέξανδρος Καντεράκης

Άσκηση 1

Φτιάξτε μία συνάρτηση η οποία θα παίρνει σαν παράμετρο έναν αριθμό. Η συνάρτηση θα υπολογίζει την απόσταση του αριθμού της παραμέτρου από το 0 και το 10. Η συνάρτηση θα επιστρέφει:

  • 0 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 0 από ότι στο 10.
  • 10 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 10 από ότι στο 0 ή η απόσταση είναι ίδια.

Σημείωση 1: η απόσταση μεταξύ δύο αριθμών a και b είναι abs(a-b).

How to reproduce:
```bash
pip3 install mavehgvs
```
```python
from mavehgvs.patterns.combined import any_variant
print (any_variant)
```
@kantale
kantale / do.py
Last active July 17, 2020 08:33
Create random VCXF file from 1000 Genomes Project
import random
import re
import gzip
import glob
def get_chr(x):
return int(re.search(r'chr([\d]+)', x).group(1))
def fil(lg):
@kantale
kantale / Dockerfile
Last active March 23, 2020 20:47
netdata + nginx as proxy
FROM ubuntu:16.04
RUN apt-get update && \
apt-get install -y uuid-dev zlib1g-dev gcc make autoconf automake pkg-config libtool libpcre3-dev wget && \
wget -O "libuv-v1.35.0.tar.gz" https://github.com/libuv/libuv/archive/v1.35.0.tar.gz && \
tar zxvf libuv-v1.35.0.tar.gz && \
mkdir -p /libuv-build && \
(cd libuv-1.35.0/; sh autogen.sh; ./configure --prefix=/libuv-build; make; make install)
RUN mkdir -p /netdata-build && \
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created October 17, 2019 12:09
Μάθημα python 17 Οκτωβρίου 2019
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.