kantale

Επικοινωνία

• Αλέξανδρος Καντεράκης. kantale@ics.forth.gr
• Τσατ: https://gitter.im/CRETE_PYTHON_2018/Lobby (δοκιμαστικό)

Ώρες/τόπος μαθήματος

• 8 Νοεμβρίου 2018 . 11:00 - 14:00, 7A-02
• 22 Νοεμβρίου 2018 . 11:00 - 14:00, 7Α-04
• 23 Νοεμβρίου 2018 . 10:00 - 13:00, 7Α-02
• 29 Νοεμβρίου 2018 . 11:00 - 14:00, 7Α-01

kantale

import re
import copy
import gzip
import json
import bisect
import argparse
import requests

from collections import defaultdict, OrderedDict

kantale

FROM ubuntu:16.04

RUN apt-get update && \
    apt-get install -y uuid-dev zlib1g-dev gcc make autoconf automake pkg-config libtool libpcre3-dev wget && \
    wget -O "libuv-v1.35.0.tar.gz" https://github.com/libuv/libuv/archive/v1.35.0.tar.gz && \
    tar zxvf libuv-v1.35.0.tar.gz && \
    mkdir -p /libuv-build && \
    (cd libuv-1.35.0/; sh autogen.sh; ./configure --prefix=/libuv-build; make; make install)  

RUN mkdir -p /netdata-build && \

kantale

Επικοινωνία

• Αλέξανδρος Καντεράκης. kantale@ics.forth.gr

Πρόγραμμα

• Week 1: Εισαγωγή στη python, γιατί python; anaconda installation, περιβάλλον ανάπτυξης jupyter, markdown, social coding, primitive data types and operations, strings, boolean logic, slicing
• Week 2: Lists, tuples, for, while, if_then_else, continue, break. Whitespaces for indentation
• Week 3: List comprehensions
• Week 4: functions, variable scope, map/reduce, functional programming, recursive functions
• Week 5: Dictionaries, complex data types, dictionary comprehensions, sets, set comprehensions
• Week 6: Sorting, Counting, Filtering, lambda functions, generators, generator comprehensions

kantale

kantale

kantale

Εισαγωγή

Σήμερα υπάρχουν πάρα πολλές βάσεις δεδομένων που περιέχουν πολύτιμη πληροφορία για οποιαδήποτε έννοια της γενετικής. Κλασικά παραδείγματα είναι πληροφορίες για την ακολουθία ενός γονιδίου, τη θέση του στο γονιδιώματα, πόσα exons/introns έχει, κτλ. Η αναζήτηση σε μία τέτοια βάση δεδομένων γίνεται συνήθως με δύο τρόπους. Ο πρώτος είναι να πάμε σε κάποιο site (π.χ. http://www.ensembl.org) και μέσα από τη περιήγησή μας αλλά και τα πεδία που θα δώσουμε σε διάφορες φόρμες να βρούμε τη πληροφορία που θέλουμε. Ο δεύτερος τρόπος είναι να κάνουμε το ίδιο τρόπο προγραμματιστικά. Δηλαδή να φτιάξουμε ένα πρόγραμμα/script το οποίο θα "ρωτάει" μία βάση δεδομένων και θα τυπώνει το αποτέλεσμα.

Είναι προφανές ότι κάθε μέθοδος έχει τα θετικά και τα αρνητικά της. Το να αλληλεπιδρούμε με ένα site είναι αργό (και βαρετό) για επαναλαμβανόμενες ερωτήσεις ενώ ο προγραμματιστικός τρόπος απαιτεί τη γνώση κάποιας γλώσσας προγραμματισμού αλλά και τον τρόπο με τον οποία θα πρέπει να "μιλήσει" το πρόγραμμα με τη βάση.

kantale

hapgen2 2.1.2

Install

wget https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/hapgen/download/builds/macosx_intel/v2.1.2/hapgen2_macosx_intel.tar.gz
tar zxvf hapgen2_macosx_intel.tar.gz

validate

kantale

This is a list of common mistakes and bad practices seen in assignments submitted for the Bioinformatics lesson.

Note 1

Prefer using with instead of open/close

https://www.pythonforbeginners.com/files/reading-and-writing-files-in-python

One bonus of using this method is that any files opened will be closed automatically after you are done. This leaves less to worry about during cleanup.

Avoid:

kantale

ΣΗΜΑΝΤΙΚΟ Προσπαθήστε να λύσετε τις ασκήσεις 1,2,3,4,5 χωρίς for και while. Εκτός από τη 5 δεν θα κοπεί βαθμός αν χρησιμοποιήσετε for. Αν κάνετε τη 3 χωρίς for, bonus 10 βαθμούς (Δηλαδή θα πάρει 20/10).

Άσκηση 1

Φτιάξτε μία συνάρτηση που θα παίρνει δύο ορίσματα Χ, Υ. Θα επιστρέφει έναν πίνακα numpy με διαστάσεις Χ και Υ όπου το στοιχείο i,j του πίνακα θα είναι ίσο με i^j. Το i θα παίρνει τιμές από το 1 μέχρι ΚΑΙ το Χ, το j θα παίρνει τιμές από το 1 μέχρι ΚΑΙ το Υ.

Άσκηση 2

Φτιάξτε μία συνάρτηση η οποία θα παίρνει έναν numpy πίνακα και θα επιστρέφει έναν νέο πίνακα, όπου όλα τα στοιχεία θα είναι 0 εκτός τα στοιχεία της περιμέτρου τα οποία θα είναι τα ίδια. Δηλαδή αν έχουμε τον πίνακα:

Α = np.array([