マルチファスタファイルを個別に分割する。各ファスタファイル名は ID ベースで作成される。ファイル名に使えない文字の例外処理などは行わない。

multi.fasta

>gene_a
CTAGCTAGTCTAGCTATCTATCGTATCGTAGCTGATGCTAGTCGTAGCTGATCGTAGCTG
ATGCTGTAGCGATGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTGATC
GTAGCTGATCGTAGCTAGTCGATGTGTGTGTGGGGGCGCGCCGGCGCGGCGC
>gene_b
TGACTGATGCTATACGACGATGCTAGCTACGTAGCTAGCTAGCTAGCTGATGAATATATT
TATTTCTGCTAGCTATAGCTGATGCTAGTCGTAGTGGGGGCTAGCTAGTCGTAGCTAGTC
GTAGTCGTAGCTGATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAA
>gene_c
CGATGCTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAGCTGTAGCTAGC
ATCTATCTACTATCGTATCACTGACGGCGGCGCGGCGCGCGGGCCGGAGAGCGGACGTCA
TACGTCAGTACTGTCAGTCAGTACTGCAGTACGTCGTGTCGTAGTCATGACTGTACGTGT
AGCACGTCGTACGTACGTCGAGCGAGCTGATTCGATCTGATCTGATTCGTAGCGGCGTGC
GCGATCGTAGCTATCGATGCTGATCGAGCTGAACTGGTACTCTGGTAGCTAGCTAGCTTG
ACGTCATGTACGTCATGTCAGTCAGTACTGTCAGTACGTACTGACTGACGGTCAGTACG

split.fsx

// Install .NET Bio to run.
// http://bio.codeplex.com/

#if INTERACTIVE
#r "C:/Program Files (x86)/.NET Bio/1.1/Tools/Bin/Bio.dll"
#endif

open System.IO
open Bio.IO.FastA

let split (inputFasta:string) outputDir =
   use parser = new FastAParser () 
   use reader = new StreamReader (inputFasta)
   if not (Directory.Exists (outputDir)) then
      Directory.CreateDirectory (outputDir) |> ignore
   for sequence in parser.Parse (reader) do
      use formatter = new FastAFormatter ()
      let output = Path.Combine (outputDir, sprintf "%s.fasta" sequence.ID)
      formatter.Open (output)
      formatter.Write (sequence)
      formatter.Close ()

#if INTERACTIVE
// example 
split "multi.fasta" "output"
#endif