EasyBuild test report for easyconfigs PR #10331

easybuild_test_report_easyconfigs_pr10331_20202609-UTC-13-26-02.md

Test report for easybuilders/easybuild-easyconfigs#10331

Test result

Build succeeded for 1 out of 1 (1 easyconfigs in this PR)

Overview of tested easyconfigs (in order)

• SUCCESS medaka-0.12.0-foss-2018b-Python-3.6.6.eb

Time info

• start: Thu, 09 Apr 2020 13:20:02 +0000 (UTC)
• end: Thu, 09 Apr 2020 13:26:02 +0000 (UTC)

EasyBuild info

• easybuild-framework version: 4.2.0.dev0-r9064fbf53ae5473748485e499116457bec355e38
• easybuild-easyblocks version: 4.1.2.dev0-r3ade7ae1de67d0d41de41467407dbf7b903855c5
• command line:

eb -f -r /user/brussel/101/vsc10122/ebconf --parallel=4 --from-pr 10331 --rebuild --upload-test-report

• full configuration (includes defaults):

--allow-loaded-modules='EasyBuild'
--buildpath='/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild/build'
--check-ebroot-env-vars='warn'
--cleanup-builddir
--cleanup-easyconfigs
--cleanup-tmpdir
--color='auto'
--container-type='singularity'
--containerpath='/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild/containers'
--default-opt-level='defaultopt'
--detect-loaded-modules='warn'
--disable-add-dummy-to-minimal-toolchains
--disable-add-system-to-minimal-toolchains
--disable-allow-modules-tool-mismatch
--disable-allow-use-as-root-and-accept-consequences
--disable-avail-cfgfile-constants
--disable-avail-easyconfig-constants
--disable-avail-easyconfig-licenses
--disable-avail-easyconfig-params
--disable-avail-easyconfig-templates
--disable-avail-hooks
--disable-avail-module-naming-schemes
--disable-avail-modules-tools
--disable-avail-repositories
--disable-check-conflicts
--disable-check-contrib
--disable-check-github
--disable-check-style
--disable-consider-archived-easyconfigs
--disable-container-build-image
--disable-containerize
--disable-copy-ec
--disable-debug
--disable-debug-lmod
--disable-devel
--disable-dry-run
--disable-dry-run-short
--disable-dump-autopep8
--disable-dump-env-script
--disable-enforce-checksums
--disable-experimental
--disable-extended-dry-run
--disable-fetch
--disable-fix-deprecated-easyconfigs
--disable-group-writable-installdir
--disable-hidden
--disable-ignore-checksums
--disable-ignore-osdeps
--disable-info
--disable-install-github-token
--disable-install-latest-eb-release
--disable-job
--disable-last-log
--disable-list-toolchains
--disable-logtostdout
--disable-minimal-toolchains
--disable-missing-modules
--disable-module-depends-on
--disable-module-extensions
--disable-module-only
--disable-new-branch-github
--disable-new-pr
--disable-package
--disable-pretend
--disable-preview-pr
--disable-quiet
--disable-read-only-installdir
--disable-recursive-module-unload
--disable-regtest
--disable-remove-ghost-install-dirs
--disable-rpath
--disable-sequential
--disable-set-default-module
--disable-set-gid-bit
--disable-show-config
--disable-show-default-configfiles
--disable-show-default-moduleclasses
--disable-show-ec
--disable-show-full-config
--disable-show-system-info
--disable-skip
--disable-skip-test-cases
--disable-sticky-bit
--disable-terse
--disable-trace
--disable-update-modules-tool-cache
--disable-use-existing-modules
--disable-verify-easyconfig-filenames
--extended-dry-run-ignore-errors
--fixed-installdir-naming-scheme
--force
--from-pr='10331'
--git-working-dirs-path='/user/brussel/101/vsc10122/src'
--github-user='lexming'
--ignore-dirs='.git,.svn'
--include-easyblocks=''
--include-module-naming-schemes=''
--include-toolchains=''
--installpath='/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild'
--job-backend='GC3Pie'
--job-max-jobs='0'
--job-max-walltime='24'
--job-output-dir='/theia/home/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-easyconfigs/easybuild/easyconfigs'
--job-polling-interval='30.0'
--lib64-fallback-sanity-check
--local-var-naming-check='warn'
--logfile-format='easybuild,easybuild-%(name)s-%(version)s-%(date)s.%(time)s.log'
--map-toolchains
--max-fail-ratio-adjust-permissions='0.5'
--module-naming-scheme='EasyBuildMNS'
--module-syntax='Lua'
--moduleclasses='base,astro,bio,cae,chem,compiler,data,debugger,devel,geo,ide,lang,lib,math,mpi,numlib,perf,quantum,phys,system,toolchain,tools,vis'
--modules-tool-version-check
--modules-tool='Lmod'
--mpi-tests
--output-format='txt'
--package-naming-scheme='EasyBuildPNS'
--package-release='1'
--package-tool-options=''
--package-tool='fpm'
--package-type='rpm'
--packagepath='/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild/packages'
--parallel='4'
--pr-target-account='easybuilders'
--pr-target-branch='develop'
--pr-target-repo='easybuild-easyconfigs'
--pre-create-installdir
--rebuild
--repository='FileRepository'
--repositorypath='/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild/ebfiles_repo'
--robot-paths='/user/brussel/101/vsc10122/ebconf:'
--robot='/user/brussel/101/vsc10122/ebconf:/user/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-easyconfigs/easybuild/easyconfigs'
--sourcepath='/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild/sources'
--strict='warn'
--subdir-modules='modules'
--subdir-software='software'
--suffix-modules-path='all'
--upload-test-report
--use-ccache='False'
--use-f90cache='False'

System info

• core count: 24
• cpu model: Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 CPU @ 2.60GHz
• cpu speed: 2600.0
• cpu vendor: Intel
• gcc version: Using built-in specs.; COLLECT_GCC=gcc; COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/lto-wrapper; Target: x86_64-redhat-linux; Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-linker-hash-style=gnu --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada,go,lto --enable-plugin --enable-initfini-array --disable-libgcj --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-4.8.5-20150702/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --with-cloog=/builddir/build/BUILD/gcc-4.8.5-20150702/obj-x86_64-redhat-linux/cloog-install --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux; Thread model: posix; gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39) (GCC) ;
• glibc version: 2.17
• hostname: login2.cerberus.os
• os name: centos linux
• os type: Linux
• os version: 7.7.1908
• platform name: x86_64-unknown-linux
• python version: 2.7.5 (default, Aug 7 2019, 00:51:29) ; [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)]
• system gcc path: /usr/bin/gcc
• system python path: /usr/bin/python
• total memory: 95135

List of loaded modules

• EasyBuild-develop

Environment

BASH_FUNC_ml() = () {  eval $($LMOD_DIR/ml_cmd "$@")
}
BASH_FUNC_module() = () {  eval $($LMOD_CMD bash "$@") && eval $(${LMOD_SETTARG_CMD:-:} -s sh)
}
DISPLAY = localhost:20.0
EASYBUILD_GITHUB_USER = lexming
EASYBUILD_GIT_WORKING_DIRS_PATH = /user/brussel/101/vsc10122/src
EB_SCRIPT_PATH = /user/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-framework/eb
EDITOR = vim
FANCYLOGGER_IGNORE_MPI4PY = 1
FORWARD_COMPAT_LD_LIBRARY_PATH = 1
FORWARD_COMPAT_LD_PRELOAD = 1
HISTCONTROL = ignoredups
HISTSIZE = 1000
HOME = /user/brussel/101/vsc10122
HOSTNAME = login2.cerberus.os
LANG = en_GB.UTF-8
LANGUAGE = en_US
LC_COLLATE = nl_BE.UTF-8
LC_MEASUREMENT = nl_BE.UTF-8
LC_MONETARY = nl_BE.UTF-8
LC_NUMERIC = nl_BE.UTF-8
LC_TIME = nl_BE.UTF-8
LESSOPEN = ||/usr/bin/lesspipe.sh %s
LMOD_CMD = /usr/share/lmod/lmod/libexec/lmod
LMOD_DIR = /usr/share/lmod/lmod/libexec
LMOD_PKG = /usr/share/lmod/lmod
LMOD_ROOT = /usr/share/lmod
LMOD_SETTARG_FULL_SUPPORT = no
LMOD_SYSTEM_NAME = hydra-skylake
LMOD_VERSION = 8.3.5
LOADEDMODULES = EasyBuild-develop
LOGNAME = vsc10122
LS_COLORS = no=00;38;5;244:rs=0:di=00;38;5;33:ln=00;38;5;37:mh=00:pi=48;5;230;38;5;136;01:so=48;5;230;38;5;136;01:do=48;5;230;38;5;136;01:bd=48;5;230;38;5;244;01:cd=48;5;230;38;5;244;01:or=48;5;235;38;5;160:su=48;5;160;38;5;230:sg=48;5;136;38;5;230:ca=30;41:tw=48;5;64;38;5;230:ow=48;5;235;38;5;33:st=48;5;33;38;5;230:ex=00;38;5;64:*.tar=00;38;5;61:*.tgz=00;38;5;61:*.arj=00;38;5;61:*.taz=00;38;5;61:*.lzh=00;38;5;61:*.lzma=00;38;5;61:*.tlz=00;38;5;61:*.txz=00;38;5;61:*.zip=00;38;5;61:*.z=00;38;5;61:*.Z=00;38;5;61:*.dz=00;38;5;61:*.gz=00;38;5;61:*.lz=00;38;5;61:*.xz=00;38;5;61:*.bz2=00;38;5;61:*.bz=00;38;5;61:*.tbz=00;38;5;61:*.tbz2=00;38;5;61:*.tz=00;38;5;61:*.deb=00;38;5;61:*.rpm=00;38;5;61:*.jar=00;38;5;61:*.rar=00;38;5;61:*.ace=00;38;5;61:*.zoo=00;38;5;61:*.cpio=00;38;5;61:*.7z=00;38;5;61:*.rz=00;38;5;61:*.apk=00;38;5;61:*.gem=00;38;5;61:*.jpg=00;38;5;136:*.JPG=00;38;5;136:*.jpeg=00;38;5;136:*.gif=00;38;5;136:*.bmp=00;38;5;136:*.pbm=00;38;5;136:*.pgm=00;38;5;136:*.ppm=00;38;5;136:*.tga=00;38;5;136:*.xbm=00;38;5;136:*.xpm=00;38;5;136:*.tif=00;38;5;136:*.tiff=00;38;5;136:*.png=00;38;5;136:*.PNG=00;38;5;136:*.svg=00;38;5;136:*.svgz=00;38;5;136:*.mng=00;38;5;136:*.pcx=00;38;5;136:*.dl=00;38;5;136:*.xcf=00;38;5;136:*.xwd=00;38;5;136:*.yuv=00;38;5;136:*.cgm=00;38;5;136:*.emf=00;38;5;136:*.eps=00;38;5;136:*.CR2=00;38;5;136:*.ico=00;38;5;136:*.tex=00;38;5;245:*.rdf=00;38;5;245:*.owl=00;38;5;245:*.n3=00;38;5;245:*.ttl=00;38;5;245:*.nt=00;38;5;245:*.torrent=00;38;5;245:*.xml=00;38;5;245:*Makefile=00;38;5;245:*Rakefile=00;38;5;245:*Dockerfile=00;38;5;245:*build.xml=00;38;5;245:*rc=00;38;5;245:*1=00;38;5;245:*.nfo=00;38;5;245:*README=00;38;5;245:*README.txt=00;38;5;245:*readme.txt=00;38;5;245:*.md=00;38;5;245:*README.markdown=00;38;5;245:*.ini=00;38;5;245:*.yml=00;38;5;245:*.cfg=00;38;5;245:*.conf=00;38;5;245:*.h=00;38;5;245:*.hpp=00;38;5;245:*.c=00;38;5;245:*.cpp=00;38;5;245:*.cxx=00;38;5;245:*.cc=00;38;5;245:*.objc=00;38;5;245:*.sqlite=00;38;5;245:*.go=00;38;5;245:*.sql=00;38;5;245:*.csv=00;38;5;245:*.log=00;38;5;240:*.bak=00;38;5;240:*.aux=00;38;5;240:*.lof=00;38;5;240:*.lol=00;38;5;240:*.lot=00;38;5;240:*.out=00;38;5;240:*.toc=00;38;5;240:*.bbl=00;38;5;240:*.blg=00;38;5;240:*~=00;38;5;240:*#=00;38;5;240:*.part=00;38;5;240:*.incomplete=00;38;5;240:*.swp=00;38;5;240:*.tmp=00;38;5;240:*.temp=00;38;5;240:*.o=00;38;5;240:*.pyc=00;38;5;240:*.class=00;38;5;240:*.cache=00;38;5;240:*.aac=00;38;5;166:*.au=00;38;5;166:*.flac=00;38;5;166:*.mid=00;38;5;166:*.midi=00;38;5;166:*.mka=00;38;5;166:*.mp3=00;38;5;166:*.mpc=00;38;5;166:*.ogg=00;38;5;166:*.opus=00;38;5;166:*.ra=00;38;5;166:*.wav=00;38;5;166:*.m4a=00;38;5;166:*.axa=00;38;5;166:*.oga=00;38;5;166:*.spx=00;38;5;166:*.xspf=00;38;5;166:*.mov=00;38;5;166:*.MOV=00;38;5;166:*.mpg=00;38;5;166:*.mpeg=00;38;5;166:*.m2v=00;38;5;166:*.mkv=00;38;5;166:*.ogm=00;38;5;166:*.mp4=00;38;5;166:*.m4v=00;38;5;166:*.mp4v=00;38;5;166:*.vob=00;38;5;166:*.qt=00;38;5;166:*.nuv=00;38;5;166:*.wmv=00;38;5;166:*.asf=00;38;5;166:*.rm=00;38;5;166:*.rmvb=00;38;5;166:*.flc=00;38;5;166:*.avi=00;38;5;166:*.fli=00;38;5;166:*.flv=00;38;5;166:*.gl=00;38;5;166:*.m2ts=00;38;5;166:*.divx=00;38;5;166:*.webm=00;38;5;166:*.axv=00;38;5;166:*.anx=00;38;5;166:*.ogv=00;38;5;166:*.ogx=00;38;5;166:
MAIL = /var/spool/mail/vsc10122
MANPATH = :
MODULEPATH = /user/brussel/101/vsc10122/src/modules:/user/brussel/101/vsc10122/.local/easybuild/modules/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2020a/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2019b/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2019a/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2018b/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2018a/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2017b/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2017a/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2016b/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2016a/all:/apps/brussel/CO7/skylake/modules/2015b/all::/etc/modulefiles/vsc
MODULESHOME = /usr/share/lmod/lmod
NUM_PROCS = 248
PATH = /user/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-framework:/user/brussel/101/vsc10122/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/opt/ibutils/bin
PROMPT_DIRTRIM = 3
PWD = /user/brussel/101/vsc10122/ebconf
PYTHONOPTIMIZE = 1
PYTHONPATH = /user/brussel/101/vsc10122/.local/lib/python2.7/site-packages:/user/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-easyconfigs:/user/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-easyblocks:/user/brussel/101/vsc10122/src/easybuild-framework:/user/brussel/101/vsc10122/src/vsc-install/lib:/user/brussel/101/vsc10122/src/vsc-base/lib
SEAFLY_ALERT_COLOR = �[38;5;160m
SEAFLY_GIT_COLOR = �[38;5;136m
SEAFLY_HOST_COLOR = �[38;5;230m
SEAFLY_NORMAL_COLOR = �[38;5;244m
SEAFLY_PATH_COLOR = �[38;5;37m
SEAFLY_PREFIX_COLOR = �[38;5;240m
SEAFLY_SHOW_USER = 1
SHELL = /bin/bash
SHLVL = 2
SSH_AUTH_SOCK = /tmp/ssh-CKJw65rU5a/agent.43312
SSH_CLIENT = 77.109.77.29 42972 22
SSH_CONNECTION = 77.109.77.29 42972 134.184.143.130 22
SSH_TTY = /dev/pts/5
TERM = xterm-256color
USER = vsc10122
VISUAL = vim
VSCPROFILELOADED = 1
VSC_ARCH_LOCAL = skylake
VSC_ARCH_SUFFIX = 
VSC_DATA = /data/brussel/101/vsc10122
VSC_DATA_VO = /does/not/exist
VSC_DATA_VO_USER = /does/not/exist/vsc10122
VSC_DEFAULT_CLUSTER_MODULE = hydra
VSC_HOME = /user/brussel/101/vsc10122
VSC_INSTITUTE = brussel
VSC_INSTITUTE_CLUSTER = hydra
VSC_INSTITUTE_LOCAL = brussel
VSC_OS_LOCAL = CO7
VSC_SCRATCH = /scratch/brussel/101/vsc10122
VSC_SCRATCH_CLUSTER = /scratch/brussel/101/vsc10122
VSC_SCRATCH_NODE = /local
VSC_SCRATCH_SITE = /scratch/brussel/101/vsc10122
WORKDIR = /scratch/brussel/101/vsc10122
XDG_RUNTIME_DIR = /run/user/2510122
XDG_SESSION_ID = 3982
_ = /usr/bin/python
_LMFILES_ = /user/brussel/101/vsc10122/src/modules/EasyBuild-develop
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