DecodificarArreglo.java

String cadenaJson = "[{\"nombre\":\"Maggie\",\"edad\":3},{\"nombre\":\"Snowball\",\"edad\":1},{\"nombre\":\"Bichi\",\"edad\":1},{\"nombre\":\"Meca\",\"edad\":5}]";
JSONArray arregloJson = new JSONArray(cadenaJson);

// Nota: creamos la lista para ejemplos ilustrativos, no es necesaria
ArrayList<Mascota> mascotas = new ArrayList<>();
// Iterar 
for (int indice = 0; indice < arregloJson.length(); indice++) {
    // Obtener objeto a través del índice
    JSONObject posibleMascota = arregloJson.getJSONObject(indice);

    // Acceder como accedíamos al jsonObject
    int edad = posibleMascota.getInt("edad");
    String nombre = posibleMascota.getString("nombre");
    // Luego de eso podemos crear la clase y obtener los beneficios
    // de la POO o usar los datos como nos plazca
    Mascota mascota = new Mascota(nombre, edad);

    // Podemos hacer lo que sea con el objeto
    mascota.ladrar();

    // Agregar a la lista, solo para ilustrar
    mascotas.add(mascota);
}
// Aquí hacer lo que sea con la lista de mascotas