sh-4.4$
sh-4.4$  mkdir /tmp/test_ln -p; cd /tmp/test_ln
sh-4.4$  mkdir src dst
sh-4.4$  mkdir src/dir{1,2,3,4,5}
sh-4.4$  for i in {1..5}; do touch src/dir$i/$i; done
sh-4.4$  touch src/dir3/{1,2}
sh-4.4$
sh-4.4$   function merge() { local src_d=${1} dst_d="${2}"; for i in "${src_d}"/*/*; do local dst=${dst_d}/$(basename ${i}); if test -d "${i}"; then mkdir "${dst}"; merge "${i}" "${dst}"; else ln -T "${i}" "${dst}"; fi; done; }
sh-4.4$  merge src dst
ln: не удалось создать жёсткую ссылку 'dst/1': Файл существует
ln: не удалось создать жёсткую ссылку 'dst/2': Файл существует
sh-4.4$
sh-4.4$  # а если нужно чтобы оно ещё и сказало в какой директории ошибка, то:
sh-4.4$
sh-4.4$  rm dst/* # очистим для повторного прогона
sh-4.4$    function merge() { local src_d=${1} dst_d="${2}"; for i in "${src_d}"/*/*; do local dst=${dst_d}/$(basename ${i}); if test -d "${i}"; then mkdir -p "${dst}"; merge "${i}" "${dst}"; else if test -e "${dst}"; then echo "Файл $(basename ${dst}), который мерджится из $(dirname ${i}) уже существует (и был смерджен из другой директории). Исправьте коммит." >&2; return 1; else ln -T "${i}" "${dst}"; fi; fi; done; }
sh-4.4$   merge src dst
Файл 1, который мерджится из src/dir3 уже существует (и был смерджен из другой директории). Исправьте коммит.
sh-4.4$
sh-4.4$  # либо, чтобы сначала прогнало всё (и показало все фейлы), а потом сфейлилось, то:
sh-4.4$
sh-4.4$  rm dst/* # очистим для повторного прогона
sh-4.4$   function merge() { local status=0; local src_d=${1} dst_d="${2}"; for i in "${src_d}"/*/*; do local dst=${dst_d}/$(basename ${i}); if test -d "${i}"; then mkdir -p "${dst}"; merge "${i}" "${dst}"; else if test -e "${dst}"; then echo "Файл $(basename ${dst}), который мерджится из $(dirname ${i}) уже существует (и был смерджен из другой директории). Исправьте коммит." >&2; status=1; else ln -T "${i}" "${dst}"; fi; fi; done; return ${status}; }
sh-4.4$   merge src dst
Файл 1, который мерджится из src/dir3 уже существует (и был смерджен из другой директории). Исправьте коммит.
Файл 2, который мерджится из src/dir3 уже существует (и был смерджен из другой директории). Исправьте коммит.
sh-4.4$