sirusb

library(Biostrings)
bs <- BString("This is a normal string") #  BString انشاء كائن
ds <- DNAString("GCAAAGT-TT-C") # DNAString انشاء كائن
rs <- RNAString("GCAAAGU-UU-C") # RNAString انشاء كائن
rs2 <- RNAString(ds) # RNAString إلى DNAString تحويل
aas <- AAString(ds) # AAString انشاء كائن

sirusb

ds <- DNAString("GCAAAGT-TT-C") 
length(ds)
# [1] 12

ds[1:3]
# 3-letter "DNAString" instance
#seq: GCA

ds[3:1]
# 3-letter "DNAString" instance

sirusb

DNAs <- c("ACCT-NACG", "ACGTTCGA","TCACCGAGACTTACGAC")
dnaSet <- DNAStringSet(DNAs)
dnaSet
#  A DNAStringSet instance of length 3
#    width seq
#[1]     9 ACCT-NACG
#[2]     8 ACGTTCGA
#[3]    17 TCACCGAGACTTACGAC

#يمكن القيام بعمليات على مجموعة من السلاسل  مع بعض

sirusb

library(Biostrings)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)

#نأخذ الكروموزوم 1 كمثال
Hsapiens$chr1
#  249250621-letter "DNAString" instance
#seq: NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

# لنفرض أننا مهتمين بسلسلة الجينات ABCA4, ACADM و GBA
genes <- Views(Hsapiens$chr1, 

sirusb

# نقوم بتحميل مواقع جزر السي بي جي لكامل الجينوم
dataURL <-"http://bios221.stanford.edu/data/model-based-cpg-islands-hg19.txt"
cpglocs=read.table(dataURL ,header=T)

# نختار فقظ الكروموزم رقم 8
cpglocs8=cpglocs[which(cpglocs[,1]=="chr8"),2:3]

# الجدول يحتوي على أماكن بداية ونهاية كل جزيرة
head(cpglocs8)
#       start    end

sirusb

library(IRanges)
# يمكن انشاء مجموعة مجالات بتحديد نقطة البداية والنهاية
range1 <- IRanges(start=c(10,50,300),end =c(30,90,456))
range1
#IRanges of length 3
#    start end width
#[1]    10  30    21
#[2]    50  90    41
#[3]   300 456   157

sirusb

range1 <- IRanges(start=c(10,50,300),end =c(60,90,456))
range1
#IRanges of length 3
#    start end width
#[1]    10  60    51
#[2]    50  90    41
#[3]   300 456   157

reduce(range1)
#IRanges of length 2

sirusb

# ننشئ شعاع يحتوي على أرقام من 1 إلى 10 بطول 40 
x<- sort(sample(1:10,40,replace=T))
head(x)
#[1] 1 1 1 1 1 1
#  Rle لحفضه
x <- Rle(x)
x
#integer-Rle of length 40 with 10 runs
#  Lengths:  6  2  1  3  4  5  6  9  2  2
#  Values :  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

sirusb

# بعدة طرق GRanges يمكن انشاء
# مثلا يمكننا تحديد فقط المجالات الجينومية
gr <- GRanges(seqnames = c("chr1","chr1","chr2","chrX"),
              ranges = IRanges(start = c(130,30050,4509,69098),
                               width= c(250,1300,400,590)),
              strand = c("+","+","-","*"))
gr
#GRanges object with 4 ranges and 0 metadata columns:
#      seqnames         ranges strand
#         <Rle>      <IRanges>  <Rle>

sirusb

gr[1:2]
#GRanges object with 2 ranges and 1 metadata column:
#      seqnames         ranges strand |              score
#         <Rle>      <IRanges>  <Rle> |          <numeric>
#  [1]     chr1 [  130,   379]      + | 0.0297835641540587
#  [2]     chr1 [30050, 31349]      + |   0.42395940516144
#  -------
#  seqinfo: 3 sequences from an unspecified genome; no seqlengths

start(gr)