Каждый файл должен включать пролог и эпилог
//Пролог
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/header.php");
//Эпилог
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/footer.php");?>
По умолчанию файлы шаблона хранятся в ядре: /bitrix/templates/theme_name
Лучший вариант расположить файлы шаблона в директории local/templates/theme_name