Force them to run your script with the intentional interpreter!

example.pl.bat

@rem= '

@echo off
setlocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

if "%strawberry%" equ "" (
    set strawberry=\\{OUR_SHARED_DIRECTORY}\env\perl\5.12.0.1\
)
set path=%path%;%strawberry%\c\bin;%strawberry%\perl\bin;%strawberry%\perl\site\bin
set perl=%strawberry%\perl\bin\perl.exe

%perl% "%~dpnx0" %*

if %errorlevel% gtr 0 (
    color ce
    echo.
    echo 異常終了しました。
    echo エラー内容を確認して、任意のキーを押下して実行を終了してください。
    pause > nul
    color
)

exit /b

@rem ';

# ****************************************************************
# Perl section goes here!
# ****************************************************************

use 5.012_000;
use strict;
use warnings;

{
    package Foo;
    use namespace::autoclean;
    use Moose;

    ...

    __PACKAGE__->meta->make_immutable;
    1;
}

main()
    unless caller();

sub main {
    ...
}

__END__