Created
May 10, 2020 13:06
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/nix/store/q57rkayha7nbxp435pwciinp0b532prp-SPAdes-3.14.1 | |
├── bin | |
│ ├── cds-mapping-stats | |
│ ├── cds-subgraphs | |
│ ├── mag-improve | |
│ ├── metaspades.py | |
│ ├── plasmidspades.py | |
│ ├── rnaspades.py | |
│ ├── spades-bwa | |
│ ├── spades-convert-bin-to-fasta | |
│ ├── spades-core | |
│ ├── spades-corrector-core | |
│ ├── spades-gbuilder | |
│ ├── spades-gmapper | |
│ ├── spades-gsimplifier | |
│ ├── spades-hammer | |
│ ├── spades_init.py | |
│ ├── spades-ionhammer | |
│ ├── spades-kmercount | |
│ ├── spades-kmer-estimating | |
│ ├── spades.py | |
│ ├── spades-read-filter | |
│ ├── spades-truseq-scfcorrection | |
│ ├── spaligner | |
│ └── truspades.py | |
└── share | |
├── spades | |
│ ├── biosynthetic_spades_hmms | |
│ │ ├── AMP.hmm.gz | |
│ │ ├── AT.hmm.gz | |
│ │ ├── CStart.hmm.gz | |
│ │ ├── KR.hmm.gz | |
│ │ ├── KS.hmm.gz | |
│ │ └── TE.hmm.gz | |
│ ├── configs | |
│ │ ├── corrector | |
│ │ │ └── corrector.info | |
│ │ ├── debruijn | |
│ │ │ ├── bgc_mode.info | |
│ │ │ ├── careful_mda_mode.info | |
│ │ │ ├── careful_mode.info | |
│ │ │ ├── config.info | |
│ │ │ ├── construction.info | |
│ │ │ ├── detail_info_printer.info | |
│ │ │ ├── distance_estimation.info | |
│ │ │ ├── isolate_mode.info | |
│ │ │ ├── large_genome_mode.info | |
│ │ │ ├── mda_mode.info | |
│ │ │ ├── meta_mode.info | |
│ │ │ ├── moleculo_mode.info | |
│ │ │ ├── pe_params.info | |
│ │ │ ├── plasmid_mode.info | |
│ │ │ ├── rna_mode.info | |
│ │ │ ├── simplification.info | |
│ │ │ ├── toy.info | |
│ │ │ └── tsa.info | |
│ │ ├── hammer | |
│ │ │ └── config.info | |
│ │ └── ionhammer | |
│ │ └── ionhammer.cfg | |
│ ├── GPLv2.txt | |
│ ├── joblib2 | |
│ │ ├── disk.py | |
│ │ ├── format_stack.py | |
│ │ ├── func_inspect.py | |
│ │ ├── functools.py | |
│ │ ├── hashing.py | |
│ │ ├── __init__.py | |
│ │ ├── logger.py | |
│ │ ├── memory.py | |
│ │ ├── my_exceptions.py | |
│ │ ├── numpy_pickle.py | |
│ │ ├── parallel.py | |
│ │ └── testing.py | |
│ ├── joblib3 | |
│ │ ├── _compat.py | |
│ │ ├── disk.py | |
│ │ ├── format_stack.py | |
│ │ ├── func_inspect.py | |
│ │ ├── hashing.py | |
│ │ ├── __init__.py | |
│ │ ├── logger.py | |
│ │ ├── _memory_helpers.py | |
│ │ ├── memory.py | |
│ │ ├── _multiprocessing_helpers.py | |
│ │ ├── my_exceptions.py | |
│ │ ├── numpy_pickle.py | |
│ │ ├── parallel.py | |
│ │ ├── pool.py | |
│ │ └── testing.py | |
│ ├── LICENSE | |
│ ├── manual.html | |
│ ├── pyyaml2 | |
│ │ ├── composer.py | |
│ │ ├── constructor.py | |
│ │ ├── cyaml.py | |
│ │ ├── dumper.py | |
│ │ ├── emitter.py | |
│ │ ├── error.py | |
│ │ ├── events.py | |
│ │ ├── __init__.py | |
│ │ ├── loader.py | |
│ │ ├── nodes.py | |
│ │ ├── parser.py | |
│ │ ├── reader.py | |
│ │ ├── representer.py | |
│ │ ├── resolver.py | |
│ │ ├── scanner.py | |
│ │ ├── serializer.py | |
│ │ └── tokens.py | |
│ ├── pyyaml3 | |
│ │ ├── composer.py | |
│ │ ├── constructor.py | |
│ │ ├── cyaml.py | |
│ │ ├── dumper.py | |
│ │ ├── emitter.py | |
│ │ ├── error.py | |
│ │ ├── events.py | |
│ │ ├── __init__.py | |
│ │ ├── loader.py | |
│ │ ├── nodes.py | |
│ │ ├── parser.py | |
│ │ ├── reader.py | |
│ │ ├── representer.py | |
│ │ ├── resolver.py | |
│ │ ├── scanner.py | |
│ │ ├── serializer.py | |
│ │ └── tokens.py | |
│ ├── README.md | |
│ ├── rnaspades_manual.html | |
│ ├── spades_pipeline | |
│ │ ├── commands_parser.py | |
│ │ ├── common | |
│ │ │ ├── alignment.py | |
│ │ │ ├── __init__.py | |
│ │ │ ├── parallel_launcher.py | |
│ │ │ ├── sam_parser.py | |
│ │ │ └── SeqIO.py | |
│ │ ├── executors | |
│ │ │ ├── executor_local.py | |
│ │ │ ├── executor_save_yaml.py | |
│ │ │ └── executors.py | |
│ │ ├── lucigen_nxmate.py | |
│ │ ├── options_parser.py | |
│ │ ├── options_storage.py | |
│ │ ├── process_cfg.py | |
│ │ ├── run_contig_breaker.py | |
│ │ ├── scripts | |
│ │ │ ├── breaking_scaffolds_script.py | |
│ │ │ ├── check_test_script.py | |
│ │ │ ├── compress_all.py | |
│ │ │ ├── copy_files.py | |
│ │ │ ├── correction_iteration_script.py | |
│ │ │ ├── plasmid_glue.py | |
│ │ │ ├── postprocessing_script.py | |
│ │ │ ├── preprocess_contigs.py | |
│ │ │ ├── preprocess_interlaced_reads.py | |
│ │ │ └── preprocess_nxmate_reads.py | |
│ │ ├── stages | |
│ │ │ ├── before_start_stage.py | |
│ │ │ ├── breaking_scaffolds_stage.py | |
│ │ │ ├── check_test_stage.py | |
│ │ │ ├── correction_stage.py | |
│ │ │ ├── error_correction_stage.py | |
│ │ │ ├── __init__.py | |
│ │ │ ├── pipeline.py | |
│ │ │ ├── postprocessing_stage.py | |
│ │ │ ├── preprocess_reads_stage.py | |
│ │ │ ├── scaffold_correction_stage.py | |
│ │ │ ├── spades_iteration_stage.py | |
│ │ │ ├── spades_stage.py | |
│ │ │ ├── stage.py | |
│ │ │ └── terminating_stage.py | |
│ │ ├── support.py | |
│ │ └── truspades | |
│ │ ├── barcode_extraction.py | |
│ │ ├── break_by_coverage.py | |
│ │ ├── generate_quality.py | |
│ │ ├── id_generation.py | |
│ │ ├── __init__.py | |
│ │ ├── launch_options.py | |
│ │ ├── moleculo_filter_contigs.py | |
│ │ ├── moleculo_postprocessing.py | |
│ │ ├── reference_construction.py | |
│ │ └── string_dist_utils.py | |
│ ├── test_dataset | |
│ │ ├── ecoli_1K_1.fq.gz | |
│ │ ├── ecoli_1K_2.fq.gz | |
│ │ ├── genes_1K.gff | |
│ │ ├── genes_1K.txt | |
│ │ ├── operons_1K.gff | |
│ │ ├── operons_1K.txt | |
│ │ └── reference_1K.fa.gz | |
│ ├── test_dataset_plasmid | |
│ │ ├── pl1.fq.gz | |
│ │ └── pl2.fq.gz | |
│ ├── test_dataset_truspades | |
│ │ ├── A_R1.fastq.gz | |
│ │ ├── A_R2.fastq.gz | |
│ │ ├── B_R1.fastq.gz | |
│ │ └── B_R2.fastq.gz | |
│ ├── truspades_manual.html | |
│ └── VERSION | |
└── spaligner | |
└── spaligner_config.yaml | |
23 directories, 181 files |
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