Explicacao do problema....

problema.r

## funcao initial
equantileByCounts <- function(x, counts, qs){
    tot <- sum(counts)
    i <- order(x)
    x <- x[i]
    counts <- counts[i]
    partial <- cumsum(counts)
    qsObs <- qs*tot
    start <- floor(qsObs)
    end <- ceiling(qsObs)
    i <- length(qs)
    aux1 <- sapply(1:i,
                  function(.x, start, end, x){
                      coord <- c(start[.x], end[.x])
                      bins <- c(1, partial)
                      grps <- cut(coord, bins, labels=FALSE, include.lowest=T)
                      mean(x[grps])
                  }, start=start, end=end, x=x)
    names(aux1) <- names(qs)
    return(aux1)
}


## INICIO

## Leitura de dados
entra = read.csv2("Arquivo 1.csv", dec = ",", stringsAsFactors=FALSE) 

##
## Um monte de manipulacao que nao interessa no momento
##

## Determinacao de pond
entra$pond = entra$val / entra$peso

##
## Outras manipulacoes que nao interessam no momento
##

univ = subset(entra, select = c(codigo, peso, val, pond))

## entra no for()
## modifico o subconjunto para mostrar o q estou a dizer
tmp = univ

grupoProblema = split(tmp, tmp$codigo)[[22]]

## execute abaixo para confirmar o problema
## equantileByCounts(grupoProblema$pond, grupoProblema$val, c(.25, .75))

## Note que vc quer os quantis de 'pond' ponderados por 'val'... ie, 'val' sao os pesos reais das obs 'pond'.
## Conte quantas vezes o valor 25 aparece em 'pond': 39 vezes!!!! e isso nao deve ocorrer (veja a teoria que 
## envolve uso de ponderacao)

table(grupoProblema$pond == 25)

## Ou seja, vc precisaria agregar suas variaveis de alguma forma
## (em teoria, isso deveria ser antes de determinar 'pond')
agregados = with(grupoProblema, aggregate(list(peso=peso), by=list(val=val), sum))
agregados = subset(agregados, peso > 0)
agregados$pond = agregados$val/agregados$peso
equantileByCounts(agregados$pond, agregados$val, c(.25, .75))

## eu sei que o resultado nao eh o q vc espera
## mas ai' o problema e' outro....
## entao fica o exercicio para vc
## determine manualmente os quantis para o conteudo de grupoProblema
## dai' e' possivel corrigir a funcao.