Window Manager

windowManager.js

window.windowManager = (function () {
  var orgOpen = open,
      windows = [];
  window.open = function () {
    var win = orgOpen.apply(null, arguments);
    windows.push({
      option: arguments,
      window: win
    });
    return win;
  };
  return windows;
})();

// Usage
console.log(windowManager);

SOPを学ぶためのテストコード②です。
Chrome, Firefox, Safari, Opera, IE9でテストし、IE9だけ動かないことを確認しました。

window.openを置き換えることでopenに渡される引数を抜き出すことができます。
開いたWindowが同じドメイン、プロトコルであれば、Windowオブジェクトを参照することも可能です。