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August 16, 2020 06:43
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| /nix/store/3ddhnjfs1afclcr32wx5qj3v7b2zd7m7-python3.7-ase-3.20.1 | |
| ├── bin | |
| │ ├── ase | |
| │ ├── ase-build | |
| │ ├── ase-db | |
| │ ├── ase-gui | |
| │ ├── ase-info | |
| │ └── ase-run | |
| ├── lib | |
| │ └── python3.7 | |
| │ └── site-packages | |
| │ ├── ase | |
| │ │ ├── atom.py | |
| │ │ ├── atoms.py | |
| │ │ ├── autoneb.py | |
| │ │ ├── build | |
| │ │ │ ├── attach.py | |
| │ │ │ ├── bulk.py | |
| │ │ │ ├── general_surface.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── molecule.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── attach.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── general_surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── molecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ribbon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── root.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rotate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── supercells.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surfaces_with_termination.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tools.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tube.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── voids.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── ribbon.py | |
| │ │ │ ├── root.py | |
| │ │ │ ├── rotate.py | |
| │ │ │ ├── supercells.py | |
| │ │ │ ├── surface.py | |
| │ │ │ ├── surfaces_with_termination.py | |
| │ │ │ ├── tools.py | |
| │ │ │ ├── tube.py | |
| │ │ │ └── voids.py | |
| │ │ ├── calculators | |
| │ │ │ ├── abinit.py | |
| │ │ │ ├── acemolecule.py | |
| │ │ │ ├── acn.py | |
| │ │ │ ├── aims.py | |
| │ │ │ ├── amber.py | |
| │ │ │ ├── ase_qmmm_manyqm.py | |
| │ │ │ ├── autodetect.py | |
| │ │ │ ├── calculator.py | |
| │ │ │ ├── castep.py | |
| │ │ │ ├── checkpoint.py | |
| │ │ │ ├── combine_mm.py | |
| │ │ │ ├── counterions.py | |
| │ │ │ ├── cp2k.py | |
| │ │ │ ├── crystal.py | |
| │ │ │ ├── demon | |
| │ │ │ │ ├── demon_io.py | |
| │ │ │ │ ├── demon.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── demon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── demon_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── demonnano.py | |
| │ │ │ ├── dftb.py | |
| │ │ │ ├── dftd3.py | |
| │ │ │ ├── dmol.py | |
| │ │ │ ├── eam.py | |
| │ │ │ ├── elk.py | |
| │ │ │ ├── emt.py | |
| │ │ │ ├── espresso.py | |
| │ │ │ ├── excitation_list.py | |
| │ │ │ ├── exciting.py | |
| │ │ │ ├── ff.py | |
| │ │ │ ├── fleur.py | |
| │ │ │ ├── gamess_us.py | |
| │ │ │ ├── gaussian.py | |
| │ │ │ ├── general.py | |
| │ │ │ ├── gromacs.py | |
| │ │ │ ├── gulp.py | |
| │ │ │ ├── h2morse.py | |
| │ │ │ ├── harmonic.py | |
| │ │ │ ├── idealgas.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── interfacechecker.py | |
| │ │ │ ├── interface.py | |
| │ │ │ ├── kim | |
| │ │ │ │ ├── calculators.py | |
| │ │ │ │ ├── exceptions.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── kimmodel.py | |
| │ │ │ │ ├── kim.py | |
| │ │ │ │ ├── kimpy_wrappers.py | |
| │ │ │ │ ├── neighborlist.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── calculators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── exceptions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kim.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kimmodel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kimpy_wrappers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── neighborlist.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── lammps | |
| │ │ │ │ ├── coordinatetransform.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── inputwriter.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── coordinatetransform.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── inputwriter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── unitconvert_constants.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── unitconvert.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── unitconvert_constants.py | |
| │ │ │ │ └── unitconvert.py | |
| │ │ │ ├── lammpslib.py | |
| │ │ │ ├── lammpsrun.py | |
| │ │ │ ├── lj.py | |
| │ │ │ ├── loggingcalc.py | |
| │ │ │ ├── mixing.py | |
| │ │ │ ├── mopac.py | |
| │ │ │ ├── morse.py | |
| │ │ │ ├── neighborlist.py | |
| │ │ │ ├── nwchem.py | |
| │ │ │ ├── octopus.py | |
| │ │ │ ├── onetep.py | |
| │ │ │ ├── openmx | |
| │ │ │ │ ├── default_settings.py | |
| │ │ │ │ ├── dos.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── openmx.py | |
| │ │ │ │ ├── parameters.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── default_settings.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── openmx.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── parameters.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── reader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── writer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── reader.py | |
| │ │ │ │ └── writer.py | |
| │ │ │ ├── orca.py | |
| │ │ │ ├── psi4.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── abinit.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── acemolecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── acn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aims.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── amber.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ase_qmmm_manyqm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── autodetect.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── calculator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── castep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── checkpoint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── combine_mm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── counterions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── demonnano.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dftb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dftd3.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eam.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── elk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── excitation_list.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── exciting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fleur.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gamess_us.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gaussian.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── general.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gromacs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gulp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── h2morse.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── harmonic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── idealgas.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── interfacechecker.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpsrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── loggingcalc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mixing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mopac.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── morse.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neighborlist.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── octopus.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── onetep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── orca.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── psi4.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── singlepoint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── socketio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tip3p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tip4p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── vdwcorrection.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── qchem.py | |
| │ │ │ ├── qmmm.py | |
| │ │ │ ├── siesta | |
| │ │ │ │ ├── base_siesta.py | |
| │ │ │ │ ├── import_functions.py | |
| │ │ │ │ ├── import_ion_xml.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_io.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_utils.py | |
| │ │ │ │ ├── parameters.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── base_siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── import_functions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── import_ion_xml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_utils.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── parameters.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── siesta_raman.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── siesta.py | |
| │ │ │ │ └── siesta_raman.py | |
| │ │ │ ├── singlepoint.py | |
| │ │ │ ├── socketio.py | |
| │ │ │ ├── test.py | |
| │ │ │ ├── tip3p.py | |
| │ │ │ ├── tip4p.py | |
| │ │ │ ├── turbomole.py | |
| │ │ │ ├── vasp | |
| │ │ │ │ ├── create_input.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── interactive.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── create_input.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── interactive.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── setups.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── vasp_data.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── setups.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_data.py | |
| │ │ │ │ └── vasp.py | |
| │ │ │ └── vdwcorrection.py | |
| │ │ ├── cell.py | |
| │ │ ├── cli | |
| │ │ │ ├── band_structure.py | |
| │ │ │ ├── build.py | |
| │ │ │ ├── complete.py | |
| │ │ │ ├── completion.py | |
| │ │ │ ├── convert.py | |
| │ │ │ ├── diff.py | |
| │ │ │ ├── dimensionality.py | |
| │ │ │ ├── find.py | |
| │ │ │ ├── info.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── main.py | |
| │ │ │ ├── nebplot.py | |
| │ │ │ ├── nomadget.py | |
| │ │ │ ├── nomad.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── band_structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── build.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── complete.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── completion.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── convert.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── diff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dimensionality.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── find.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── info.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── main.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nebplot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nomad.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nomadget.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── reciprocal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── template.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── reciprocal.py | |
| │ │ │ ├── run.py | |
| │ │ │ └── template.py | |
| │ │ ├── cluster | |
| │ │ │ ├── base.py | |
| │ │ │ ├── cluster.py | |
| │ │ │ ├── compounds.py | |
| │ │ │ ├── cubic.py | |
| │ │ │ ├── decahedron.py | |
| │ │ │ ├── factory.py | |
| │ │ │ ├── hexagonal.py | |
| │ │ │ ├── icosahedron.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── octahedron.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── base.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cluster.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── compounds.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cubic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── decahedron.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── factory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hexagonal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── icosahedron.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── octahedron.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── wulff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── wulff.py | |
| │ │ ├── collections | |
| │ │ │ ├── collection.py | |
| │ │ │ ├── create.py | |
| │ │ │ ├── dcdft.json | |
| │ │ │ ├── g2.json | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── collection.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── create.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── s22.json | |
| │ │ ├── constraints.py | |
| │ │ ├── data | |
| │ │ │ ├── cccbdb_ip.py | |
| │ │ │ ├── colors.py | |
| │ │ │ ├── dbh24.py | |
| │ │ │ ├── extra_molecules.py | |
| │ │ │ ├── g2_1.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref_g03.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref_vasp.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref_wien97.py | |
| │ │ │ ├── g2_2.py | |
| │ │ │ ├── g2.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── isotopes.py | |
| │ │ │ ├── molecules.py | |
| │ │ │ ├── pubchem.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── cccbdb_ip.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── colors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dbh24.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── extra_molecules.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref_g03.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref_vasp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref_wien97.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── isotopes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── molecules.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pubchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── s22.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vdw_alvarez.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── vdw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── s22.py | |
| │ │ │ ├── vdw_alvarez.py | |
| │ │ │ └── vdw.py | |
| │ │ ├── db | |
| │ │ │ ├── app.py | |
| │ │ │ ├── cli.py | |
| │ │ │ ├── convert.py | |
| │ │ │ ├── core.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── jsondb.py | |
| │ │ │ ├── mysql.py | |
| │ │ │ ├── postgresql.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── app.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cli.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── convert.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── core.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── jsondb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mysql.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── postgresql.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── row.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sqlite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── table.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── web.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── row.py | |
| │ │ │ ├── sqlite.py | |
| │ │ │ ├── static | |
| │ │ │ │ ├── row.js | |
| │ │ │ │ ├── search.js | |
| │ │ │ │ └── style.css | |
| │ │ │ ├── table.py | |
| │ │ │ ├── templates | |
| │ │ │ │ ├── js.html | |
| │ │ │ │ ├── layout.html | |
| │ │ │ │ ├── row.html | |
| │ │ │ │ ├── search.html | |
| │ │ │ │ ├── style.html | |
| │ │ │ │ └── table.html | |
| │ │ │ └── web.py | |
| │ │ ├── dependencies.py | |
| │ │ ├── dft | |
| │ │ │ ├── bandgap.py | |
| │ │ │ ├── band_structure.py | |
| │ │ │ ├── bee.py | |
| │ │ │ ├── bz.py | |
| │ │ │ ├── dos.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── kpoints.py | |
| │ │ │ ├── pars_beefvdw.py | |
| │ │ │ ├── pars_mbeef.py | |
| │ │ │ ├── pars_mbeefvdw.py | |
| │ │ │ ├── pdos.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── band_structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bee.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pars_beefvdw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pars_mbeef.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pars_mbeefvdw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pdos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── wannier.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── stm.py | |
| │ │ │ └── wannier.py | |
| │ │ ├── dimer.py | |
| │ │ ├── eos.py | |
| │ │ ├── formula.py | |
| │ │ ├── ga | |
| │ │ │ ├── bulk_crossovers.py | |
| │ │ │ ├── bulk_mutations.py | |
| │ │ │ ├── bulk_startgenerator.py | |
| │ │ │ ├── bulk_utilities.py | |
| │ │ │ ├── convergence.py | |
| │ │ │ ├── cutandsplicepairing.py | |
| │ │ │ ├── data.py | |
| │ │ │ ├── element_crossovers.py | |
| │ │ │ ├── element_mutations.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── multiprocessingrun.py | |
| │ │ │ ├── offspring_creator.py | |
| │ │ │ ├── ofp_comparator.py | |
| │ │ │ ├── parallellocalrun.py | |
| │ │ │ ├── particle_comparator.py | |
| │ │ │ ├── particle_crossovers.py | |
| │ │ │ ├── particle_mutations.py | |
| │ │ │ ├── pbs_queue_run.py | |
| │ │ │ ├── population.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bulk_crossovers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_startgenerator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_utilities.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── convergence.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── data.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── element_crossovers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── element_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── multiprocessingrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── offspring_creator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ofp_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── parallellocalrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── particle_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── particle_crossovers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── particle_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pbs_queue_run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── population.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── relax_attaches.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── slab_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── soft_mutation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── standard_comparators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── standardmutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── startgenerator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── utilities.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── relax_attaches.py | |
| │ │ │ ├── slab_operators.py | |
| │ │ │ ├── soft_mutation.py | |
| │ │ │ ├── standard_comparators.py | |
| │ │ │ ├── standardmutations.py | |
| │ │ │ ├── startgenerator.py | |
| │ │ │ └── utilities.py | |
| │ │ ├── geometry | |
| │ │ │ ├── analysis.py | |
| │ │ │ ├── bravais_type_engine.py | |
| │ │ │ ├── cell.py | |
| │ │ │ ├── dimensionality | |
| │ │ │ │ ├── bond_generator.py | |
| │ │ │ │ ├── disjoint_set.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── interval_analysis.py | |
| │ │ │ │ ├── isolation.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── bond_generator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── disjoint_set.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── interval_analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── isolation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── rank_determination.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── topology_scaling.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rank_determination.py | |
| │ │ │ │ └── topology_scaling.py | |
| │ │ │ ├── distance.py | |
| │ │ │ ├── geometry.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── minkowski_reduction.py | |
| │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── bravais_type_engine.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── geometry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── minkowski_reduction.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── gui | |
| │ │ │ ├── add.py | |
| │ │ │ ├── ag.py | |
| │ │ │ ├── celleditor.py | |
| │ │ │ ├── clipboard.py | |
| │ │ │ ├── colors.py | |
| │ │ │ ├── constraints.py | |
| │ │ │ ├── defaults.py | |
| │ │ │ ├── graphs.py | |
| │ │ │ ├── gui.py | |
| │ │ │ ├── i18n.py | |
| │ │ │ ├── images.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── modify.py | |
| │ │ │ ├── movie.py | |
| │ │ │ ├── nanoparticle.py | |
| │ │ │ ├── nanotube.py | |
| │ │ │ ├── pipe.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── add.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ag.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── celleditor.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── clipboard.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── colors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── constraints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── defaults.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── graphs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gui.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── i18n.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── images.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── modify.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── movie.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nanoparticle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nanotube.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pipe.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── quickinfo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── render.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── repeat.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rotate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── save.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── settings.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── status.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surfaceslab.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ui.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── utils.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── view.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── widgets.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── quickinfo.py | |
| │ │ │ ├── render.py | |
| │ │ │ ├── repeat.py | |
| │ │ │ ├── rotate.py | |
| │ │ │ ├── save.py | |
| │ │ │ ├── settings.py | |
| │ │ │ ├── status.py | |
| │ │ │ ├── surfaceslab.py | |
| │ │ │ ├── ui.py | |
| │ │ │ ├── utils.py | |
| │ │ │ ├── view.py | |
| │ │ │ └── widgets.py | |
| │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ ├── io | |
| │ │ │ ├── abinit.py | |
| │ │ │ ├── acemolecule.py | |
| │ │ │ ├── aff.py | |
| │ │ │ ├── aims.py | |
| │ │ │ ├── animation.py | |
| │ │ │ ├── bader.py | |
| │ │ │ ├── bundlemanipulate.py | |
| │ │ │ ├── bundletrajectory.py | |
| │ │ │ ├── bytes.py | |
| │ │ │ ├── castep.py | |
| │ │ │ ├── cfg.py | |
| │ │ │ ├── cif.py | |
| │ │ │ ├── cif_unicode.py | |
| │ │ │ ├── cmdft.py | |
| │ │ │ ├── cp2k.py | |
| │ │ │ ├── crystal.py | |
| │ │ │ ├── cube.py | |
| │ │ │ ├── dacapo.py | |
| │ │ │ ├── db.py | |
| │ │ │ ├── dftb.py | |
| │ │ │ ├── dlp4.py | |
| │ │ │ ├── dmol.py | |
| │ │ │ ├── elk.py | |
| │ │ │ ├── eon.py | |
| │ │ │ ├── eps.py | |
| │ │ │ ├── espresso.py | |
| │ │ │ ├── exciting.py | |
| │ │ │ ├── extxyz.py | |
| │ │ │ ├── findsym.py | |
| │ │ │ ├── formats.py | |
| │ │ │ ├── fortranfile.py | |
| │ │ │ ├── gamess_us.py | |
| │ │ │ ├── gaussian.py | |
| │ │ │ ├── gaussian_reader.py | |
| │ │ │ ├── gen.py | |
| │ │ │ ├── gpaw_out.py | |
| │ │ │ ├── gpumd.py | |
| │ │ │ ├── gpw.py | |
| │ │ │ ├── gromacs.py | |
| │ │ │ ├── gromos.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── iwm.py | |
| │ │ │ ├── jsonio.py | |
| │ │ │ ├── jsv.py | |
| │ │ │ ├── lammpsdata.py | |
| │ │ │ ├── lammpsrun.py | |
| │ │ │ ├── magres.py | |
| │ │ │ ├── mol.py | |
| │ │ │ ├── mustem.py | |
| │ │ │ ├── netcdftrajectory.py | |
| │ │ │ ├── nomad_json.py | |
| │ │ │ ├── nwchem | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── nwreader_in.py | |
| │ │ │ │ ├── nwreader.py | |
| │ │ │ │ ├── nwwriter.py | |
| │ │ │ │ ├── parser.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwreader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwreader_in.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwwriter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── parser.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── octopus | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── input.py | |
| │ │ │ │ ├── output.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── input.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── output.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── opls.py | |
| │ │ │ ├── orca.py | |
| │ │ │ ├── pickletrajectory.py | |
| │ │ │ ├── plt.py | |
| │ │ │ ├── png.py | |
| │ │ │ ├── pov.py | |
| │ │ │ ├── prismatic.py | |
| │ │ │ ├── proteindatabank.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── abinit.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── acemolecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aims.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── animation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bundlemanipulate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bundletrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bytes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── castep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cfg.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cif.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cif_unicode.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cmdft.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cube.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dacapo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── db.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dftb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dlp4.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── elk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eps.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── exciting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── extxyz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── findsym.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── formats.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fortranfile.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gamess_us.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gaussian.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gaussian_reader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gen.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpaw_out.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpumd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gromacs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gromos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── iwm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── jsonio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── jsv.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpsdata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpsrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── magres.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mustem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nomad_json.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── opls.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── orca.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pickletrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── plt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── png.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pov.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── prismatic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── proteindatabank.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── py.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qbox.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── res.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rmc6f.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sdf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sys.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── trajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ulm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── utils.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vasp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── v_sim.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vtkxml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── wien2k.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── x3d.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xsd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xsf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xtd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xyz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── zmatrix.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── py.py | |
| │ │ │ ├── qbox.py | |
| │ │ │ ├── res.py | |
| │ │ │ ├── rmc6f.py | |
| │ │ │ ├── sdf.py | |
| │ │ │ ├── siesta.py | |
| │ │ │ ├── sys.py | |
| │ │ │ ├── trajectory.py | |
| │ │ │ ├── turbomole.py | |
| │ │ │ ├── ulm.py | |
| │ │ │ ├── utils.py | |
| │ │ │ ├── vasp.py | |
| │ │ │ ├── v_sim.py | |
| │ │ │ ├── vtkxml.py | |
| │ │ │ ├── wien2k.py | |
| │ │ │ ├── x3d.py | |
| │ │ │ ├── xsd.py | |
| │ │ │ ├── xsf.py | |
| │ │ │ ├── xtd.py | |
| │ │ │ ├── xyz.py | |
| │ │ │ └── zmatrix.py | |
| │ │ ├── lattice | |
| │ │ │ ├── bravais.py | |
| │ │ │ ├── compounds.py | |
| │ │ │ ├── cubic.py | |
| │ │ │ ├── hexagonal.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── monoclinic.py | |
| │ │ │ ├── orthorhombic.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bravais.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── compounds.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cubic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hexagonal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── monoclinic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── orthorhombic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── spacegroup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tetragonal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── triclinic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── spacegroup.py | |
| │ │ │ ├── surface.py | |
| │ │ │ ├── tetragonal.py | |
| │ │ │ └── triclinic.py | |
| │ │ ├── __main__.py | |
| │ │ ├── md | |
| │ │ │ ├── analysis.py | |
| │ │ │ ├── fix.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── langevin.py | |
| │ │ │ ├── logger.py | |
| │ │ │ ├── md.py | |
| │ │ │ ├── nptberendsen.py | |
| │ │ │ ├── npt.py | |
| │ │ │ ├── nvtberendsen.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fix.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── logger.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── md.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nptberendsen.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── npt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nvtberendsen.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── switch_langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── velocitydistribution.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── verlet.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── switch_langevin.py | |
| │ │ │ ├── velocitydistribution.py | |
| │ │ │ └── verlet.py | |
| │ │ ├── neb.py | |
| │ │ ├── neighborlist.py | |
| │ │ ├── nomad.py | |
| │ │ ├── optimize | |
| │ │ │ ├── basin.py | |
| │ │ │ ├── berny.py | |
| │ │ │ ├── bfgslinesearch.py | |
| │ │ │ ├── bfgs.py | |
| │ │ │ ├── fire.py | |
| │ │ │ ├── gpmin | |
| │ │ │ │ ├── gpmin.py | |
| │ │ │ │ ├── gp.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── kernel.py | |
| │ │ │ │ ├── prior.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── gp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpmin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kernel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── prior.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── lbfgs.py | |
| │ │ │ ├── mdmin.py | |
| │ │ │ ├── minimahopping.py | |
| │ │ │ ├── oldqn.py | |
| │ │ │ ├── optimize.py | |
| │ │ │ ├── precon | |
| │ │ │ │ ├── fire.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── lbfgs.py | |
| │ │ │ │ ├── neighbors.py | |
| │ │ │ │ ├── precon.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── fire.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lbfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neighbors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── precon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── basin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── berny.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bfgslinesearch.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fire.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lbfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mdmin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── minimahopping.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── oldqn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── optimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── sciopt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── sciopt.py | |
| │ │ │ └── test | |
| │ │ │ ├── analyze.py | |
| │ │ │ ├── generate_rst.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── neb.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── analyze.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── generate_rst.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── systems.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── systems.py | |
| │ │ │ └── test.py | |
| │ │ ├── outputs.py | |
| │ │ ├── parallel.py | |
| │ │ ├── phasediagram.py | |
| │ │ ├── phonons.py | |
| │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── atom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── atoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── autoneb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── constraints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dependencies.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dimer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── eos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── formula.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __main__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── neighborlist.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── nomad.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── outputs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── parallel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── phasediagram.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── phonons.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── quaternions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── symbols.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── thermochemistry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── units.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── quaternions.py | |
| │ │ ├── spacegroup | |
| │ │ │ ├── crystal_data.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── crystal_data.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── spacegroup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── symmetrize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── xtal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── spacegroup.dat | |
| │ │ │ ├── spacegroup.py | |
| │ │ │ ├── symmetrize.py | |
| │ │ │ └── xtal.py | |
| │ │ ├── spectrum | |
| │ │ │ ├── band_structure.py | |
| │ │ │ ├── doscollection.py | |
| │ │ │ ├── dosdata.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── band_structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── doscollection.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dosdata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── structure.py | |
| │ │ ├── symbols.py | |
| │ │ ├── test | |
| │ │ │ ├── atoms | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_angle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atom_scaled_pos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_formula.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_get_duplicates.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_getitem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_get_positions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_info_copy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_instantiation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_build.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_center.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_center_nonperiodic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_compare_atoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_deprecated_get_set.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_get_angles.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_h2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_mic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_permute_axes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_rotate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_rotate_euler.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_scaled_positions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_set_get_angle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_set_momenta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_atom.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_angle.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atom_scaled_pos.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_distance.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_formula.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_get_duplicates.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_getitem.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_get_positions.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_info_copy.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_instantiation.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms.py | |
| │ │ │ │ ├── test_build.py | |
| │ │ │ │ ├── test_center_nonperiodic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_center.py | |
| │ │ │ │ ├── test_compare_atoms.py | |
| │ │ │ │ ├── test_deprecated_get_set.py | |
| │ │ │ │ ├── test_get_angles.py | |
| │ │ │ │ ├── test_h2.py | |
| │ │ │ │ ├── test_mic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_permute_axes.py | |
| │ │ │ │ ├── test_rotate_euler.py | |
| │ │ │ │ ├── test_rotate.py | |
| │ │ │ │ ├── test_scaled_positions.py | |
| │ │ │ │ ├── test_set_get_angle.py | |
| │ │ │ │ └── test_set_momenta.py | |
| │ │ │ ├── bandstructure | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandpath.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandstructure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandstructure_json.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandstructure_many.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandstructure_transform_mcl.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_resolve_custom_kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_bandpath.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bandstructure_json.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bandstructure_many.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bandstructure.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bandstructure_transform_mcl.py | |
| │ │ │ │ └── test_resolve_custom_kpoints.py | |
| │ │ │ ├── bravais | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_2d_cell_pbc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_classification_engine.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_eps.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_hex.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lattices.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_line_lattice.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_main.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_orcc_mcl.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_standard_form.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_2d_cell_pbc.py | |
| │ │ │ │ ├── test_classification_engine.py | |
| │ │ │ │ ├── test_eps.py | |
| │ │ │ │ ├── test_hex.py | |
| │ │ │ │ ├── test_lattices.py | |
| │ │ │ │ ├── test_line_lattice.py | |
| │ │ │ │ ├── test_main.py | |
| │ │ │ │ ├── test_orcc_mcl.py | |
| │ │ │ │ └── test_standard_form.py | |
| │ │ │ ├── build_ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_attach.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_build_bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_surface_stack.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_surface_terminations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_attach.py | |
| │ │ │ │ ├── test_build_bulk.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bulk.py | |
| │ │ │ │ ├── test_surface.py | |
| │ │ │ │ ├── test_surface_stack.py | |
| │ │ │ │ └── test_surface_terminations.py | |
| │ │ │ ├── calculator | |
| │ │ │ │ ├── abinit | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_abinit_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_abinit_Si.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_main.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_abinit_cmdline.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_abinit_Si.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_main.py | |
| │ │ │ │ ├── aims | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_aims_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_aims_interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_aims_parser.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_H2O_aims.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_aims_cmdline.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_aims_interface.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_aims_parser.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_H2O_aims.py | |
| │ │ │ │ ├── amber | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_amber.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_amber.py | |
| │ │ │ │ ├── castep | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_castep_interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_castep_interface.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_dcd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_GeoOpt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_LDA.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_libxc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_LS.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_None.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_PBE.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_MD.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_O2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_restart.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_cp2k_unknown_keywords.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_dcd.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_GeoOpt.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_LDA.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_libxc.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_LS.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_None.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_H2_PBE.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_MD.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_O2.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_restart.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cp2k_stress.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_cp2k_unknown_keywords.py | |
| │ │ │ │ ├── crystal | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_graphene.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_molecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bulk.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_graphene.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_molecule.py | |
| │ │ │ │ ├── demon | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_h2o_xas_xes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_h2o.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_h2o_xas_xes.py | |
| │ │ │ │ ├── dftb | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_dftb_bandstructure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_dftb_relax_bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_dftb_relax_dimer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_dftb_relax_surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dftb_bandstructure.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dftb_relax_bulk.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dftb_relax_dimer.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_dftb_relax_surface.py | |
| │ │ │ │ ├── dmol | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_Al_dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_water_dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_Al_dmol.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_water_dmol.py | |
| │ │ │ │ ├── elk | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_Al_rmt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_elk_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_Al_rmt.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_elk_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── espresso | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_espresso.py | |
| │ │ │ │ ├── exciting | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_exciting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_exciting.py | |
| │ │ │ │ ├── fleur | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_fleur_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_fleur_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── gaussian | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_gaussian_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_h2of.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_optimizer_irc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_water.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_gaussian_cmdline.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_h2of.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_optimizer_irc.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_water.py | |
| │ │ │ │ ├── gpaw_ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_no_spin_and_spin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_read_text_output.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_no_spin_and_spin.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_read_text_output.py | |
| │ │ │ │ ├── gromacs | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_gromacs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_gromacs.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── kim | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_cutoff_skin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_energy_forces_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_multi_neighlist.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_relax.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_update_coords.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cutoff_skin.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_energy_forces_stress.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_multi_neighlist.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_relax.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_update_coords.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_lammpslib_change_cell_bcs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_lammpslib_interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_lammpslib_simple.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_lammpslib_small_nonperiodic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lammpslib_change_cell_bcs.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lammpslib_interface.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lammpslib_simple.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_lammpslib_small_nonperiodic.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpsrun | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_Ar_minimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_NaCl_minimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_no_data_file_wrap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_Pt_md_constraints_multistep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_Pt_stress_cellopt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_Ar_minimize.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_NaCl_minimize.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_no_data_file_wrap.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_Pt_md_constraints_multistep.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_Pt_stress_cellopt.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_bands.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_broken_symmetry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_eigenvalues.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_h3o2m.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_parser.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_runmany.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_spin_symmetry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_nwchem_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_bands.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_broken_symmetry.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_cmdline.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_eigenvalues.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_h3o2m.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_parser.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_runmany.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem_spin_symmetry.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_nwchem_stress.py | |
| │ │ │ │ ├── octopus | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_big.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_big.py | |
| │ │ │ │ ├── onetep | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_onetep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_onetep.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_al.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_ch4_energy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dftd3.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_gulp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_gulp_opt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_h2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_h2morse.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_mopac.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_morse.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_orca.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_orca_qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_polarizability.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_traj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_ts09.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qchem | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_qchem_calculator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_qchem_calculator.py | |
| │ │ │ │ ├── siesta | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── script_mbpt_lcao.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf_eels.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── script_raman.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ └── script_raman_pyscf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_mbpt_lcao.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf_eels.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_raman.py | |
| │ │ │ │ │ │ └── script_raman_pyscf.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_bands.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_fdf_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_siesta_read_eigenvalues.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_siesta_version.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_siesta_zmat.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bands.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fdf_io.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_scripts | |
| │ │ │ │ │ │ ├── CH4 | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── H2 | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── Na8 | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── Si | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_siesta.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_siesta_read_eigenvalues.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_siesta_version.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_siesta_zmat.py | |
| │ │ │ │ ├── test_al.py | |
| │ │ │ │ ├── test_ch4_energy.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dftd3.py | |
| │ │ │ │ ├── test_gulp_opt.py | |
| │ │ │ │ ├── test_gulp.py | |
| │ │ │ │ ├── test_h2morse.py | |
| │ │ │ │ ├── test_h2.py | |
| │ │ │ │ ├── test_lj.py | |
| │ │ │ │ ├── test_mopac.py | |
| │ │ │ │ ├── test_morse.py | |
| │ │ │ │ ├── test_orca.py | |
| │ │ │ │ ├── test_orca_qmmm.py | |
| │ │ │ │ ├── test_polarizability.py | |
| │ │ │ │ ├── test_traj.py | |
| │ │ │ │ ├── test_ts09.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_2h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_au13.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_H2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_h3o2m.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_optimizer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── test_turbomole_qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_2h2o.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_au13.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_h2o.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_H2.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_h3o2m.py | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole_optimizer.py | |
| │ │ │ │ │ └── test_turbomole_qmmm.py | |
| │ │ │ │ └── vasp | |
| │ │ │ │ ├── filecmp_ignore_whitespace.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── filecmp_ignore_whitespace.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_Al_volrelax.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_check_state.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_co.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_import.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_slab.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_wdir.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_xc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp2_xml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_Al_volrelax.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_charge.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_co.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_input.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_net_charge.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_setup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_xc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_vasp_xml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_Al_volrelax.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_cell.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_check_state.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_co.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_import.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_kpoints.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_slab.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_wdir.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_xc.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp2_xml.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_Al_volrelax.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_cell.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_charge.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_co.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_input.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_kpoints.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_net_charge.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_setup.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_xc.py | |
| │ │ │ │ └── test_vasp_xml.py | |
| │ │ │ ├── cell | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cell_completion.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cell_conv.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cell_uncompletion.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_minkowski_reduce.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_niggli.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_niggli_op.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_standard_form.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_supercell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_cell_completion.py | |
| │ │ │ │ ├── test_cell_conv.py | |
| │ │ │ │ ├── test_cell_uncompletion.py | |
| │ │ │ │ ├── test_minkowski_reduce.py | |
| │ │ │ │ ├── test_niggli_op.py | |
| │ │ │ │ ├── test_niggli.py | |
| │ │ │ │ ├── test_standard_form.py | |
| │ │ │ │ └── test_supercell.py | |
| │ │ │ ├── cli | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandstructure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bzplot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_complete.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_diff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dimensionality.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_info.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_bandstructure.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bzplot.py | |
| │ │ │ │ ├── test_complete.py | |
| │ │ │ │ ├── test_diff.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dimensionality.py | |
| │ │ │ │ └── test_info.py | |
| │ │ │ ├── conftest.py | |
| │ │ │ ├── constraints | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_CO2linear_Au111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_external_force.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fixatoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fixbondlength_CO2_Au111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fix_bond_length_mic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fixbonds.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fixcom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fix_symmetry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_getindices.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_hookean.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_hookean_pbc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_main.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_mirror.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_negativeindex.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_parameteric_constr.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_repeat_FixAtoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_setpos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_CO2linear_Au111.py | |
| │ │ │ │ ├── test_external_force.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fixatoms.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fixbondlength_CO2_Au111.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fix_bond_length_mic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fixbonds.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fixcom.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fix_symmetry.py | |
| │ │ │ │ ├── test_getindices.py | |
| │ │ │ │ ├── test_hookean_pbc.py | |
| │ │ │ │ ├── test_hookean.py | |
| │ │ │ │ ├── test_main.py | |
| │ │ │ │ ├── test_mirror.py | |
| │ │ │ │ ├── test_negativeindex.py | |
| │ │ │ │ ├── test_parameteric_constr.py | |
| │ │ │ │ ├── test_repeat_FixAtoms.py | |
| │ │ │ │ └── test_setpos.py | |
| │ │ │ ├── db | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_db2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_db.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_db_web.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_jsondb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_metadata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_mysql.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_o2b2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_sql_db_ext_tables.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_sqlite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_update.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_db2.py | |
| │ │ │ │ ├── test_db.py | |
| │ │ │ │ ├── test_db_web.py | |
| │ │ │ │ ├── test_jsondb.py | |
| │ │ │ │ ├── test_metadata.py | |
| │ │ │ │ ├── test_mysql.py | |
| │ │ │ │ ├── test_o2b2o.py | |
| │ │ │ │ ├── test_sql_db_ext_tables.py | |
| │ │ │ │ ├── test_sqlite.py | |
| │ │ │ │ └── test_update.py | |
| │ │ │ ├── dft | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_hex.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_interpolate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_kpt_density_monkhorst_pack.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_kpts_size_offsets.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_monoclinic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_bandgap.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dos.py | |
| │ │ │ │ ├── test_hex.py | |
| │ │ │ │ ├── test_interpolate.py | |
| │ │ │ │ ├── test_kpt_density_monkhorst_pack.py | |
| │ │ │ │ ├── test_kpts_size_offsets.py | |
| │ │ │ │ └── test_monoclinic.py | |
| │ │ │ ├── emt | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_emt1.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_emt2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_emt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_emt_h3o2m.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_emt_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_emt1.py | |
| │ │ │ │ ├── test_emt2.py | |
| │ │ │ │ ├── test_emt_h3o2m.py | |
| │ │ │ │ ├── test_emt.py | |
| │ │ │ │ └── test_emt_stress.py | |
| │ │ │ ├── factories.py | |
| │ │ │ ├── fio | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_abinit.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_aims_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_animate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_atoms_bytes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cfg.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cif.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_compression.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dftb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dlp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_eon_masses.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_eon_multi_image_read.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_eon_readwrite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_extxyz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_gpumd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_info.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_ioformats.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_iread_path.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_json_arrays.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_jsonio_atoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_jsonio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_magmom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_magres.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_match_magic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_mustem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_netcdftrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nomad.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nwchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_oi.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_oldtraj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_parallel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_pdb_cell_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_pdb_extra.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_prismatic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_pycodcif_read.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_qbox.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_readwrite_errors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_res.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_rmc6f.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_traj_bytesio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_trajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_trajectory_heterogeneous.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_turbomole.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_ulm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_out.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_vasp_structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_v_sim.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_xsd_bond.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_xsf_spec.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_abinit.py | |
| │ │ │ │ ├── test_aims_io.py | |
| │ │ │ │ ├── test_animate.py | |
| │ │ │ │ ├── test_atoms_bytes.py | |
| │ │ │ │ ├── test_cfg.py | |
| │ │ │ │ ├── test_cif.py | |
| │ │ │ │ ├── test_compression.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dftb.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dlp.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dmol.py | |
| │ │ │ │ ├── test_eon_masses.py | |
| │ │ │ │ ├── test_eon_multi_image_read.py | |
| │ │ │ │ ├── test_eon_readwrite.py | |
| │ │ │ │ ├── test_espresso.py | |
| │ │ │ │ ├── test_extxyz.py | |
| │ │ │ │ ├── test_gpumd.py | |
| │ │ │ │ ├── test_info.py | |
| │ │ │ │ ├── test_ioformats.py | |
| │ │ │ │ ├── test_iread_path.py | |
| │ │ │ │ ├── test_json_arrays.py | |
| │ │ │ │ ├── test_jsonio_atoms.py | |
| │ │ │ │ ├── test_jsonio.py | |
| │ │ │ │ ├── test_magmom.py | |
| │ │ │ │ ├── test_magres.py | |
| │ │ │ │ ├── test_match_magic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_mustem.py | |
| │ │ │ │ ├── test_netcdftrajectory.py | |
| │ │ │ │ ├── test_nomad.py | |
| │ │ │ │ ├── test_nwchem.py | |
| │ │ │ │ ├── test_oi.py | |
| │ │ │ │ ├── test_oldtraj.py | |
| │ │ │ │ ├── test_parallel.py | |
| │ │ │ │ ├── test_pdb_cell_io.py | |
| │ │ │ │ ├── test_pdb_extra.py | |
| │ │ │ │ ├── test_prismatic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_pycodcif_read.py | |
| │ │ │ │ ├── test_qbox.py | |
| │ │ │ │ ├── test_readwrite_errors.py | |
| │ │ │ │ ├── test_res.py | |
| │ │ │ │ ├── test_rmc6f.py | |
| │ │ │ │ ├── test_traj_bytesio.py | |
| │ │ │ │ ├── test_trajectory_heterogeneous.py | |
| │ │ │ │ ├── test_trajectory.py | |
| │ │ │ │ ├── test_turbomole.py | |
| │ │ │ │ ├── test_ulm.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_out.py | |
| │ │ │ │ ├── test_vasp_structure.py | |
| │ │ │ │ ├── test_v_sim.py | |
| │ │ │ │ ├── test_xsd_bond.py | |
| │ │ │ │ └── test_xsf_spec.py | |
| │ │ │ ├── forcefields | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_acn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_aic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_combine_mm2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_combine_mm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_counterions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_forceqmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_qmmm_acn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_qmmm_tip4p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_rattle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_rattle_linear.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_tip4p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_tipnp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_acn.py | |
| │ │ │ │ ├── test_aic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_combine_mm2.py | |
| │ │ │ │ ├── test_combine_mm.py | |
| │ │ │ │ ├── test_counterions.py | |
| │ │ │ │ ├── test_forceqmmm.py | |
| │ │ │ │ ├── test_qmmm_acn.py | |
| │ │ │ │ ├── test_qmmm.py | |
| │ │ │ │ ├── test_qmmm_tip4p.py | |
| │ │ │ │ ├── test_rattle_linear.py | |
| │ │ │ │ ├── test_rattle.py | |
| │ │ │ │ ├── test_tip4p.py | |
| │ │ │ │ └── test_tipnp.py | |
| │ │ │ ├── ga | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_add_candidates.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_basic_example_main_run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_bulk_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_chain_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_create_database.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_cutandsplicepairing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_database_logic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_element_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_film_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_particle_comparators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_particle_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_slab_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_standardcomparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_utilities.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_add_candidates.py | |
| │ │ │ │ ├── test_basic_example_main_run.py | |
| │ │ │ │ ├── test_bulk_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_chain_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_create_database.py | |
| │ │ │ │ ├── test_cutandsplicepairing.py | |
| │ │ │ │ ├── test_database_logic.py | |
| │ │ │ │ ├── test_element_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_film_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_mutations.py | |
| │ │ │ │ ├── test_particle_comparators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_particle_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_slab_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── test_standardcomparator.py | |
| │ │ │ │ └── test_utilities.py | |
| │ │ │ ├── gui | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_run.py | |
| │ │ │ ├── infrared | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_combine.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_combine.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── lammpsdata | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lammpsdata_read.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_lammpsdata_write.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_lammpsdata_read.py | |
| │ │ │ │ └── test_lammpsdata_write.py | |
| │ │ │ ├── md | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_CO2linear_Au111_langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fixrotation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_idealgas.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_langevin_switching.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_maxwellboltzmann.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_md.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_md_logger.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_md_logger_interval.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_nvt_npt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_phonon_md_init.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_velocity_distribution.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_verlet_asap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_verlet.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_CO2linear_Au111_langevin.py | |
| │ │ │ │ ├── test_fixrotation.py | |
| │ │ │ │ ├── test_idealgas.py | |
| │ │ │ │ ├── test_langevin.py | |
| │ │ │ │ ├── test_langevin_switching.py | |
| │ │ │ │ ├── test_maxwellboltzmann.py | |
| │ │ │ │ ├── test_md_logger_interval.py | |
| │ │ │ │ ├── test_md_logger.py | |
| │ │ │ │ ├── test_md.py | |
| │ │ │ │ ├── test_nvt_npt.py | |
| │ │ │ │ ├── test_phonon_md_init.py | |
| │ │ │ │ ├── test_velocity_distribution.py | |
| │ │ │ │ ├── test_verlet_asap.py | |
| │ │ │ │ └── test_verlet.py | |
| │ │ │ ├── neb | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_Ag_Cu100.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_autoneb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_COCu111_2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_COCu111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_dynamic_neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_idpp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_neb_tr.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_vacancy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_Ag_Cu100.py | |
| │ │ │ │ ├── test_autoneb.py | |
| │ │ │ │ ├── test_COCu111_2.py | |
| │ │ │ │ ├── test_COCu111.py | |
| │ │ │ │ ├── test_dynamic_neb.py | |
| │ │ │ │ ├── test_idpp.py | |
| │ │ │ │ ├── test_neb.py | |
| │ │ │ │ ├── test_neb_tr.py | |
| │ │ │ │ └── test_vacancy.py | |
| │ │ │ ├── neighbor | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_neighbor.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_neighbor_initialization.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_neighbor_kernel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_neighbor_initialization.py | |
| │ │ │ │ ├── test_neighbor_kernel.py | |
| │ │ │ │ └── test_neighbor.py | |
| │ │ │ ├── optimize | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_fire.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_minimahop.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_optimizers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_replay.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_fire.py | |
| │ │ │ │ ├── test_minimahop.py | |
| │ │ │ │ ├── test_optimizers.py | |
| │ │ │ │ └── test_replay.py | |
| │ │ │ ├── precon | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_amin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_ff_and_precon_c60.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_lbfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_smallcell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_unitcellfilter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_amin.py | |
| │ │ │ │ ├── test_ff_and_precon_c60.py | |
| │ │ │ │ ├── test_lbfgs.py | |
| │ │ │ │ ├── test_smallcell.py | |
| │ │ │ │ └── test_unitcellfilter.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── conftest.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── factories.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_ag.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_bader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_bandpath_kpts_axis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_basin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_calc_outputs_big.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_calc_properties.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_calculator_equal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_calculator_label.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_cellfilter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_checkpoint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_cluster.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_com.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_cutoffs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_diffusion_coefficient.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_dihedralconstraint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_dimensionality.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_dimer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_dimer_method.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_distmom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_doctests.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_eam.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_eam_run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_eos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_example.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_filter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_flakes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_forcecurve.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_formula.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_geometry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_hcp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_imports.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_ipi_protocol_bfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_issue276.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_kpts2kpts.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_kpts.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_lattice_lindep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_linesearch_maxstep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_lock.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_makebandpath.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_matplotlib_plot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_minimum_image_convention.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_mixingcalc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_mpi.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_n2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_noncollinear.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_parsemath.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_pathlib_support.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_phasediagram.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_potential_energies.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_pourbaix.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_properties.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_pubchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_pull.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_quaternions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_root_surf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_s22.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_singlepointcalc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_singlepoint_dft_calc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_spacegroup_crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_space_group_data.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_springcalc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_stm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_strain.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_strain_emt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_structure_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── testsuite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_symbols.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_thermochemistry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_things.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_timing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_units.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_vib.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_wannier.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_x3d.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_xrdebye.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_zmatrix.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── pytest.ini | |
| │ │ │ ├── spectrum | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── test_doscollection.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_dosdata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_doscollection.py | |
| │ │ │ │ └── test_dosdata.py | |
| │ │ │ ├── standardization | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_properties.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_properties.py | |
| │ │ │ ├── test_ag.py | |
| │ │ │ ├── test_analysis.py | |
| │ │ │ ├── test_bader.py | |
| │ │ │ ├── test_bandgap.py | |
| │ │ │ ├── test_bandpath_kpts_axis.py | |
| │ │ │ ├── test_basin.py | |
| │ │ │ ├── test_calc_outputs_big.py | |
| │ │ │ ├── test_calc_properties.py | |
| │ │ │ ├── test_calculator_equal.py | |
| │ │ │ ├── test_calculator_label.py | |
| │ │ │ ├── test_cellfilter.py | |
| │ │ │ ├── test_checkpoint.py | |
| │ │ │ ├── test_cluster.py | |
| │ │ │ ├── test_com.py | |
| │ │ │ ├── test_cutoffs.py | |
| │ │ │ ├── testdata | |
| │ │ │ │ ├── eam_Pt_u3.dat | |
| │ │ │ │ ├── gpaw_expected_text_output | |
| │ │ │ │ ├── lammpsdata_expected_output.data | |
| │ │ │ │ ├── lammpsdata_expected_output.xyz | |
| │ │ │ │ ├── lammpsdata_input.data | |
| │ │ │ │ ├── nomad-images.nomad-json | |
| │ │ │ │ ├── qbox_04_md_ntc.reference.xml | |
| │ │ │ │ ├── qbox_test.xml | |
| │ │ │ │ └── Si-Si.skf | |
| │ │ │ ├── test_diffusion_coefficient.py | |
| │ │ │ ├── test_dihedralconstraint.py | |
| │ │ │ ├── test_dimensionality.py | |
| │ │ │ ├── test_dimer_method.py | |
| │ │ │ ├── test_dimer.py | |
| │ │ │ ├── test_distance.py | |
| │ │ │ ├── test_distmom.py | |
| │ │ │ ├── test_doctests.py | |
| │ │ │ ├── test_dos.py | |
| │ │ │ ├── test_eam.py | |
| │ │ │ ├── test_eam_run.py | |
| │ │ │ ├── test_eos.py | |
| │ │ │ ├── test_example.py | |
| │ │ │ ├── test_filter.py | |
| │ │ │ ├── test_flakes.py | |
| │ │ │ ├── test_forcecurve.py | |
| │ │ │ ├── test_formula.py | |
| │ │ │ ├── test_geometry.py | |
| │ │ │ ├── test_hcp.py | |
| │ │ │ ├── test_imports.py | |
| │ │ │ ├── test_ipi_protocol_bfgs.py | |
| │ │ │ ├── test_issue276.py | |
| │ │ │ ├── test_kpts2kpts.py | |
| │ │ │ ├── test_kpts.py | |
| │ │ │ ├── test_lattice_lindep.py | |
| │ │ │ ├── test_linesearch_maxstep.py | |
| │ │ │ ├── test_lock.py | |
| │ │ │ ├── test_makebandpath.py | |
| │ │ │ ├── test_matplotlib_plot.py | |
| │ │ │ ├── test_minimum_image_convention.py | |
| │ │ │ ├── test_mixingcalc.py | |
| │ │ │ ├── test_mpi.py | |
| │ │ │ ├── test_n2.py | |
| │ │ │ ├── test_noncollinear.py | |
| │ │ │ ├── test_parsemath.py | |
| │ │ │ ├── test_pathlib_support.py | |
| │ │ │ ├── test_phasediagram.py | |
| │ │ │ ├── test_potential_energies.py | |
| │ │ │ ├── test_pourbaix.py | |
| │ │ │ ├── test_properties.py | |
| │ │ │ ├── test_pubchem.py | |
| │ │ │ ├── test_pull.py | |
| │ │ │ ├── test_quaternions.py | |
| │ │ │ ├── test_root_surf.py | |
| │ │ │ ├── test_s22.py | |
| │ │ │ ├── test_singlepointcalc.py | |
| │ │ │ ├── test_singlepoint_dft_calc.py | |
| │ │ │ ├── test_spacegroup_crystal.py | |
| │ │ │ ├── test_space_group_data.py | |
| │ │ │ ├── test_springcalc.py | |
| │ │ │ ├── test_stm.py | |
| │ │ │ ├── test_strain_emt.py | |
| │ │ │ ├── test_strain.py | |
| │ │ │ ├── test_stress.py | |
| │ │ │ ├── test_structure_comparator.py | |
| │ │ │ ├── testsuite.py | |
| │ │ │ ├── test_symbols.py | |
| │ │ │ ├── test_thermochemistry.py | |
| │ │ │ ├── test_things.py | |
| │ │ │ ├── test_timing.py | |
| │ │ │ ├── test_units.py | |
| │ │ │ ├── test_vib.py | |
| │ │ │ ├── test_wannier.py | |
| │ │ │ ├── test_x3d.py | |
| │ │ │ ├── test_xrdebye.py | |
| │ │ │ ├── test_zmatrix.py | |
| │ │ │ ├── transport | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_transport_calculator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_transport_calculator.py | |
| │ │ │ └── vibrations | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_albrecht.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_franck_condon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_placzek.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_profeta_albrecht.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── test_albrecht.py | |
| │ │ │ ├── test_franck_condon.py | |
| │ │ │ ├── test_placzek.py | |
| │ │ │ └── test_profeta_albrecht.py | |
| │ │ ├── thermochemistry.py | |
| │ │ ├── transport | |
| │ │ │ ├── calculators.py | |
| │ │ │ ├── greenfunction.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── calculators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── greenfunction.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── selfenergy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── tools.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── selfenergy.py | |
| │ │ │ ├── stm.py | |
| │ │ │ └── tools.py | |
| │ │ ├── units.py | |
| │ │ ├── utils | |
| │ │ │ ├── arraywrapper.py | |
| │ │ │ ├── bee.py | |
| │ │ │ ├── build_web_page.py | |
| │ │ │ ├── cext.py | |
| │ │ │ ├── deltacodesdft.py | |
| │ │ │ ├── distance.py | |
| │ │ │ ├── eos.py | |
| │ │ │ ├── extrapolate.py | |
| │ │ │ ├── ff.py | |
| │ │ │ ├── forcecurve.py | |
| │ │ │ ├── geometry.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── linesearcharmijo.py | |
| │ │ │ ├── linesearch.py | |
| │ │ │ ├── newrelease.py | |
| │ │ │ ├── parsemath.py | |
| │ │ │ ├── plotting.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── arraywrapper.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bee.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── build_web_page.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cext.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── deltacodesdft.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── extrapolate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── forcecurve.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── geometry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── linesearcharmijo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── linesearch.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── newrelease.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── parsemath.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── plotting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sphinx.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── structure_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── timing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── xrdebye.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── sphinx.py | |
| │ │ │ ├── structure_comparator.py | |
| │ │ │ ├── timing.py | |
| │ │ │ └── xrdebye.py | |
| │ │ ├── vibrations | |
| │ │ │ ├── albrecht.py | |
| │ │ │ ├── franck_condon.py | |
| │ │ │ ├── infrared.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── placzek.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── albrecht.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── franck_condon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── infrared.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── placzek.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── resonant_raman.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── vibrations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── resonant_raman.py | |
| │ │ │ └── vibrations.py | |
| │ │ └── visualize | |
| │ │ ├── colortable.py | |
| │ │ ├── fieldplotter.py | |
| │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ ├── mlab.py | |
| │ │ ├── ngl.py | |
| │ │ ├── plot.py | |
| │ │ ├── primiplotter.py | |
| │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── colortable.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── fieldplotter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── mlab.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── ngl.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── plot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── primiplotter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── sage.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── x3d.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── sage.py | |
| │ │ └── x3d.py | |
| │ └── ase-3.20.1.dist-info | |
| │ ├── COPYING | |
| │ ├── COPYING.LESSER | |
| │ ├── direct_url.json | |
| │ ├── entry_points.txt | |
| │ ├── INSTALLER | |
| │ ├── LICENSE | |
| │ ├── METADATA | |
| │ ├── RECORD | |
| │ ├── top_level.txt | |
| │ └── WHEEL | |
| └── nix-support | |
| └── propagated-build-inputs | |
| 195 directories, 1966 files |
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