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@ryantm

ryantm/gist:3a622f3c06c370442b5d73da5dfb0500

Created August 5, 2019 07:01
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/nix/store/pjfn4grslf683pcblwranfsmcbwd37ns-python3.7-biopython-1.74
├── lib
│   └── python3.7
│   └── site-packages
│   ├── Bio
│   │   ├── Affy
│   │   │   ├── CelFile.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── CelFile.cpython-37.pyc
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── Align
│   │   │   ├── _aligners.c
│   │   │   ├── _aligners.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── AlignInfo.py
│   │   │   ├── Applications
│   │   │   │   ├── _ClustalOmega.py
│   │   │   │   ├── _Clustalw.py
│   │   │   │   ├── _Dialign.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _Mafft.py
│   │   │   │   ├── _MSAProbs.py
│   │   │   │   ├── _Muscle.py
│   │   │   │   ├── _Prank.py
│   │   │   │   ├── _Probcons.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── _ClustalOmega.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Clustalw.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Dialign.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Mafft.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _MSAProbs.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Muscle.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Prank.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Probcons.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── _TCoffee.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _TCoffee.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── AlignInfo.cpython-37.pyc
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── AlignIO
│   │   │   ├── ClustalIO.py
│   │   │   ├── EmbossIO.py
│   │   │   ├── FastaIO.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── Interfaces.py
│   │   │   ├── MafIO.py
│   │   │   ├── MauveIO.py
│   │   │   ├── NexusIO.py
│   │   │   ├── PhylipIO.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── ClustalIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── EmbossIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── FastaIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Interfaces.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── MafIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── MauveIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NexusIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PhylipIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── StockholmIO.cpython-37.pyc
│   │   │   └── StockholmIO.py
│   │   ├── Alphabet
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── IUPAC.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── IUPAC.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Reduced.cpython-37.pyc
│   │   │   └── Reduced.py
│   │   ├── Application
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── bgzf.py
│   │   ├── Blast
│   │   │   ├── Applications.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── NCBIWWW.py
│   │   │   ├── NCBIXML.py
│   │   │   ├── ParseBlastTable.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── Applications.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NCBIWWW.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NCBIXML.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── ParseBlastTable.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Record.cpython-37.pyc
│   │   │   └── Record.py
│   │   ├── CAPS
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── Cluster
│   │   │   ├── cluster.c
│   │   │   ├── _cluster.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── cluster.h
│   │   │   ├── clustermodule.c
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── codonalign
│   │   │   ├── chisq.py
│   │   │   ├── codonalignment.py
│   │   │   ├── codonalphabet.py
│   │   │   ├── codonseq.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── chisq.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── codonalignment.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── codonalphabet.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── codonseq.cpython-37.pyc
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── Compass
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── cpairwise2.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   ├── cpairwise2module.c
│   │   ├── Crystal
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── Data
│   │   │   ├── CodonTable.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── IUPACData.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── CodonTable.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── IUPACData.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── SCOPData.cpython-37.pyc
│   │   │   └── SCOPData.py
│   │   ├── Emboss
│   │   │   ├── Applications.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── Primer3.py
│   │   │   ├── PrimerSearch.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── Applications.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Primer3.cpython-37.pyc
│   │   │   └── PrimerSearch.cpython-37.pyc
│   │   ├── Entrez
│   │   │   ├── DTDs
│   │   │   │   ├── archivearticle.dtd
│   │   │   │   ├── archivecustom-classes.ent
│   │   │   │   ├── archivecustom-mixes.ent
│   │   │   │   ├── archivecustom-models.ent
│   │   │   │   ├── archivecustom-modules.ent
│   │   │   │   ├── articlemeta.ent
│   │   │   │   ├── backmatter.ent
│   │   │   │   ├── bookdoc_100301.dtd
│   │   │   │   ├── bookdoc_110101.dtd
│   │   │   │   ├── bookdoc_120101.dtd
│   │   │   │   ├── bookdoc_130101.dtd
│   │   │   │   ├── bookdoc_140101.dtd
│   │   │   │   ├── bookdoc_150101.dtd
│   │   │   │   ├── chars.ent
│   │   │   │   ├── common.ent
│   │   │   │   ├── default-classes.ent
│   │   │   │   ├── default-mixes.ent
│   │   │   │   ├── display.ent
│   │   │   │   ├── Docsum_3_0.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_0.mod.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_1.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_1.mod.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_2.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_2.mod.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_3.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_3.mod.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_4.dtd
│   │   │   │   ├── Docsum_3_4.mod.dtd
│   │   │   │   ├── egquery.dtd
│   │   │   │   ├── eInfo_020511.dtd
│   │   │   │   ├── einfo.dtd
│   │   │   │   ├── elink_020122.dtd
│   │   │   │   ├── eLink_090910.dtd
│   │   │   │   ├── eLink_101123.dtd
│   │   │   │   ├── EMBL_General.dtd
│   │   │   │   ├── EMBL_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── ePost_020511.dtd
│   │   │   │   ├── eSearch_020511.dtd
│   │   │   │   ├── esearch.dtd
│   │   │   │   ├── eSpell.dtd
│   │   │   │   ├── eSummary_041029.dtd
│   │   │   │   ├── esummary-v1.dtd
│   │   │   │   ├── format.ent
│   │   │   │   ├── GenBank_General.dtd
│   │   │   │   ├── GenBank_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── HomoloGene.dtd
│   │   │   │   ├── HomoloGene.mod.dtd
│   │   │   │   ├── htmltable.dtd
│   │   │   │   ├── INSD_INSDSeq.dtd
│   │   │   │   ├── INSD_INSDSeq.mod.dtd
│   │   │   │   ├── isoamsa.ent
│   │   │   │   ├── isoamsb.ent
│   │   │   │   ├── isoamsc.ent
│   │   │   │   ├── isoamsn.ent
│   │   │   │   ├── isoamso.ent
│   │   │   │   ├── isoamsr.ent
│   │   │   │   ├── isobox.ent
│   │   │   │   ├── isocyr1.ent
│   │   │   │   ├── isocyr2.ent
│   │   │   │   ├── isodia.ent
│   │   │   │   ├── isogrk1.ent
│   │   │   │   ├── isogrk2.ent
│   │   │   │   ├── isogrk3.ent
│   │   │   │   ├── isogrk4.ent
│   │   │   │   ├── isolat1.ent
│   │   │   │   ├── isolat2.ent
│   │   │   │   ├── isomfrk.ent
│   │   │   │   ├── isomopf.ent
│   │   │   │   ├── isomscr.ent
│   │   │   │   ├── isonum.ent
│   │   │   │   ├── isopub.ent
│   │   │   │   ├── isotech.ent
│   │   │   │   ├── journalmeta.ent
│   │   │   │   ├── link.ent
│   │   │   │   ├── list.ent
│   │   │   │   ├── math.ent
│   │   │   │   ├── mathml2.dtd
│   │   │   │   ├── mathml2-qname-1.mod
│   │   │   │   ├── mathml3.dtd
│   │   │   │   ├── mathml3-qname1.mod
│   │   │   │   ├── mathml-in-pubmed.mod
│   │   │   │   ├── mathmlsetup.ent
│   │   │   │   ├── MMDB_Chemical_graph.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB_Chemical_graph.mod.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB_Features.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB_Features.mod.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB.mod.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB_Structural_model.dtd
│   │   │   │   ├── MMDB_Structural_model.mod.dtd
│   │   │   │   ├── mmlalias.ent
│   │   │   │   ├── mmlextra.ent
│   │   │   │   ├── modules.ent
│   │   │   │   ├── NCBI_Access.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Access.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_all.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Biblio.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Biblio.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BioSource.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BioSource.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BioTree.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BioTree.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Blast4.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Blast4.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BlastDL.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BlastDL.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BlastOutput.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_BlastOutput.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Cdd.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Cdd.mod.dtd
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│   │   │   │   ├── NCBI_Cn3d.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Entity.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Entrez2.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Entrez2.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Entrezgene.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Entrezgene.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_FeatDef.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_FeatDef.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_GBSeq.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_GBSeq.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Gene.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Gene.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_General.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ID1Access.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ID1Access.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ID2Access.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ID2Access.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_MedArchive.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_MedArchive.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Medlars.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Medlars.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Medline.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Medline.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Mim.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Mime.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Mime.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Mim.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ObjPrt.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ObjPrt.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Organism.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Organism.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_PCAssay.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_PCAssay.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_PCSubstance.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_PCSubstance.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Project.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Project.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Protein.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Protein.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Pub.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_PubMed.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_PubMed.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Pub.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Remap.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Remap.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_RNA.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_RNA.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Rsite.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Rsite.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ScoreMat.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_ScoreMat.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqalign.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqalign.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_SeqCode.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_SeqCode.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqfeat.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqfeat.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqloc.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqloc.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqres.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqres.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqset.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seqset.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seq_split.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Seq_split.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_SeqTable.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_SeqTable.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Sequence.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Sequence.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Submit.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Submit.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Systems.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_TSeq.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_TSeq.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_TxInit.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_TxInit.mod.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Variation.dtd
│   │   │   │   ├── NCBI_Variation.mod.dtd
│   │   │   │   ├── nlm-articleset-2.0.dtd
│   │   │   │   ├── nlmcatalogrecordset_170601.dtd
│   │   │   │   ├── nlmcommon_011101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmcommon_080101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmcommon_090101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedline_011101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedline_080101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedline_090101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitation_011101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitation_080101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitation_090101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_100101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_100301.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_110101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_120101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_130101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_130501.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_140101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmmedlinecitationset_150101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmserials_080101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmserials_100101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmsharedcatcit_080101.dtd
│   │   │   │   ├── nlmsharedcatcit_090101.dtd
│   │   │   │   ├── notat.ent
│   │   │   │   ├── NSE.dtd
│   │   │   │   ├── NSE.mod.dtd
│   │   │   │   ├── OMSSA.dtd
│   │   │   │   ├── OMSSA.mod.dtd
│   │   │   │   ├── para.ent
│   │   │   │   ├── PDB_General.dtd
│   │   │   │   ├── PDB_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── phrase.ent
│   │   │   │   ├── PIR_General.dtd
│   │   │   │   ├── PIR_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── pmc-1.dtd
│   │   │   │   ├── PRF_General.dtd
│   │   │   │   ├── PRF_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_020114.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_080101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_090101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_100101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_100301.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_110101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_120101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_130101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_130501.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_140101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_150101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_180101.dtd
│   │   │   │   ├── pubmed_180601.dtd
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│   │   │   │   ├── references.ent
│   │   │   │   ├── section.ent
│   │   │   │   ├── SP_General.dtd
│   │   │   │   ├── SP_General.mod.dtd
│   │   │   │   ├── taxon.dtd
│   │   │   │   ├── XHTMLtablesetup.ent
│   │   │   │   └── xmlspecchars.ent
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── Parser.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Parser.cpython-37.pyc
│   │   │   └── XSDs
│   │   │   └── IPGReportSet.xsd
│   │   ├── ExPASy
│   │   │   ├── cellosaurus.py
│   │   │   ├── Enzyme.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── Prodoc.py
│   │   │   ├── Prosite.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── cellosaurus.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Enzyme.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Prodoc.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Prosite.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── ScanProsite.cpython-37.pyc
│   │   │   └── ScanProsite.py
│   │   ├── File.py
│   │   ├── FSSP
│   │   │   ├── fssp_rec.py
│   │   │   ├── FSSPTools.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── fssp_rec.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── FSSPTools.cpython-37.pyc
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── GenBank
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Record.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Scanner.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── utils.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Record.py
│   │   │   ├── Scanner.py
│   │   │   └── utils.py
│   │   ├── Geo
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Record.cpython-37.pyc
│   │   │   └── Record.py
│   │   ├── Graphics
│   │   │   ├── BasicChromosome.py
│   │   │   ├── ColorSpiral.py
│   │   │   ├── Comparative.py
│   │   │   ├── DisplayRepresentation.py
│   │   │   ├── Distribution.py
│   │   │   ├── GenomeDiagram
│   │   │   │   ├── _AbstractDrawer.py
│   │   │   │   ├── _CircularDrawer.py
│   │   │   │   ├── _Colors.py
│   │   │   │   ├── _CrossLink.py
│   │   │   │   ├── _Diagram.py
│   │   │   │   ├── _Feature.py
│   │   │   │   ├── _FeatureSet.py
│   │   │   │   ├── _Graph.py
│   │   │   │   ├── _GraphSet.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _LinearDrawer.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── _AbstractDrawer.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _CircularDrawer.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Colors.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _CrossLink.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Diagram.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Feature.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _FeatureSet.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Graph.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _GraphSet.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _LinearDrawer.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── _Track.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _Track.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── KGML_vis.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── BasicChromosome.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── ColorSpiral.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Comparative.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── DisplayRepresentation.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Distribution.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── KGML_vis.cpython-37.pyc
│   │   ├── HMM
│   │   │   ├── DynamicProgramming.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── MarkovModel.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── DynamicProgramming.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── MarkovModel.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Trainer.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Utilities.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Trainer.py
│   │   │   └── Utilities.py
│   │   ├── Index.py
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── KDTree
│   │   │   ├── _CKDTree.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── KDTree.c
│   │   │   ├── KDTree.h
│   │   │   ├── KDTreemodule.c
│   │   │   ├── KDTree.py
│   │   │   ├── Neighbor.h
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── KDTree.cpython-37.pyc
│   │   ├── KEGG
│   │   │   ├── Compound
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Enzyme
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Gene
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── KGML
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── KGML_parser.py
│   │   │   │   ├── KGML_pathway.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── KGML_parser.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── KGML_pathway.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Map
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── REST.cpython-37.pyc
│   │   │   └── REST.py
│   │   ├── kNN.py
│   │   ├── LogisticRegression.py
│   │   ├── MarkovModel.py
│   │   ├── MaxEntropy.py
│   │   ├── Medline
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── motifs
│   │   │   ├── alignace.py
│   │   │   ├── applications
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── _xxmotif.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _xxmotif.py
│   │   │   ├── clusterbuster.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── jaspar
│   │   │   │   ├── db.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── db.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── mast.py
│   │   │   ├── matrix.py
│   │   │   ├── meme.py
│   │   │   ├── minimal.py
│   │   │   ├── pfm.py
│   │   │   ├── _pwm.c
│   │   │   ├── _pwm.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── alignace.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── clusterbuster.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── mast.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── matrix.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── meme.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── minimal.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── pfm.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── thresholds.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── transfac.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── xms.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── thresholds.py
│   │   │   ├── transfac.py
│   │   │   └── xms.py
│   │   ├── NaiveBayes.py
│   │   ├── Nexus
│   │   │   ├── cnexus.c
│   │   │   ├── cnexus.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── Nexus.py
│   │   │   ├── Nodes.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Nexus.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Nodes.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── StandardData.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Trees.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── StandardData.py
│   │   │   └── Trees.py
│   │   ├── NMR
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── NOEtools.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NOEtools.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── xpktools.cpython-37.pyc
│   │   │   └── xpktools.py
│   │   ├── pairwise2.py
│   │   ├── Pathway
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── Rep
│   │   │   ├── Graph.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── MultiGraph.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── Graph.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── MultiGraph.cpython-37.pyc
│   │   ├── PDB
│   │   │   ├── AbstractPropertyMap.py
│   │   │   ├── Atom.py
│   │   │   ├── Chain.py
│   │   │   ├── Dice.py
│   │   │   ├── DSSP.py
│   │   │   ├── Entity.py
│   │   │   ├── FragmentMapper.py
│   │   │   ├── HSExposure.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── kdtrees.c
│   │   │   ├── kdtrees.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── MMCIF2Dict.py
│   │   │   ├── mmcifio.py
│   │   │   ├── MMCIFParser.py
│   │   │   ├── mmtf
│   │   │   │   ├── DefaultParser.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── DefaultParser.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Model.py
│   │   │   ├── NACCESS.py
│   │   │   ├── NeighborSearch.py
│   │   │   ├── parse_pdb_header.py
│   │   │   ├── PDBExceptions.py
│   │   │   ├── PDBIO.py
│   │   │   ├── PDBList.py
│   │   │   ├── PDBParser.py
│   │   │   ├── Polypeptide.py
│   │   │   ├── PSEA.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── AbstractPropertyMap.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Atom.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Chain.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Dice.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── DSSP.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Entity.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── FragmentMapper.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── HSExposure.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── MMCIF2Dict.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── mmcifio.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── MMCIFParser.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Model.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NACCESS.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NeighborSearch.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── parse_pdb_header.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PDBExceptions.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PDBIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PDBList.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PDBParser.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Polypeptide.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PSEA.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Residue.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── ResidueDepth.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Selection.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── StructureAlignment.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── StructureBuilder.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Structure.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Superimposer.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── vectors.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── QCPSuperimposer
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── qcprotmodule.c
│   │   │   │   └── qcprotmodule.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   │   ├── ResidueDepth.py
│   │   │   ├── Residue.py
│   │   │   ├── Selection.py
│   │   │   ├── StructureAlignment.py
│   │   │   ├── StructureBuilder.py
│   │   │   ├── Structure.py
│   │   │   ├── Superimposer.py
│   │   │   └── vectors.py
│   │   ├── phenotype
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── phen_micro.py
│   │   │   ├── pm_fitting.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── phen_micro.cpython-37.pyc
│   │   │   └── pm_fitting.cpython-37.pyc
│   │   ├── Phylo
│   │   │   ├── Applications
│   │   │   │   ├── _Fasttree.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _Phyml.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── _Fasttree.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Phyml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── _Raxml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _Raxml.py
│   │   │   ├── BaseTree.py
│   │   │   ├── CDAOIO.py
│   │   │   ├── _cdao_owl.py
│   │   │   ├── CDAO.py
│   │   │   ├── Consensus.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── _io.py
│   │   │   ├── NewickIO.py
│   │   │   ├── Newick.py
│   │   │   ├── NeXMLIO.py
│   │   │   ├── NeXML.py
│   │   │   ├── NexusIO.py
│   │   │   ├── PAML
│   │   │   │   ├── baseml.py
│   │   │   │   ├── chi2.py
│   │   │   │   ├── codeml.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _paml.py
│   │   │   │   ├── _parse_baseml.py
│   │   │   │   ├── _parse_codeml.py
│   │   │   │   ├── _parse_yn00.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── baseml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── chi2.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── codeml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _paml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _parse_baseml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _parse_codeml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _parse_yn00.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── yn00.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── yn00.py
│   │   │   ├── PhyloXMLIO.py
│   │   │   ├── PhyloXML.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── BaseTree.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── CDAO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── CDAOIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── _cdao_owl.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Consensus.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── _io.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Newick.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NewickIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NeXML.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NeXMLIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NexusIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PhyloXML.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PhyloXMLIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── TreeConstruction.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _utils.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── TreeConstruction.py
│   │   │   └── _utils.py
│   │   ├── PopGen
│   │   │   ├── GenePop
│   │   │   │   ├── Controller.py
│   │   │   │   ├── EasyController.py
│   │   │   │   ├── FileParser.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── LargeFileParser.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── Controller.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── EasyController.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── FileParser.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── LargeFileParser.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── Utils.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Utils.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── _py3k
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── __pycache__
│   │   │   ├── bgzf.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── File.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Index.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── kNN.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── LogisticRegression.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── MarkovModel.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── MaxEntropy.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── NaiveBayes.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── pairwise2.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Seq.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── SeqFeature.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── SeqRecord.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── triefind.cpython-37.pyc
│   │   │   └── _utils.cpython-37.pyc
│   │   ├── Restriction
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── PrintFormat.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PrintFormat.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Restriction.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Restriction_Dictionary.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Restriction_Dictionary.py
│   │   │   └── Restriction.py
│   │   ├── SCOP
│   │   │   ├── Cla.py
│   │   │   ├── Des.py
│   │   │   ├── Dom.py
│   │   │   ├── Hie.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── Cla.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Des.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Dom.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Hie.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Raf.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── Residues.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── Raf.py
│   │   │   └── Residues.py
│   │   ├── SearchIO
│   │   │   ├── BlastIO
│   │   │   │   ├── blast_tab.py
│   │   │   │   ├── blast_text.py
│   │   │   │   ├── blast_xml.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── blast_tab.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── blast_text.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── blast_xml.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── BlatIO.py
│   │   │   ├── ExonerateIO
│   │   │   │   ├── _base.py
│   │   │   │   ├── exonerate_cigar.py
│   │   │   │   ├── exonerate_text.py
│   │   │   │   ├── exonerate_vulgar.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── _base.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── exonerate_cigar.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── exonerate_text.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── exonerate_vulgar.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── FastaIO.py
│   │   │   ├── HHsuiteIO
│   │   │   │   ├── hhsuite2_text.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── hhsuite2_text.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── HmmerIO
│   │   │   │   ├── _base.py
│   │   │   │   ├── hmmer2_text.py
│   │   │   │   ├── hmmer3_domtab.py
│   │   │   │   ├── hmmer3_tab.py
│   │   │   │   ├── hmmer3_text.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── _base.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── hmmer2_text.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── hmmer3_domtab.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── hmmer3_tab.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── hmmer3_text.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── _index.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── InterproscanIO
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── interproscan_xml.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── interproscan_xml.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── _legacy
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── NCBIStandalone.py
│   │   │   │   ├── ParserSupport.py
│   │   │   │   └── __pycache__
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NCBIStandalone.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── ParserSupport.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── _model
│   │   │   │   ├── _base.py
│   │   │   │   ├── hit.py
│   │   │   │   ├── hsp.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── _base.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── hit.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── hsp.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── query.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── query.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── BlatIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── FastaIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── _index.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _utils.cpython-37.pyc
│   │   │   └── _utils.py
│   │   ├── SeqFeature.py
│   │   ├── SeqIO
│   │   │   ├── AbiIO.py
│   │   │   ├── AceIO.py
│   │   │   ├── _convert.py
│   │   │   ├── FastaIO.py
│   │   │   ├── IgIO.py
│   │   │   ├── _index.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── InsdcIO.py
│   │   │   ├── Interfaces.py
│   │   │   ├── NibIO.py
│   │   │   ├── PdbIO.py
│   │   │   ├── PhdIO.py
│   │   │   ├── PirIO.py
│   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   ├── AbiIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── AceIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── _convert.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── FastaIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── IgIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── _index.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── InsdcIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── Interfaces.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── NibIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PdbIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PhdIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── PirIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── QualityIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── SeqXmlIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── SffIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── SwissIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   ├── TabIO.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── UniprotIO.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── QualityIO.py
│   │   │   ├── SeqXmlIO.py
│   │   │   ├── SffIO.py
│   │   │   ├── SwissIO.py
│   │   │   ├── TabIO.py
│   │   │   └── UniprotIO.py
│   │   ├── Seq.py
│   │   ├── SeqRecord.py
│   │   ├── Sequencing
│   │   │   ├── Ace.py
│   │   │   ├── Applications
│   │   │   │   ├── _bwa.py
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _Novoalign.py
│   │   │   │   ├── __pycache__
│   │   │   │   │   ├── _bwa.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   ├── _Novoalign.cpython-37.pyc
│   │   │   │   │   └── _samtools.cpython-37.pyc
│   │   │   │   └── _samtools.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── Phd.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── Ace.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── Phd.cpython-37.pyc
│   │   ├── SeqUtils
│   │   │   ├── CheckSum.py
│   │   │   ├── CodonUsageIndices.py
│   │   │   ├── CodonUsage.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── IsoelectricPoint.py
│   │   │   ├── lcc.py
│   │   │   ├── MeltingTemp.py
│   │   │   ├── ProtParamData.py
│   │   │   ├── ProtParam.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── CheckSum.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── CodonUsage.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── CodonUsageIndices.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── IsoelectricPoint.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── lcc.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── MeltingTemp.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── ProtParam.cpython-37.pyc
│   │   │   └── ProtParamData.cpython-37.pyc
│   │   ├── Statistics
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── lowess.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── lowess.cpython-37.pyc
│   │   ├── SubsMat
│   │   │   ├── FreqTable.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── MatrixInfo.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── FreqTable.cpython-37.pyc
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── MatrixInfo.cpython-37.pyc
│   │   ├── SVDSuperimposer
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── SwissProt
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── KeyWList.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   │   └── KeyWList.cpython-37.pyc
│   │   ├── TogoWS
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── trie.c
│   │   ├── trie.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
│   │   ├── triefind.py
│   │   ├── trie.h
│   │   ├── triemodule.c
│   │   ├── UniGene
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── UniProt
│   │   │   ├── GOA.py
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   └── __pycache__
│   │   │   ├── GOA.cpython-37.pyc
│   │   │   └── __init__.cpython-37.pyc
│   │   ├── _utils.py
│   │   └── Wise
│   │   ├── dnal.py
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── psw.py
│   │   └── __pycache__
│   │   ├── dnal.cpython-37.pyc
│   │   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   │   └── psw.cpython-37.pyc
│   ├── biopython-1.74.dist-info
│   │   ├── INSTALLER
│   │   ├── LICENSE.rst
│   │   ├── METADATA
│   │   ├── RECORD
│   │   ├── top_level.txt
│   │   └── WHEEL
│   └── BioSQL
│   ├── BioSeqDatabase.py
│   ├── BioSeq.py
│   ├── DBUtils.py
│   ├── __init__.py
│   ├── Loader.py
│   └── __pycache__
│   ├── BioSeq.cpython-37.pyc
│   ├── BioSeqDatabase.cpython-37.pyc
│   ├── DBUtils.cpython-37.pyc
│   ├── __init__.cpython-37.pyc
│   └── Loader.cpython-37.pyc
└── nix-support
└── propagated-build-inputs
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