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June 8, 2018 13:30
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/nix/store/a0ab5ixcsgcj9pzkmysfa46dydbbzsyy-gromacs-2018.1 | |
├── bin | |
│ ├── demux.pl | |
│ ├── gmx | |
│ ├── gmx-completion.bash | |
│ ├── gmx-completion-gmx.bash | |
│ ├── GMXRC | |
│ ├── GMXRC.bash | |
│ ├── GMXRC.csh | |
│ ├── GMXRC.zsh | |
│ └── xplor2gmx.pl | |
├── include | |
│ └── gromacs | |
│ ├── analysisdata | |
│ │ ├── abstractdata.h | |
│ │ ├── analysisdata.h | |
│ │ ├── arraydata.h | |
│ │ ├── dataframe.h | |
│ │ ├── datamodule.h | |
│ │ └── modules | |
│ │ ├── average.h | |
│ │ ├── displacement.h | |
│ │ ├── histogram.h | |
│ │ ├── lifetime.h | |
│ │ └── plot.h | |
│ ├── analysisdata.h | |
│ ├── commandline | |
│ │ ├── cmdlinehelpwriter.h | |
│ │ ├── cmdlineinit.h | |
│ │ ├── cmdlinemodule.h | |
│ │ ├── cmdlineoptionsmodule.h | |
│ │ ├── cmdlineparser.h | |
│ │ ├── cmdlineprogramcontext.h | |
│ │ ├── filenm.h | |
│ │ ├── pargs.h | |
│ │ └── viewit.h | |
│ ├── commandline.h | |
│ ├── fft | |
│ │ └── fft.h | |
│ ├── fileio | |
│ │ ├── confio.h | |
│ │ ├── enxio.h | |
│ │ ├── filetypes.h | |
│ │ ├── gmxfio.h | |
│ │ ├── matio.h | |
│ │ ├── mtxio.h | |
│ │ ├── oenv.h | |
│ │ ├── pdbio.h | |
│ │ ├── rgb.h | |
│ │ ├── tpxio.h | |
│ │ ├── trrio.h | |
│ │ ├── trxio.h | |
│ │ ├── xdr_datatype.h | |
│ │ ├── xtcio.h | |
│ │ └── xvgr.h | |
│ ├── gmxana | |
│ │ └── gstat.h | |
│ ├── gpu_utils | |
│ │ └── hostallocator.h | |
│ ├── linearalgebra | |
│ │ ├── eigensolver.h | |
│ │ ├── matrix.h | |
│ │ └── sparsematrix.h | |
│ ├── listed-forces | |
│ │ └── listed-forces.h | |
│ ├── math | |
│ │ ├── 3dtransforms.h | |
│ │ ├── do_fit.h | |
│ │ ├── functions.h | |
│ │ ├── gmxcomplex.h | |
│ │ ├── paddedvector.h | |
│ │ ├── units.h | |
│ │ ├── utilities.h | |
│ │ ├── vec.h | |
│ │ └── vectypes.h | |
│ ├── mdtypes | |
│ │ ├── inputrec.h | |
│ │ ├── mdatom.h | |
│ │ ├── md_enums.h | |
│ │ └── state.h | |
│ ├── options | |
│ │ ├── abstractoption.h | |
│ │ ├── abstractsection.h | |
│ │ ├── basicoptions.h | |
│ │ ├── filenameoption.h | |
│ │ ├── filenameoptionmanager.h | |
│ │ ├── ioptionsbehavior.h | |
│ │ ├── ioptionscontainer.h | |
│ │ ├── ioptionscontainerwithsections.h | |
│ │ ├── isectionstorage.h | |
│ │ ├── ivaluestore.h | |
│ │ ├── optionfiletype.h | |
│ │ ├── optionflags.h | |
│ │ ├── optionsection.h | |
│ │ ├── options.h | |
│ │ ├── repeatingsection.h | |
│ │ ├── timeunitmanager.h | |
│ │ └── valuestore.h | |
│ ├── options.h | |
│ ├── pbcutil | |
│ │ ├── ishift.h | |
│ │ ├── pbc.h | |
│ │ └── rmpbc.h | |
│ ├── random | |
│ │ ├── exponentialdistribution.h | |
│ │ ├── gammadistribution.h | |
│ │ ├── normaldistribution.h | |
│ │ ├── seed.h | |
│ │ ├── tabulatednormaldistribution.h | |
│ │ ├── threefry.h | |
│ │ ├── uniformintdistribution.h | |
│ │ └── uniformrealdistribution.h | |
│ ├── random.h | |
│ ├── selection | |
│ │ ├── indexutil.h | |
│ │ ├── nbsearch.h | |
│ │ ├── position.h | |
│ │ ├── selectioncollection.h | |
│ │ ├── selectionenums.h | |
│ │ ├── selection.h | |
│ │ ├── selectionoptionbehavior.h | |
│ │ ├── selectionoption.h | |
│ │ └── selectionoptionmanager.h | |
│ ├── selection.h | |
│ ├── timing | |
│ │ ├── wallcycle.h | |
│ │ └── walltime_accounting.h | |
│ ├── topology | |
│ │ ├── atomprop.h | |
│ │ ├── atoms.h | |
│ │ ├── block.h | |
│ │ ├── idef.h | |
│ │ ├── index.h | |
│ │ ├── mtop_util.h | |
│ │ ├── symtab.h | |
│ │ └── topology.h | |
│ ├── trajectory | |
│ │ ├── energy.h | |
│ │ └── trajectoryframe.h | |
│ ├── trajectoryanalysis | |
│ │ ├── analysismodule.h | |
│ │ ├── analysissettings.h | |
│ │ └── cmdlinerunner.h | |
│ ├── trajectoryanalysis.h | |
│ ├── utility | |
│ │ ├── alignedallocator.h | |
│ │ ├── allocator.h | |
│ │ ├── arrayref.h | |
│ │ ├── arraysize.h | |
│ │ ├── basedefinitions.h | |
│ │ ├── baseversion.h | |
│ │ ├── classhelpers.h | |
│ │ ├── cstringutil.h | |
│ │ ├── current_function.h | |
│ │ ├── datafilefinder.h | |
│ │ ├── errorcodes.h | |
│ │ ├── exceptions.h | |
│ │ ├── fatalerror.h | |
│ │ ├── flags.h | |
│ │ ├── futil.h | |
│ │ ├── gmxassert.h | |
│ │ ├── init.h | |
│ │ ├── programcontext.h | |
│ │ ├── real.h | |
│ │ ├── smalloc.h | |
│ │ └── stringutil.h | |
│ ├── utility.h | |
│ └── version.h | |
├── lib | |
│ ├── libgromacs.so -> libgromacs.so.3 | |
│ ├── libgromacs.so.3 -> libgromacs.so.3.1.0 | |
│ ├── libgromacs.so.3.1.0 | |
│ └── pkgconfig | |
│ └── libgromacs.pc | |
└── share | |
├── cmake | |
│ └── gromacs | |
│ ├── gromacs-config.cmake | |
│ ├── gromacs-config-version.cmake | |
│ ├── libgromacs.cmake | |
│ └── libgromacs-release.cmake | |
├── gromacs | |
│ ├── COPYING | |
│ ├── README_FreeEnergyModifications.txt | |
│ ├── README.tutor | |
│ ├── template | |
│ │ ├── cmake | |
│ │ │ └── FindGROMACS.cmake | |
│ │ ├── CMakeLists.txt | |
│ │ ├── Makefile.pkg | |
│ │ ├── README | |
│ │ └── template.cpp | |
│ └── top | |
│ ├── amber03.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── amber94.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── amber96.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── amber99.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── amber99sb.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── amber99sb-ildn.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── amberGS.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.r2b | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── urea.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── atommass.dat | |
│ ├── atom_nom.tbl | |
│ ├── bonds.dlg | |
│ ├── ca-shift.dat | |
│ ├── cb-shift.dat | |
│ ├── charmm27.ff | |
│ │ ├── aminoacids.arn | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── cmap.itp | |
│ │ ├── dna.arn | |
│ │ ├── dna.c.tdb | |
│ │ ├── dna.hdb | |
│ │ ├── dna.n.tdb | |
│ │ ├── dna.rtp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnabonded.itp | |
│ │ ├── ffnanonbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gb.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── lipids.hdb | |
│ │ ├── lipids.rtp | |
│ │ ├── rna.arn | |
│ │ ├── rna.c.tdb | |
│ │ ├── rna.hdb | |
│ │ ├── rna.n.tdb | |
│ │ ├── rna.r2b | |
│ │ ├── rna.rtp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ ├── tips3p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── co-shift.dat | |
│ ├── defselection.dat | |
│ ├── dgsolv.dat | |
│ ├── edissoc.dat | |
│ ├── electroneg.dat | |
│ ├── elements.dat | |
│ ├── export.dlg | |
│ ├── ffG43a1.itp | |
│ ├── ffG43a2.itp | |
│ ├── ffG45a3.itp | |
│ ├── ffG53a5.itp | |
│ ├── ffG53a6.itp | |
│ ├── ffoplsaa.itp | |
│ ├── ffoplsaa-n.tst | |
│ ├── flexspce.itp | |
│ ├── flexspc.itp | |
│ ├── flexwat-ferguson.itp | |
│ ├── gromos43a1.ff | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ff_dum.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── methanol216.gro | |
│ │ ├── methanol.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── gromos43a2.ff | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ff_dum.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── gromos45a3.ff | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ff_dum.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── gromos53a5.ff | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomname2type.n2t | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ff_dum.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── gromos53a6.ff | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ff_dum.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── gromos54a7.ff | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── dppc.itp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ff_dum.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── popc.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tmcl.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── ha-shift.dat | |
│ ├── ions.itp | |
│ ├── nsfactor.dat | |
│ ├── oplsaa.ff | |
│ │ ├── 1propanol.itp | |
│ │ ├── aminoacids.c.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.hdb | |
│ │ ├── aminoacids.n.tdb | |
│ │ ├── aminoacids.r2b | |
│ │ ├── aminoacids.rtp | |
│ │ ├── aminoacids.vsd | |
│ │ ├── atomname2type.n2t | |
│ │ ├── atomtypes.atp | |
│ │ ├── ethanol.itp | |
│ │ ├── ffbonded.itp | |
│ │ ├── ffnonbonded.itp | |
│ │ ├── forcefield.doc | |
│ │ ├── forcefield.itp | |
│ │ ├── gbsa.itp | |
│ │ ├── ions.itp | |
│ │ ├── methanol.itp | |
│ │ ├── spce.itp | |
│ │ ├── spc.itp | |
│ │ ├── tip3p.itp | |
│ │ ├── tip4pew.itp | |
│ │ ├── tip4p.itp | |
│ │ ├── tip5pe.itp | |
│ │ ├── tip5p.itp | |
│ │ └── watermodels.dat | |
│ ├── phbres.dat | |
│ ├── ps.m2p | |
│ ├── random.dat | |
│ ├── README | |
│ ├── refi_aa.dat | |
│ ├── residues.dtd | |
│ ├── residues.xml | |
│ ├── residuetypes.dat | |
│ ├── sfactor.dat | |
│ ├── spc216.gro | |
│ ├── spce.itp | |
│ ├── spc.itp | |
│ ├── specbond.dat | |
│ ├── ss.map | |
│ ├── surface.dat | |
│ ├── sw.itp | |
│ ├── table6-10.xvg | |
│ ├── table6-11.xvg | |
│ ├── table6-12.xvg | |
│ ├── table6-8.xvg | |
│ ├── table6-9.xvg | |
│ ├── tip3p.itp | |
│ ├── tip4p.gro | |
│ ├── tip4p.itp | |
│ ├── tip5p.gro | |
│ ├── vdw-msms.dat | |
│ ├── vdwradii.dat | |
│ └── xlateat.dat | |
└── man | |
└── man1 | |
├── gmx.1.gz | |
├── gmx-anadock.1.gz | |
├── gmx-anaeig.1.gz | |
├── gmx-analyze.1.gz | |
├── gmx-angle.1.gz | |
├── gmx-awh.1.gz | |
├── gmx-bar.1.gz | |
├── gmx-bundle.1.gz | |
├── gmx-check.1.gz | |
├── gmx-chi.1.gz | |
├── gmx-cluster.1.gz | |
├── gmx-clustsize.1.gz | |
├── gmx-confrms.1.gz | |
├── gmx-convert-tpr.1.gz | |
├── gmx-covar.1.gz | |
├── gmx-current.1.gz | |
├── gmx-density.1.gz | |
├── gmx-densmap.1.gz | |
├── gmx-densorder.1.gz | |
├── gmx-dielectric.1.gz | |
├── gmx-dipoles.1.gz | |
├── gmx-disre.1.gz | |
├── gmx-distance.1.gz | |
├── gmx-do_dssp.1.gz | |
├── gmx-dos.1.gz | |
├── gmx-dump.1.gz | |
├── gmx-dyecoupl.1.gz | |
├── gmx-dyndom.1.gz | |
├── gmx-editconf.1.gz | |
├── gmx-eneconv.1.gz | |
├── gmx-enemat.1.gz | |
├── gmx-energy.1.gz | |
├── gmx-filter.1.gz | |
├── gmx-freevolume.1.gz | |
├── gmx-gangle.1.gz | |
├── gmx-genconf.1.gz | |
├── gmx-genion.1.gz | |
├── gmx-genrestr.1.gz | |
├── gmx-grompp.1.gz | |
├── gmx-gyrate.1.gz | |
├── gmx-h2order.1.gz | |
├── gmx-hbond.1.gz | |
├── gmx-helix.1.gz | |
├── gmx-helixorient.1.gz | |
├── gmx-help.1.gz | |
├── gmx-hydorder.1.gz | |
├── gmx-insert-molecules.1.gz | |
├── gmx-lie.1.gz | |
├── gmx-make_edi.1.gz | |
├── gmx-make_ndx.1.gz | |
├── gmx-mdmat.1.gz | |
├── gmx-mdrun.1.gz | |
├── gmx-mindist.1.gz | |
├── gmx-mk_angndx.1.gz | |
├── gmx-morph.1.gz | |
├── gmx-msd.1.gz | |
├── gmx-nmeig.1.gz | |
├── gmx-nmens.1.gz | |
├── gmx-nmr.1.gz | |
├── gmx-nmtraj.1.gz | |
├── gmx-order.1.gz | |
├── gmx-pairdist.1.gz | |
├── gmx-pdb2gmx.1.gz | |
├── gmx-pme_error.1.gz | |
├── gmx-polystat.1.gz | |
├── gmx-potential.1.gz | |
├── gmx-principal.1.gz | |
├── gmx-rama.1.gz | |
├── gmx-rdf.1.gz | |
├── gmx-rms.1.gz | |
├── gmx-rmsdist.1.gz | |
├── gmx-rmsf.1.gz | |
├── gmx-rotacf.1.gz | |
├── gmx-rotmat.1.gz | |
├── gmx-saltbr.1.gz | |
├── gmx-sans.1.gz | |
├── gmx-sasa.1.gz | |
├── gmx-saxs.1.gz | |
├── gmx-select.1.gz | |
├── gmx-sham.1.gz | |
├── gmx-sigeps.1.gz | |
├── gmx-solvate.1.gz | |
├── gmx-sorient.1.gz | |
├── gmx-spatial.1.gz | |
├── gmx-spol.1.gz | |
├── gmx-tcaf.1.gz | |
├── gmx-traj.1.gz | |
├── gmx-trajectory.1.gz | |
├── gmx-trjcat.1.gz | |
├── gmx-trjconv.1.gz | |
├── gmx-trjorder.1.gz | |
├── gmx-tune_pme.1.gz | |
├── gmx-vanhove.1.gz | |
├── gmx-velacc.1.gz | |
├── gmx-view.1.gz | |
├── gmx-wham.1.gz | |
├── gmx-wheel.1.gz | |
├── gmx-x2top.1.gz | |
└── gmx-xpm2ps.1.gz | |
49 directories, 698 files |
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