Sequelize は、mysql-native をドライバとして採用しており、こちらをそのまま、以下の様にシンプルに叩いてみても、やはり文字化けします。
https://gist.github.com/839181.js?file=test-mysql-native.js
別のモジュールで、node-mysql を使うとうまくいきます。
https://gist.github.com/839181.js?file=test-mysql.js
参考までに DDL です。
https://gist.github.com/839181.js?file=schema.sql
Sequelize のコードに手を入れるべきか、mysql-native のコードに手を入れるべきか、もし、正しい解決方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教示ください。