Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@ryantm

ryantm/gist:8bad808238fc034c5394a80d8a5c1554

Created April 11, 2018 08:12
Show Gist options
  • Save ryantm/8bad808238fc034c5394a80d8a5c1554 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save ryantm/8bad808238fc034c5394a80d8a5c1554 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Download ZIP
Raw
gistfile1.txt
/nix/store/87clhargb10b1aps6nq86k0xz6yqyydz-cytoscape-3.6.1
├── bin
│   └── cytoscape -> /nix/store/87clhargb10b1aps6nq86k0xz6yqyydz-cytoscape-3.6.1/share/cytoscape.sh
└── share
├── apps
│   ├── biopax-3.3.2.jar
│   ├── command-dialog-3.6.1.jar
│   ├── copycatLayout-1.2.3.jar
│   ├── core-apps-meta-3.6.0.jar
│   ├── cx-support-2.2.2.jar
│   ├── cyBrowser-1.0.0.jar
│   ├── cy-ndex-2-2.2.2.jar
│   ├── cy-rest-3.7.0.jar
│   ├── diffusion-1.5.2.jar
│   ├── idmapper-3.6.1.jar
│   ├── json-3.6.1.jar
│   ├── network-analyzer-3.3.2.jar
│   ├── network-merge-3.3.4.jar
│   ├── opencl-cycl-3.5.0.jar
│   ├── opencl-layout-3.5.0.jar
│   ├── psi-mi-3.3.2.jar
│   ├── sbml-3.3.3.jar
│   ├── webservice-biomart-client-3.3.2.jar
│   ├── webservice-psicquic-client-3.4.0.jar
│   └── welcome-3.5.2.jar
├── cytoscape.sh
├── framework
│   ├── bin
│   │   ├── karaf
│   │   └── karaf.bat
│   ├── cytoscape_logo_512.png
│   ├── CytoscapeSplashScreen.png
│   ├── data
│   │   └── tmp
│   │   └── README
│   ├── etc
│   │   ├── all.policy
│   │   ├── config.properties
│   │   ├── custom.properties
│   │   ├── distribution.info
│   │   ├── equinox-debug.properties
│   │   ├── java.util.logging.properties
│   │   ├── jmx.acl.cfg
│   │   ├── jmx.acl.java.lang.Memory.cfg
│   │   ├── jmx.acl.org.apache.karaf.bundle.cfg
│   │   ├── jmx.acl.org.apache.karaf.config.cfg
│   │   ├── jmx.acl.org.apache.karaf.security.jmx.cfg
│   │   ├── jmx.acl.osgi.compendium.cm.cfg
│   │   ├── jre.properties
│   │   ├── keys.properties
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.bundle.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.config.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.feature.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.jaas.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.kar.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.scope_bundle.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.shell.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.system.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.features.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.features.obr.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.features.repos.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.jaas.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.kar.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.log.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.management.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.shell.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.webconsole.cfg
│   │   ├── org.ops4j.pax.logging.cfg
│   │   ├── org.ops4j.pax.url.mvn.cfg
│   │   ├── regions-config.xml
│   │   ├── shell.init.script
│   │   ├── startup.properties
│   │   ├── system.properties
│   │   └── users.properties
│   ├── lib
│   │   ├── bin
│   │   │   └── karaf-client.jar
│   │   ├── branding-3.6.1.jar
│   │   ├── endorsed
│   │   │   ├── org.apache.karaf.exception-3.0.3.jar
│   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.activation-api-1.1-2.4.0.jar
│   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.jaxb-api-2.2-2.4.0.jar
│   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.jaxp-api-1.4-2.4.0.jar
│   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.jaxws-api-2.2-2.4.0.jar
│   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.saaj-api-1.3-2.4.0.jar
│   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.stax-api-1.2-2.4.0.jar
│   │   │   ├── README
│   │   │   └── xercesImpl-2.11.0.jar
│   │   ├── ext
│   │   │   └── README
│   │   ├── karaf-jaas-boot.jar
│   │   ├── karaf.jar
│   │   ├── karaf-jmx-boot.jar
│   │   ├── karaf-launcher-3.6.1.jar
│   │   ├── karaf-org.osgi.core.jar
│   │   ├── org.apache.servicemix.specs.activator-2.4.0.jar
│   │   ├── org.apache.servicemix.specs.locator-2.4.0.jar
│   │   └── README
│   └── system
│   ├── commons-io
│   │   └── commons-io
│   │   └── 2.1
│   │   └── commons-io-2.1.jar
│   ├── cytoscape-temp
│   │   └── uk.ac.ebi.enfin.mi.cluster.micluster
│   │   └── 1.6
│   │   └── uk.ac.ebi.enfin.mi.cluster.micluster-1.6.jar
│   ├── javax
│   │   ├── activation
│   │   │   └── com.springsource.javax.activation
│   │   │   └── 1.1.1
│   │   │   └── com.springsource.javax.activation-1.1.1.jar
│   │   ├── ws
│   │   │   └── rs
│   │   │   └── javax.ws.rs-api
│   │   │   └── 2.0
│   │   │   └── javax.ws.rs-api-2.0.jar
│   │   └── xml
│   │   └── stream
│   │   └── com.springsource.javax.xml.stream
│   │   └── 1.0.1
│   │   └── com.springsource.javax.xml.stream-1.0.1.jar
│   ├── jline
│   │   └── jline
│   │   └── 2.12
│   │   └── jline-2.12.jar
│   ├── org
│   │   ├── apache
│   │   │   ├── aries
│   │   │   │   ├── blueprint
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.blueprint.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.0.1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.api-1.0.1.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.blueprint.cm
│   │   │   │   │   │   └── 1.0.5
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.cm-1.0.5.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.blueprint.core
│   │   │   │   │   │   └── 1.4.2
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.core-1.4.2.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.core.compatibility
│   │   │   │   │   └── 1.0.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.core.compatibility-1.0.0.jar
│   │   │   │   ├── jmx
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.1.1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.api-1.1.1.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.blueprint.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.1.0
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.blueprint.api-1.1.0.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.blueprint.core
│   │   │   │   │   │   └── 1.1.0
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.blueprint.core-1.1.0.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.core
│   │   │   │   │   │   └── 1.1.2
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.core-1.1.2.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.whiteboard
│   │   │   │   │   └── 1.0.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.whiteboard-1.0.0.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.aries.util
│   │   │   │   │   └── 1.1.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.util-1.1.0.jar
│   │   │   │   ├── proxy
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.proxy.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.0.1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.proxy.api-1.0.1.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.proxy.impl
│   │   │   │   │   └── 1.0.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.proxy.impl-1.0.4.jar
│   │   │   │   └── quiesce
│   │   │   │   └── org.apache.aries.quiesce.api
│   │   │   │   └── 1.0.0
│   │   │   │   └── org.apache.aries.quiesce.api-1.0.0.jar
│   │   │   ├── felix
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.configadmin
│   │   │   │   │   └── 1.8.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.configadmin-1.8.0.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.fileinstall
│   │   │   │   │   └── 3.4.2
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.fileinstall-3.4.2.jar
│   │   │   │   └── org.apache.felix.framework
│   │   │   │   └── 4.2.1
│   │   │   │   └── org.apache.felix.framework-4.2.1.jar
│   │   │   ├── karaf
│   │   │   │   ├── bundle
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.bundle.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.bundle.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.bundle.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.bundle.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── config
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.config.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.config.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.config.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.config.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── deployer
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.blueprint
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.blueprint-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.features
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.features-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.kar
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.kar-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.spring
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.spring-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.wrap
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.wrap-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── diagnostic
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.diagnostic.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.diagnostic.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.diagnostic.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.diagnostic.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── features
│   │   │   │   │   ├── enterprise
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── enterprise-3.0.3-features.xml
│   │   │   │   │   ├── framework
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── framework-3.0.3-features.xml
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.features.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.features.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.features.core
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.features.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── spring
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── spring-3.0.3-features.xml
│   │   │   │   │   └── standard
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── standard-3.0.3-features.xml
│   │   │   │   ├── instance
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.instance.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.instance.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.instance.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.instance.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── jaas
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.jaas.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.jaas.config
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.config-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.modules
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.modules-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── kar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.kar.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.kar.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.kar.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.kar.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── log
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.log.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.log.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.log.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.log.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── management
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.management.server
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.management.server-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── package
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.package.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.package.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.package.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.package.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── region
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.region.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.region.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.region.core
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.region.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.region.persist
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.region.persist-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── service
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.service.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.service.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.service.core
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.service.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.service.guard
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.service.guard-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── shell
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.commands
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.commands-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.console
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.console-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.help
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.help-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.ssh
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.ssh-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.table
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.table-3.0.3.jar
│   │   │   │   ├── system
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.system.command
│   │   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.system.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.system.core
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.system.core-3.0.3.jar
│   │   │   │   └── wrapper
│   │   │   │   ├── org.apache.karaf.wrapper.command
│   │   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.wrapper.command-3.0.3.jar
│   │   │   │   └── org.apache.karaf.wrapper.core
│   │   │   │   └── 3.0.3
│   │   │   │   └── org.apache.karaf.wrapper.core-3.0.3.jar
│   │   │   ├── mina
│   │   │   │   └── mina-core
│   │   │   │   └── 2.0.7
│   │   │   │   └── mina-core-2.0.7.jar
│   │   │   ├── servicemix
│   │   │   │   ├── bundles
│   │   │   │   │   ├── org.apache.servicemix.bundles.jaxb-impl
│   │   │   │   │   │   └── 2.1.6_1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.bundles.jaxb-impl-2.1.6_1.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.bundles.xmlbeans
│   │   │   │   │   └── 2.4.0_5
│   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.bundles.xmlbeans-2.4.0_5.jar
│   │   │   │   └── specs
│   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.jaxb-api-2.1
│   │   │   │   └── 1.2.0
│   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.jaxb-api-2.1-1.2.0.jar
│   │   │   └── sshd
│   │   │   └── sshd-core
│   │   │   └── 0.12.0
│   │   │   └── sshd-core-0.12.0.jar
│   │   ├── cytoscape
│   │   │   ├── api-bundle
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── api-bundle-3.6.1.jar
│   │   │   ├── app-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── app-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── application-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── application-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── cmdline
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── cmdline-3.6.1.jar
│   │   │   ├── command-executor-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── command-executor-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── core-task-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── core-task-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── datasource-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── datasource-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── ding-presentation-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── ding-presentation-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── distribution
│   │   │   │   ├── application-metadata-impl
│   │   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   │   └── application-metadata-impl-3.6.1.jar
│   │   │   │   ├── cmdline-impl
│   │   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   │   └── cmdline-impl-3.6.1.jar
│   │   │   │   ├── diagnostics-impl
│   │   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   │   └── diagnostics-impl-3.6.1.jar
│   │   │   │   ├── features
│   │   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   │   └── features-3.6.1-features.xml
│   │   │   │   ├── splash-updater-impl
│   │   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   │   └── splash-updater-impl-3.6.1.jar
│   │   │   │   └── third-party
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── third-party-3.6.1.jar
│   │   │   ├── edge-bundler-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── edge-bundler-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── editor-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── editor-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── equations-functions-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── equations-functions-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── equations-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── equations-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── event-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── event-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── filter2-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── filter2-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── graphml-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── graphml-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── group-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── group-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── gui-cmdline-parser-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── gui-cmdline-parser-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── io-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── io-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── jobs-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── jobs-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── layout-cytoscape-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── layout-cytoscape-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── layout-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── layout-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── layout-prefuse-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── layout-prefuse-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── linkout-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── linkout-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── manual-layout-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── manual-layout-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── model-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── model-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── presentation-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── presentation-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── property-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── property-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── scripting-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── scripting-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── search-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── search-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── session-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── session-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── swing-application-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── swing-application-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── swing-util-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── swing-util-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── table-browser-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── table-browser-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── table-import-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── table-import-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── viewmodel-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── viewmodel-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── vizmap-gui-core-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── vizmap-gui-core-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── vizmap-gui-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── vizmap-gui-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── vizmap-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── vizmap-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── webservice-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── webservice-impl-3.6.1.jar
│   │   │   ├── work-impl
│   │   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   │   └── work-impl-3.6.1.jar
│   │   │   └── work-swing-impl
│   │   │   └── 3.6.1
│   │   │   └── work-swing-impl-3.6.1.jar
│   │   ├── eclipse
│   │   │   ├── equinox
│   │   │   │   └── region
│   │   │   │   └── 1.0.0.v20110506
│   │   │   │   └── region-1.0.0.v20110506.jar
│   │   │   └── org.eclipse.osgi
│   │   │   └── 3.8.2.v20130124-134944
│   │   │   └── org.eclipse.osgi-3.8.2.v20130124-134944.jar
│   │   ├── jledit
│   │   │   └── core
│   │   │   └── 0.2.1
│   │   │   └── core-0.2.1.jar
│   │   ├── ops4j
│   │   │   └── pax
│   │   │   ├── cdi
│   │   │   │   └── pax-cdi-features
│   │   │   │   └── 0.11.0
│   │   │   │   └── pax-cdi-features-0.11.0-features.xml
│   │   │   ├── logging
│   │   │   │   ├── pax-logging-api
│   │   │   │   │   └── 1.8.1
│   │   │   │   │   └── pax-logging-api-1.8.1.jar
│   │   │   │   └── pax-logging-service
│   │   │   │   └── 1.8.1
│   │   │   │   └── pax-logging-service-1.8.1.jar
│   │   │   ├── url
│   │   │   │   ├── pax-url-aether
│   │   │   │   │   └── 2.3.0
│   │   │   │   │   └── pax-url-aether-2.3.0.jar
│   │   │   │   └── pax-url-wrap
│   │   │   │   └── 2.3.0
│   │   │   │   └── pax-url-wrap-2.3.0-uber.jar
│   │   │   └── web
│   │   │   └── pax-web-features
│   │   │   └── 3.1.4
│   │   │   └── pax-web-features-3.1.4-features.xml
│   │   ├── ow2
│   │   │   └── asm
│   │   │   └── asm-all
│   │   │   └── 5.0.3
│   │   │   └── asm-all-5.0.3.jar
│   │   └── slf4j
│   │   └── slf4j-api
│   │   └── 1.7.7
│   │   └── slf4j-api-1.7.7.jar
│   └── README
├── gen_vmoptions.sh
└── sampleData
├── BINDhuman.sif
├── BINDyeast.sif
├── DNA_Damage_Bypass_Reactome_73893.owl
├── galExpData.csv
├── galFiltered.csv
├── galFiltered.cys
├── galFiltered_edge.attrs
├── galFiltered.edgeAttrTable.xls
├── galFiltered.gml
├── galFiltered.graphml
├── galFiltered_node.attrs
├── galFiltered.nodeAttrTable.xlsx
├── galFiltered.sif
├── galFiltered.xgmml
├── galFiltered.xls
├── nestedNetworks.nnf
├── README.txt
├── sampleStyles.xml
├── sessions
│   ├── Affinity Purification.cys
│   ├── Import & Save.cys
│   ├── Ivacaftor Coauthor.cys
│   ├── Styles Demo.cys
│   ├── TCGA Colorectal Cancer.cys
│   ├── Yeast Gene Interactions.cys
│   └── Yeast Perturbation.cys
└── yeastHighQuality.sif
326 directories, 242 files
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment