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@r-ryantm

r-ryantm/gist:8fc7925541d78b572dacf9c9658006a6

Created September 25, 2020 04:38
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gistfile1.txt
/nix/store/jfxmfqypwq7l74a1lzbbrgcc506r97x4-cytoscape-3.8.1
├── bin
│   └── cytoscape -> ../share/cytoscape.sh
└── share
├── apps
│   ├── analyzer-4.4.6.jar
│   ├── biopax-3.4.0.jar
│   ├── copycatLayout-1.3.1.jar
│   ├── core-apps-meta-3.7.0.jar
│   ├── cx-support-2.5.0.jar
│   ├── cyBrowser-1.2.3.jar
│   ├── cyChart-0.3.0.jar
│   ├── cy-ndex-2-3.3.1.jar
│   ├── cy-rest-3.11.1.jar
│   ├── diffusion-1.6.1.jar
│   ├── idmapper-3.9.0.jar
│   ├── json-3.7.0.jar
│   ├── network-merge-3.9.2.jar
│   ├── opencl-cycl-3.6.0.jar
│   ├── opencl-layout-3.6.0.jar
│   ├── psi-mi-3.4.0.jar
│   ├── sbml-3.4.0.jar
│   ├── webservice-biomart-client-3.4.0.jar
│   └── webservice-psicquic-client-3.5.0.jar
├── cytoscape.sh
├── framework
│   ├── bin
│   │   ├── inc
│   │   └── karaf
│   ├── BUILDING.md
│   ├── cytoscape_logo_512.png
│   ├── CytoscapeSplashScreen.png
│   ├── data
│   │   └── tmp
│   │   └── README
│   ├── etc
│   │   ├── all.policy
│   │   ├── config.properties
│   │   ├── custom.properties
│   │   ├── distribution.info
│   │   ├── equinox-debug.properties
│   │   ├── java.util.logging.properties
│   │   ├── jetty.xml
│   │   ├── jmx.acl.cfg
│   │   ├── jmx.acl.java.lang.Memory.cfg
│   │   ├── jmx.acl.org.apache.karaf.bundle.cfg
│   │   ├── jmx.acl.org.apache.karaf.config.cfg
│   │   ├── jmx.acl.org.apache.karaf.security.jmx.cfg
│   │   ├── jmx.acl.osgi.compendium.cm.cfg
│   │   ├── jre.properties
│   │   ├── keys.properties
│   │   ├── org.apache.felix.eventadmin.impl.EventAdmin.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.bundle.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.config.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.feature.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.jaas.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.kar.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.scope_bundle.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.shell.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.command.acl.system.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.features.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.features.repos.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.features.xml
│   │   ├── org.apache.karaf.jaas.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.kar.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.log.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.management.cfg
│   │   ├── org.apache.karaf.shell.cfg
│   │   ├── org.cytoscape.cfg
│   │   ├── org.ops4j.pax.logging.cfg
│   │   ├── org.ops4j.pax.url.mvn.cfg
│   │   ├── profile.cfg
│   │   ├── scripts
│   │   │   └── shell.completion.script
│   │   ├── shell.init.script
│   │   ├── startup.properties
│   │   ├── system.properties
│   │   └── users.properties
│   ├── examples
│   │   ├── karaf-blueprint-example
│   │   │   ├── karaf-blueprint-example-client
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   └── client
│   │   │   │   │   ├── ClientServiceImpl.java
│   │   │   │   │   ├── ClientService.java
│   │   │   │   │   └── Display.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── client.xml
│   │   │   ├── karaf-blueprint-example-common
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── common
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-blueprint-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-blueprint-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   └── internal
│   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── provider.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-branding-example
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   └── src
│   │   │   └── main
│   │   │   └── resources
│   │   │   └── org
│   │   │   └── apache
│   │   │   └── karaf
│   │   │   └── branding
│   │   │   └── branding.properties
│   │   ├── karaf-bundle-example
│   │   │   ├── karaf-bundle-example-client
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── bundle
│   │   │   │   └── client
│   │   │   │   ├── Activator.java
│   │   │   │   ├── ClientServiceImpl.java
│   │   │   │   ├── ClientService.java
│   │   │   │   └── Display.java
│   │   │   ├── karaf-bundle-example-common
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── bundle
│   │   │   │   └── common
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-bundle-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-bundle-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── bundle
│   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   └── internal
│   │   │   │   ├── Activator.java
│   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-camel-example
│   │   │   ├── karaf-camel-example-blueprint
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── route.xml
│   │   │   ├── karaf-camel-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-camel-example-java
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── camel
│   │   │   │   │   └── java
│   │   │   │   │   └── ExampleCamelRouteBuilder.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── route.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-command-example
│   │   │   ├── karaf-command-example-api
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── command
│   │   │   │   └── api
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-command-example-command
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── command
│   │   │   │   ├── command
│   │   │   │   │   ├── AddCommand.java
│   │   │   │   │   ├── ListCommand.java
│   │   │   │   │   └── RemoveCommand.java
│   │   │   │   └── completers
│   │   │   │   └── BookingIdCompleter.java
│   │   │   ├── karaf-command-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-command-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── command
│   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   ├── Activator.java
│   │   │   │   └── BookingServiceMemoryImpl.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-config-example
│   │   │   ├── karaf-config-example-blueprint
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── example
│   │   │   │   │   └── config
│   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   └── DisplayBean.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── config.xml
│   │   │   ├── karaf-config-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-config-example-listener
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── example
│   │   │   │   └── config
│   │   │   │   └── listener
│   │   │   │   └── Activator.java
│   │   │   ├── karaf-config-example-managed
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── example
│   │   │   │   └── config
│   │   │   │   └── managed
│   │   │   │   └── Activator.java
│   │   │   ├── karaf-config-example-managed-factory
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── example
│   │   │   │   └── config
│   │   │   │   └── managedfactory
│   │   │   │   └── Activator.java
│   │   │   ├── karaf-config-example-scr
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── example
│   │   │   │   └── config
│   │   │   │   └── scr
│   │   │   │   └── MyComponent.java
│   │   │   ├── karaf-config-example-static
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── example
│   │   │   │   └── config
│   │   │   │   └── Activator.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-deployer-example
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   └── src
│   │   │   └── main
│   │   │   └── java
│   │   │   └── org
│   │   │   └── apache
│   │   │   └── karaf
│   │   │   └── examples
│   │   │   └── deployer
│   │   │   └── ExampleDeployer.java
│   │   ├── karaf-dump-example
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   └── src
│   │   │   └── main
│   │   │   └── java
│   │   │   └── org
│   │   │   └── apache
│   │   │   └── karaf
│   │   │   └── examples
│   │   │   └── dump
│   │   │   └── ScreenshotDumpProvider.java
│   │   ├── karaf-http-resource-example
│   │   │   ├── karaf-http-resource-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-http-resource-example-whiteboard
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── http
│   │   │   │   │   └── resource
│   │   │   │   │   └── whiteboard
│   │   │   │   │   └── ExampleResource.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-itest-example
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   └── src
│   │   │   └── test
│   │   │   └── java
│   │   │   └── org
│   │   │   └── apache
│   │   │   └── karaf
│   │   │   └── examples
│   │   │   └── itests
│   │   │   └── ExampleITest.java
│   │   ├── karaf-jdbc-example
│   │   │   ├── karaf-jdbc-example-api
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── jdbc
│   │   │   │   └── api
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-jdbc-example-command
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── jdbc
│   │   │   │   ├── command
│   │   │   │   │   ├── AddCommand.java
│   │   │   │   │   ├── GetCommand.java
│   │   │   │   │   ├── ListCommand.java
│   │   │   │   │   └── RemoveCommand.java
│   │   │   │   └── completers
│   │   │   │   └── BookingIdCompleter.java
│   │   │   ├── karaf-jdbc-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-jdbc-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── jdbc
│   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   └── BookingServiceJdbcImpl.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-jms-example
│   │   │   ├── karaf-jms-example-command
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── jms
│   │   │   │   └── command
│   │   │   │   ├── ConsumeCommand.java
│   │   │   │   └── SendCommand.java
│   │   │   ├── karaf-jms-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-jpa-example
│   │   │   ├── karaf-jpa-example-command
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   ├── command
│   │   │   │   │   ├── AddCommand.java
│   │   │   │   │   ├── GetCommand.java
│   │   │   │   │   ├── ListCommand.java
│   │   │   │   │   └── RemoveCommand.java
│   │   │   │   └── completers
│   │   │   │   └── BookingIdCompleter.java
│   │   │   ├── karaf-jpa-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider
│   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-api
│   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   └── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-blueprint
│   │   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-blueprint-eclipselink
│   │   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   │   │   └── eclipselink
│   │   │   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   │   │   ├── META-INF
│   │   │   │   │   │   │   └── persistence.xml
│   │   │   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   │   └── blueprint.xml
│   │   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-blueprint-hibernate
│   │   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   │   │   └── hibernate
│   │   │   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   │   │   ├── META-INF
│   │   │   │   │   │   │   └── persistence.xml
│   │   │   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   │   └── blueprint.xml
│   │   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-blueprint-openjpa
│   │   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   │   │   └── openjpa
│   │   │   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   │   │   ├── META-INF
│   │   │   │   │   │   │   └── persistence.xml
│   │   │   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   │   └── blueprint.xml
│   │   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-ds
│   │   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-ds-eclipselink
│   │   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   │   │   └── ds
│   │   │   │   │   │   │   └── eclipselink
│   │   │   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   │   │   └── META-INF
│   │   │   │   │   │   └── persistence.xml
│   │   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-ds-hibernate
│   │   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   │   │   └── ds
│   │   │   │   │   │   │   └── hibernate
│   │   │   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   │   │   └── META-INF
│   │   │   │   │   │   └── persistence.xml
│   │   │   │   │   ├── karaf-jpa-example-provider-ds-openjpa
│   │   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   │   │   └── jpa
│   │   │   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   │   │   └── ds
│   │   │   │   │   │   │   └── openjpa
│   │   │   │   │   │   │   └── BookingServiceImpl.java
│   │   │   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   │   │   └── META-INF
│   │   │   │   │   │   └── persistence.xml
│   │   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-log-appender-example
│   │   │   ├── karaf-log-appender-example-core
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── log
│   │   │   │   └── ExampleLogAppender.java
│   │   │   ├── karaf-log-appender-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-maven-example
│   │   │   ├── karaf-maven-example-assembly
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── karaf-maven-example-client
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── karaf-maven-example-deploy
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── maven
│   │   │   │   └── Activator.java
│   │   │   ├── karaf-maven-example-kar
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── features-repo.xml
│   │   │   ├── karaf-maven-example-run
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── karaf-maven-example-run-bundle
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── maven
│   │   │   │   └── Activator.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-mbean-example
│   │   │   ├── karaf-mbean-example-api
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── mbean
│   │   │   │   └── api
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-mbean-example-blueprint
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── mbean
│   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   ├── BookingMBeanImpl.java
│   │   │   │   │   └── BookingMBean.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── jmx.xml
│   │   │   ├── karaf-mbean-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-mbean-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── mbean
│   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   ├── Activator.java
│   │   │   │   └── BookingServiceMemoryImpl.java
│   │   │   ├── karaf-mbean-example-scr
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── mbean
│   │   │   │   └── scr
│   │   │   │   ├── BookingMBeanImpl.java
│   │   │   │   └── BookingMBean.java
│   │   │   ├── karaf-mbean-example-simple
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── mbean
│   │   │   │   └── simple
│   │   │   │   ├── Activator.java
│   │   │   │   ├── BookingMBeanImpl.java
│   │   │   │   └── BookingMBean.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-profile-example
│   │   │   ├── karaf-profile-example-dynamic
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── karaf-profile-example-registry
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   ├── activemq
│   │   │   │   │   ├── broker.profile
│   │   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   │   └── client.profile
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   ├── camel.profile
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   ├── default.profile
│   │   │   │   │   ├── jetty.xml
│   │   │   │   │   ├── org.ops4j.pax.web.cfg
│   │   │   │   │   ├── profile.cfg
│   │   │   │   │   └── version.cfg
│   │   │   │   ├── karaf.profile
│   │   │   │   │   ├── org.ops4j.pax.logging.cfg
│   │   │   │   │   ├── org.ops4j.pax.logging.cfg#static
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   └── loanbroker
│   │   │   │   ├── bank1.profile
│   │   │   │   │   ├── bank1.xml
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   ├── bank2.profile
│   │   │   │   │   ├── bank2.xml
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   ├── bank3.profile
│   │   │   │   │   ├── bank3.xml
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   ├── base.profile
│   │   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   │   └── broker.profile
│   │   │   │   ├── loanBroker.xml
│   │   │   │   └── profile.cfg
│   │   │   ├── karaf-profile-example-static
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-rest-example
│   │   │   ├── karaf-rest-example-api
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── rest
│   │   │   │   └── api
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-rest-example-client
│   │   │   │   ├── karaf-rest-example-client-cxf
│   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   └── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── rest
│   │   │   │   │   └── client
│   │   │   │   │   └── cxf
│   │   │   │   │   ├── AddBookingCommand.java
│   │   │   │   │   └── ListBookingCommand.java
│   │   │   │   ├── karaf-rest-example-client-http
│   │   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   │   └── src
│   │   │   │   │   └── main
│   │   │   │   │   └── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── rest
│   │   │   │   │   └── client
│   │   │   │   │   └── http
│   │   │   │   │   ├── AddBookingCommand.java
│   │   │   │   │   └── ListBookingCommand.java
│   │   │   │   └── pom.xml
│   │   │   ├── karaf-rest-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-rest-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── rest
│   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   └── BookingServiceRest.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── rest.xml
│   │   │   ├── karaf-rest-example-whiteboard
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── rest
│   │   │   │   └── whiteboard
│   │   │   │   └── BookingServiceRest.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-scheduler-example
│   │   │   ├── karaf-scheduler-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-scheduler-example-runnable
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── scheduler
│   │   │   │   └── RunnableService.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-scr-example
│   │   │   ├── karaf-scr-example-api
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── scr
│   │   │   │   └── api
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-scr-example-client
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── scr
│   │   │   │   └── client
│   │   │   │   └── ConsoleClient.java
│   │   │   ├── karaf-scr-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-scr-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── scr
│   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   └── BookingServiceMemoryImpl.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-servlet-example
│   │   │   ├── karaf-servlet-example-annotation
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── servlet
│   │   │   │   │   └── annotation
│   │   │   │   │   └── ExampleServlet.java
│   │   │   │   └── webapp
│   │   │   │   └── WEB-INF
│   │   │   │   └── web.xml
│   │   │   ├── karaf-servlet-example-blueprint
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── servlet
│   │   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   │   └── ExampleServlet.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── servlet.xml
│   │   │   ├── karaf-servlet-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-servlet-example-registration
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── servlet
│   │   │   │   └── registration
│   │   │   │   ├── Activator.java
│   │   │   │   └── ExampleServlet.java
│   │   │   ├── karaf-servlet-example-scr
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── servlet
│   │   │   │   └── scr
│   │   │   │   └── ExampleServlet.java
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-soap-example
│   │   │   ├── karaf-soap-example-api
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── soap
│   │   │   │   └── api
│   │   │   │   ├── Booking.java
│   │   │   │   └── BookingService.java
│   │   │   ├── karaf-soap-example-client
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── soap
│   │   │   │   └── client
│   │   │   │   ├── AddCommand.java
│   │   │   │   ├── CxfClient.java
│   │   │   │   └── ListCommand.java
│   │   │   ├── karaf-soap-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-soap-example-provider
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   ├── java
│   │   │   │   │   └── org
│   │   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   │   └── soap
│   │   │   │   │   └── provider
│   │   │   │   │   ├── BookingServiceSoapImpl.java
│   │   │   │   │   └── BookingServiceSoap.java
│   │   │   │   └── resources
│   │   │   │   └── OSGI-INF
│   │   │   │   └── blueprint
│   │   │   │   └── soap.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-url-namespace-handler-example
│   │   │   ├── karaf-url-namespace-handler-example-core
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── java
│   │   │   │   └── org
│   │   │   │   └── apache
│   │   │   │   └── karaf
│   │   │   │   └── examples
│   │   │   │   └── url
│   │   │   │   └── ExampleUrlHandler.java
│   │   │   ├── karaf-url-namespace-handler-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-war-example
│   │   │   ├── karaf-war-example-features
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── feature
│   │   │   │   └── feature.xml
│   │   │   ├── karaf-war-example-webapp
│   │   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   │   └── src
│   │   │   │   └── main
│   │   │   │   └── webapp
│   │   │   │   ├── index.jsp
│   │   │   │   └── WEB-INF
│   │   │   │   └── web.xml
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   └── README.md
│   │   ├── karaf-websocket-example
│   │   │   ├── pom.xml
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   └── src
│   │   │   └── main
│   │   │   └── java
│   │   │   └── org
│   │   │   └── apache
│   │   │   └── karaf
│   │   │   └── examples
│   │   │   └── websocket
│   │   │   ├── WebSocketExample.java
│   │   │   └── WebsocketExampleServlet.java
│   │   ├── pom.xml
│   │   └── README.md
│   ├── lib
│   │   ├── boot
│   │   │   ├── branding-3.8.1.jar
│   │   │   ├── karaf-launcher-3.8.1.jar
│   │   │   ├── org.apache.karaf.diagnostic.boot-4.2.4.jar
│   │   │   ├── org.apache.karaf.jaas.boot-4.2.4.jar
│   │   │   ├── org.apache.karaf.main-4.2.4.jar
│   │   │   ├── org.apache.karaf.specs.activator-4.2.4.jar
│   │   │   ├── org.osgi.core-6.0.0.jar
│   │   │   └── README
│   │   ├── endorsed
│   │   │   ├── org.apache.karaf.specs.java.xml-4.2.4.jar
│   │   │   ├── org.apache.karaf.specs.java.xml.ws-4.2.4.jar
│   │   │   ├── org.apache.karaf.specs.locator-4.2.4.jar
│   │   │   └── README
│   │   ├── ext
│   │   │   └── README
│   │   ├── jdk9plus
│   │   │   ├── istack-commons-runtime-3.0.8.jar
│   │   │   ├── jakarta.xml.bind-api-2.3.2.jar
│   │   │   ├── javax.activation-1.2.0.jar
│   │   │   ├── javax.annotation-api-1.3.jar
│   │   │   ├── jaxb-runtime-2.3.2.jar
│   │   │   └── txw2-2.3.2.jar
│   │   ├── openjfx
│   │   │   ├── linux
│   │   │   │   ├── javafx-base-13-linux.jar
│   │   │   │   ├── javafx-controls-13-linux.jar
│   │   │   │   ├── javafx-fxml-13-linux.jar
│   │   │   │   ├── javafx-graphics-13-linux.jar
│   │   │   │   ├── javafx-media-13-linux.jar
│   │   │   │   ├── javafx-swing-13-linux.jar
│   │   │   │   └── javafx-web-13-linux.jar
│   │   │   ├── mac
│   │   │   │   ├── javafx-base-13-mac.jar
│   │   │   │   ├── javafx-controls-13-mac.jar
│   │   │   │   ├── javafx-fxml-13-mac.jar
│   │   │   │   ├── javafx-graphics-13-mac.jar
│   │   │   │   ├── javafx-media-13-mac.jar
│   │   │   │   ├── javafx-swing-13-mac.jar
│   │   │   │   └── javafx-web-13-mac.jar
│   │   │   └── win
│   │   │   ├── javafx-base-13-win.jar
│   │   │   ├── javafx-controls-13-win.jar
│   │   │   ├── javafx-fxml-13-win.jar
│   │   │   ├── javafx-graphics-13-win.jar
│   │   │   ├── javafx-media-13-win.jar
│   │   │   ├── javafx-swing-13-win.jar
│   │   │   └── javafx-web-13-win.jar
│   │   └── README
│   ├── README.md
│   ├── RELEASE-NOTES.md
│   └── system
│   ├── commons-io
│   │   └── commons-io
│   │   └── 2.1
│   │   └── commons-io-2.1.jar
│   ├── cytoscape-temp
│   │   └── uk.ac.ebi.enfin.mi.cluster.micluster
│   │   └── 1.6
│   │   └── uk.ac.ebi.enfin.mi.cluster.micluster-1.6.jar
│   ├── javax
│   │   ├── activation
│   │   │   └── com.springsource.javax.activation
│   │   │   └── 1.1.1
│   │   │   └── com.springsource.javax.activation-1.1.1.jar
│   │   ├── annotation
│   │   │   └── javax.annotation-api
│   │   │   └── 1.3
│   │   │   └── javax.annotation-api-1.3.jar
│   │   ├── mail
│   │   │   └── mail
│   │   │   └── 1.4.7
│   │   │   └── mail-1.4.7.jar
│   │   ├── servlet
│   │   │   └── javax.servlet-api
│   │   │   └── 3.1.0
│   │   │   └── javax.servlet-api-3.1.0.jar
│   │   ├── websocket
│   │   │   └── javax.websocket-api
│   │   │   └── 1.1
│   │   │   └── javax.websocket-api-1.1.jar
│   │   ├── ws
│   │   │   └── rs
│   │   │   └── javax.ws.rs-api
│   │   │   └── 2.1
│   │   │   └── javax.ws.rs-api-2.1.jar
│   │   └── xml
│   │   └── stream
│   │   └── com.springsource.javax.xml.stream
│   │   └── 1.0.1
│   │   └── com.springsource.javax.xml.stream-1.0.1.jar
│   ├── org
│   │   ├── apache
│   │   │   ├── aries
│   │   │   │   ├── blueprint
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.blueprint.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.0.1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.api-1.0.1.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.blueprint.cm
│   │   │   │   │   │   └── 1.3.1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.cm-1.3.1.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.blueprint.core
│   │   │   │   │   │   └── 1.10.1
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.core-1.10.1.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.core.compatibility
│   │   │   │   │   └── 1.0.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.blueprint.core.compatibility-1.0.0.jar
│   │   │   │   ├── jmx
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.1.5
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.api-1.1.5.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.blueprint.api
│   │   │   │   │   │   └── 1.2.0
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.blueprint.api-1.2.0.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.blueprint.core
│   │   │   │   │   │   └── 1.2.0
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.blueprint.core-1.2.0.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.aries.jmx.core
│   │   │   │   │   │   └── 1.1.8
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.core-1.1.8.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.whiteboard
│   │   │   │   │   └── 1.2.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.jmx.whiteboard-1.2.0.jar
│   │   │   │   ├── jpa
│   │   │   │   │   └── jpa-features
│   │   │   │   │   └── 2.7.2
│   │   │   │   │   └── jpa-features-2.7.2-features.xml
│   │   │   │   ├── org.apache.aries.util
│   │   │   │   │   └── 1.1.3
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.util-1.1.3.jar
│   │   │   │   ├── proxy
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.proxy
│   │   │   │   │   └── 1.1.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.aries.proxy-1.1.4.jar
│   │   │   │   └── spifly
│   │   │   │   └── org.apache.aries.spifly.dynamic.bundle
│   │   │   │   └── 1.2
│   │   │   │   └── org.apache.aries.spifly.dynamic.bundle-1.2.jar
│   │   │   ├── felix
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.configadmin
│   │   │   │   │   └── 1.9.14
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.configadmin-1.9.14.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.coordinator
│   │   │   │   │   └── 1.0.2
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.coordinator-1.0.2.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.fileinstall
│   │   │   │   │   └── 3.6.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.fileinstall-3.6.4.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.framework
│   │   │   │   │   └── 5.6.12
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.framework-5.6.12.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.inventory
│   │   │   │   │   └── 1.0.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.inventory-1.0.4.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.metatype
│   │   │   │   │   └── 1.2.2
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.metatype-1.2.2.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.scr
│   │   │   │   │   └── 2.1.16
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.scr-2.1.16.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.felix.webconsole.plugins.ds
│   │   │   │   │   └── 2.1.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.felix.webconsole.plugins.ds-2.1.0.jar
│   │   │   │   └── org.apache.felix.webconsole.plugins.event
│   │   │   │   └── 1.1.8
│   │   │   │   └── org.apache.felix.webconsole.plugins.event-1.1.8.jar
│   │   │   ├── geronimo
│   │   │   │   └── specs
│   │   │   │   ├── geronimo-jaspic_1.0_spec
│   │   │   │   │   └── 1.1
│   │   │   │   │   └── geronimo-jaspic_1.0_spec-1.1.jar
│   │   │   │   └── geronimo-jta_1.1_spec
│   │   │   │   └── 1.1.1
│   │   │   │   └── geronimo-jta_1.1_spec-1.1.1.jar
│   │   │   ├── karaf
│   │   │   │   ├── bundle
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.bundle.blueprintstate
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.bundle.blueprintstate-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.bundle.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.bundle.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── config
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.config.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.config.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── deployer
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.blueprint
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.blueprint-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.features
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.features-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.deployer.kar
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.kar-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.wrap
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.deployer.wrap-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── diagnostic
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.diagnostic.boot
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.diagnostic.boot-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.diagnostic.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.diagnostic.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── features
│   │   │   │   │   ├── enterprise
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── enterprise-4.2.4-features.xml
│   │   │   │   │   ├── framework
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── framework-4.2.4-features.xml
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.features.command
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.features.command-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.features.core
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.features.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.features.extension
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.features.extension-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── spring
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── spring-4.2.4-features.xml
│   │   │   │   │   └── standard
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── standard-4.2.4-features.xml
│   │   │   │   ├── http
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.http.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.http.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── instance
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.instance.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.instance.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── jaas
│   │   │   │   │   ├── blueprint
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.blueprint.config
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.blueprint.config-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.jaas.boot
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.boot-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.jaas.command
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.command-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.jaas.config
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.config-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.modules
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.jaas.modules-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── kar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.kar.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.kar.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── log
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.log.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.log.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── management
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.management.server
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.management.server-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.karaf.client
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.client-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.karaf.event
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.event-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── package
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.package.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.package.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── scr
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.scr.management
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.scr.management-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.scr.state
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.scr.state-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── service
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.service.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.service.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── services
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.services.eventadmin
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.services.eventadmin-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── shell
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.commands
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.commands-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.console
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.console-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.core
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   ├── org.apache.karaf.shell.ssh
│   │   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.ssh-4.2.4.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.table
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.shell.table-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── system
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.system.core
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.system.core-4.2.4.jar
│   │   │   │   ├── webconsole
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.webconsole.http
│   │   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   │   └── org.apache.karaf.webconsole.http-4.2.4.jar
│   │   │   │   └── wrapper
│   │   │   │   └── org.apache.karaf.wrapper.core
│   │   │   │   └── 4.2.4
│   │   │   │   └── org.apache.karaf.wrapper.core-4.2.4.jar
│   │   │   ├── openjpa
│   │   │   │   └── openjpa-features
│   │   │   │   └── 3.0.0
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│   │   │   ├── servicemix
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│   │   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.bundles.not-yet-commons-ssl-0.3.11_1.jar
│   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.bundles.xmlbeans
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│   │   │   │   └── specs
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│   │   │   │   │   └── 2.9.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.activation-api-1.1-2.9.0.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.jaxb-api-2.1
│   │   │   │   │   └── 1.2.0
│   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.jaxb-api-2.1-1.2.0.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.jaxb-api-2.2
│   │   │   │   │   └── 2.9.0
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│   │   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.jaxws-api-2.2
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│   │   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.jaxws-api-2.2-2.9.0.jar
│   │   │   │   ├── org.apache.servicemix.specs.saaj-api-1.3
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│   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.stax-api-1.0
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│   │   │   │   └── org.apache.servicemix.specs.stax-api-1.0-2.9.0.jar
│   │   │   ├── sshd
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│   │   │   │   └── 1.7.0
│   │   │   │   └── sshd-core-1.7.0.jar
│   │   │   └── xbean
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│   │   │   │   └── 4.12
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│   │   │   ├── xbean-finder
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│   │   │   └── xbean-reflect
│   │   │   └── 4.12
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│   │   ├── cytoscape
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│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── api-bundle-3.8.1.jar
│   │   │   ├── app-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── app-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── application-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   ├── cmdline
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── cmdline-3.8.1.jar
│   │   │   ├── command-executor-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── core-task-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── datasource-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── datasource-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── ding-presentation-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── ding-presentation-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── distribution
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│   │   │   │   │   └── application-metadata-impl-3.8.1.jar
│   │   │   │   ├── cmdline-impl
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│   │   │   │   │   └── cmdline-impl-3.8.1.jar
│   │   │   │   ├── diagnostics-impl
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│   │   │   │   │   └── diagnostics-impl-3.8.1.jar
│   │   │   │   ├── features
│   │   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   │   └── features-3.8.1-features.xml
│   │   │   │   ├── splash-updater-impl
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│   │   │   │   │   └── splash-updater-impl-3.8.1.jar
│   │   │   │   └── third-party
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── third-party-3.8.1.jar
│   │   │   ├── edge-bundler-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── edge-bundler-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── editor-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── editor-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── equations-functions-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── equations-functions-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── equations-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── equations-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── event-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── event-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── filter2-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── filter2-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── graphml-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── graphml-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── group-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   ├── gui-cmdline-parser-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── gui-cmdline-parser-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── io-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   ├── jobs-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── jobs-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── layout-cytoscape-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── layout-cytoscape-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── layout-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── layout-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── layout-prefuse-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── layout-prefuse-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── linkout-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   ├── manual-layout-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── manual-layout-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── model-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── model-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── presentation-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── presentation-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── property-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── property-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── scripting-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── scripting-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── search-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── search-impl-3.8.1.jar
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│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── session-impl-3.8.1.jar
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│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   │   └── table-import-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── util-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── util-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── viewmodel-impl
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│   │   │   ├── vizmap-gui-core-impl
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│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   ├── webservice-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
│   │   │   │   └── webservice-impl-3.8.1.jar
│   │   │   ├── work-impl
│   │   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   └── 3.8.1
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│   │   │   ├── logging
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│   │   │   ├── transx
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│   │   │   └── asm
│   │   │   ├── asm
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│   │   │   │   └── 7.1
│   │   │   │   └── asm-tree-7.1.jar
│   │   │   └── asm-util
│   │   │   ├── 7.0
│   │   │   │   └── asm-util-7.0.jar
│   │   │   └── 7.1
│   │   │   └── asm-util-7.1.jar
│   │   └── slf4j
│   │   └── slf4j-api
│   │   └── 1.7.12
│   │   └── slf4j-api-1.7.12.jar
│   └── README
├── gen_vmoptions.sh
└── sampleData
├── BINDhuman.sif
├── BINDyeast.sif
├── galExpData.csv
├── galFiltered.cys
├── galFiltered.sif
├── importNetworkFromFile.csv
├── sampleStyles.xml
└── sessions
├── Affinity Purification.cys
├── Import & Save.cys
├── Ivacaftor Coauthor.cys
├── Styles Demo.cys
├── TCGA Colorectal Cancer.cys
├── Yeast Gene Interactions.cys
└── Yeast Perturbation.cys
1262 directories, 622 files
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