Segundo Douglas Crockford, todos os padrões descritos em javascript.crockford.com/code.html são os mesmos utilizados em Java. Os padrões devem permanecer, apesar de não ser o mesmo adotado em outras linguagens, como o C#, por exemplo.
Os arquivos, tanto .js quanto .css devem ter seus nomes desta forma: nome-do-arquivos.css ou apenas nome-do-arquivos.js. Caso o arquivo faça referência a um framework ou biblioteca use por exemplo: bootstrap-nome-do-arquivos.js ou jquery-nome-do-arquivos.js. Se o arquivo estiver minificado use por exemplo nome-do-arquivos.min.js.
O que seriam os métodos no C# são as funções no Javascript. Mas diferente do C#, devem começar com letra minúscula e para cada palavra, a primeira letra deve ser maiúscula (lowerCamelCase).