Vagrantは元々は、Oracleの仮想化ソフトであるVirtualBoxをコマンドラインから操作する為のツールとして開発されました。
ただ現在は、VagrantからAWSのEC2のサーバをダウンアップしたりすることも可能です。(参考:Vagrant 1.1 で EC2 を vagrant up - naoyaのはてなダイアリー http://d.hatena.ne.jp/naoya/20130315/1363340698 )
Chef等の構成管理ツールと相性が良いので、構成管理ツール(主にChef)とVagrantがあわせて語られることが多いです。
理由としては、VagrantのPluginのSaharaにsandboxという機能があるのですが、サーバの状態をcommit & rollback出来ます。RDBにおけるトランザクション機能のイメージです。