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@ryantm
Created June 17, 2019 01:22
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/nix/store/0ynwd5sgc4s1hiab3fr8whpz95kjank3-gromacs-2019.3
├── bin
│   ├── demux.pl
│   ├── gmx
│   ├── gmx-completion.bash
│   ├── gmx-completion-gmx.bash
│   ├── GMXRC
│   ├── GMXRC.bash
│   ├── GMXRC.csh
│   ├── GMXRC.zsh
│   └── xplor2gmx.pl
├── include
│   └── gromacs
│   ├── analysisdata
│   │   ├── abstractdata.h
│   │   ├── analysisdata.h
│   │   ├── arraydata.h
│   │   ├── dataframe.h
│   │   ├── datamodule.h
│   │   └── modules
│   │   ├── average.h
│   │   ├── displacement.h
│   │   ├── histogram.h
│   │   ├── lifetime.h
│   │   └── plot.h
│   ├── analysisdata.h
│   ├── commandline
│   │   ├── cmdlinehelpwriter.h
│   │   ├── cmdlineinit.h
│   │   ├── cmdlinemodule.h
│   │   ├── cmdlineoptionsmodule.h
│   │   ├── cmdlineparser.h
│   │   ├── cmdlineprogramcontext.h
│   │   ├── filenm.h
│   │   ├── pargs.h
│   │   └── viewit.h
│   ├── commandline.h
│   ├── compat
│   │   └── make_unique.h
│   ├── fft
│   │   └── fft.h
│   ├── fileio
│   │   ├── confio.h
│   │   ├── enxio.h
│   │   ├── filetypes.h
│   │   ├── gmxfio.h
│   │   ├── matio.h
│   │   ├── mtxio.h
│   │   ├── oenv.h
│   │   ├── pdbio.h
│   │   ├── rgb.h
│   │   ├── tpxio.h
│   │   ├── trrio.h
│   │   ├── trxio.h
│   │   ├── xdr_datatype.h
│   │   ├── xtcio.h
│   │   └── xvgr.h
│   ├── gmxana
│   │   └── gstat.h
│   ├── gpu_utils
│   │   └── hostallocator.h
│   ├── linearalgebra
│   │   ├── eigensolver.h
│   │   ├── matrix.h
│   │   └── sparsematrix.h
│   ├── math
│   │   ├── 3dtransforms.h
│   │   ├── arrayrefwithpadding.h
│   │   ├── do_fit.h
│   │   ├── functions.h
│   │   ├── gmxcomplex.h
│   │   ├── paddedvector.h
│   │   ├── units.h
│   │   ├── utilities.h
│   │   ├── vec.h
│   │   └── vectypes.h
│   ├── mdlib
│   │   └── simulationsignal.h
│   ├── mdtypes
│   │   ├── inputrec.h
│   │   ├── mdatom.h
│   │   ├── md_enums.h
│   │   └── state.h
│   ├── options
│   │   ├── abstractoption.h
│   │   ├── abstractsection.h
│   │   ├── basicoptions.h
│   │   ├── filenameoption.h
│   │   ├── filenameoptionmanager.h
│   │   ├── ioptionsbehavior.h
│   │   ├── ioptionscontainer.h
│   │   ├── ioptionscontainerwithsections.h
│   │   ├── isectionstorage.h
│   │   ├── ivaluestore.h
│   │   ├── optionfiletype.h
│   │   ├── optionflags.h
│   │   ├── optionsection.h
│   │   ├── options.h
│   │   ├── repeatingsection.h
│   │   ├── timeunitmanager.h
│   │   └── valuestore.h
│   ├── options.h
│   ├── pbcutil
│   │   ├── ishift.h
│   │   ├── pbc.h
│   │   └── rmpbc.h
│   ├── random
│   │   ├── exponentialdistribution.h
│   │   ├── gammadistribution.h
│   │   ├── normaldistribution.h
│   │   ├── seed.h
│   │   ├── tabulatednormaldistribution.h
│   │   ├── threefry.h
│   │   ├── uniformintdistribution.h
│   │   └── uniformrealdistribution.h
│   ├── random.h
│   ├── restraint
│   │   └── restraintpotential.h
│   ├── selection
│   │   ├── indexutil.h
│   │   ├── nbsearch.h
│   │   ├── position.h
│   │   ├── selectioncollection.h
│   │   ├── selectionenums.h
│   │   ├── selection.h
│   │   ├── selectionoptionbehavior.h
│   │   ├── selectionoption.h
│   │   └── selectionoptionmanager.h
│   ├── selection.h
│   ├── timing
│   │   ├── wallcycle.h
│   │   └── walltime_accounting.h
│   ├── topology
│   │   ├── atomprop.h
│   │   ├── atoms.h
│   │   ├── block.h
│   │   ├── forcefieldparameters.h
│   │   ├── idef.h
│   │   ├── ifunc.h
│   │   ├── index.h
│   │   ├── mtop_util.h
│   │   ├── symtab.h
│   │   └── topology.h
│   ├── trajectory
│   │   ├── energyframe.h
│   │   └── trajectoryframe.h
│   ├── trajectoryanalysis
│   │   ├── analysismodule.h
│   │   ├── analysissettings.h
│   │   ├── cmdlinerunner.h
│   │   └── topologyinformation.h
│   ├── trajectoryanalysis.h
│   ├── utility
│   │   ├── alignedallocator.h
│   │   ├── allocator.h
│   │   ├── arrayref.h
│   │   ├── arraysize.h
│   │   ├── basedefinitions.h
│   │   ├── baseversion.h
│   │   ├── classhelpers.h
│   │   ├── cstringutil.h
│   │   ├── current_function.h
│   │   ├── datafilefinder.h
│   │   ├── errorcodes.h
│   │   ├── exceptions.h
│   │   ├── fatalerror.h
│   │   ├── fileptr.h
│   │   ├── flags.h
│   │   ├── futil.h
│   │   ├── gmxassert.h
│   │   ├── init.h
│   │   ├── programcontext.h
│   │   ├── real.h
│   │   ├── smalloc.h
│   │   ├── stringutil.h
│   │   └── unique_cptr.h
│   ├── utility.h
│   └── version.h
├── lib
│   ├── libgromacs.so -> libgromacs.so.4
│   ├── libgromacs.so.4 -> libgromacs.so.4.0.0
│   ├── libgromacs.so.4.0.0
│   └── pkgconfig
│   └── libgromacs.pc
└── share
├── cmake
│   └── gromacs
│   ├── gromacs-config.cmake
│   ├── gromacs-config-version.cmake
│   ├── libgromacs.cmake
│   └── libgromacs-release.cmake
├── gromacs
│   ├── COPYING
│   ├── README_FreeEnergyModifications.txt
│   ├── README.tutor
│   ├── template
│   │   ├── cmake
│   │   │   └── FindGROMACS.cmake
│   │   ├── CMakeLists.txt
│   │   ├── Makefile.pkg
│   │   ├── README
│   │   └── template.cpp
│   └── top
│   ├── amber03.ff
│   │   ├── aminoacids.arn
│   │   ├── aminoacids.c.tdb
│   │   ├── aminoacids.hdb
│   │   ├── aminoacids.n.tdb
│   │   ├── aminoacids.r2b
│   │   ├── aminoacids.rtp
│   │   ├── aminoacids.vsd
│   │   ├── atomtypes.atp
│   │   ├── dna.arn
│   │   ├── dna.hdb
│   │   ├── dna.r2b
│   │   ├── dna.rtp
│   │   ├── ffbonded.itp
│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
│   │   ├── ions.itp
│   │   ├── rna.arn
│   │   ├── rna.hdb
│   │   ├── rna.r2b
│   │   ├── rna.rtp
│   │   ├── spce.itp
│   │   ├── spc.itp
│   │   ├── tip3p.itp
│   │   ├── tip4pew.itp
│   │   ├── tip4p.itp
│   │   ├── tip5p.itp
│   │   ├── urea.itp
│   │   └── watermodels.dat
│   ├── amber94.ff
│   │   ├── aminoacids.arn
│   │   ├── aminoacids.c.tdb
│   │   ├── aminoacids.hdb
│   │   ├── aminoacids.n.tdb
│   │   ├── aminoacids.r2b
│   │   ├── aminoacids.rtp
│   │   ├── aminoacids.vsd
│   │   ├── atomtypes.atp
│   │   ├── dna.arn
│   │   ├── dna.hdb
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│   │   ├── ffbonded.itp
│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
│   │   ├── ions.itp
│   │   ├── rna.arn
│   │   ├── rna.hdb
│   │   ├── rna.r2b
│   │   ├── rna.rtp
│   │   ├── spce.itp
│   │   ├── spc.itp
│   │   ├── tip3p.itp
│   │   ├── tip4pew.itp
│   │   ├── tip4p.itp
│   │   ├── tip5p.itp
│   │   ├── urea.itp
│   │   └── watermodels.dat
│   ├── amber96.ff
│   │   ├── aminoacids.arn
│   │   ├── aminoacids.c.tdb
│   │   ├── aminoacids.hdb
│   │   ├── aminoacids.n.tdb
│   │   ├── aminoacids.r2b
│   │   ├── aminoacids.rtp
│   │   ├── aminoacids.vsd
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│   │   ├── dna.r2b
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│   │   ├── ffbonded.itp
│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
│   │   ├── ions.itp
│   │   ├── rna.arn
│   │   ├── rna.hdb
│   │   ├── rna.r2b
│   │   ├── rna.rtp
│   │   ├── spce.itp
│   │   ├── spc.itp
│   │   ├── tip3p.itp
│   │   ├── tip4pew.itp
│   │   ├── tip4p.itp
│   │   ├── tip5p.itp
│   │   ├── urea.itp
│   │   └── watermodels.dat
│   ├── amber99.ff
│   │   ├── aminoacids.arn
│   │   ├── aminoacids.c.tdb
│   │   ├── aminoacids.hdb
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│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
│   │   ├── ions.itp
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│   │   ├── rna.hdb
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│   │   ├── rna.rtp
│   │   ├── spce.itp
│   │   ├── spc.itp
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│   │   └── watermodels.dat
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│   │   ├── forcefield.itp
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│   │   ├── tip4pew.itp
│   │   ├── tip4p.itp
│   │   ├── tip5p.itp
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│   │   └── watermodels.dat
│   ├── amber99sb-ildn.ff
│   │   ├── aminoacids.arn
│   │   ├── aminoacids.c.tdb
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│   │   ├── aminoacids.n.tdb
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│   │   ├── forcefield.itp
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│   │   └── watermodels.dat
│   ├── amberGS.ff
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│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
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│   │   ├── rna.hdb
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│   │   ├── rna.rtp
│   │   ├── spce.itp
│   │   ├── spc.itp
│   │   ├── tip3p.itp
│   │   ├── tip4pew.itp
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│   │   ├── tip5p.itp
│   │   ├── urea.itp
│   │   └── watermodels.dat
│   ├── atommass.dat
│   ├── atom_nom.tbl
│   ├── bonds.dlg
│   ├── ca-shift.dat
│   ├── cb-shift.dat
│   ├── charmm27.ff
│   │   ├── aminoacids.arn
│   │   ├── aminoacids.c.tdb
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│   │   ├── cmap.itp
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│   │   ├── ffnabonded.itp
│   │   ├── ffnanonbonded.itp
│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
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│   │   └── watermodels.dat
│   ├── co-shift.dat
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│   │   ├── tip4p.itp
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│   ├── gromos53a6.ff
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│   │   ├── ffbonded.itp
│   │   ├── ff_dum.itp
│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
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│   │   ├── tmcl.itp
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│   │   ├── aminoacids.c.tdb
│   │   ├── aminoacids.hdb
│   │   ├── aminoacids.n.tdb
│   │   ├── aminoacids.r2b
│   │   ├── aminoacids.rtp
│   │   ├── aminoacids.vsd
│   │   ├── atomname2type.n2t
│   │   ├── atomtypes.atp
│   │   ├── ethanol.itp
│   │   ├── ffbonded.itp
│   │   ├── ffnonbonded.itp
│   │   ├── forcefield.doc
│   │   ├── forcefield.itp
│   │   ├── ions.itp
│   │   ├── methanol.itp
│   │   ├── spce.itp
│   │   ├── spc.itp
│   │   ├── tip3p.itp
│   │   ├── tip4pew.itp
│   │   ├── tip4p.itp
│   │   ├── tip5pe.itp
│   │   ├── tip5p.itp
│   │   └── watermodels.dat
│   ├── phbres.dat
│   ├── ps.m2p
│   ├── random.dat
│   ├── README
│   ├── refi_aa.dat
│   ├── residues.dtd
│   ├── residues.xml
│   ├── residuetypes.dat
│   ├── sfactor.dat
│   ├── spc216.gro
│   ├── spce.itp
│   ├── spc.itp
│   ├── specbond.dat
│   ├── ss.map
│   ├── surface.dat
│   ├── sw.itp
│   ├── table6-10.xvg
│   ├── table6-11.xvg
│   ├── table6-12.xvg
│   ├── table6-8.xvg
│   ├── table6-9.xvg
│   ├── tip3p.itp
│   ├── tip4p.gro
│   ├── tip4p.itp
│   ├── tip5p.gro
│   ├── vdw-msms.dat
│   ├── vdwradii.dat
│   └── xlateat.dat
└── man
└── man1
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51 directories, 698 files
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