CWL_CommandLineTool

#!/usr/bin/env cwl-runner
cwlVersion: v1.0 
class: CommandLineTool

# doc/label: 本cwlの説明 (短い場合はlabelを使うことを推奨)
label: import FASTQ files and create qza file for QIIME2

# requirements/hints： コマンドを走らせる条件を記述 (requirementsの方が厳しい. 満たされない場合はエラーで止まる)
requirements:
    DockerRequirement: # 本コマンドを走らせるDocker container
        dockerPull: qiime2/core:2020.8
    EnvVarRequirement: # 環境変数等を設定する
        envDef:
            HOGE: /hoge/hoge

# baseCommand: ベースとなるコマンド
# arguments: baseCommandに続くarguments (リストで与える)
# 以下の例では `qiime tools import --type SampleData[PairedEndSequencesWithQuality] --input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt --output-path", "$(inputs.project).qza`
baseCommand: qiime
arguments: ["tools", "import", 
            "--type", "SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]", 
            "--input-format", "CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt", 
            "--output-path", "$(inputs.project).qza"]

# inputs: 本コマンドに与える引数 (yamlファイルに記述する)
inputs:
    fastqDir:
        type: Directory
        # 上記のベースコマンドの直後に "--input-path (fastqDir)" を引数として渡す
        inputBinding:
            position: 0
            prefix: "--input-path"
    project:
        type: string

# outputs: 本コマンドによる出力
outputs:
    # *.qzaというファイルをoutputs.qzaとして指定
    qza:
        type: File
        outputBinding:
            glob: "*.qza"