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| /nix/store/vq4zbk255zz4y6a25cin6schcrs5p1c0-gromacs-2020 | |
| ├── bin | |
| │ ├── demux.pl | |
| │ ├── gmx | |
| │ ├── gmx-completion-gmx.bash | |
| │ ├── GMXRC | |
| │ ├── GMXRC.bash | |
| │ ├── GMXRC.csh | |
| │ ├── GMXRC.zsh | |
| │ └── xplor2gmx.pl | |
| ├── include | |
| │ ├── gmxapi | |
| │ │ ├── compat | |
| │ │ │ ├── mdparams.h | |
| │ │ │ └── tpr.h | |
| │ │ ├── context.h | |
| │ │ ├── exceptions.h | |
| │ │ ├── gmxapicompat.h | |
| │ │ ├── gmxapi.h | |
| │ │ ├── gromacsfwd.h | |
| │ │ ├── md | |
| │ │ │ ├── mdmodule.h | |
| │ │ │ └── mdsignals.h | |
| │ │ ├── md.h | |
| │ │ ├── session | |
| │ │ │ └── resources.h | |
| │ │ ├── session.h | |
| │ │ ├── status.h | |
| │ │ ├── system.h | |
| │ │ └── version.h | |
| │ └── gromacs | |
| │ ├── math | |
| │ │ └── vectypes.h | |
| │ ├── restraint | |
| │ │ └── restraintpotential.h | |
| │ └── utility | |
| │ ├── basedefinitions.h | |
| │ ├── current_function.h | |
| │ ├── gmxassert.h | |
| │ └── real.h | |
| ├── lib | |
| │ ├── libgmxapi.so -> libgmxapi.so.0 | |
| │ ├── libgmxapi.so.0 -> libgmxapi.so.0.1.0 | |
| │ ├── libgmxapi.so.0.1.0 | |
| │ ├── libgromacs.so -> libgromacs.so.5 | |
| │ ├── libgromacs.so.5 -> libgromacs.so.5.0.0 | |
| │ ├── libgromacs.so.5.0.0 | |
| │ └── pkgconfig | |
| │ └── libgromacs.pc | |
| └── share | |
| ├── cmake | |
| │ ├── gmxapi | |
| │ │ ├── gmxapi.cmake | |
| │ │ ├── gmxapi-config.cmake | |
| │ │ ├── gmxapi-config-version.cmake | |
| │ │ └── gmxapi-release.cmake | |
| │ └── gromacs | |
| │ ├── gromacs-config.cmake | |
| │ ├── gromacs-config-version.cmake | |
| │ ├── gromacs-toolchain.cmake | |
| │ ├── libgromacs.cmake | |
| │ └── libgromacs-release.cmake | |
| └── gromacs | |
| ├── COPYING | |
| ├── README_FreeEnergyModifications.txt | |
| ├── README.tutor | |
| ├── template | |
| │ ├── cmake | |
| │ │ └── FindGROMACS.cmake | |
| │ ├── CMakeLists.txt | |
| │ ├── Makefile.pkg | |
| │ ├── README | |
| │ └── template.cpp | |
| └── top | |
| ├── amber03.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── amber94.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── amber96.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── amber99.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── amber99sb.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── amber99sb-ildn.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── amberGS.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.r2b | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── urea.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── atommass.dat | |
| ├── atom_nom.tbl | |
| ├── bonds.dlg | |
| ├── ca-shift.dat | |
| ├── cb-shift.dat | |
| ├── charmm27.ff | |
| │ ├── aminoacids.arn | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── cmap.itp | |
| │ ├── dna.arn | |
| │ ├── dna.c.tdb | |
| │ ├── dna.hdb | |
| │ ├── dna.n.tdb | |
| │ ├── dna.rtp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnabonded.itp | |
| │ ├── ffnanonbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── lipids.hdb | |
| │ ├── lipids.rtp | |
| │ ├── rna.arn | |
| │ ├── rna.c.tdb | |
| │ ├── rna.hdb | |
| │ ├── rna.n.tdb | |
| │ ├── rna.r2b | |
| │ ├── rna.rtp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ ├── tips3p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── co-shift.dat | |
| ├── defselection.dat | |
| ├── dgsolv.dat | |
| ├── edissoc.dat | |
| ├── electroneg.dat | |
| ├── elements.dat | |
| ├── export.dlg | |
| ├── ffG43a1.itp | |
| ├── ffG43a2.itp | |
| ├── ffG45a3.itp | |
| ├── ffG53a5.itp | |
| ├── ffG53a6.itp | |
| ├── ffoplsaa.itp | |
| ├── ffoplsaa-n.tst | |
| ├── flexspce.itp | |
| ├── flexspc.itp | |
| ├── flexwat-ferguson.itp | |
| ├── gromos43a1.ff | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ff_dum.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── methanol216.gro | |
| │ ├── methanol.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── gromos43a2.ff | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ff_dum.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── gromos45a3.ff | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ff_dum.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── gromos53a5.ff | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomname2type.n2t | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ff_dum.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── gromos53a6.ff | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ff_dum.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── gromos54a7.ff | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── dppc.itp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ff_dum.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── popc.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tmcl.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── ha-shift.dat | |
| ├── ions.itp | |
| ├── nsfactor.dat | |
| ├── oplsaa.ff | |
| │ ├── 1propanol.itp | |
| │ ├── aminoacids.c.tdb | |
| │ ├── aminoacids.hdb | |
| │ ├── aminoacids.n.tdb | |
| │ ├── aminoacids.r2b | |
| │ ├── aminoacids.rtp | |
| │ ├── aminoacids.vsd | |
| │ ├── atomname2type.n2t | |
| │ ├── atomtypes.atp | |
| │ ├── ethanol.itp | |
| │ ├── ffbonded.itp | |
| │ ├── ffnonbonded.itp | |
| │ ├── forcefield.doc | |
| │ ├── forcefield.itp | |
| │ ├── ions.itp | |
| │ ├── methanol.itp | |
| │ ├── spce.itp | |
| │ ├── spc.itp | |
| │ ├── tip3p.itp | |
| │ ├── tip4pew.itp | |
| │ ├── tip4p.itp | |
| │ ├── tip5pe.itp | |
| │ ├── tip5p.itp | |
| │ └── watermodels.dat | |
| ├── phbres.dat | |
| ├── ps.m2p | |
| ├── random.dat | |
| ├── README | |
| ├── refi_aa.dat | |
| ├── residues.dtd | |
| ├── residues.xml | |
| ├── residuetypes.dat | |
| ├── sfactor.dat | |
| ├── spc216.gro | |
| ├── spce.itp | |
| ├── spc.itp | |
| ├── specbond.dat | |
| ├── ss.map | |
| ├── surface.dat | |
| ├── sw.itp | |
| ├── table6-10.xvg | |
| ├── table6-11.xvg | |
| ├── table6-12.xvg | |
| ├── table6-8.xvg | |
| ├── table6-9.xvg | |
| ├── tip3p.itp | |
| ├── tip4p.gro | |
| ├── tip4p.itp | |
| ├── tip5p.gro | |
| ├── vdw-msms.dat | |
| ├── vdwradii.dat | |
| └── xlateat.dat | |
| 35 directories, 483 files |
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