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Programando!!

Edwin Rodríguez edwrodrig

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Programando!!
  • Instituto Milenio de Oceanografía
  • Concepción, Chile
View GitHub Profile
@edwrodrig
edwrodrig / blasn.md
Last active Nov 11, 2020
comandos para comparar
View blasn.md

Crear base de datos

  • makeblastdb -in db.fasta -out dbname -dbtype nuc
  • makeblastdb -in db.fasta -out dbname -dbtype proc
  • diamond makedb --in db.fasta -d dbname
  • lambda2 mkindexn -d db.fasta -i dbname
  • lambda2 mkindexp -d db.fasta -i dbname

Query

  • blastn -db dbname -query query.fasta -out result.txt -max_target_seqs 1 -num_threads 40 -outfmt 6
View phpunit.xml.dist
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<phpunit bootstrap="./vendor/autoload.php">
<testsuites>
<testsuite name="main">
<directory>./test</directory>
<directory>./modules/core/test</directory>
<exclude>./test/local</exclude>
<exclude>./modules/core/test/local</exclude>
</testsuite>
</testsuites>
@edwrodrig
edwrodrig / links.md
Last active Aug 22, 2020
Links útiles
View links.md
@edwrodrig
edwrodrig / infraestructura_quick_reference.md
Last active Nov 26, 2020
Tips para mantención de infraestructura
View infraestructura_quick_reference.md

Comandos útiles para configurar máquinas

  • haproxy -f config.file -c : Verificar configuración de haproxy
  • nginx -t : Verificar configuración de nginx
  • named-checkconf : Verificar archivo de configuración de bind
  • named-checkzone : Verificar archivo de zona de bind
  • apachectl configtest : Verificar configuración de apache
  • curl http://DOMAIN/some_path --resolve 'DOMAIN:PORT:IP' : Obtener la respuesta de una HTTP request apundando a una IP específica. Es útil cuando se quiere descartar que el servidor http este mal configurado. Ejemplo: curl http://www.example.com --resolve www.example.com:80:127.0.0.1
  • netstat -tulpn : Ver los puertos abiertos de la máquina actual
  • ufw allow in PORT/tcp comment 'ALGUNA DESCRIPCION' : habilita un puerto tcp de entrada por el firewall de ubuntu
@edwrodrig
edwrodrig / template_de_proyectos.md
Last active Jun 9, 2020
Mis templates de proyectos
View template_de_proyectos.md

Template de proyectos

Aplicación web basada en composer

GitHub License Build Status codecov.io Code Coverage Code Climate

@edwrodrig
edwrodrig / v2.json
Last active Mar 25, 2020
Json exercise
View v2.json
{
"folder": {
"url": "https://drive.google.com/drive/folders/1Fal2qH8meuQ7vKzUVwv5W1biQ2BAYBz2?usp=sharing",
"mind_prints": [
{
"code": "B1",
"title": "PV Recicla Chile",
"date": "2019-12-10",
"time" : {
"start" : "16:37",
View chart_to_svg.r
data = read.table("/home/edwin/edwin/filter.txt", header=TRUE, sep="\t")
dim(data)
library(RColorBrewer)
qual_col_pals = brewer.pal.info[brewer.pal.info$category == 'qual',]
col_vector = unlist(mapply(brewer.pal, qual_col_pals$maxcolors, rownames(qual_col_pals)))
svg(filename="Std_SVG.svg",
width=20,
height=8,
pointsize=12)
barplot(as.matrix(data), col=col_vector, las=2, cex.axis = 0.5, cex.names = 0.5)
View get_url.php
<?php
do {
$letter = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz"[rand(0,25)];
$number = rand(0,999);
$url = sprintf("https://www.iqb.es/cbasicas/farma/farma04/%s%03d.htm", $letter, $number);
echo "Trying $url\n";
$return = @file_get_contents($url);
} while ( !$return );
@edwrodrig
edwrodrig / strcat.m
Created Jun 14, 2019
Concatenate string matlab
View strcat.m
list = [1,2,3,4,5]
for i = 1 : length(list)
str = strcat("inicio_", num2str(list(i)), "_final.txt")
disp(str)
#load(str)
end
@edwrodrig
edwrodrig / explode_implode.php
Last active Jun 14, 2019
Ejemplos random en php
View explode_implode.php
<?php
$palabra = "asdasdasdasdasdasd";
$result = explode('a', $palabra);
$palabra = implode('a', $result);
var_dump($palabra);
~
You can’t perform that action at this time.