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| /nix/store/jxwm6vy228108d72vava7v18ija78fq9-python3.7-ase-3.18.1 | |
| ├── bin | |
| │ ├── ase | |
| │ ├── ase-build | |
| │ ├── ase-db | |
| │ ├── ase-gui | |
| │ ├── ase-info | |
| │ └── ase-run | |
| ├── lib | |
| │ └── python3.7 | |
| │ └── site-packages | |
| │ ├── ase | |
| │ │ ├── atom.py | |
| │ │ ├── atoms.py | |
| │ │ ├── autoneb.py | |
| │ │ ├── build | |
| │ │ │ ├── adsorb.py | |
| │ │ │ ├── bulk.py | |
| │ │ │ ├── general_surface.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── molecule.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── adsorb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── general_surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── molecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ribbon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── root.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rotate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── supercells.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surfaces_with_termination.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tools.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tube.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── voids.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── ribbon.py | |
| │ │ │ ├── root.py | |
| │ │ │ ├── rotate.py | |
| │ │ │ ├── supercells.py | |
| │ │ │ ├── surface.py | |
| │ │ │ ├── surfaces_with_termination.py | |
| │ │ │ ├── tools.py | |
| │ │ │ ├── tube.py | |
| │ │ │ └── voids.py | |
| │ │ ├── calculators | |
| │ │ │ ├── abinit.py | |
| │ │ │ ├── acemolecule.py | |
| │ │ │ ├── acn.py | |
| │ │ │ ├── aims.py | |
| │ │ │ ├── amber.py | |
| │ │ │ ├── ase_qmmm_manyqm.py | |
| │ │ │ ├── autodetect.py | |
| │ │ │ ├── calculator.py | |
| │ │ │ ├── castep.py | |
| │ │ │ ├── checkpoint.py | |
| │ │ │ ├── combine_mm.py | |
| │ │ │ ├── counterions.py | |
| │ │ │ ├── cp2k.py | |
| │ │ │ ├── crystal.py | |
| │ │ │ ├── dacapo.py | |
| │ │ │ ├── demon | |
| │ │ │ │ ├── demon_io.py | |
| │ │ │ │ ├── demon.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── demon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── demon_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dftb.py | |
| │ │ │ ├── dftd3.py | |
| │ │ │ ├── dmol.py | |
| │ │ │ ├── eam.py | |
| │ │ │ ├── elk.py | |
| │ │ │ ├── emt.py | |
| │ │ │ ├── espresso.py | |
| │ │ │ ├── exciting.py | |
| │ │ │ ├── ff.py | |
| │ │ │ ├── fleur.py | |
| │ │ │ ├── gaussian.py | |
| │ │ │ ├── general.py | |
| │ │ │ ├── gromacs.py | |
| │ │ │ ├── gulp.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── interfacechecker.py | |
| │ │ │ ├── interface.py | |
| │ │ │ ├── jacapo | |
| │ │ │ │ ├── changed.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── jacapo.py | |
| │ │ │ │ ├── lda_psp.py | |
| │ │ │ │ ├── mayavis.py | |
| │ │ │ │ ├── pbe_psp.py | |
| │ │ │ │ ├── pw91_psp.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── changed.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── jacapo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── lda_psp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mayavis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── pbe_psp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── pw91_psp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── setup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── validate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── version.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── setup.py | |
| │ │ │ │ ├── utils | |
| │ │ │ │ │ ├── bader.py | |
| │ │ │ │ │ ├── bandstructure.py | |
| │ │ │ │ │ ├── bee.py | |
| │ │ │ │ │ ├── findsym.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── jmath.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── bader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── bandstructure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── bee.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── findsym.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── jmath.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── sgroup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── symmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── wannier.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── sgroup.py | |
| │ │ │ │ │ ├── symmol.py | |
| │ │ │ │ │ └── wannier.py | |
| │ │ │ │ ├── validate.py | |
| │ │ │ │ └── version.py | |
| │ │ │ ├── lammps | |
| │ │ │ │ ├── coordinatetransform.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── inputwriter.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── coordinatetransform.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── inputwriter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── unitconvert_constants.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── unitconvert.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── unitconvert_constants.py | |
| │ │ │ │ └── unitconvert.py | |
| │ │ │ ├── lammpslib.py | |
| │ │ │ ├── lammpsrun.py | |
| │ │ │ ├── lj.py | |
| │ │ │ ├── loggingcalc.py | |
| │ │ │ ├── mopac.py | |
| │ │ │ ├── morse.py | |
| │ │ │ ├── neighborlist.py | |
| │ │ │ ├── nwchem.py | |
| │ │ │ ├── octopus.py | |
| │ │ │ ├── onetep.py | |
| │ │ │ ├── openmx | |
| │ │ │ │ ├── default_settings.py | |
| │ │ │ │ ├── dos.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── openmx.py | |
| │ │ │ │ ├── parameters.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── default_settings.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── openmx.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── parameters.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── reader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── writer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── reader.py | |
| │ │ │ │ └── writer.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── abinit.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── acemolecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── acn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aims.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── amber.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ase_qmmm_manyqm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── autodetect.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── calculator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── castep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── checkpoint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── combine_mm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── counterions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dacapo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dftb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dftd3.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eam.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── elk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── exciting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fleur.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gaussian.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── general.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gromacs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gulp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── interfacechecker.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpsrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── loggingcalc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mopac.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── morse.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neighborlist.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── octopus.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── onetep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── singlepoint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── socketio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tip3p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tip4p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── vdwcorrection.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── qmmm.py | |
| │ │ │ ├── siesta | |
| │ │ │ │ ├── base_siesta.py | |
| │ │ │ │ ├── import_functions.py | |
| │ │ │ │ ├── import_ion_xml.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_io.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_utils.py | |
| │ │ │ │ ├── parameters.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── base_siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── import_functions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── import_ion_xml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_utils.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── parameters.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── siesta_raman.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── siesta.py | |
| │ │ │ │ └── siesta_raman.py | |
| │ │ │ ├── singlepoint.py | |
| │ │ │ ├── socketio.py | |
| │ │ │ ├── test.py | |
| │ │ │ ├── tip3p.py | |
| │ │ │ ├── tip4p.py | |
| │ │ │ ├── turbomole.py | |
| │ │ │ ├── vasp | |
| │ │ │ │ ├── create_input.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── interactive.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── create_input.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── interactive.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── setups.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── vasp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── setups.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2.py | |
| │ │ │ │ └── vasp.py | |
| │ │ │ └── vdwcorrection.py | |
| │ │ ├── cell.py | |
| │ │ ├── cli | |
| │ │ │ ├── band_structure.py | |
| │ │ │ ├── build.py | |
| │ │ │ ├── complete.py | |
| │ │ │ ├── completion.py | |
| │ │ │ ├── convert.py | |
| │ │ │ ├── find.py | |
| │ │ │ ├── info.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── main.py | |
| │ │ │ ├── nomadget.py | |
| │ │ │ ├── nomad.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── band_structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── build.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── complete.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── completion.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── convert.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── find.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── info.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── main.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nomad.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nomadget.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── reciprocal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── show.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── reciprocal.py | |
| │ │ │ ├── run.py | |
| │ │ │ └── show.py | |
| │ │ ├── cluster | |
| │ │ │ ├── base.py | |
| │ │ │ ├── cluster.py | |
| │ │ │ ├── compounds.py | |
| │ │ │ ├── cubic.py | |
| │ │ │ ├── data | |
| │ │ │ │ ├── au.py | |
| │ │ │ │ ├── fcc.py | |
| │ │ │ │ ├── hcp.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── au.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── fcc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── hcp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── symmetry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── symmetry.py | |
| │ │ │ ├── decahedron.py | |
| │ │ │ ├── factory.py | |
| │ │ │ ├── hexagonal.py | |
| │ │ │ ├── icosahedron.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── octahedron.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── base.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cluster.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── compounds.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cubic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── decahedron.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── factory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hexagonal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── icosahedron.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── octahedron.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── wulff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── wulff.py | |
| │ │ ├── collections | |
| │ │ │ ├── collection.py | |
| │ │ │ ├── create.py | |
| │ │ │ ├── dcdft.json | |
| │ │ │ ├── g2.json | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── collection.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── create.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── s22.json | |
| │ │ ├── constraints.py | |
| │ │ ├── data | |
| │ │ │ ├── alternatives.py | |
| │ │ │ ├── cccbdb_ip.py | |
| │ │ │ ├── colors.py | |
| │ │ │ ├── dbh24.py | |
| │ │ │ ├── extra_molecules.py | |
| │ │ │ ├── g2_1.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref_g03.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref_vasp.py | |
| │ │ │ ├── g2_1_ref_wien97.py | |
| │ │ │ ├── g2_2.py | |
| │ │ │ ├── g2.py | |
| │ │ │ ├── gmtkn30.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── isotopes.py | |
| │ │ │ ├── molecules.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── alternatives.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cccbdb_ip.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── colors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dbh24.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── extra_molecules.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref_g03.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref_vasp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_1_ref_wien97.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2_2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── g2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gmtkn30.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── isotopes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── molecules.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── s22.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tmfp06d.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tmgmjbp04n.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tmxr200x.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tmxr200x_tm1r2006.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tmxr200x_tm2r2007.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tmxr200x_tm3r2008.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vdw_alvarez.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── vdw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── s22.py | |
| │ │ │ ├── tmfp06d.py | |
| │ │ │ ├── tmgmjbp04n.py | |
| │ │ │ ├── tmxr200x.py | |
| │ │ │ ├── tmxr200x_tm1r2006.py | |
| │ │ │ ├── tmxr200x_tm2r2007.py | |
| │ │ │ ├── tmxr200x_tm3r2008.py | |
| │ │ │ ├── vdw_alvarez.py | |
| │ │ │ └── vdw.py | |
| │ │ ├── db | |
| │ │ │ ├── app.py | |
| │ │ │ ├── cli.py | |
| │ │ │ ├── convert.py | |
| │ │ │ ├── core.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── jsondb.py | |
| │ │ │ ├── mysql.py | |
| │ │ │ ├── plot.py | |
| │ │ │ ├── postgresql.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── app.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cli.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── convert.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── core.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── jsondb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mysql.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── plot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── postgresql.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── row.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sqlite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── summary.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── table.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── web.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── row.py | |
| │ │ │ ├── sqlite.py | |
| │ │ │ ├── static | |
| │ │ │ │ ├── style.css | |
| │ │ │ │ └── summary.js | |
| │ │ │ ├── summary.py | |
| │ │ │ ├── table.py | |
| │ │ │ ├── templates | |
| │ │ │ │ ├── js.html | |
| │ │ │ │ ├── layout.html | |
| │ │ │ │ ├── projects.html | |
| │ │ │ │ ├── style.html | |
| │ │ │ │ ├── summary.html | |
| │ │ │ │ └── table.html | |
| │ │ │ └── web.py | |
| │ │ ├── dft | |
| │ │ │ ├── bandgap.py | |
| │ │ │ ├── band_structure.py | |
| │ │ │ ├── bee.py | |
| │ │ │ ├── bz.py | |
| │ │ │ ├── dos.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── kpoints.py | |
| │ │ │ ├── pars_beefvdw.py | |
| │ │ │ ├── pars_mbeef.py | |
| │ │ │ ├── pars_mbeefvdw.py | |
| │ │ │ ├── pdos.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── band_structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bee.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pars_beefvdw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pars_mbeef.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pars_mbeefvdw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pdos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── wannier.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── stm.py | |
| │ │ │ └── wannier.py | |
| │ │ ├── dimer.py | |
| │ │ ├── eos.py | |
| │ │ ├── formula.py | |
| │ │ ├── ga | |
| │ │ │ ├── adsorbate_comparators.py | |
| │ │ │ ├── adsorbate_operators.py | |
| │ │ │ ├── bulk_crossovers.py | |
| │ │ │ ├── bulk_mutations.py | |
| │ │ │ ├── bulk_startgenerator.py | |
| │ │ │ ├── bulk_utilities.py | |
| │ │ │ ├── convergence.py | |
| │ │ │ ├── cutandsplicepairing.py | |
| │ │ │ ├── data.py | |
| │ │ │ ├── element_crossovers.py | |
| │ │ │ ├── element_mutations.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── multiprocessingrun.py | |
| │ │ │ ├── offspring_creator.py | |
| │ │ │ ├── ofp_comparator.py | |
| │ │ │ ├── parallellocalrun.py | |
| │ │ │ ├── particle_comparator.py | |
| │ │ │ ├── particle_crossovers.py | |
| │ │ │ ├── particle_mutations.py | |
| │ │ │ ├── pbs_queue_run.py | |
| │ │ │ ├── population.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── adsorbate_comparators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── adsorbate_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_crossovers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_startgenerator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk_utilities.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── convergence.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── data.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── element_crossovers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── element_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── multiprocessingrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── offspring_creator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ofp_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── parallellocalrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── particle_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── particle_crossovers.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── particle_mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pbs_queue_run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── population.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── relax_attaches.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── slab_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── standard_comparators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── standardmutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── startgenerator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── utilities.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── relax_attaches.py | |
| │ │ │ ├── slab_operators.py | |
| │ │ │ ├── standard_comparators.py | |
| │ │ │ ├── standardmutations.py | |
| │ │ │ ├── startgenerator.py | |
| │ │ │ └── utilities.py | |
| │ │ ├── geometry | |
| │ │ │ ├── analysis.py | |
| │ │ │ ├── bravais.py | |
| │ │ │ ├── bravais_type_engine.py | |
| │ │ │ ├── cell.py | |
| │ │ │ ├── dimensionality | |
| │ │ │ │ ├── disjoint_set.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── interval_analysis.py | |
| │ │ │ │ ├── isolation.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── disjoint_set.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── interval_analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── isolation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── rank_determination.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── topology_scaling.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rank_determination.py | |
| │ │ │ │ └── topology_scaling.py | |
| │ │ │ ├── distance.py | |
| │ │ │ ├── geometry.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── minkowski_reduction.py | |
| │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── bravais.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── bravais_type_engine.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── geometry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── minkowski_reduction.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── gui | |
| │ │ │ ├── add.py | |
| │ │ │ ├── ag.py | |
| │ │ │ ├── calculator.py | |
| │ │ │ ├── celleditor.py | |
| │ │ │ ├── colors.py | |
| │ │ │ ├── constraints.py | |
| │ │ │ ├── crystal.py | |
| │ │ │ ├── defaults.py | |
| │ │ │ ├── energyforces.py | |
| │ │ │ ├── execute.py | |
| │ │ │ ├── graphene.py | |
| │ │ │ ├── graphs.py | |
| │ │ │ ├── gui.py | |
| │ │ │ ├── i18n.py | |
| │ │ │ ├── images.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── minimize.py | |
| │ │ │ ├── modify.py | |
| │ │ │ ├── movie.py | |
| │ │ │ ├── nanoparticle.py | |
| │ │ │ ├── nanotube.py | |
| │ │ │ ├── pipe.py | |
| │ │ │ ├── progress.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── add.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ag.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── calculator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── celleditor.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── colors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── constraints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── defaults.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── energyforces.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── execute.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── graphene.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── graphs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gui.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── i18n.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── images.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── minimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── modify.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── movie.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nanoparticle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nanotube.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pipe.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── progress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── quickinfo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── render.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── repeat.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rotate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rot_tools.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── save.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── settings.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── simulation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── status.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surfaceslab.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ui.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── utils.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── view.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── widgets.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── quickinfo.py | |
| │ │ │ ├── render.py | |
| │ │ │ ├── repeat.py | |
| │ │ │ ├── rotate.py | |
| │ │ │ ├── rot_tools.py | |
| │ │ │ ├── save.py | |
| │ │ │ ├── settings.py | |
| │ │ │ ├── simulation.py | |
| │ │ │ ├── status.py | |
| │ │ │ ├── surfaceslab.py | |
| │ │ │ ├── ui.py | |
| │ │ │ ├── utils.py | |
| │ │ │ ├── view.py | |
| │ │ │ └── widgets.py | |
| │ │ ├── infrared.py | |
| │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ ├── io | |
| │ │ │ ├── abinit.py | |
| │ │ │ ├── acemolecule.py | |
| │ │ │ ├── aff.py | |
| │ │ │ ├── aims.py | |
| │ │ │ ├── animation.py | |
| │ │ │ ├── bader.py | |
| │ │ │ ├── bundlemanipulate.py | |
| │ │ │ ├── bundletrajectory.py | |
| │ │ │ ├── castep.py | |
| │ │ │ ├── cfg.py | |
| │ │ │ ├── cif.py | |
| │ │ │ ├── cif_unicode.py | |
| │ │ │ ├── cmdft.py | |
| │ │ │ ├── cp2k.py | |
| │ │ │ ├── crystal.py | |
| │ │ │ ├── cube.py | |
| │ │ │ ├── dacapo.py | |
| │ │ │ ├── db.py | |
| │ │ │ ├── dftb.py | |
| │ │ │ ├── dlp4.py | |
| │ │ │ ├── dmol.py | |
| │ │ │ ├── elk.py | |
| │ │ │ ├── eon.py | |
| │ │ │ ├── eps.py | |
| │ │ │ ├── espresso.py | |
| │ │ │ ├── etsf.py | |
| │ │ │ ├── exciting.py | |
| │ │ │ ├── extxyz.py | |
| │ │ │ ├── findsym.py | |
| │ │ │ ├── foldtrajectory.py | |
| │ │ │ ├── formats.py | |
| │ │ │ ├── fortranfile.py | |
| │ │ │ ├── gaussian.py | |
| │ │ │ ├── gaussian_reader.py | |
| │ │ │ ├── gen.py | |
| │ │ │ ├── gpaw_out.py | |
| │ │ │ ├── gpw.py | |
| │ │ │ ├── gromacs.py | |
| │ │ │ ├── gromos.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── iwm.py | |
| │ │ │ ├── jsonio.py | |
| │ │ │ ├── jsv.py | |
| │ │ │ ├── lammpsdata.py | |
| │ │ │ ├── lammpsrun.py | |
| │ │ │ ├── magres.py | |
| │ │ │ ├── mol.py | |
| │ │ │ ├── mustem.py | |
| │ │ │ ├── netcdftrajectory.py | |
| │ │ │ ├── nomad_json.py | |
| │ │ │ ├── nwchem.py | |
| │ │ │ ├── octopus.py | |
| │ │ │ ├── opls.py | |
| │ │ │ ├── pickletrajectory.py | |
| │ │ │ ├── plt.py | |
| │ │ │ ├── png.py | |
| │ │ │ ├── pov.py | |
| │ │ │ ├── proteindatabank.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── abinit.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── acemolecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aims.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── animation.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bundlemanipulate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bundletrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── castep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cfg.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cif.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cif_unicode.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cmdft.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cube.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dacapo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── db.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dftb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dlp4.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── elk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eps.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── etsf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── exciting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── extxyz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── findsym.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── foldtrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── formats.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fortranfile.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gaussian.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gaussian_reader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gen.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpaw_out.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpw.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gromacs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gromos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── iwm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── jsonio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── jsv.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpsdata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpsrun.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── magres.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mustem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nomad_json.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── octopus.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── opls.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pickletrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── plt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── png.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pov.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── proteindatabank.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── py.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qbox.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── res.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sdf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── trajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ulm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── utils.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vasp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── v_sim.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vtkxml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── wien2k.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── x3d.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xsd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xsf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── xtd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── xyz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── py.py | |
| │ │ │ ├── qbox.py | |
| │ │ │ ├── res.py | |
| │ │ │ ├── sdf.py | |
| │ │ │ ├── siesta.py | |
| │ │ │ ├── trajectory.py | |
| │ │ │ ├── turbomole.py | |
| │ │ │ ├── ulm.py | |
| │ │ │ ├── utils.py | |
| │ │ │ ├── vasp.py | |
| │ │ │ ├── v_sim.py | |
| │ │ │ ├── vtkxml.py | |
| │ │ │ ├── wien2k.py | |
| │ │ │ ├── x3d.py | |
| │ │ │ ├── xsd.py | |
| │ │ │ ├── xsf.py | |
| │ │ │ ├── xtd.py | |
| │ │ │ └── xyz.py | |
| │ │ ├── lattice | |
| │ │ │ ├── bravais.py | |
| │ │ │ ├── compounds.py | |
| │ │ │ ├── cubic.py | |
| │ │ │ ├── hexagonal.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── monoclinic.py | |
| │ │ │ ├── orthorhombic.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bravais.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── compounds.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cubic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hexagonal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── monoclinic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── orthorhombic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── spacegroup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tetragonal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── triclinic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── spacegroup.py | |
| │ │ │ ├── surface.py | |
| │ │ │ ├── tetragonal.py | |
| │ │ │ └── triclinic.py | |
| │ │ ├── __main__.py | |
| │ │ ├── md | |
| │ │ │ ├── fix.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── langevin.py | |
| │ │ │ ├── logger.py | |
| │ │ │ ├── md.py | |
| │ │ │ ├── nptberendsen.py | |
| │ │ │ ├── npt.py | |
| │ │ │ ├── nvtberendsen.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── fix.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── logger.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── md.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nptberendsen.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── npt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nvtberendsen.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── velocitydistribution.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── verlet.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── velocitydistribution.py | |
| │ │ │ └── verlet.py | |
| │ │ ├── neb.py | |
| │ │ ├── neighborlist.py | |
| │ │ ├── nomad.py | |
| │ │ ├── optimize | |
| │ │ │ ├── basin.py | |
| │ │ │ ├── bfgslinesearch.py | |
| │ │ │ ├── bfgs.py | |
| │ │ │ ├── fire.py | |
| │ │ │ ├── fmin_bfgs.py | |
| │ │ │ ├── gpmin | |
| │ │ │ │ ├── gpmin.py | |
| │ │ │ │ ├── gp.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── kernel.py | |
| │ │ │ │ ├── prior.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── gp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── gpmin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kernel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── prior.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── lbfgs.py | |
| │ │ │ ├── mdmin.py | |
| │ │ │ ├── minimahopping.py | |
| │ │ │ ├── oldqn.py | |
| │ │ │ ├── optimize.py | |
| │ │ │ ├── precon | |
| │ │ │ │ ├── fire.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── lbfgs.py | |
| │ │ │ │ ├── neighbors.py | |
| │ │ │ │ ├── precon.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── fire.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lbfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neighbors.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── precon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── basin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bfgslinesearch.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fire.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fmin_bfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lbfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mdmin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── minimahopping.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── oldqn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── optimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── sciopt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── sciopt.py | |
| │ │ │ └── test | |
| │ │ │ ├── analyze.py | |
| │ │ │ ├── generate_rst.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── neb.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── analyze.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── generate_rst.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── systems.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── systems.py | |
| │ │ │ └── test.py | |
| │ │ ├── parallel.py | |
| │ │ ├── phasediagram.py | |
| │ │ ├── phonons.py | |
| │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── atom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── atoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── autoneb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── constraints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dimer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── eos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── formula.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── infrared.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __main__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── neighborlist.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── nomad.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── parallel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── phasediagram.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── phonons.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── quaternions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── structure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── symbols.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── thermochemistry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── units.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── quaternions.py | |
| │ │ ├── spacegroup | |
| │ │ │ ├── crystal_data.py | |
| │ │ │ ├── findsym.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── crystal_data.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── findsym.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── spacegroup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── xtal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── spacegroup.dat | |
| │ │ │ ├── spacegroup.py | |
| │ │ │ └── xtal.py | |
| │ │ ├── structure.py | |
| │ │ ├── symbols.py | |
| │ │ ├── test | |
| │ │ │ ├── abinit | |
| │ │ │ │ ├── abinit_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── abinit_Si.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── abinit_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── abinit_Si.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── acn.py | |
| │ │ │ ├── Ag-Cu100.py | |
| │ │ │ ├── ag.py | |
| │ │ │ ├── aic.py | |
| │ │ │ ├── aims | |
| │ │ │ │ ├── aims_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── aims_interface.py | |
| │ │ │ │ ├── aims_parser.py | |
| │ │ │ │ ├── H2O_aims.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── aims_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aims_interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aims_parser.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── H2O_aims.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── amber | |
| │ │ │ │ ├── amber.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── amber.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── analysis.py | |
| │ │ │ ├── atom.py | |
| │ │ │ ├── atoms_angle.py | |
| │ │ │ ├── atoms_distance.py | |
| │ │ │ ├── atoms_formula.py | |
| │ │ │ ├── atoms_get_duplicates.py | |
| │ │ │ ├── atoms_getitem.py | |
| │ │ │ ├── atoms_info_copy.py | |
| │ │ │ ├── atoms.py | |
| │ │ │ ├── autoneb.py | |
| │ │ │ ├── bader.py | |
| │ │ │ ├── bandgap.py | |
| │ │ │ ├── bandstructure_json.py | |
| │ │ │ ├── bandstructure_many.py | |
| │ │ │ ├── bandstructure.py | |
| │ │ │ ├── bandstructure_transform_mcl.py | |
| │ │ │ ├── basin.py | |
| │ │ │ ├── bravais_2d_cell_pbc.py | |
| │ │ │ ├── bravais_check.py | |
| │ │ │ ├── bravais_check_standard_form.py | |
| │ │ │ ├── bravais_hex.py | |
| │ │ │ ├── bravais_lattices.py | |
| │ │ │ ├── bravais_orcc_mcl.py | |
| │ │ │ ├── build.py | |
| │ │ │ ├── bulk.py | |
| │ │ │ ├── c60.py | |
| │ │ │ ├── calculator | |
| │ │ │ │ ├── al.py | |
| │ │ │ │ ├── bandgap.py | |
| │ │ │ │ ├── h2.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── kpt_density_monkhorst_pack.py | |
| │ │ │ │ ├── kpts_size_offsets.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── al.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── h2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── kpt_density_monkhorst_pack.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── kpts_size_offsets.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── traj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── traj.py | |
| │ │ │ ├── calculator_label.py | |
| │ │ │ ├── castep | |
| │ │ │ │ ├── castep_interface.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── castep_interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── cell_completion.py | |
| │ │ │ ├── cell_conv.py | |
| │ │ │ ├── center_nonperiodic.py | |
| │ │ │ ├── center.py | |
| │ │ │ ├── checkpoint.py | |
| │ │ │ ├── cif | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── read.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── read.py | |
| │ │ │ ├── CO2_Au111.py | |
| │ │ │ ├── CO2linear_Au111_langevin.py | |
| │ │ │ ├── CO2linear_Au111.py | |
| │ │ │ ├── COCu111_2.py | |
| │ │ │ ├── COCu111.py | |
| │ │ │ ├── combine_mm2.py | |
| │ │ │ ├── combine_mm.py | |
| │ │ │ ├── com.py | |
| │ │ │ ├── constraints | |
| │ │ │ │ ├── fixatoms.py | |
| │ │ │ │ ├── fixbonds.py | |
| │ │ │ │ ├── fixcom.py | |
| │ │ │ │ ├── getindices.py | |
| │ │ │ │ ├── hookean_pbc.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── mirror.py | |
| │ │ │ │ ├── negativeindex.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── fixatoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── fixbonds.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── fixcom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── getindices.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── hookean_pbc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mirror.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── negativeindex.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── setpos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── setpos.py | |
| │ │ │ ├── counterions.py | |
| │ │ │ ├── cp2k | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_dcd.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_GeoOpt.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LDA.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_libxc.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LS.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_None.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_PBE.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_MD.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_O2.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_restart.py | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_stress.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_dcd.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_GeoOpt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LDA.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_libxc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LS.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_None.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_H2_PBE.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_MD.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_O2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_restart.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cp2k_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── crystal | |
| │ │ │ │ ├── bulk.py | |
| │ │ │ │ ├── graphene.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── molecule.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── graphene.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── molecule.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── cutoffs_test.py | |
| │ │ │ ├── db | |
| │ │ │ │ ├── config.py | |
| │ │ │ │ ├── db2.py | |
| │ │ │ │ ├── db.py | |
| │ │ │ │ ├── db_web.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── jsondb.py | |
| │ │ │ │ ├── metadata.py | |
| │ │ │ │ ├── mysql_tests.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── config.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── db2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── db.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── db_web.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── jsondb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── metadata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mysql_tests.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── sql_db_ext_tables.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── update.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sql_db_ext_tables.py | |
| │ │ │ │ └── update.py | |
| │ │ │ ├── demon | |
| │ │ │ │ ├── h2o.py | |
| │ │ │ │ ├── h2o_xas_xes.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── h2o_xas_xes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dependency_matplotlib.py | |
| │ │ │ ├── dft | |
| │ │ │ │ ├── bandgap.py | |
| │ │ │ │ ├── hex.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── interpolate.py | |
| │ │ │ │ ├── monoclinic.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hex.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── interpolate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── monoclinic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dftb | |
| │ │ │ │ ├── h2o.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── n2ni111.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── n2ni111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── dihedralconstraint.py | |
| │ │ │ ├── dimensionality.py | |
| │ │ │ ├── dimer_method.py | |
| │ │ │ ├── dimer.py | |
| │ │ │ ├── distance.py | |
| │ │ │ ├── distmom.py | |
| │ │ │ ├── dmol | |
| │ │ │ │ ├── Al_dmol.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── Al_dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── water_dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── water_dmol.py | |
| │ │ │ ├── doctests.py | |
| │ │ │ ├── dos.py | |
| │ │ │ ├── dynamic_neb.py | |
| │ │ │ ├── eam_pot.py | |
| │ │ │ ├── eam_pot_test.py | |
| │ │ │ ├── eam_test.py | |
| │ │ │ ├── elk | |
| │ │ │ │ ├── Al_rmt.py | |
| │ │ │ │ ├── elk_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── Al_rmt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── elk_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── emt1.py | |
| │ │ │ ├── emt2.py | |
| │ │ │ ├── emt_h3o2m.py | |
| │ │ │ ├── emt.py | |
| │ │ │ ├── emt_stress.py | |
| │ │ │ ├── eon | |
| │ │ │ │ ├── eon_masses.py | |
| │ │ │ │ ├── eon_multi_image_read.py | |
| │ │ │ │ ├── eon_readwrite.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── eon_masses.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eon_multi_image_read.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eon_readwrite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── eos.py | |
| │ │ │ ├── espresso | |
| │ │ │ │ ├── espresso.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── example.py | |
| │ │ │ ├── exciting | |
| │ │ │ │ ├── exciting.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── exciting.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── external_force.py | |
| │ │ │ ├── filter.py | |
| │ │ │ ├── fio | |
| │ │ │ │ ├── abinit.py | |
| │ │ │ │ ├── animate.py | |
| │ │ │ │ ├── cfg.py | |
| │ │ │ │ ├── cif.py | |
| │ │ │ │ ├── compression.py | |
| │ │ │ │ ├── dftb.py | |
| │ │ │ │ ├── dlp.py | |
| │ │ │ │ ├── dmol.py | |
| │ │ │ │ ├── espresso.py | |
| │ │ │ │ ├── extxyz.py | |
| │ │ │ │ ├── info.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── jsonio.py | |
| │ │ │ │ ├── magmom.py | |
| │ │ │ │ ├── mustem.py | |
| │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.py | |
| │ │ │ │ ├── nomad.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem.py | |
| │ │ │ │ ├── oi.py | |
| │ │ │ │ ├── oldtraj.py | |
| │ │ │ │ ├── parallel.py | |
| │ │ │ │ ├── pdb_cell_io.py | |
| │ │ │ │ ├── pdb_extra.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── abinit.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── animate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── cfg.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── cif.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── compression.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── dftb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── dlp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── dmol.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── espresso.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── extxyz.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── info.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── jsonio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── magmom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mustem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── nomad.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── oi.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── oldtraj.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── parallel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── pdb_cell_io.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── pdb_extra.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── res.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── traj_bytesio.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── trajectory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── trajectory_heterogeneous.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── ulm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_out.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── v_sim.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── xsd_bond.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── xsf_spec.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── res.py | |
| │ │ │ │ ├── traj_bytesio.py | |
| │ │ │ │ ├── trajectory_heterogeneous.py | |
| │ │ │ │ ├── trajectory.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole.py | |
| │ │ │ │ ├── ulm.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_out.py | |
| │ │ │ │ ├── v_sim.py | |
| │ │ │ │ ├── xsd_bond.py | |
| │ │ │ │ └── xsf_spec.py | |
| │ │ │ ├── fire.py | |
| │ │ │ ├── fix_bond_length_mic.py | |
| │ │ │ ├── flakes.py | |
| │ │ │ ├── fleur | |
| │ │ │ │ ├── fleur_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── fleur_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── forcecurve.py | |
| │ │ │ ├── forceqmmm.py | |
| │ │ │ ├── formula.py | |
| │ │ │ ├── franck_condon.py | |
| │ │ │ ├── ga | |
| │ │ │ │ ├── add_candidates.py | |
| │ │ │ │ ├── basic_example_main_run.py | |
| │ │ │ │ ├── bulk_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── create_database.py | |
| │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.py | |
| │ │ │ │ ├── database_logic.py | |
| │ │ │ │ ├── element_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── mutations.py | |
| │ │ │ │ ├── particle_comparators.py | |
| │ │ │ │ ├── particle_operators.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── add_candidates.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── basic_example_main_run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── bulk_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── create_database.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── database_logic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── element_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── mutations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── particle_comparators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── particle_operators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── standardcomparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── utilities.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── standardcomparator.py | |
| │ │ │ │ └── utilities.py | |
| │ │ │ ├── gaussian | |
| │ │ │ │ ├── gaussian_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── h2of.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── gaussian_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── h2of.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── water.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── water.py | |
| │ │ │ ├── geometry.py | |
| │ │ │ ├── get_angles.py | |
| │ │ │ ├── gpaw | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── no_spin_and_spin.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── no_spin_and_spin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── gromacs | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── test_gromacs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── test_gromacs.py | |
| │ │ │ ├── gui | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── run.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── run.py | |
| │ │ │ ├── h2.py | |
| │ │ │ ├── hcp.py | |
| │ │ │ ├── hookean.py | |
| │ │ │ ├── idpp.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── ipi_protocol_bfgs.py | |
| │ │ │ ├── issue276.py | |
| │ │ │ ├── jacapo | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── jacapo.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── jacapo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── kpts.py | |
| │ │ │ ├── lammpsdata | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpsdata.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── lammpsdata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── lammpslib | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_change_cell_bcs.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_interface.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_simple.py | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_small_nonperiodic.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_change_cell_bcs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_interface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lammpslib_simple.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── lammpslib_small_nonperiodic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── lammpsrun | |
| │ │ │ │ ├── Ar_minimize_multistep.py | |
| │ │ │ │ ├── Ar_minimize.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── NaCl_minimize.py | |
| │ │ │ │ ├── Pt_md_constraints_multistep.py | |
| │ │ │ │ ├── Pt_stress_cellopt.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── Ar_minimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── Ar_minimize_multistep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── NaCl_minimize.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── Pt_md_constraints_multistep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── Pt_stress_cellopt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── langevin.py | |
| │ │ │ ├── lattice_lindep.py | |
| │ │ │ ├── linesearch_maxstep.py | |
| │ │ │ ├── lock.py | |
| │ │ │ ├── makebandpath.py | |
| │ │ │ ├── matplotlib_plot.py | |
| │ │ │ ├── maxwellboltzmann.py | |
| │ │ │ ├── md_logger.py | |
| │ │ │ ├── md.py | |
| │ │ │ ├── mic.py | |
| │ │ │ ├── minimahop.py | |
| │ │ │ ├── minkowski_reduce.py | |
| │ │ │ ├── n2.py | |
| │ │ │ ├── neb.py | |
| │ │ │ ├── neb_tr.py | |
| │ │ │ ├── neighbor_kernel.py | |
| │ │ │ ├── neighbor.py | |
| │ │ │ ├── niggli_op.py | |
| │ │ │ ├── niggli.py | |
| │ │ │ ├── noncollinear.py | |
| │ │ │ ├── nwchem | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_broken_symmetry.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_cmdline.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_h3o2m.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_spin_symmetry.py | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_strong_levelshift.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_broken_symmetry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_cmdline.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_h3o2m.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── nwchem_spin_symmetry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── nwchem_strong_levelshift.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── octopus | |
| │ │ │ │ ├── big-test.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── big-test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── restart-octopus.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── restart-octopus.py | |
| │ │ │ ├── onetep | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── onetep.py | |
| │ │ │ │ └── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── onetep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── pathlib_support.py | |
| │ │ │ ├── phonon_md_init.py | |
| │ │ │ ├── pourbaix.py | |
| │ │ │ ├── precon_amin.py | |
| │ │ │ ├── preconlbfgs.py | |
| │ │ │ ├── preconsmallcell.py | |
| │ │ │ ├── preconunitcellfilter.py | |
| │ │ │ ├── properties.py | |
| │ │ │ ├── pull.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── acn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ag.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── Ag-Cu100.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── aic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── analysis.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms_angle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms_distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms_formula.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms_get_duplicates.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms_getitem.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── atoms_info_copy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── autoneb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bader.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bandstructure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bandstructure_json.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bandstructure_many.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bandstructure_transform_mcl.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── basin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bravais_2d_cell_pbc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bravais_check.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bravais_check_standard_form.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bravais_hex.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bravais_lattices.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bravais_orcc_mcl.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── build.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bulk.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── c60.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── calculator_label.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cell_completion.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cell_conv.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── center.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── center_nonperiodic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── checkpoint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── CO2_Au111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── CO2linear_Au111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── CO2linear_Au111_langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── COCu111_2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── COCu111.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── combine_mm2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── combine_mm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── com.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── counterions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cutoffs_test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dependency_matplotlib.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dihedralconstraint.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dimensionality.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dimer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dimer_method.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── distmom.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── doctests.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── dynamic_neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eam_pot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eam_pot_test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eam_test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt1.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt_h3o2m.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── emt_stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── example.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── external_force.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── filter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fire.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── fix_bond_length_mic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── flakes.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── forcecurve.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── forceqmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── formula.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── franck_condon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── geometry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── get_angles.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── h2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hcp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── hookean.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── idpp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ipi_protocol_bfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── issue276.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── kpts.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── langevin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lattice_lindep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── linesearch_maxstep.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── lock.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── makebandpath.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── matplotlib_plot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── maxwellboltzmann.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── md.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── md_logger.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── mic.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── minimahop.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── minkowski_reduce.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── n2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neb.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neb_tr.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neighbor.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── neighbor_kernel.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── niggli.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── niggli_op.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── noncollinear.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pathlib_support.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── phonon_md_init.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pourbaix.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── precon_amin.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── preconlbfgs.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── preconsmallcell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── preconunitcellfilter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── properties.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── pull.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qmmm_acn.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qmmm_tip4p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── quaternions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rattle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rattle_linear.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── repeat_FixAtoms.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── replay.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── root_test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rotate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── rotate_euler.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── s22.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── scaled_positions.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── scientificpython_bug.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── set_get_angle.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── set_momenta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── singlepointcalc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── spacegroup_crystal.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── strain.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── strain_emt.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stress.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── structure_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── supercell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface_stack.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── surface_terminations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── symbols.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── testsuite.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── thermochemistry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── things.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tip4p.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── tipnp.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── unitcellfilter2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── unitcellfilter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── unitcellfilterpressure.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── units.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vacancy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── verlet.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vib.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── x3d.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── xrdebye.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── qbox | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── qbox.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── qboxdata.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── qboxdata.py | |
| │ │ │ │ └── qbox.py | |
| │ │ │ ├── qmmm_acn.py | |
| │ │ │ ├── qmmm.py | |
| │ │ │ ├── qmmm_tip4p.py | |
| │ │ │ ├── quaternions.py | |
| │ │ │ ├── rattle_linear.py | |
| │ │ │ ├── rattle.py | |
| │ │ │ ├── repeat_FixAtoms.py | |
| │ │ │ ├── replay.py | |
| │ │ │ ├── root_test.py | |
| │ │ │ ├── rotate_euler.py | |
| │ │ │ ├── rotate.py | |
| │ │ │ ├── s22.py | |
| │ │ │ ├── scaled_positions.py | |
| │ │ │ ├── scientificpython_bug.py | |
| │ │ │ ├── set_get_angle.py | |
| │ │ │ ├── set_momenta.py | |
| │ │ │ ├── siesta | |
| │ │ │ │ ├── bands.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── mbpt_lcao | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_mbpt_lcao.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf_eels.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ ├── script_raman.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── script_raman_pyscf.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── script_mbpt_lcao.py | |
| │ │ │ │ │ ├── script_pyscf_eels.py | |
| │ │ │ │ │ ├── script_pyscf.py | |
| │ │ │ │ │ ├── script_raman.py | |
| │ │ │ │ │ └── script_raman_pyscf.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── bands.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── siesta.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── siesta_read_eigenvalues.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── siesta_zmat.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── siesta.py | |
| │ │ │ │ ├── siesta_read_eigenvalues.py | |
| │ │ │ │ ├── siesta_zmat.py | |
| │ │ │ │ └── test_scripts | |
| │ │ │ │ ├── CH4 | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ ├── H2 | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── Na8 | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ └── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── Si | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── script.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── script.py | |
| │ │ │ ├── singlepointcalc.py | |
| │ │ │ ├── spacegroup_crystal.py | |
| │ │ │ ├── stm.py | |
| │ │ │ ├── strain_emt.py | |
| │ │ │ ├── strain.py | |
| │ │ │ ├── stress.py | |
| │ │ │ ├── structure_comparator.py | |
| │ │ │ ├── supercell.py | |
| │ │ │ ├── surface.py | |
| │ │ │ ├── surface_stack.py | |
| │ │ │ ├── surface_terminations.py | |
| │ │ │ ├── symbols.py | |
| │ │ │ ├── testsuite.py | |
| │ │ │ ├── thermochemistry.py | |
| │ │ │ ├── things.py | |
| │ │ │ ├── tip4p.py | |
| │ │ │ ├── tipnp.py | |
| │ │ │ ├── turbomole | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole_2h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole_au13.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole_H2.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole_h2o.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole_h3o2m.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── turbomole_optimizer.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── turbomole_qmmm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── turbomole_2h2o.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole_au13.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole_h2o.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole_H2.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole_h3o2m.py | |
| │ │ │ │ ├── turbomole_optimizer.py | |
| │ │ │ │ └── turbomole_qmmm.py | |
| │ │ │ ├── unitcellfilter2.py | |
| │ │ │ ├── unitcellfilterpressure.py | |
| │ │ │ ├── unitcellfilter.py | |
| │ │ │ ├── units.py | |
| │ │ │ ├── vacancy.py | |
| │ │ │ ├── vasp | |
| │ │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_Al_volrelax.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_check_state.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_co.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_import.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_wdir.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_xc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp2_xml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_Al_volrelax.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_cell.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_co.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_input.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_kpoints.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_net_charge.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_setup.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ ├── vasp_xc.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ │ └── vasp_xml.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_Al_volrelax.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_cell.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_check_state.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_co.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_import.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_kpoints.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_wdir.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_xc.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp2_xml.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_Al_volrelax.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_cell.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_co.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_input.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_kpoints.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_net_charge.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_setup.py | |
| │ │ │ │ ├── vasp_xc.py | |
| │ │ │ │ └── vasp_xml.py | |
| │ │ │ ├── verlet.py | |
| │ │ │ ├── vib.py | |
| │ │ │ ├── x3d.py | |
| │ │ │ └── xrdebye.py | |
| │ │ ├── thermochemistry.py | |
| │ │ ├── transport | |
| │ │ │ ├── calculators.py | |
| │ │ │ ├── greenfunction.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── calculators.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── greenfunction.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── selfenergy.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stm.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stm_test.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── test_transport_calulator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── tools.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── selfenergy.py | |
| │ │ │ ├── stm.py | |
| │ │ │ ├── stm_test.py | |
| │ │ │ ├── test_transport_calulator.py | |
| │ │ │ └── tools.py | |
| │ │ ├── units.py | |
| │ │ ├── utils | |
| │ │ │ ├── arraywrapper.py | |
| │ │ │ ├── bee.py | |
| │ │ │ ├── build_web_page.py | |
| │ │ │ ├── cext.py | |
| │ │ │ ├── deltacodesdft.py | |
| │ │ │ ├── distance.py | |
| │ │ │ ├── eos.py | |
| │ │ │ ├── extrapolate.py | |
| │ │ │ ├── ff.py | |
| │ │ │ ├── forcecurve.py | |
| │ │ │ ├── geometry.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── linesearcharmijo.py | |
| │ │ │ ├── linesearch.py | |
| │ │ │ ├── _linprog.py | |
| │ │ │ ├── memory.py | |
| │ │ │ ├── newrelease.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── arraywrapper.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── bee.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── build_web_page.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── cext.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── deltacodesdft.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── distance.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── eos.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── extrapolate.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── ff.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── forcecurve.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── geometry.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── linesearcharmijo.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── linesearch.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── _linprog.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── memory.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── newrelease.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── sphinx.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── structure_comparator.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── stylecheck.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── timing.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── xrdebye.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── sphinx.py | |
| │ │ │ ├── structure_comparator.py | |
| │ │ │ ├── stylecheck.py | |
| │ │ │ ├── timing.py | |
| │ │ │ └── xrdebye.py | |
| │ │ ├── vibrations | |
| │ │ │ ├── albrecht.py | |
| │ │ │ ├── franck_condon.py | |
| │ │ │ ├── infrared.py | |
| │ │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ │ ├── placzek.py | |
| │ │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ │ ├── albrecht.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── franck_condon.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── infrared.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── placzek.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ ├── resonant_raman.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ │ └── vibrations.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── resonant_raman.py | |
| │ │ │ └── vibrations.py | |
| │ │ └── visualize | |
| │ │ ├── colortable.py | |
| │ │ ├── fieldplotter.py | |
| │ │ ├── __init__.py | |
| │ │ ├── mlab.py | |
| │ │ ├── ngl.py | |
| │ │ ├── plot.py | |
| │ │ ├── primiplotter.py | |
| │ │ ├── __pycache__ | |
| │ │ │ ├── colortable.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── fieldplotter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── __init__.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── mlab.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── ngl.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── plot.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── primiplotter.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ ├── sage.cpython-37.pyc | |
| │ │ │ └── x3d.cpython-37.pyc | |
| │ │ ├── sage.py | |
| │ │ └── x3d.py | |
| │ └── ase-3.18.1.dist-info | |
| │ ├── COPYING | |
| │ ├── COPYING.LESSER | |
| │ ├── entry_points.txt | |
| │ ├── INSTALLER | |
| │ ├── LICENSE | |
| │ ├── METADATA | |
| │ ├── RECORD | |
| │ ├── top_level.txt | |
| │ └── WHEEL | |
| └── nix-support | |
| └── propagated-build-inputs | |
| 160 directories, 1720 files |
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