Created
May 5, 2016 00:12
-
-
Save dwaggott/f747f9f54c14042ec0475c997299dfe4 to your computer and use it in GitHub Desktop.
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
##fileformat=VCFv4.1 | |
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> | |
##pipeline_version=DVDS_v1.4.7.4 | |
##resource_version=v1.0.13 | |
##FILTER=<ID=INDEL_SPECIFIC_FILTERS,Description="QD < 2.0 || ReadPosRankSum < -20.0 || InbreedingCoeff < -0.8 || FS > 200.0"> | |
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality"> | |
##FILTER=<ID=VQSRTrancheSNP99.00to99.90,Description="Truth sensitivity tranche level for SNP model at VQS Lod: -11.8399 <= x < -0.3411"> | |
##FILTER=<ID=VQSRTrancheSNP99.90to100.00+,Description="Truth sensitivity tranche level for SNP model at VQS Lod < -24069.3954"> | |
##FILTER=<ID=VQSRTrancheSNP99.90to100.00,Description="Truth sensitivity tranche level for SNP model at VQS Lod: -24069.3954 <= x < -11.8399"> | |
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> | |
##GATKCommandLine=<ID=ApplyRecalibration,CommandLineOptions="analysis_type=ApplyRecalibration input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=NO_ET gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/nfs/env/prod/content/genomes/reference/hs37d5/raw/hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false input=[(RodBinding name=input source=/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.raw.vcf)] recal_file=(RodBinding name=recal_file source=/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.VQSR.tmp.snp.recal) tranches_file=/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.VQSR.tmp.snp.tranches out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub ts_filter_level=99.0 lodCutoff=null ignore_filter=null excludeFiltered=false mode=SNP filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false",Date="Fri Jun 19 21:08:58 PDT 2015",Epoch=1434773338278,Version=2014.2-3.1.7-7-gb0ce0a5> | |
##GATKCommandLine=<ID=CombineVariants,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=NO_ET gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/nfs/env/prod/content/genomes/reference/hs37d5/raw/hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=variant source=/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.VQSR.indel.hardfilter.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=variant2 source=/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.VQSR.snp.hardfilter.vcf)])] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub genotypemergeoption=UNSORTED filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=null printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false",Date="Fri Jun 19 21:11:33 PDT 2015",Epoch=1434773493551,Version=2014.2-3.1.7-7-gb0ce0a5> | |
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed"> | |
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities"> | |
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership"> | |
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?"> | |
##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions"> | |
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval"> | |
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias"> | |
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes"> | |
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation"> | |
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed"> | |
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed"> | |
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads"> | |
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities"> | |
##INFO=<ID=NEGATIVE_TRAIN_SITE,Number=0,Type=Flag,Description="This variant was used to build the negative training set of bad variants"> | |
##INFO=<ID=POSITIVE_TRAIN_SITE,Number=0,Type=Flag,Description="This variant was used to build the positive training set of good variants"> | |
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth"> | |
##INFO=<ID=RPA,Number=.,Type=Integer,Description="Number of times tandem repeat unit is repeated, for each allele (including reference)"> | |
##INFO=<ID=RU,Number=1,Type=String,Description="Tandem repeat unit (bases)"> | |
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias"> | |
##INFO=<ID=STR,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is a short tandem repeat"> | |
##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="Log odds ratio of being a true variant versus being false under the trained gaussian mixture model"> | |
##INFO=<ID=culprit,Number=1,Type=String,Description="The annotation which was the worst performing in the Gaussian mixture model, likely the reason why the variant was filtered out"> | |
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants"> | |
##contig=<ID=1,length=249250621> | |
##contig=<ID=2,length=243199373> | |
##contig=<ID=3,length=198022430> | |
##contig=<ID=4,length=191154276> | |
##contig=<ID=5,length=180915260> | |
##contig=<ID=6,length=171115067> | |
##contig=<ID=7,length=159138663> | |
##contig=<ID=8,length=146364022> | |
##contig=<ID=9,length=141213431> | |
##contig=<ID=10,length=135534747> | |
##contig=<ID=11,length=135006516> | |
##contig=<ID=12,length=133851895> | |
##contig=<ID=13,length=115169878> | |
##contig=<ID=14,length=107349540> | |
##contig=<ID=15,length=102531392> | |
##contig=<ID=16,length=90354753> | |
##contig=<ID=17,length=81195210> | |
##contig=<ID=18,length=78077248> | |
##contig=<ID=19,length=59128983> | |
##contig=<ID=20,length=63025520> | |
##contig=<ID=21,length=48129895> | |
##contig=<ID=22,length=51304566> | |
##contig=<ID=X,length=155270560> | |
##contig=<ID=Y,length=59373566> | |
##contig=<ID=MT,length=16569> | |
##reference=hs37d5.fa | |
##source=SelectVariants | |
##samtoolsVersion=0.1.18 (r982:295) | |
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth"> | |
##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases"> | |
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Root-mean-square mapping quality of covering reads"> | |
##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability of all samples being the same"> | |
##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele frequency (assuming HWE)"> | |
##INFO=<ID=AC1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele count (no HWE assumption)"> | |
##INFO=<ID=G3,Number=3,Type=Float,Description="ML estimate of genotype frequencies"> | |
##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Chi^2 based HWE test P-value based on G3"> | |
##INFO=<ID=CLR,Number=1,Type=Integer,Description="Log ratio of genotype likelihoods with and without the constraint"> | |
##INFO=<ID=UGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable unconstrained genotype configuration in the trio"> | |
##INFO=<ID=CGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable constrained genotype configuration in the trio"> | |
##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias"> | |
##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL."> | |
##INFO=<ID=PC2,Number=2,Type=Integer,Description="Phred probability of the nonRef allele frequency in group1 samples being larger (,smaller) than in group2."> | |
##INFO=<ID=PCHI2,Number=1,Type=Float,Description="Posterior weighted chi^2 P-value for testing the association between group1 and group2 samples."> | |
##INFO=<ID=QCHI2,Number=1,Type=Integer,Description="Phred scaled PCHI2."> | |
##INFO=<ID=PR,Number=1,Type=Integer,Description="# permutations yielding a smaller PCHI2."> | |
##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias"> | |
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> | |
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> | |
##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)"> | |
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases"> | |
##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value"> | |
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods"> | |
##source_20150520.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20150520.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-06-17.11-55-04.Stanford_Atheletes_24ACE.ACE2_Exome/per_submitted_sample/01_16_DVDS_v1.4.7.4_ACE/01_16.pileup.raw.vcf.gz | |
##INFO=<ID=SF,Number=.,Type=String,Description="Source File (index to sourceFiles, f when filtered)"> | |
##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes"> | |
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes"> | |
##source_20150713.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-08-12.15-10-41.Athletes_24ACEEx_3_5G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/02_23_DVDS_v1.4.7.5_ACE/02_23.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-08-12.15-10-41.Athletes_24ACEEx_3_5G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/02_23_DVDS_v1.4.7.5_ACE/02_23.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20150713.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-08-12.15-10-41.Athletes_24ACEEx_3_5G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/02_23_DVDS_v1.4.7.5_ACE/02_23.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-08-12.15-10-41.Athletes_24ACEEx_3_5G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/02_23_DVDS_v1.4.7.5_ACE/02_23.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20150819.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/03_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/03_64.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/03_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/03_64.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20150819.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/03_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/03_64.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/03_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/03_64.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20150821.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/04_296_DVDS_v1.4.7.5_ACE/04_296.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/04_296_DVDS_v1.4.7.5_ACE/04_296.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20150821.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/04_296_DVDS_v1.4.7.5_ACE/04_296.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-09-18.14-31-45.Athletes_24_ACEv2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/04_296_DVDS_v1.4.7.5_ACE/04_296.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20140928.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-27.16-41-15.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_02_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_02.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-27.16-41-15.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_02_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_02.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140928.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-27.16-41-15.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_02_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_02.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-27.16-41-15.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_02_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_02.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20140922.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_03_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_03.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_03_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_03.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140922.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_03_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_03.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/1_03_DVDS_v1.4.7.2_ACE/1_03.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20150127.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-02-26.14-50-11.Athlete_24ACE_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/1_09_DVDS_v1.4.7.4_ACE/1_09.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-02-26.14-50-11.Athlete_24ACE_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/1_09_DVDS_v1.4.7.4_ACE/1_09.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20150127.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-02-26.14-50-11.Athlete_24ACE_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/1_09_DVDS_v1.4.7.4_ACE/1_09.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2015-02-26.14-50-11.Athlete_24ACE_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/1_09_DVDS_v1.4.7.4_ACE/1_09.pileup.raw.vcf.gz | |
##ApplyRecalibration="analysis_type input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 enable_experimental_downsampling=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false input=[(RodBinding name=input source=3_01.gatk.raw.vcf)] recal_file=(RodBinding name=recal_file source=3_01.gatk.VQSR.tmp.snp.recal) tranches_file=3_01.gatk.VQSR.tmp.snp.tranches out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub ts_filter_level=99.0 ignore_filter=null mode=SNP filter_mismatching_base_and_quals=false" | |
##CombineVariants="analysis_type input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 enable_experimental_downsampling=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false variant=[(RodBinding name=variant source=3_01.gatk.VQSR.indel.hardfilter.vcf), (RodBinding name=variant2 source=3_01.gatk.VQSR.snp.hardfilter.vcf)] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub genotypemergeoption=UNSORTED filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=null printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_mismatching_base_and_quals=false" | |
##SelectVariants="analysis_type input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 enable_experimental_downsampling=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false variant=(RodBinding name=variant source=3_01.chromosome_1.recal.tmp.all.gatk.vcf) discordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) concordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sample_name=[] sample_expressions=null sample_file=null exclude_sample_name=[] exclude_sample_file=[] select_expressions=[] excludeNonVariants=true excludeFiltered=false regenotype=false restrictAllelesTo=ALL keepOriginalAC=false mendelianViolation=false mendelianViolationQualThreshold=0.0 select_random_fraction=0.0 remove_fraction_genotypes=0.0 selectTypeToInclude=[] keepIDs=null fullyDecode=false forceGenotypesDecode=false justRead=false maxIndelSize=2147483647 ALLOW_NONOVERLAPPING_COMMAND_LINE_SAMPLES=false filter_mismatching_base_and_quals=false" | |
##UnifiedGenotyper="analysis_type input_file=[3_01.chromosome_1.recal.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=[1.bed] excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 enable_experimental_downsampling=false baq=CALCULATE_AS_NECESSARY baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=BOTH pcr_error_rate=1.0E-4 computeSLOD=false annotateNDA=false pair_hmm_implementation=ORIGINAL min_base_quality_score=17 max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 min_indel_fraction_per_sample=0.25 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10 indelGapOpenPenalty=45 indelHaplotypeSize=80 indelDebug=false ignoreSNPAlleles=false allReadsSP=false ignoreLaneInfo=false reference_sample_calls=(RodBinding name= source=UNBOUND) reference_sample_name=null sample_ploidy=2 min_quality_score=1 max_quality_score=40 site_quality_prior=20 min_power_threshold_for_calling=0.95 min_reference_depth=100 exclude_filtered_reference_sites=false heterozygosity=0.001 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=50.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=6 p_nonref_model=EXACT_INDEPENDENT contamination_fraction_to_filter=0.05 logRemovedReadsFromContaminationFiltering=null exactcallslog=null dbsnp=(RodBinding name=dbsnp source=dbsnp_137.b37.reformatted.vcf) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[] excludeAnnotation=[] filter_mismatching_base_and_quals=false" | |
##VariantFiltration="analysis_type input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=hs37d5.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 enable_experimental_downsampling=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false variant=(RodBinding name=variant source=3_01.gatk.VQSR.indel.vcf) mask=(RodBinding name= source=UNBOUND) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub filterExpression=[QD < 2.0 || ReadPosRankSum < -20.0 || InbreedingCoeff < -0.8 || FS > 200.0] filterName=[INDEL_SPECIFIC_FILTERS] genotypeFilterExpression=[] genotypeFilterName=[] clusterSize=3 clusterWindowSize=0 maskExtension=0 maskName=Mask missingValuesInExpressionsShouldEvaluateAsFailing=false invalidatePreviousFilters=false filter_mismatching_base_and_quals=false" | |
##source_20140617.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_01.ACE_Exome.v2.18.4/3_01.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_01.ACE_Exome.v2.18.4/3_01.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140617.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_01.ACE_Exome.v2.18.4/3_01.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_01.ACE_Exome.v2.18.4/3_01.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20140520.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-06-15.15-37-27.Euan_Atheletes_project_16_samples_high_coverage_12GB_ACE_research.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_03.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-06-15.15-37-27.Euan_Atheletes_project_16_samples_high_coverage_12GB_ACE_research.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_03.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140520.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-06-15.15-37-27.Euan_Atheletes_project_16_samples_high_coverage_12GB_ACE_research.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_03.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-06-15.15-37-27.Euan_Atheletes_project_16_samples_high_coverage_12GB_ACE_research.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_03.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20140618.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_05.ACE_Exome.v2.18.4/3_05.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_05.ACE_Exome.v2.18.4/3_05.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140618.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_05.ACE_Exome.v2.18.4/3_05.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-16.21-26-58.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_05.ACE_Exome.v2.18.4/3_05.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20140626.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-25.14-38-00.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_68_10_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_68_10_03.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-25.14-38-00.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_68_10_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_68_10_03.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140626.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-25.14-38-00.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_68_10_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_68_10_03.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-07-25.14-38-00.Euan_Atheletes_project_34_samples_low_coverage_5_GB_ACE_research24plex.ACE_Exome/per_submitted_sample/3_68_10_03.ACE_Exome.v2.18.4/3_68_10_03.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20140929.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/4_04_DVDS_v1.4.7.2_ACE/4_04.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/4_04_DVDS_v1.4.7.2_ACE/4_04.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20140929.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/4_04_DVDS_v1.4.7.2_ACE/4_04.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2014-10-21.11-51-46.Stanford_Athlete_99_4G.ACE_Exome/per_submitted_sample/4_04_DVDS_v1.4.7.2_ACE/4_04.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20160217.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_63_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_63.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_63_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_63.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20160217.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_63_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_63.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_63_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_63.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20160126.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-02-25.17-27-27.24_AthletesV2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_64.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-02-25.17-27-27.24_AthletesV2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_64.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20160126.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-02-25.17-27-27.24_AthletesV2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_64.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-02-25.17-27-27.24_AthletesV2_4G.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s01_64_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s01_64.pileup.raw.vcf.gz | |
##source_20160218.1=vcf-merge(r731) /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s05_10_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s05_10.gatk.VQSR.vcf.gz /hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s05_10_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s05_10.pileup.raw.vcf.gz | |
##sourceFiles_20160218.1=0:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s05_10_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s05_10.gatk.VQSR.vcf.gz,1:/hpc/ops/data/Data/ana/WES/2016-03-16.13-38-35.Ashley24_ACE3_5Gave.ACE2_Exome/per_submitted_sample/s05_10_DVDS_v1.4.7.5_ACE/s05_10.pileup.raw.vcf.gz | |
##bcftools_mergeVersion=1.3.1-4-ge3ef8da+htslib-1.3.1-12-g0454d47 | |
##bcftools_mergeCommand=merge -l vcf_links.txt -O z -m none | |
##bcftools_viewVersion=1.3+htslib-1.3 | |
##bcftools_viewCommand=view -r 1:1215848 tmp.vcf.gz | |
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 01_16 01_16.pileup.raw_01_16 01_33 01_33.pileup.raw_01_33 01_34 01_34.pileup.raw_01_34 01_37 01_37.pileup.raw_01_37 01_38 01_38.pileup.raw_01_38 01_41 01_41.pileup.raw_01_41 01_43 01_43.pileup.raw_01_43 01_44 01_44.pileup.raw_01_44 01_50 01_50.pileup.raw_01_50 01_51 01_51.pileup.raw_01_51 01_53 01_53.pileup.raw_01_53 01_59 01_59.pileup.raw_01_59 01_60 01_60.pileup.raw_01_60 01_61 01_61.pileup.raw_01_61 01_62 01_62.pileup.raw_01_62 02_14 02_14.pileup.raw_02_14 02_15 02_15.pileup.raw_02_15 02_17 02_17.pileup.raw_02_17 02_19 02_19.pileup.raw_02_19 02_21 02_21.pileup.raw_02_21 02_23 02_23.pileup.raw_02_23 02_27 02_27.pileup.raw_02_27 02_34 02_34.pileup.raw_02_34 02_35 02_35.pileup.raw_02_35 02_36 02_36.pileup.raw_02_36 02_39 02_39.pileup.raw_02_39 03_38 03_38.pileup.raw_03_38 03_54 03_54.pileup.raw_03_54 03_64 03_64.pileup.raw_03_64 03_65 03_65.pileup.raw_03_65 03_75 03_75.pileup.raw_03_75 03_76 03_76.pileup.raw_03_76 03_77 03_77.pileup.raw_03_77 04_240 04_240.pileup.raw_04_240 04_266 04_266.pileup.raw_04_266 04_267 04_267.pileup.raw_04_267 04_296 04_296.pileup.raw_04_296 07_06__KN049_ 07_06__KN049_.pileup.raw_07_06__KN049_ 07_07__KN075_ 07_07__KN075_.pileup.raw_07_07__KN075_ 07_13__KN500_ 07_13__KN500_.pileup.raw_07_13__KN500_ 07_14__KN501_ 07_14__KN501_.pileup.raw_07_14__KN501_ 07_16 07_16.pileup.raw_07_16 07_17__KN504_ 07_17__KN504_.pileup.raw_07_17__KN504_ 07_32__sp-23_ 07_32__sp-23_.pileup.raw_07_32__sp-23_ 07_36__sp-45_ 07_36__sp-45_.pileup.raw_07_36__sp-45_ 07_37__sp-46_ 07_37__sp-46_.pileup.raw_07_37__sp-46_ 07_38__sp-77_ 07_38__sp-77_.pileup.raw_07_38__sp-77_ 07_39__sp-79_ 07_39__sp-79_.pileup.raw_07_39__sp-79_ 07_42__sp-84_ 07_42__sp-84_.pileup.raw_07_42__sp-84_ 1_02 1_02.pileup.raw_1_02 1_03 1_03.pileup.raw_1_03 1_05 1_05.pileup.raw_1_05 1_06 1_06.pileup.raw_1_06 1_07 1_07.pileup.raw_1_07 1_08 1_08.pileup.raw_1_08 1_09 1_09.pileup.raw_1_09 1_10 1_10.pileup.raw_1_10 1_11 1_11.pileup.raw_1_11 1_12 1_12.pileup.raw_1_12 1_14 1_14.pileup.raw_1_14 1_15 1_15.pileup.raw_1_15 1_17 1_17.pileup.raw_1_17 1_18 1_18.pileup.raw_1_18 1_19 1_19.pileup.raw_1_19 1_25 1_25.pileup.raw_1_25 1_26 1_26.pileup.raw_1_26 1_27 1_27.pileup.raw_1_27 1_28 1_28.pileup.raw_1_28 1_29 1_29.pileup.raw_1_29 1_30 1_30.pileup.raw_1_30 1_32 1_32.pileup.raw_1_32 2_01 2_01.pileup.raw_2_01 2_02 2_02.pileup.raw_2_02 2_03 2_03.pileup.raw_2_03 2_04 2_04.pileup.raw_2_04 2_06 2_06.pileup.raw_2_06 2_29 2_29.pileup.raw_2_29 2_30 2_30.pileup.raw_2_30 3_01 3_01.pileup.raw_3_01 3_02 3_02.pileup.raw_3_02 3_03 3_03.pileup.raw_3_03 3_04 3_04.pileup.raw_3_04 3_05 3_05.pileup.raw_3_05 3_06 3_06.pileup.raw_3_06 3_07 3_07.pileup.raw_3_07 3_08 3_08.pileup.raw_3_08 3_09 3_09.pileup.raw_3_09 3_11 3_11.pileup.raw_3_11 3_12 3_12.pileup.raw_3_12 3_13 3_13.pileup.raw_3_13 3_14 3_14.pileup.raw_3_14 3_15 3_15.pileup.raw_3_15 3_16 3_16.pileup.raw_3_16 3_17 3_17.pileup.raw_3_17 3_18 3_18.pileup.raw_3_18 3_19 3_19.pileup.raw_3_19 3_20 3_20.pileup.raw_3_20 3_21 3_21.pileup.raw_3_21 3_22 3_22.pileup.raw_3_22 3_23 3_23.pileup.raw_3_23 3_24 3_24.pileup.raw_3_24 3_25 3_25.pileup.raw_3_25 3_26 3_26.pileup.raw_3_26 3_27 3_27.pileup.raw_3_27 3_28 3_28.pileup.raw_3_28 3_29 3_29.pileup.raw_3_29 3_30_102A 3_30_102A.pileup.raw_3_30_102A 3_31 3_31.pileup.raw_3_31 3_32 3_32.pileup.raw_3_32 3_33 3_33.pileup.raw_3_33 3_35 3_35.pileup.raw_3_35 3_36 3_36.pileup.raw_3_36 3_37 3_37.pileup.raw_3_37 3_39 3_39.pileup.raw_3_39 3_41 3_41.pileup.raw_3_41 3_42 3_42.pileup.raw_3_42 3_43 3_43.pileup.raw_3_43 3_44 3_44.pileup.raw_3_44 3_45 3_45.pileup.raw_3_45 3_47 3_47.pileup.raw_3_47 3_49 3_49.pileup.raw_3_49 3_51 3_51.pileup.raw_3_51 3_55 3_55.pileup.raw_3_55 3_56 3_56.pileup.raw_3_56 3_57 3_57.pileup.raw_3_57 3_58 3_58.pileup.raw_3_58 3_60 3_60.pileup.raw_3_60 3_61 3_61.pileup.raw_3_61 3_63 3_63.pileup.raw_3_63 3_66_101a 3_66_101a.pileup.raw_3_66_101a 3_67_105a 3_67_105a.pileup.raw_3_67_105a 3_68_10_03 3_68_10_03.pileup.raw_3_68_10_03 3_71 3_71.pileup.raw_3_71 3_72 3_72.pileup.raw_3_72 3_73 3_73.pileup.raw_3_73 4_04 4_04.pileup.raw_4_04 4_06 4_06.pileup.raw_4_06 4_09 4_09.pileup.raw_4_09 4_106 4_106.pileup.raw_4_106 4_107 4_107.pileup.raw_4_107 4_109 4_109.pileup.raw_4_109 4_110 4_110.pileup.raw_4_110 4_112 4_112.pileup.raw_4_112 4_119 4_119.pileup.raw_4_119 4_122 4_122.pileup.raw_4_122 4_123 4_123.pileup.raw_4_123 4_124 4_124.pileup.raw_4_124 4_125 4_125.pileup.raw_4_125 4_126 4_126.pileup.raw_4_126 4_127 4_127.pileup.raw_4_127 4_13 4_13.pileup.raw_4_13 4_145 4_145.pileup.raw_4_145 4_147 4_147.pileup.raw_4_147 4_14 4_14.pileup.raw_4_14 4_150 4_150.pileup.raw_4_150 4_153 4_153.pileup.raw_4_153 4_157 4_157.pileup.raw_4_157 4_164 4_164.pileup.raw_4_164 4_165 4_165.pileup.raw_4_165 4_16 4_16.pileup.raw_4_16 4_171 4_171.pileup.raw_4_171 4_172 4_172.pileup.raw_4_172 4_174 4_174.pileup.raw_4_174 4_178 4_178.pileup.raw_4_178 4_185 4_185.pileup.raw_4_185 4_18 4_18.pileup.raw_4_18 4_192 4_192.pileup.raw_4_192 4_194 4_194.pileup.raw_4_194 4_200 4_200.pileup.raw_4_200 4_204 4_204.pileup.raw_4_204 4_207 4_207.pileup.raw_4_207 4_209 4_209.pileup.raw_4_209 4_20 4_20.pileup.raw_4_20 4_216 4_216.pileup.raw_4_216 4_217 4_217.pileup.raw_4_217 4_21 4_21.pileup.raw_4_21 4_220 4_220.pileup.raw_4_220 4_229 4_229.pileup.raw_4_229 4_231 4_231.pileup.raw_4_231 4_232 4_232.pileup.raw_4_232 4_233 4_233.pileup.raw_4_233 4_241 4_241.pileup.raw_4_241 4_245 4_245.pileup.raw_4_245 4_24 4_24.pileup.raw_4_24 4_26 4_26.pileup.raw_4_26 4_27 4_27.pileup.raw_4_27 4_281 4_281.pileup.raw_4_281 4_286 4_286.pileup.raw_4_286 4_29 4_29.pileup.raw_4_29 4_300 4_300.pileup.raw_4_300 4_313 4_313.pileup.raw_4_313 4_314 4_314.pileup.raw_4_314 4_318 4_318.pileup.raw_4_318 4_320 4_320.pileup.raw_4_320 4_325 4_325.pileup.raw_4_325 4_32 4_32.pileup.raw_4_32 4_330 4_330.pileup.raw_4_330 4_340 4_340.pileup.raw_4_340 4_345 4_345.pileup.raw_4_345 4_354 4_354.pileup.raw_4_354 4_42 4_42.pileup.raw_4_42 4_44 4_44.pileup.raw_4_44 4_47 4_47.pileup.raw_4_47 4_48 4_48.pileup.raw_4_48 4_59 4_59.pileup.raw_4_59 4_65 4_65.pileup.raw_4_65 4_68 4_68.pileup.raw_4_68 4_73 4_73.pileup.raw_4_73 4_74 4_74.pileup.raw_4_74 4_76 4_76.pileup.raw_4_76 4_77 4_77.pileup.raw_4_77 4_78 4_78.pileup.raw_4_78 4_79 4_79.pileup.raw_4_79 4_81 4_81.pileup.raw_4_81 4_82 4_82.pileup.raw_4_82 4_83 4_83.pileup.raw_4_83 4_91 4_91.pileup.raw_4_91 4_92 4_92.pileup.raw_4_92 4_95 4_95.pileup.raw_4_95 4_97 4_97.pileup.raw_4_97 4_99 4_99.pileup.raw_4_99 6_05 6_05.pileup.raw_6_05 7_18 7_18.pileup.raw_7_18 7_20 7_20.pileup.raw_7_20 7_21 7_21.pileup.raw_7_21 7_23 7_23.pileup.raw_7_23 7_24 7_24.pileup.raw_7_24 7_25 7_25.pileup.raw_7_25 7_26 7_26.pileup.raw_7_26 7_27 7_27.pileup.raw_7_27 7_33 7_33.pileup.raw_7_33 7_40 7_40.pileup.raw_7_40 7_47 7_47.pileup.raw_7_47 7_48 7_48.pileup.raw_7_48 7_49 7_49.pileup.raw_7_49 7_50 7_50.pileup.raw_7_50 7_51 7_51.pileup.raw_7_51 7_52 7_52.pileup.raw_7_52 7_54 7_54.pileup.raw_7_54 s01_63 s01_63.pileup.raw_s01_63 s01_64 s01_64.pileup.raw_s01_64 s01_67 s01_67.pileup.raw_s01_67 s01_68 s01_68.pileup.raw_s01_68 s01_71 s01_71.pileup.raw_s01_71 s01_72 s01_72.pileup.raw_s01_72 s01_73 s01_73.pileup.raw_s01_73 s01_75 s01_75.pileup.raw_s01_75 s01_76 s01_76.pileup.raw_s01_76 s03_78 s03_78.pileup.raw_s03_78 s03_92 s03_92.pileup.raw_s03_92 s03_93 s03_93.pileup.raw_s03_93 s05_04_Sp_M4 s05_04_Sp_M4.pileup.raw_s05_04_Sp_M4 s05_05_Sp_M5 s05_05_Sp_M5.pileup.raw_s05_05_Sp_M5 s05_06_Sp_M6 s05_06_Sp_M6.pileup.raw_s05_06_Sp_M6 s05_07_Sp_M7 s05_07_Sp_M7.pileup.raw_s05_07_Sp_M7 s05_08_Sp_M8 s05_08_Sp_M8.pileup.raw_s05_08_Sp_M8 s05_09 s05_09.pileup.raw_s05_09 s05_101_Sp_W1 s05_101_Sp_W1.pileup.raw_s05_101_Sp_W1 s05_102_Sp_W2 s05_102_Sp_W2.pileup.raw_s05_102_Sp_W2 s05_103_Sp_W3 s05_103_Sp_W3.pileup.raw_s05_103_Sp_W3 s05_104_Sp_W4 s05_104_Sp_W4.pileup.raw_s05_104_Sp_W4 s05_105_Sp_W5 s05_105_Sp_W5.pileup.raw_s05_105_Sp_W5 s05_10 s05_10.pileup.raw_s05_10 s05_64_XXX s05_64_XXX.pileup.raw_s05_64_XXX s09_02 s09_02.pileup.raw_s09_02 s09_03 s09_03.pileup.raw_s09_03 s09_07 s09_07.pileup.raw_s09_07 s09_08 s09_08.pileup.raw_s09_08 | |
1 1215846 . AAT A 22.5 . AC1=1;AF1=0.5;FQ=25.5;INDEL;MQ=57;PV4=1,0.2,0.079,0.42;SF=1;VDB=0.0269;DP=27;DP4=8,5,2,1;AN=2;AC=1 GT:GQ:PL ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. .:.:. 0/1:63:60,0,255 ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. ./.:.:. | |
1 1215848 . TA T 63.73 LowQual;INDEL_SPECIFIC_FILTERS BaseQRankSum=-2.007;FS=0;HaplotypeScore=28.9992;MQ0=0;MQ=57;MQRankSum=-0.597;QD=3.98;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.163;SF=0;STR;set=variant;DP=66;AF=0.5;MLEAC=1;MLEAF=0.5;AN=6;AC=3 GT:GQ:DP:PL:AD ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. 0/1:99:16:101,0,179:10,6 .:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. 0/1:85:23:85,0,380:17,6 .:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. 0/1:59:27:59,0,437:19,5 .:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. | |
1 1215848 . T TA 75.73 LowQual;INDEL_SPECIFIC_FILTERS BaseQRankSum=-0.159;FS=2.05;MQ0=0;MQ=57;MQRankSum=1.75;QD=1.47;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.223;SF=0f;STR;set=FilteredInAll;DP=37;AF=0.5;MLEAC=1;MLEAF=0.5;AN=4;AC=2 GT:GQ:DP:PL:AD ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. 0/1:74:25:74,0,356:19,6 .:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. 0/1:62:12:113,0,62:4,5 .:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. ./.:.:.:.:. |
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment