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Tazro Inutano Ohta inutano

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@inutano
inutano / test.rb
Created July 6, 2012 07:49
require "nokogiri"
nkgr = Nokogiri::HTML(open("./first.html"))
html_raw = nkgr.css("div").select{|n| n.attr("id") == "contentleft"}.first.inner_html
html_array = html_raw.split(/are/)
@inutano
inutano / index.html
Created August 7, 2012 05:38 — forked from enjalot/index.html
Simple Pie Chart example with D3.js
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-type" content="text/html; charset=utf-8">
<title>Testing Pie Chart</title>
<script type="text/javascript" src="http://mbostock.github.com/d3/d3.js?2.1.3"></script>
<script type="text/javascript" src="http://mbostock.github.com/d3/d3.geom.js?2.1.3"></script>
<script type="text/javascript" src="http://mbostock.github.com/d3/d3.layout.js?2.1.3"></script>
<style type="text/css">
@inutano
inutano / db_update.rb
Created October 18, 2012 02:09
# -*- coding: utf-8 -*-
require "ap"
require "active_record"
require "logger"
class AbstractsInit < ActiveRecord::Migration
def self.up
create_table(:abstracts) do |t|
t.string :title, :null => false
@inutano
inutano / togofarm.md
Last active December 12, 2015 04:08

Research Assistant @ togofarm

統合牧場とは

文京区弥生のライフサイエンス統合データベースセンターにおけるチームの名前。学生をアルバイトとして雇ってジャパニーズアカデミアの世直しをしている。統合TVとか作っている。

RA応募条項

  1. 生命科学系の学生である
  2. 週に数時間程度の勤務時間を捻出して通える
@inutano
inutano / printer_setting.md
Last active December 15, 2015 22:39
プリンタの設定@dbcls

FUJI XEROX製DocuCenter-IX C2260にMacを接続する

プリンタ側がpostscriptに対応していないのでドライバを指定する必要があります。 (2011年4月現在、MacOS 10.6.7)

  1. ここでドライバを落としてきてインストール
  2. システム環境設定のファックスとプリンタを開く
  3. 左側プリンタリスト下の＋をクリックしてプリンタを追加
  4. 追加したプリンタを選択し、「オプションとサプライ」をクリックします。
  5. 「ドライバ」タブの「使用するドライバ」プルダウンメニュー内「プリンタソフトウェアを選択…」をクリックします。
  6. “Mac”で検索すると”Fx Print Driver for Mac OS X”が表示されるのでそれを選択します。
@inutano
inutano / academic_writing.md
Last active December 16, 2015 00:59

tips for academic writing

アカデミックライティング研究所 の自分用メモ

文章構成 - 結論はあるのか、伝えたいメッセージは何か

  • ない時は比較でもやってろ
    • similarity/differenceを洗い出すブレスト
    • 出ない時はインチキする
  • similarity
@inutano
inutano / sparql.rb
Created April 18, 2013 02:10 — forked from ktym/sparql.rb
#!/usr/bin/env ruby
require "rubygems"
require "net/http"
require "uri"
require "cgi"
require "json" # gem install json
class SPARQL
@inutano
inutano / encode_bh13.md
Last active December 17, 2015 18:48

ゴール

  • 複数の異なる手法、異なるサンプル(生物種/細胞株)から出された実験結果群があるとき
  • それぞれの手法、サンプルそれぞれに条件を設定して、ヒットするgene/region listを叩きだすapplication
  • 出てきたlistをそのまんまepigenome browserのgene set viewで出せるとよさそう

epigenome browser

  • これ
  • gene set viewでUCSC likeにデータ見れる、ENCODEも見れる
@inutano
inutano / dbcls_session_at_jsbi2013.md
Last active December 20, 2015 20:48

DBCLS主催セッション

  • JSBi2013年年会 (生命医薬情報学連合大会)
  • セッション
    • 日付？
    • 90分

アイディア

@inutano
inutano / survey_pair.rb
Created November 21, 2013 07:14
# -*- coding: utf-8 -*-
require "ap"
if __FILE__ == $0
accessions_path = "./data/SRA_Accessions.tab"
run_exp_csv = `awk -F '\t' '$1 ~ /^.RR/ && $3 == "live" && $9 == "public" { print $1 "," $11 "," $10 }' #{accessions_path}`.split("\n")
exp_run = {} # { exp => [], exp => []}
run_exp_csv.each do |line|
l = line.split(",")