inutano

# :)

module FastqcHandler
  def self.index_dirs(base)
    Dir.glob("#{base}/*")
  end
  
  def self.id_dirs(base)
    Dir.glob("#{base}/*/*")
  end

inutano

# :)

module FastqcHandler
  def self.index_dirs(base)
    Dir.glob("#{base}/*")
  end
  
  def self.id_dirs(base)
    Dir.glob("#{base}/*/*")
  end

inutano

# cleaning merged table (remove insufficient rows)

BEGIN {
  FS="\t"
}

# remove illegal pair
$0 ~ /illegal-pair/ {
  next
}

inutano

sem4j to go

A galaxy-based web application to enable semantic/path search by cypher query on Neo4j, designed for everyone.

Demo site

Running galaxy here

Getting Started

inutano

# :)
# Getting started:
#  get your personal access token from your application page and check 'user:follow'
#    https://github.com/settings/applications
#  or follow this instruction
#    https://help.github.com/articles/creating-an-access-token-for-command-line-use
#  pass it as the first argument or write it down to config.yaml

require "open-uri"
require "nokogiri"

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Why?

SPARQLthon21

• スキーマ図をどのように生成するか（共通化するか）をシェアしたい（大田）
  • Google presentation
  • OmniGraph
    • OmniGraffle のことですかね?
    • shareware
• CytoscapeWeb

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Installing galaxy by public docker container

1. Retrieve docker container from docker hub
2. Launching galaxy on docker container on coreos hosted by virtualbox on Mac OS
3. Add Tools
4. Create your docker image with fixed galaxy
5. Push it to docker hub

I did on

inutano

買い物メモ

• レンジフードのカバー++
• 包丁++
• フライパンのふた++
• 計量スプーン++
• まな板
• お風呂の水切り用スクレイパー
• 無印カラーボックス
• フライパン

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DDBJパイプラインとGalaxyによるデータ解析

情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大田達郎 t.ohta@dbcls.rois.ac.jp

prepared for AJACS岩手
December 5, 2014

---

inutano

# :)

require 'nokogiri'
require 'ap'
require 'json'

desc "parse all.xml"
task :parse do |t|
  pubmedset = Nokogiri::XML(open("./all.xml")).css("ArticleId").select{|n| n.attr("IdType").to_s == "pmc" }.map{|n| n.inner_text }
  puts pubmedset