個人的なチェックリスト
- まずは普通にコードを完成させる
- MDなら、NVEで時間発展させて全エネルギーの保存を確認し、コードにバグがないことの確信を得る
- 全エネルギーの揺らぎが、運動エネルギー・ポテンシャルエネルギーの揺らぎと比べて、2桁程度以上小さければOK
- MCなら、MSDなどを計算して、自分のコードのダイナミクスと先行研究に齟齬がないことを確認する(その他の方法だと、サンプルした配置のポテンシャルの比較?)
- この段階では、高速化の諸々を先取りするといった余計なことはしない
- まずは、とにかく素直に正しいコードを書き終える方が、作業は結局速く終わる(経験上)
- MDなら、NVEで時間発展させて全エネルギーの保存を確認し、コードにバグがないことの確信を得る