Двухуровневая структура web-сервера: nginx + apache2. PHP должен быть работать через apache-модуль. Настройки должны быть одинковыми как для apache-модуля, так и для cli.
/var/www/example.com [root:root 0755]
/var/www/example.com/logs/ [www-data:www-data 0755]
/var/www/example.com/public/ [www-data:webdev 0775]