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Legend of Mana se passa no mundo fictício de Fa'Diel. A Árvore Mana, doadora de mana e vida para o mundo, queimou nove séculos antes dos eventos do jogo. Uma guerra eclodiu entre fadas, humanos e outros que buscavam o escasso poder de mana que restava. Quando a guerra terminou, a drenada Árvore de Mana dormiu e as muitas terras do mundo foram armazenadas em artefatos antigos. Um herói, controlado pelo jogador, se encarrega de restaurar o mundo e sua mana ao que era antes.
É a complicada história de amor de quatro amigos de infância: Matilda, Irwin, Daena e Escad. Irwin, um meio-demônio insatisfeito com as regras que a sociedade lhe impõe que o impedem de ter um relacionamento