A simple function to generate random chromosome strings

chromosomes.rb

# 72.217263 seconds generating 10.000.000 chromosomes
def generate_chromosome_1(length, alleles)
  (1..length).collect { alleles[rand(alleles.size)] }.join
end

# 64.619006 seconds generating 10.000.000 chromosomes
def generate_chromosome_2(length, alleles)
  chromosome = String.new
  for i in 1..length
    chromosome += alleles[rand(alleles.size)]
  end
  return chromosome
end

# 61.679619 second generating 10.000.000 chromosomes
def generate_chromosome_3(length, alleles)
  chromosome = String.new
  length.times do
    chromosome += alleles[rand(alleles.size)]
  end
  return chromosome
end

# 51.38105 second generating 10.000.000 chromosomes
def generate_chromosome_4(length, alleles)
  chromosome = ""
  length.times do
    chromosome << alleles[rand(alleles.size)]
  end
  return chromosome
end

def measure_time(repeat)
  start = Time.now
  repeat.times { yield }
  puts "Took #{Time.now - start} seconds, repeating #{repeat} times."
end


repeat = 10000000

# puts "Using generate_chromosome_1:"
# measure_time(repeat) { generate_chromosome_1 8, "01" }
# 
# puts "Using generate_chromosome_2:"
# measure_time(repeat) { generate_chromosome_2 8, "01" }
# 
# puts "Using generate_chromosome_3:"
# measure_time(repeat) { generate_chromosome_3 8, "01" }
# 
# puts "Using generate_chromosome_4:"
# measure_time(repeat) { generate_chromosome_4 8, "01" }

(1..4).each do |i|
  puts "Using generate_chromosome_#{i}"
  measure_time(repeat) {send "generate_chromosome_#{i}", 8, "01"}
end

Pae, muchas gracias por la respuesta. No conocía el operador << del objeto String. Por lo que he leído en rdoc la diferencia entre el operador + y el << en los objetos de tipo String es que el operador + retorna un nuevo String con la concatenación de las dos cadenas y el operador << concatena y retorna el objeto sobre el que se ha realizado la operación de concatenado, de modo que por ahí se entiende la mejora de rendimiento. En cuanto tenga el mac a mano lo pruebo.

Saludos.

Ahí está pae. Ese es el tema. Estas cosas están súper interesantes. A cuidarse! Enviado desde mi iPhone El 02/07/2011, a las 23:12, jfcalvoreply@reply.github.com escribió:

…

Pae, muchas gracias por la respuesta. No conocía el operador << del objeto String. Por lo que he leído en rdoc la diferencia entre el operador + y el << en los objetos de tipo String es que el operador + retorna un nuevo String con la concatenación de las dos cadenas y el operador << concatena y retorna el objeto sobre el que se ha realizado la operación de concatenado, de modo que por ahí se entiende la mejora de rendimiento. En cuanto tenga el mac a mano lo pruebo. Saludos. ## Reply to this email directly or view it on GitHub: https://gist.github.com/1059231