Created
February 19, 2018 10:12
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{-# LANGUAGE OverloadedStrings #-} | |
module Main where | |
import qualified Data.Text as T | |
import Data.Text (Text(..)) | |
longestCommonSubstring :: [Text] -> Text | |
longestCommonSubstring entries = go [""] "" where | |
go :: [Text] -> Text -> Text | |
go [] longest = longest | |
go current@(s:_) _ = go (filter substringOfAll $ concatMap step current) s | |
substringOfAll :: Text -> Bool | |
substringOfAll s = all (\e -> T.isInfixOf s e) entries | |
step :: Text -> [Text] | |
step s = map (\c -> T.cons c s) ['A', 'C', 'G', 'T'] | |
main :: IO () | |
main = do | |
let lss = longestCommonSubstring contents | |
print lss | |
--print $ longestCommonSubstring strings | |
contents :: [Text] | |
contents = ["TAGCCGACGTTTTCACTCGTTCCCATGCATTATGCAGCTATTTCCAGTAATTGTTCCCCGCTCGATAAGGTGTCCAAGGACAAATCTTGAAACATATCGACGCTTGACAGAACCCGGATTCCATCGGCGGTGTTCACCTAGGGCACCTATCGTGTTTCCACTAGAGTAATCACAACAATTGAAAAGTAACTCGTGTTTCCCTTTGTGCCGGGCGAACGCTACGCCCCCAGCTACTACACCAACGTTAATCGAAGACCTTCTTGACAGTTGGTAGCACATACCCTACGCTGGGTACGAGCTGGAGAGCTGAAACCCGACCCTATGAGAATCCATACTTCAGACTGTATCGTTGTCCATATAATGGACACGGGGTACTTTTGGCATGATATTGTAATTTGTCATGCGATTGCCTCAGTATATCCCTGCTTACACGTGCAGAAAATATGTCCCATTTTACACCGGTCCACCATAACAATTATGCAACTTGTCAGTCGGGGTAGGCTCGGTCTCTGCGTCTAGCGGTGTGAATTACGCGTCCCACCTGCACCAACCACTGACTTTAGGGATCTTTGGGTATCGTGCATCTTGATTCGGTTCTGCCGGAGTTTTCTTAGCAACCAAAACACGGCACATCCAGCCATTTCTTTAACAGTTGAGAGTGTTAGGCCTAACAAATTTACGAGCGAAAATATGAGCTAAGACGAAACGAGACGACTGAAGAGACCCTACGGACGAGCGCCTTGAATATTGTCACCCCCTGAGTTAGGTGCGGGAGCGAGTTAATGATCGTAGTATCGCCAACTTAGTGAAACAGTTGTAACGGCCGCTCTATGCGAATTATCGTGTTTTCCAGCTCCAATAAGCTACAGGAAGGATGCCTGGCCTTGTCACTTTATTCGGGAACGAATAGACGTGGAGCGTCTTCCGGCCACTCCTCGCCGAGTTTCTACCTGATGCGAGGCCTAAGAGGCAGTTGTGTAAAGGAAAATATTCCAAGCTT","TGCCCGAATTAGTCTAGCGAGTCAGGGTCCTCTCTCTAACCCCTCCCCTTCATAACGATACCAGGCCTCGTTGTCACTTCTGTTGCACAGGCGATGCCCGGCATCAAAGCTGGTGAGCCTGAGTTAGGTGCGGGAGCGAGTTAATGATCGTAGTATCGCCAACTTAGTGAAACAGTTGTAACGGCCGCTCTATGCGAATTATCGTGTTTTCCAGCTCCAATAAGCTACAGGAAGGATGCCTGGCCTTGTCACTTTATTCGGGAACGAATAGACGTGGAGCGTCTTCCGGCCACTCCTATCGATCAGGTATGATAAAATGACCTGCCCCTGAAGGACATGAACGTGCACAGGGTAGAACTGCATGGGTTCCCCTGGGGTGGGTCGGGGACACAGTTGATGGCTGCTAAAGCGTTATCTGCGCTTGCGAGCTACAGCCCAACTTGGAACAAAGCGCACGATATTCGTGTGCTCGTATCGCAGTCACGTGTTATTTCGCTCTAGGGTCAACAGATTAAAACCCATTGCTAGATCATGGAAGACGACCTCTGCATCCCGTCGCTTAGCATTTCGAGCCACTTCTACGCACCGTTTACAAGACACAGAGAACTGGGACTCCAGGCCGGGCCTCAGTAAAGTGACGCAGGCTTAATCGGTCAGGCTGCCAGGCCCAAGGCTCGATAGCGATATCTTCTTTTACCTACTCAACTCTTCTGACCTTTGGAATCGTACCCTATGCTTAATATTCTTTCGACCCTTAGCTTAAATCAGCACTACTGGAAGCGACATTGAGTCCGCCTCCGTTCATGACCGCATGCATCAGGTATCCCAAGCACGTTCGCGAACTCCCTGTGCCTCTCGCGGTTTACTGCCACCCAAGTGCGATTATTACAACATACGTTACAGGGGTAGTTAAATAAATAAACTTGGCGCATTCGCGGTGTGTCCCGGCAATACCTGATCGTCCCCCATCCACAGGTGGTGCAGAGTGGGTAGGCGGGGG","ATAAGTCCCCACAGCTGTTCAAACGCTCTTCGCGACGTAAGCTGTCAAAAGGAGTGGGTTGCCGATGTTCAGTAAGCGTAACCTATAAGATAGATCGTCGGTATGTGCAAAGGTCAAGGAGATAGAGTTAAGCAATTTATCGTGGCCTTGCGACGTCTTCTGCGCTCCAGATGCGCATCCCTAAACACTCGATATATGTCCAGACAGTATCTTGTGACACCATTGTGCGATCTCTCGCACAATCGGCGTTACTTCAGTTGGTGTTATGTGGGTTACTCAGTTCAGGACAGTACAGACAACCTGAGTTAGGTGCGGGAGCGAGTTAATGATCGTAGTATCGCCAACTTAGTGAAACAGTTGTAACGGCCGCTCTATGCGAATTATCGTGTTTTCCAGCTCCAATAAGCTACAGGAAGGATGCCTGGCCTTGTCACTTTATTCGGGAACGAATAGACGTGGAGCGTCTTCCGGCCACTCCTGACGGGGGTTGCACGACAGTCCCGGGCGTTGTTTACGCTACTTTATCACGGTATCCTGCGTGCGCCCCACTGCAGTTCGGGCGAGCTGACCGGCCTTACCCCTTTGGTACCCTTGACTCCTATCTTGGGTAAGGTCGTGTGAGATTAAATTTACTGAGGCTTCCCGAGGCGCACAGTTCGCCCCGCGTTGAATTTCGGGCAATTAGATTATACATGGTGTGGAAAGGTCCGTGAAAGAATAACCTATGGGGCATACTCGAATTCCGAGTATACTGGCACAAGCCTGACACGGCGGTTAGTAATCCTCTTTTTGTCGCGTCCGCCATCTTTCCTAAAGCTGCGCATCAAGGCGTCCGAAGGATAATAAGTCGAGATCACAGATATTAAGAGCAGGGGAATTAAACCCTTATGTGTGTCTTCTCTCTAGAAACATGAGAACAGCGTTACACTGCGACTAATCTCATCCAAACCTGCAGAACTGGGCTGCGAGCTGATGTATCTCGGTGTAGTCGACGACCTCA","CCCGGTAAAGAAACTCGTACAGTCCAATAGTCGGCTGGCCGGCTGGCAATTACTAGGGGCAAGTGCGGGGCCATATTTATTGTATCTCCGGGTTCCGACCTAGGAGGGCGTGACATGATCCCCTGCGGTGGCTACTATTCACACACCAATGTATGCGCCCTGAGCCCGTACGTTGTAACGCTCATCATTCCATGGCATCACTGGTTCCGGAACACCATTGGAACTGGTAAGACTCCAGCTTACGTCAAGCTGACCGGGGCGCGCTGAGTGTTCGTCTCAAACAGCTGACTGTTGCCATTCCGCCCGTAGCCTGCGTAAGCCGCATTACCATCTTCCTATTTCTACCTGAGTTAGGTGCGGGAGCGAGTTAATGATCGTAGTATCGCCAACTTAGTGAAACAGTTGTAACGGCCGCTCTATGCGAATTATCGTGTTTTCCAGCTCCAATAAGCTACAGGAAGGATGCCTGGCCTTGTCACTTTATTCGGGAACGAATAGACGTGGAGCGTCTTCCGGCCACTCCTCTCCCTCTGAGCTCGGACGACCCGTATAATTAAGGAAAGAATTAACGACGGTCCTAGGCCCGCACTACCCGTCATGCGCAAATCCAACATGGAGCGTAGTACTGGTGGTTAATATGAGAGCAAGATGTAGATGTCCTAACCAGGCCTCGTAGTGAAGTAAACCTCTGAGTTTTAAGCACCTGGGGCCTACAAGCTTGTATTACTCTTGTGTCTAAGGGACCATTCTGTAACACCCAATTACCGGCCTCGGGGATCTACCAGGCGCCAAAACCTCAGCACTCCTACATTGAGGACCAATCGTGTTCCGAACGCTTGGCTTAACGGATGATATACCCATAAAACAGCTCGGTGTGGAGTCCGTACTATTGTGATCAGTTGGTGCACCACCCCTCACCACATCGAAATCTGATCCACGCACGTGGCAGTCCACCATGACGCAAAAGTCACCGTGTCCGTCTTGTAGGACGATGGCTCTC","CGGTCGGATGCCACTTTGCTAATGAGTGCTTCGACTCCCACTCCACTCGACCGAACGTGGTTGGTAATCCGGTAGATCTCTACCTTTACCGTCTAAGTAGGATCGATACCATGTTCCTGTAGATACAGGGAATCTATTAAGGGCCGATGTTTAGGTAGGTCCCCTTAAGCCCAGGCTACAAGGGTGTGCAGGCTCACTTGTCCGATTTTCTCTGGTTATTCGGAAGCTCTGCCTGAGTTAGGTGCGGGAGCGAGTTAATGATCGTAGTATCGCCAACTTAGTGAAACAGTTGTAACGGCCGCTCTATGCGAATTATCGTGTTTTCCAGCTCCAATAAGCTACAGGAAGGATGCCTGGCCTTGTCACTTTATTCGGGAACGAATAGACGTGGAGCGTCTTCCGGCCACTCCTTTGTTATCTAAAGCCGTAAACTGACATCATTGAATGCTGGGGCTAAAGTTTACGTAAGCAGGCTATTTCAGAAACCTCATCCTAAAACCGCACACCGCTCTAATTCAGGATAGTTGCGGGTGGGCACTGCATGTGCTATATTGACAATCGGTACTGGGTTTAGAGATTTATCATTGATTAAACTACCCAGATGAGATGTCGGCTCTTGCGAATGACCGGCGCCCACACGGTGAAAAAAATGTTAACAAGTCATTCGGCTCAGTATTCTATGGCTTAGTCCCCCCCCACTGCAGGATAATGTACGGTTATAAGAATCATTACCCCGGGCCGAAAGTTTATAATTGCTATGAACTATGAAATAGCCCCTTATATAACAGGATGAACGTGAACGGTTCATCATGTTTAAAACTTGGTGTTATGTTGACGGTAGGCGGGCCTGACACTGTTAGTAGCGGGGCGGGAGTAATCCTAGGCTTAACCTCATAGTCAGAAGAACTTTGGTATTGGCCGCGGCATGGTTCGCTATCGGATATGTTTTTCATATGGCCGTCCCACATAAATGGGCTACCAACTAC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