##前提 Windows上でskinny-blank-appから起動するこを前提としています。 他の方法から起動されるかたは置き換えて見て下さい。
##SBTにデバッグオプションを追加 sbt.batに下記のオプションを追加します。 ※address(ポート番号)は任意です。 -Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=5005
デフォルトであれば下記の様になっているかと思います。
set SCRIPT_DIR=%~dp0
java -Xmx1024M -Xss1M -Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=5005 -XX:+CMSClassUnloadingEnabled -XX:MaxPermSize=256M -jar "%SCRIPT_DIR%bin\sbt-launch.jar" %*
##Eclipseの設定 Run→Debug Configurations...
Project:<プロジェクト名>
Connection Type:Standard (Socket Atttach)
Host:localhost(SBTの起動場所)
port5005
##Debugの流れ ./skinny.bat run EclipseからDebugを押下 これでEclise側でブレークポイントを設置してアプリケーションにアクセスすれば、デバッグできているはずです。