routine.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --time=10-00:0:0
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=12
#SBATCH --mem-per-cpu=1024
#SBATCH -J hPSP2
# exit when any command fails
set -e

module load releases/2019b
module load GROMACS/2020-foss-2019b

#Optimisation
gmx grompp -f em.mdp -c hPSP-pSER-ions.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -deffnm em

#Equilibration nvt_2
gmx grompp -f nvt_2.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt_2.tpr -n index.ndx
gmx mdrun -deffnm nvt_2

#Equilibration nvt_3
gmx grompp -f nvt_3.mdp -c nvt_2.gro -t nvt_2.cpt -p topol.top  -o nvt_3.tpr  -n index.ndx
gmx mdrun -deffnm nvt_3

#Equilibration nvt_4
gmx grompp -f nvt_4.mdp -c nvt_3.gro -t nvt_3.cpt -p topol.top  -o nvt_4.tpr  -n index.ndx
gmx mdrun -deffnm nvt_4

#Equilibration npt_5
gmx grompp -f npt_5.mdp -c nvt_4.gro -t nvt_4.cpt -p topol.top  -o npt_5.tpr  -n index.ndx
gmx mdrun -deffnm npt_5

#Production npt_6
gmx grompp -f npt_6.mdp -c npt_5.gro -t npt_5.cpt -p topol.top  -o npt_6.tpr  -n index.ndx
gmx mdrun -deffnm npt_6

#Production npt_9
#gmx grompp -f npt_9.mdp -c npt_6.gro -t npt_6.cpt -p topol.top  -o npt_9.tpr  -n index.ndx
#gmx mdrun -deffnm npt_9 -ntomp ${SLURM_CPUS_PER_TASK}

#end