Os APP's eles devem ser agnósticos e independente, uma vez que o mesmo não será utilizado, deve simplesmente remover suas pasta, fazendo isso removerá todas as suas dependencias.
obs : A pasta principal, onde irá armazenar a pasta do APP parte do Backend, deve ter em sua raiz algum autoload, uma vez que uma nova pasta é inserida ali dentro, automaticamente é carregada.
Matéria interesante : https://medium.com/@munza/large-scale-laravel-application-9d52c3d38e51
Biblioteca interesante : https://github.com/nWidart/laravel-modules
O Open Source akaunting, utiliza a biblioteca acima, veja um exemplo de como ele estruturou: https://github.com/akaunting/akaunting/tree/master/modules/PaypalStandard
Lembrando que, quando incluir a pasta(do aplicativo/módulo) dentro de modules a mesma já deve ficar dísponivel, o autoload deve carregar a mesma e removendo a mesma(pasta) de dentro de modules, desinstala.
E o bom que o pacote acima, já gera uma estrutura(boilerplate) da foram correta que deve ser, rodando o comando, exemplo:
php artisan module:make NomeDoApp
NodeJS - https://nestjs.com/
Info: https://www.youtube.com/watch?v=NYoCbihISxw
links :
https://itnext.io/choosing-a-highly-scalable-folder-structure-in-angular-d987de65ec7
https://medium.com/@motcowley/angular-folder-structure-d1809be95542