Cool traceplot to explore JAGS chains

new_traceplot.R

new_traceplot <- function(bys,node_name){
  # Grafica cada cadena del nodo 'node_name' dentro del
  # objeto 'bys' que contiene el resultado de JAGS.
  # El nombre del nodo 'node_name' permite indexación, 
  # es decir que permite graficar una sola posición de nodos 
  # multidimensionales.
  
  # Las cadenas (y sus dimensiones) están en la partición
  # 'bys$BUGSoutput$sims.array',
  # en donde 'bys' es la lista en R que guarda el resultado
  # que genera la función 'jags()'.
  n_iter <- dim(bys$BUGSoutput$sims.array)[1] # Primera dimensión *siempre* tiene iteraciones
  n_chains <- dim(bys$BUGSoutput$sims.array)[2] # Segunda *siempre* tiene número de cadenas
  iterations <- bys$BUGSoutput$sims.array[,,node_name] # 'node_name' es una cadena que incluye índice
  # e.g., 'node_name' puede ser 'theta_post[2]', 'a_post[9]', o 'k_prior[45,12,1]' si dicho nodo tuviera
  # tres dimensiones...
  
  # Extrayendo información adicional (p.s., ¡todo está en algún lado de 'bys'!):  
  r_hat <- round(bys$BUGSoutput$summary[node_name,'Rhat'],3) # Rhat
  n_eff <- bys$BUGSoutput$summary[node_name,'n.eff'] # n.eff
  model_file <- bys$model.file # Nombre del archivo de texto que contiene el modelo
  n_burnin <- bys$BUGSoutput$n.burnin
  n_thin <- bys$BUGSoutput$n.thin
  n_iter_tot <- bys$BUGSoutput$n.iter  
    
  paleta <- c('#fd2c3b','#6314af','#fe8f06','#88dc40','#21f0b6','#2379cc','#e1d936')
  cols <- sample(x = paleta,size = n_chains) # Colores aleatorios cada que corre la función
  ylims <- c(min(iterations),max(iterations))
  
  par(bg='#000000',fg='#aaaaaa',col.axis='#aaaaaa',oma=c(1,1,1,1))    
  plot(NULL,xlim=c(1,n_iter),ylim=ylims,axes=F,ann=F)
  for(cc in 1:n_chains){
    lines(1:n_iter,iterations[,cc],lwd=2,
          col=cols[cc])
  }
  axis(1)
  mtext('iteraciones',1,line=2,cex=1.5)
  axis(2,cex.axis=1.5)
  mtext('nodo',2,line=2.5,cex=1.5)    
  # 'paste()' permite crear una sola cadena de caracteres pegando varias cadenas
  # definidas en objetos diferentes:
  mtext(paste(model_file,', ',
              node_name,
              ', R.hat=',r_hat,
              ', n.eff=',n_eff,
              '\nn_cadenas=',n_chains,
              ', iteraciones por cadena=',n_iter_tot,
              ', iteraciones "quemadas"=',n_burnin,
              ', n_thin=',n_thin,
              sep=''),cex=2)
  
}