Het concept achter het incrementeel uitvoeren van blast commando's van een dataset van proteomen.

blast_volgorde_concept.py

"""
Het idee:

1. Je blast proteoom a met b
geblaste_proteomen = ( proteoom a, proteoom b )

Je hebt nog een derde proteoom c die geblast moet worden tegen a en b
2. blast c tegen alle proteomen die in geblaste_proteomen zitten

3. voeg proteoom c toe aan geblaste_proteomen
geblaste_proteomen = ( proteoom a, proteoom b , proteoom c )

"""

proteomen = ["a", "b", "c", "d"]

#Bevat alle proteomen die al geblast zijn
al_geblaste_proteomen = []
#"a,b" -> a is tegen b geblast
blast_hostorie = []

#Allereerste keer moeten a en b speciaal appart geblast worden, zodat de rest van de proteomen incrementeel kan volgen
#os.system ('blastp -subject %s -query %s -num_threads 4 -max_target_seqs 1 -outfmt 10 -out DITISTEST.txt' %(proteomen[0], proteomen[1]))
al_geblaste_proteomen.append("a")
al_geblaste_proteomen.append("b")
blast_hostorie.append("a,b")

#De rest van de proteomen, naast a en b
rest_proteomen = proteomen[2:]

#Elke van de rest van de proteomen:
for rest_proteoom in rest_proteomen:
    #Wordt geblast tegen alle proteomen die al geblast zijn
    for al_geblast in al_geblaste_proteomen:
        #os.system ('blastp -subject %s -query %s -num_threads 4 -max_target_seqs 1 -outfmt 10 -out DITISTEST.txt' %(rest_proteoom, al_geblast))
        blast_hostorie.append(rest_proteoom + "," + al_geblast)

    #Dit rest proteoom is geblast met alle al geblaste protemonen en hoort nu bij de al geblaste
    al_geblaste_proteomen.append(rest_proteoom)

print(al_geblaste_proteomen)
print(blast_hostorie)