anonymise_dicom.py

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]

for file in sys.argv[1:]:
    command = ['dcmodify']
    # generate new UIDs
    command += ['-gst', '-gse', '-gin']
    # ignore errors
    command += ['-ie', '-imt', '-iun']

    for tag in confidential_tags:
        action = tag[1]
        tagkey = '({:04x},{:04x})'.format(tag[0][0], tag[0][1])
        if action.startswith('X'):
            # tags to remove
            command += ['-ea', '{}'.format(tagkey)]
        if action == 'D' or action.startswith('Z'):
            # tags to clear
            replacement = 'REMOVED'
            if tag[0][0] == 0x0010 and tag[0][1] == 0x0040: # PatientSex
                replacement = 'O'
            command += ['-ma', '{}={}'.format(tagkey, replacement)]

    command += [file]
    subprocess.check_call(command)